La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Quelles génétiques dans les élevages porcins français ?

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Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37

Les tendances dans le choix des reproducteurs évoluent constamment. Désormais les croisements de cochettes parentales se concentrent en deux types, alors qu’en parallèle les alternatives au Piétrain en verrat terminal augmentent.

2017

Encadrement technique de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 110

Fiche n° 70 : animer les dispositifs collectifs professionnels

A l’initiative de FG Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, une nouvelle station de phénotypage a été bâtie en 2015.

La gestion quotidienne de la station a été confiée à l’INRA dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé.

Ce projet s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les professionnels de la sélection et la recherche:

1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;

2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;

3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.

L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, est missionné par le Ministère l’Agriculture pour assurer son encadrement technique.

Les informations recueillies sont complémentaires à celles recueillies par les OSP en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.

La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures.

C’est pourquoi elle est équipée d’une chaîne de distribution d’aliment multiphase permettant d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case d’une part et d’autre part de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires.

Les DAC sont équipés de plateaux de pesée afin de suivre les cinétiques de croissance.

Le tomographe à rayon X de l’IFIP pourra être utilisé sur les porcs en cours de contrôle.

La station constitue ainsi un outil de collecte de données à visées génétiques dont les résultats concernent l’ensemble de la filière.

Compte tenu de l’intérêt collectif de ce projet, il a reçu le soutien financier des conseils régionaux de Basse Normandie,

Bretagne et Pays de la Loire, ainsi que de FranceAgrimer.

Depuis son ouverture en juillet 2015, jusque fin 2016, elle a été dédiée uniquement au contrôle des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références.

A l’avenir elle sera également un support expérimental dans le cadre de programmes de recherche.

L’ensemble des données collectées sont sauvegardées dans la base de données nationale génétique et sont accessibles aux équipes de recherche.

PDF icon Claire Hassenfratz, Bilan 2016, mai 2017, p. 110
2017

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 104

Fiche n° 63 : animer les dispositifs collectifs professionnels

L’IFIP participe à l’encadrement du programme de conservation des ressources génétiques : gestion des animaux vivants et adhésion à la Cryobanque Nationale.

L’IFIP suit et gère la variabilité génétique intra-race des populations et l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP anime le Ligéral, livres généalogiques des races locales.

Le Ligéral, agréé par le Ministère de l’Agriculture, détient les livres généalogiques des 6 races locales porcines : Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale.

PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2016, mai 2017, p. 104, fiche n° 64
2017

Evaluations génétiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 66

Fiche n° 30 : optimiser les performances en élevage

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.

Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront ensuite gardés comme reproducteurs.

Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.

Chaque semaine, 5 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 1 autonome : Duroc Axiom) sont évaluées et les VG sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination animale (CIA).

PDF icon Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, mai 2017, p. 66, fiche n° 30
2017

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 109

Fiche n° 69 : animer les dispositifs collectifs professionnels

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture.

Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et la maîtrise d’œuvre de ses travaux à l’IFIP.

La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine

(OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

PDF icon Joël Bidanel, Bilan 2016, mai 2017, p. 109, fiche n° 69
2017

Etude génétique de nouveaux critères d’aptitudes maternelles

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Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 67

Fiche n° 31 : optimiser les performances en élevage

Dans un contexte d’augmentation de la productivité numérique, la sélection de truies plus maternelles et autonomes est souhaitable pour améliorer le taux de survie des porcelets en maternité.

Néanmoins, les qualités maternelles sont un caractère complexe.

Elles regroupent des aptitudes différentes qui influencent la survie du jeune dans les premiers jours de vie : facilité de mise bas, comportement de la truie, qualité de la montée de lait, production de lait, etc.

La vitesse de croissance des porcelets sous la mère et leur homogénéité au sevrage peut être interprétée comme une mesure indirecte des aptitudes laitières de la truie.

L’analyse de pesées à 21 jours collectées par les OSP du collectif FG Porc visait donc à identifier l’intérêt de ces nouveaux phénotypes pour la sélection des truies sur leurs aptitudes maternelles et en particulier leurs aptitudes à l’allaitement.

