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Microbiote intestinal chez le porc : paramètres génétiques de sa composition et liens avec des caractères immunitaires

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FR

L’objectif de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de la composition du microbiote intestinal chez le porc Large White et d’étudier les covariations entre cette composition et des paramètres immunitaires et de croissance. Dans le cadre du projet Sus-Flora, nous avons caractérisé la diversité du microbiote fécal pour 518 porcelets âgés de 60 jours, par séquençage d’une région variable du gène bactérien codant l’ARNr 16S. Nos premiers résultats ont mis en évidence une prédominance des genres bactériens Prevotella puis Oscillibacter, Dialister, Roseburia et Treponema. Des valeurs d’héritabilité comprises entre 0,13  0,08 et 0,55  0,16 ont été estimées pour l’abondance relative de 19 genres bactériens parmi les plus fréquents, démontrant ainsi une part génétique significative de la composition du microbiote intestinal chez le porc. Des corrélations génétiques positives et négatives sont identifiées entre abondances des taxons bactériens. Des covariations positives et négatives ont été trouvées entre des paramètres de formule sanguine (taux de monocytes, éosinophiles, plaquettes) et l’abondance des genres Prevotella, Roseburia, Dialister. Nous montrons également, pour un sous-groupe de 31 animaux, que la composition du microbiote intestinal se stabilise après 36 jours d’âge et que les animaux se séparent en deux groupes sur la base de la composition de leur microbiote intestinal, évoquant les entérotypes identifiés chez l’homme. Ces deux groupes, dominés par le genre Prevotella ou les Ruminococcaceae, sont retrouvés à 60 jours d’âge, avec la cohorte des 518 porcelets.

ENG

Pig gut microbiota: genetic parameters and links with immunity traits of the host

Our objectives were to estimate genetic parameters of the gut microbiota composition in French Large White pigs, and to uncover co-variations between the abundances of microbial communities and immunity or growth parameters of the host. In the framework of the Sus-Flora project, we characterized the diversity of the faecal microbiota of 518 60 day-old piglets by sequencing a variable region of the ribosomal 16S gene. Our first results have shown that the genera Prevotella, followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia or Treponema are dominant in the porcine faecal microbiota. Heritability values ranging from 0.13  0.08 to 0.55  0.16 were estimated for the relative abundance of 19 of the most common bacterial genera, highlighting the contribution of the host genome to the shaping of the gut microbial ecosystem. Regularized canonical correlations and sparse Partial Least Squares analyses highlighted both positive and negative correlations between immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. The establishment of microbial diversity in the gut was assessed by following a subset of 31 piglets at 14, 36, 48, 60 and 70 days of age. We showed that the gut microbiota composition was stabilized after 36 days of age. In addition, a stratification of the 31 piglets in two groups was observed after weaning, suggesting the existence of enterotypes as observed in humans. These two enterotype-like clusters were primarily distinguished by the levels of unclassified Ruminococcaceae and Prevotella, respectively. These two enterotype-like clusters were also found in the cohort of 518 60 day-old piglets.

2016

Prédiction de la composition des pièces à partir des données du classement des carcasses

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Fiche n° 028 : classification des pièces et des carcasses

Dans un contexte de commerce des pièces très développé et très concurrentiel, le tri des pièces est un challenge permanent. Nombre d’opérateurs
utilisent les informations de pesée et de classement des carcasses pour un pré-tri.
Les grands abattoirs bretons se sont équipés assez récemment d’un appareil automatique de vision (le CSB Image-Meater), qui a été peu étudié.
D’autres grands abattoirs européens ont fait le choix d’un automate à ultra-sons scannant le dos des carcasses (Autofom).
En Europe, une vingtaine d’appareils sont utilisés. En combinant les différentes versions des appareils et les différences de sites de mesure, ce sont au total plus d’une centaine de méthodes de classement des carcasses qui sont actuellement autorisées dans l’UE.
La bibliographie sur la prédiction de la qualité des pièces à partir des méthodes de classement des carcasses est assez pauvre et ancienne. Aussi, l’objectif était d’avoir une vision actuelle de la précision des méthodes de classement utilisées en France.
Cette étude s’appuie notamment sur les données françaises de l’essai d’actualisation des méthodes de classement par scanner.

PDF icon fiche_bilan2015_028.pdf
2016

Effet du sexe sur le classement des carcasses

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Fiche n° 026 : classification des pièces et des carcasses

Le sexe est, avec la génétique, l’alimentation et l’âge, un des facteurs ayant un effet important sur la composition tissulaire des carcasses de porcs.
Aussi, il est intéressant de prendre en considération chaque type sexuel comme une sous-population dès lors que l’on s’intéresse à la composition
corporelle.
Les équations françaises actuelles de prédiction du TMP ont été calculées à partir d’échantillons
contenant 50% de mâles castrés et 50% de femelles.
Depuis, les mâles entiers ont percé dans la zone Uniporc Ouest, dépassant les 2 millions en 2014. Ils représentent actuellement environ un
quart des mâles abattus. Ces mâles entiers sont classés par les équations communes aux mâles castrés et aux femelles, sans que l’on sache le biais que cela génère.
Tous les grands pays producteurs de porcs ont mené des études sur la composition corporelle et le classement des mâles entiers depuis plusieurs années. Leurs études leur ont permis de quantifier sur leur cheptel national les différences réelles de composition entre types sexuels, ainsi que les biais générés par la prédiction du TMP par les méthodes de classement.