PDF icon Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, mai 2017, p. 67, fiche n° 31
2017

Maîtrise des Salmonelles dans la filière porcine

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Isabelle Corrégé, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 58

Fiche n° 25 : maîtriser les qualités hygiéniques des viandes et des produits transformés

Les salmonelles sont une des principales causes de zoonoses alimentaires.

Même si les œufs et les ovoproduits restent les aliments les plus souvent incriminés, le nombre de cas humains dûs à ces aliments diminue avec, pour conséquences la baisse du nombre de Salmonella enteritidis et l’augmentation de la part relative de Salmonella typhimurium et la mise en cause plus fréquente des viandes de porc et des produits de charcuterie.

Dans ce contexte, de nombreux pays poursuivent ou développent des programmes de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine.

En France, l’émergence de nouveaux sérotypes de Salmonella, les récentes épidémies dues à des produits de salaison sèche ainsi que les enjeux commerciaux incitent la filière porcine à accentuer la vigilance et à mettre en œuvre des mesures de maîtrise.

PDF icon Isabelle Corrégé, Bilan 2016, mai 2017, p. 58, fiche n° 25
2017

Indicateur de compétitivité des filières porcines européennes

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Boris Duflot et Bérengère Lecuyer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 36

Fiche n° 08 : analyser les marchés et la compétitivité

Les principaux pays producteurs de porc en Europe se livrent entre eux une intense concurrence, aussi bien pour l’approvisionnement du marché européen, qu’à l’export vers les pays tiers.

Quand la filière française connait de sérieuses difficultés, certains concurrents européens continuent d’accroître leur production et renforcent leurs parts de marchés.

L’indicateur de compétitivité des filières porcines européennes, élaboré par l’IFIP à la demande d’INAPORC, fournit un état des lieux actualisé des forces et faiblesses de la filière française et de 4 des principaux pays producteurs européens.

Les moyens techniques, économiques, commerciaux et d’organisation mis en œuvre par les acteurs des filières sont mesurés et leurs performances comparées pour identifier les facteurs de succès ou de difficultés.

PDF icon Boris Duflot et Bérengère Lecuyer, Bilan 2016, mai 2017, p. 36, fiche n° 08
2017

La contractualisation : un bouquet de solutions ?

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Estelle Antoine, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 38

Fiche n° 10 : analyser les marchés et la compétitivité

Depuis plusieurs années, la filière porcine française explore les solutions que la contractualisation offre aux problèmes commerciaux auxquels elle est confrontée.

Dans leur principe, les contrats sont un instrument extrêmement souple pour organiser les relations entre opérateurs économiques et institutionnels.

Leurs limites résident dans la loi (on ne peut convenir de ce qui est interdit) et dans l’existence d’une volonté claire et exprimée des contractants.

Sous peine de problèmes ultérieurs, il vaut mieux qu’ils ménagent un équilibre entre les intérêts des contractants.

De nombreux contrats régissent déjà des relations commerciales en filière porcine : achats anticipés de matières premières à prix fixés, achat d’aliment, production et échanges de producteurs, ventes de porcelets, engagements coopératifs, conventions PCM basées sur des grilles et filières sous cahier des charges.

Un recours accru aux contrats entre plusieurs maillons (multipartites) sur des objectifs commerciaux permettrait de sécuriser l’ensemble des maillons de la filière par une assurance contre les risques de production et de marché (prix, débouché, approvisionnement) ou un meilleur partage de ceux-ci, de fixer mieux les caractéristiques attendues des produits, incitant à la qualité et à la performance, d’explorer la diversité des produits et modes de production avec une bonne coordination amont/aval en réduisant les coûts de négociation, de sécuriser les investissements à moyen et long terme et de rendre transparente la création de valeur ajoutée le long de la filière.

La conclusion de contrats commerciaux pluriannuels traduit la recherche d’objectifs de long terme, en réduisant la sensibilité aux intérêts de court terme.

Le retournement de conjoncture de 2016 illustre enjeux et difficultés, avec les effets opposés des fluctuations de prix sur les résultats économiques des éleveurs et des transformateurs, les distributeurs étant d’éventuels arbitres.

L’IFIP analyse la contractualisation dans la filière porcine en France et dans d’autres pays.

Le RMT « Economie des filières animales », permet des comparaisons avec d’autres filières.

PDF icon Estelle Antoine, Bilan 2016, mai 2017, p. 38, fiche n° 10
2017

Les marchés du porc en 2016

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Estelle AntoineBilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 33

Fiche n° 05 : analyser les marchés et la compétitivité

Les prix dans la filière porcine fluctuent sous l’effet de multiples facteurs : offre européenne, consommation intérieure, commerce international. Ils sont déterminants des résultats de chacun des maillons et de l’équilibre économique d’ensemble. Ils font partie de l’analyse permanente de l’IFIP, comme les facteurs d’offre et de demande qui les font évoluer. Mais les mécanismes de fixation des prix évoluent aussi et doivent être analysés régulièrement. Par le suivi de données françaises, européennes et mondiales, et l’analyse des mécanismes et de prévision, l’IFIP propose aux opérateurs de la filière les outils pour mieux comprendre et d’anticiper les évolutions et ainsi piloter leur activité.

PDF icon Estelle Antoine, Bilan 2016, mai 2017, p. 33, fiche n° 05
2017

Relationship between sperm production and boar taint risk of purebred or crossbred entire offspring

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Marie-José Mercat et al., 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 aout-4 septembre 2015, visuels d'intervention

This study focuses on 100 boars from three Pietrain varieties: 74 V1, 10 V2 and 16 V3. On average, data were recorded on 90 ejaculates collected in artificial insemination centers and boar taint measured on 15.4 entire male offspring, half purebred and half Pietrain × Large-White type. Offspring were reared at INRA UETP (Le Rheu, France) up to 110 kg. Boar taint risk was assessed by androstenone and skatole measurements in fat collected at the slaughterhouse. Sperm production data were corrected for the production site, the age and the collection frequency using a generalized linear mixed model to estimate an average sperm production count per boar and ejaculate. Boar taint odor risk was on the whole low in the tested population. Considering the three Pietrain varieties altogether, boars with the highest sperm production had a lower proportion of offspring without risk of odor compared to boars with low sperm production: the boars ranked in the top quartile of sperm production had 14% less offspring without odor (i.e. androstenone <1.0 &•6;g/g and skatole <0.2 &•6;g/g) compared to the boars in the bottom quartile (P<0.05). The sperm production of the sires of pigs with high androstenone content in fat was on average higher than that of the sires of pigs with low androstenone content: 95.3 and 86.8 billion spermatozoa per ejaculate for the sires of offspring with more than 3.0 &•6;g/g of androstenone and non-detectable androstenone level, respectively (P<0.05). Differences were more pronounced on crossbred offspring than on purebred ones. With V1 sires alone, differences were smaller but still significant. As a conclusion, selection against boar taint might negatively impact semen production if reproduction traits are not included in the breeding goal.

PDF icon Marie-José Mercat et al., 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 aout-4 septembre 2015
2017

Compétitivité de la filière porcine américaine. Les filières animales aux USA dans la perspective d'un accord de libre échange

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Estelle Antoine et al., colloque : les filières animales aux Etats-Unis dans la perspective d'un accord de libre-échange avec l'UE, 14 janvier 2016, à  Paris, visuels d'intervention

PDF icon Estelle Antoine et al., colloque filières animales aux USA et TTIP, 14 janvier 2016, à Paris, visuels d'intervention
2017

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

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Tusell et al., 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 aout-4 septembre 2015, visuels d'intervention