PDF icon fiche_bilan2015_029.pdf
2016

Variabilité de la composition des pièces de découpe mesurée par tomographie à Rayons X

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Fiche n° 026 : classification des pièces et des carcasses

Le marché de la viande de porc est séparé aujourd’hui entre la filière amont qui est rémunérée à la carcasse à l’abattoir et la filière aval qui achète désormais majoritairement des pièces aux abattoirs. Le classement des carcasses payées à l’éleveur sur le poids et le TMP ne reflète que la diversité de composition des carcasses.
De plus, la pression sur le TMP tend, mécaniquement, à faire diminuer cette diversité. L’objectif étant de fournir à l’abattoir des animaux dans la gamme de poids et avec les TMPs les plus rémunérateurs.
La variabilité des TMPs mesurés ne reflétant que la variabilité de la composition corporelle des carcasses, la variabilité de composition corporelle des pièces de découpe n’est pas mesurée.
Or la filière aval nécessite, en accord avec la diversité de ses produits, une certaine variabilité au niveau de la composition des pièces achetées.
L’objectif de cette étude était, à partir de données mesurées au scanner RX sur des pièces de découpe, lors de différentes études menées par l’IFIP de donner un aperçu de la variabilité de la composition corporelle des pièces de découpe.

PDF icon fiche_bilan2015_026.pdf
2016

Mises à jour 2015 du Mémento viandes et charcuteries (5 synthèses)

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Ensemble des 5 cahiers illustrés de la mise à jour 2015 du Mémento viandes et charcuteries, disponibles immédiatement en téléchargement :

·         Les tissus adipeux du porc,

·         Hématomes et pétéchies, défauts de la viande de porc,

·         Risque d’odeurs des viandes de porcs mâles non castrés en abattoir et salaison,

·         Composition corporelle des porcs charcutiers,

·         Le typage bactérien.

75,00 €
2015

Composition corporelle des porcs charcutiers (mise à jour 2015 du Mémento viandes et charcuteries)

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Cahier illustré tiré du Mémento viandes et charcuteries, disponible immédiatement en téléchargement.
A partir des savoirs de ses experts, l’IFIP propose aux professionnels des viandes et produits carnés un classeur constitué de cahiers illustrés (de 6 à 20 pages) traitant chacun un sujet important pour le secteur. Ni publication scientifique, ni vulgarisation, ce Mémento s’adresse aux techniciens des entreprises comme outil du quotidien pour mieux comprendre les technologies et les produits du porc.

35,00 €
2015

Utilisation de la tomographie RX pour étudier l'évolution de la composition corporelle au cours de la croissance chez des porcs alimentés à volonté ou rationnés

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L'effet des conditions d'alimentation (à volonté : AL ou rationnement : RA) sur l'évolution de la composition tissulaire du poids vif (PV) est étudié à partir de 10 femelles et 10 mâles castrés par lot. Les animaux sont anesthésiés puis scannés in vivo au tomographe RX vers 30, 50 et 70 kg de PV (scans 1, 2 et 3). La carcasse est également scannée après l'abattage vers 112 kg de PV (scan 4). A l’abattage, les proportions volumique et massique de gras sont réduites et les proportions de muscle plus élevées chez les porcs RA comparativement aux porcs AL. Les mesures RX permettent d'observer un effet du rationnement sur les proportions de gras et de muscle (% PV) dès le scan 2. Entre les scans 1 et 3, les porcs RA présentent une proportion de muscle dans le gain de PV plus élevée et une proportion de gras plus faible que les porcs AL, la différence entre lots n'étant plus significative pour le gras entre les scans 3 et 4. La corrélation entre la proportion de muscle (en % du PV) mesurée in vivo aux scans 1 à 3 et le taux de muscle RX (% du poids de la carcasse) à l'abattage est d’autant plus élevée que le scan in vivo est réalisé tardivement et elle est plus élevée chez les porcs alimentés à volonté. Ces corrélations sont plus faibles chez les animaux rationnés en raison de l’effet du rationnement sur la composition du gain de PV.

PDF icon jrp2014-genetique-monziols.pdf
2014

Conséquences, sur les variables de composition corporelle des carcasses de porc, du changement de méthodes de pesée et classement introduit en France en 1997

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Le passage du taux de muscle à la TVM (Teneur en Viande Maigre) en France en 1997 s’est accompagné d’un changement des méthodes de classement et de pesée, provoquant une modification des variables mesurées sur les chaînes d’abattoir. L’analyse des modifications des distributions a été réalisée à partir des données de 5 organisations régionales couvrant les 9 / 10 èmes de l’abattage français.
PDF icon Conséquences, sur les variables de composition corporelle des carcasses de porc, du changement de méthodes de pesée et classement introduit en France en 1997
1999