This study presents a single-step terminal-cross model (GEN) to estimate genetic parameters of growth rate and pH of longissimus dorsi in pigs. The model is compared in terms of parameter estimates and breeding value accuracies with a pedigree-based terminal-cross model (PED) and 2 univariate single-step models (GEN_UNI) for purebred (PB) and crossbred (CB) performance. Ninety Piétrain sires were mated with 306 Piétrain and 306 Large White dams leading a total of 654 PB and 716 CB male piglets. Sires and PB offspring were genotyped using the 60K SNP chip. PB and CB performances were jointly analyzed as 2 traits. The PB animals were accounted for through an animal model, whereas the additive genetic effect of a CB individual was decomposed into its sire and dam allelic contribution effects plus a Mendelian sampling confounded with the residual. Genetic correlation between the PB and the sire contribution for CB performance was estimated. The inverse of a matrix combining both genomic and pedigree relationship matrices was used in the mixed model equations for the Piétrain line as in a single-step procedure. The PED model was of the same form as GEN but accounted only for pedigree information. The GEN_UNI models contained same effects as the GEN model for either the PB or CB performance. (Co)variance components were estimated by Gibbs sampling. Genetic correlations [HPD95%] between PB and CB traits obtained with the GEN model were close to unity: 0.84 [0.45, 1.00] and 0.97 [0.83, 1.00] for growth rate and pH, respectively, suggesting that PB line selection is already successful to improve CB performance. Genotyped animals obtained higher breeding value accuracies with the GEN model than with the PED and GEN_UNI models. Accounting for PB and CB information together with genomic information improves the precision of the genetic evaluation in breeding programs based on crossbreeding.

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2017

Genome-wide association studies in purebred and crossbred entire male pigs

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Hélène Gilbert et al., 66th EAAP, 31 août- 04 septembre 2015, Varsovie, Pologne, session 45 : pigs genetics, visuel d'intervention

A total of 654 purebred Piétrain entire male pigs and 716 crossbred Piétrain × Large White entire male pigs issued from about 70 Piétrain sires were tested in a French test station for production traits (feed intake, feed efficiency, growth rate, carcass composition and meat quality). All were genotyped with the 60K Porcine SNPchip. Genome wide association studies were run using linear mixed models with a genomic kinship matrix to account for relatedness between individuals, and the fixed effect of each SNP was tested separately. In a first step, separate analyses of the two populations showed suggestive results (P<0.0001) for almost all traits in the two populations. For production traits, eight 1-Mb regions affected multiple correlated traits in the purebred pigs, and only one in the crossbred pigs. Only two regions with P<0.0001 were detected in common in purebred and crossbred individuals after correction for the halothane mutation, on SSC1 and SSC2. Breed differences in linkage disequilibrium between markers and causal variants, or different gene effects due to the purebred vs crossbred polygenic background could explain these discrepancies. Genotypes were phased and chromosome breed origins were identified in all progeny. Analyses were thus run to estimate within breed allelic effects in the crossbred population, and combining the two populations. After accounting for differences in allele frequencies in the two populations, only few SNP estimates showed significantly different allelic effects depending on the genetic background. If confirmed in a larger design, this suggests that genes affecting production traits act similarly in purebred and crossbred commercial pigs, as suggested by high genetic correlations between purebred and crossbred pigs for these traits.

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2017

Prédire la qualité des viandes : mythe ou réalité ?

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Cécile Berri et al., 16es Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, 21-22 novembre 2016, Paris, France, visuel d'intervention

Cette revue (voir Viandes & Produits carnés (FRA), novembre 2016,14 pages) a pour objectif de faire un point sur les avancées récentes obtenues dans le domaine de la prédiction de la qualité des viandes.

Elle aborde différentes démarches menées au sein des principales filières de production pour développer des équations puis des outils prédictifs basés sur différents types de marqueurs biologiques (génomiques ou phénotypiques) ou physiques (spectroscopiques). Au travers des différents exemples présentés, il apparaît que l’identification de marqueurs biologiques se confronte au déterminisme complexe des paramètres de qualité qui rend encore difficile la mise au point de tests moléculaires génériques utilisables sur le terrain. Toutefois, les avancées ont été notables ces dernières années bénéficiant des récents développements technologiques en génomique, protéomique et métabolomique. Les premières équations de prédiction de la qualité sensorielle et du potentiel technologique des viandes laissent entrevoir des possibilités d’applications dans les années à venir. Concernant la spectroscopie, les principaux résultats ont été obtenus dans le domaine de la Spectroscopie Proche Infrarouge (SPIR) avec des développements aboutis pour prédire la composition et la valeur nutritionnelle des viandes. La prédiction du potentiel technologique des viandes à l’aide de cette méthode et surtout de la qualité sensorielle est en revanche plus difficile. Enfin, l’exemple du modèle phénotypique MSA (« Meat Standards Australia ») de prévision de la qualité sensorielle de la viande bovine basée sur une combinaison de données d’amont et d’aval et dont la plus-value pour la filière a été démontrée en Australie, présente une généricité qui a déjà été éprouvée dans plusieurs pays.

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2017

Quel dispositif génétique est en place pour améliorer la qualité technologique des viandes porcines?

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Enregistrement de nouveaux critères
Utilisation de nouvelles technologies pour le phénotypage«haut débit»

  • LIM et persillagede la viande par des mesures IRM
  • Rendement techno, défauts de tranches par NIRS

Etude de la déstructuration des jambons

  • Etude en cours sur des porcs charcutiers
  • Phénotypage à venir sur les collatéraux de race pure de la station FGPorc

Utilisation de nouvelles technologies pour la sélection : Génomique

PDF icon Intervention de S Schwob à la journée Quizz qualité des viandes du 17 janvier 2017
2017
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Les Cahiers de l'Ifip - Abonnement annuel

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Les Cahiers de l’IFIP, la revue R&D de la filière porcine française

Cette nouvelle revue a vocation à mettre à disposition les comptes rendus d’études et synthèses bibliographiques de l’IFIP via le web. 
Les Cahiers de l’Ifip traitent tous les champs de compétences de l’IFIP (techniques d’élevage, économie, viandes et charcuteries, génétique), c’est-à-dire des viandes et produits transformés, à l’élevage. 
Les articles sont publiés à la fois français et en anglais.

Les points forts de la revue :
• des articles de fond (plus de 10 pages illustrées des tableaux de données et de graphiques…)
• une forme scientifique (matériel et méthodes, discussion, références bibliographiques) mais très accessible...
• une version en anglais de chaque article, complétée par des mots clés et un résumé bilingue !

Diffusion uniquement sous forme électronique via le web (www.ifip.asso.fr), avec accès par article ou par abonnement annuel.

1 an : 2 numéros - 15 à 20 articles publiés chaque année.

160,00 €
2017

Chine : vers plus de concentration

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Baromètre Porc (FRA), 2017, n° 475, mai, p. 8, synthèse du mois, par Jan-Peter Van Ferneij

La production porcine chinoise reste dominée par des exploitations de petite taille. Mais plusieurs très grandes entreprises projettent d’accroitre sensiblement leur cheptel dans les prochaines années, renforçant la concentration. Après un article sur la dynamique de la production, de la consommation et des importations (Baromètre Porc, n°471), cette synthèse traite des structures de production

PDF icon Baromètre Porc (FRA), 2017, n° 475, mai, p. 8, par Jan-Peter Van Ferneij
2017

Nouvelles technologies : des perspectives très prometteuses pour la sélection

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Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 40-42, par Joël Bidanel et Marie-José Mercat

Les recherches en matière de génomique s'accélèrent. La connaissance précise du génome, de sa gouvernance et le développement de nouveaux outils laissent entrevoir une accélération du progrès génétique sur de nouveaux caractères.

2017

Faire évoluer les outils de sélection pour préparer l'avenir

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Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 43-45, par Joël Bidanel

Les organismes de sélection vont toujours plus loin dans l'optimisation de leurs outils, à l'exemple de Nucléus, qui consolide sa pyramide de sélection en investissant dans un élevage de 170 truies Landrace. Les index génomiques ont permis de choisir les meilleurs reproducteurs issus de trois élevages d'un très haut statut sanitaire. Cet outil permettra de tester des nouvelles méthodes de sélection pour répondre aux attentes des éleveurs.

2017

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