La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Journées de la Recherche Porcine 2017

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Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais.

107,00 €
2017

Multi-varietal genomic selection in French pig populations

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visuel de Céline Carillier-Jacquin et al., 67e  EAAP, 31 août 2016, Belfast, Irlande du nord, session 35 : advances in genomic selection, theatre 13, 19 pages.

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2016

Le porc par les chiffres 2016-2017

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Un outil indispensable à tous ! Toutes les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main, les chiffres clés les plus récents des élevages porcins dans le monde et l’UE et de la filière porcine en France

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande.

Au sommaire :

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les résultats de gestion technique et économique (coût de revient, prix),
  • les coûts des bâtiments,
  • le secteur de l’aliment,
  • la sélection (évolutions génétiques, races locales...),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques.

Edition IFIP, 44 pages, 16 X 24

25,00 €
2016

Microbiote intestinal chez le porc : paramètres génétiques de sa composition et liens avec des caractères immunitaires

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FR

L’objectif de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de la composition du microbiote intestinal chez le porc Large White et d’étudier les covariations entre cette composition et des paramètres immunitaires et de croissance. Dans le cadre du projet Sus-Flora, nous avons caractérisé la diversité du microbiote fécal pour 518 porcelets âgés de 60 jours, par séquençage d’une région variable du gène bactérien codant l’ARNr 16S. Nos premiers résultats ont mis en évidence une prédominance des genres bactériens Prevotella puis Oscillibacter, Dialister, Roseburia et Treponema. Des valeurs d’héritabilité comprises entre 0,13  0,08 et 0,55  0,16 ont été estimées pour l’abondance relative de 19 genres bactériens parmi les plus fréquents, démontrant ainsi une part génétique significative de la composition du microbiote intestinal chez le porc. Des corrélations génétiques positives et négatives sont identifiées entre abondances des taxons bactériens. Des covariations positives et négatives ont été trouvées entre des paramètres de formule sanguine (taux de monocytes, éosinophiles, plaquettes) et l’abondance des genres Prevotella, Roseburia, Dialister. Nous montrons également, pour un sous-groupe de 31 animaux, que la composition du microbiote intestinal se stabilise après 36 jours d’âge et que les animaux se séparent en deux groupes sur la base de la composition de leur microbiote intestinal, évoquant les entérotypes identifiés chez l’homme. Ces deux groupes, dominés par le genre Prevotella ou les Ruminococcaceae, sont retrouvés à 60 jours d’âge, avec la cohorte des 518 porcelets.

ENG

Pig gut microbiota: genetic parameters and links with immunity traits of the host

Our objectives were to estimate genetic parameters of the gut microbiota composition in French Large White pigs, and to uncover co-variations between the abundances of microbial communities and immunity or growth parameters of the host. In the framework of the Sus-Flora project, we characterized the diversity of the faecal microbiota of 518 60 day-old piglets by sequencing a variable region of the ribosomal 16S gene. Our first results have shown that the genera Prevotella, followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia or Treponema are dominant in the porcine faecal microbiota. Heritability values ranging from 0.13  0.08 to 0.55  0.16 were estimated for the relative abundance of 19 of the most common bacterial genera, highlighting the contribution of the host genome to the shaping of the gut microbial ecosystem. Regularized canonical correlations and sparse Partial Least Squares analyses highlighted both positive and negative correlations between immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. The establishment of microbial diversity in the gut was assessed by following a subset of 31 piglets at 14, 36, 48, 60 and 70 days of age. We showed that the gut microbiota composition was stabilized after 36 days of age. In addition, a stratification of the 31 piglets in two groups was observed after weaning, suggesting the existence of enterotypes as observed in humans. These two enterotype-like clusters were primarily distinguished by the levels of unclassified Ruminococcaceae and Prevotella, respectively. These two enterotype-like clusters were also found in the cohort of 518 60 day-old piglets.

2016

Quelles sont les relations génétiques entre des caractères mesurés sur des animaux purs ou croisés issus de Piétrain ?

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Poster.

FR

La sélection des populations porcines françaises se fait en mesurant des animaux de race pure, en ferme ou en station de contrôle. Cependant, l’un des objectifs de la sélection est d’améliorer la performance des animaux croisés. L’estimation des corrélations génétiques entre ces performances permet d’évaluer l’efficacité de la sélection sur des caractères déjà sélectionnés ou potentiellement à sélectionner dans l’avenir pour améliorer la qualité des produits ou le bien-être des animaux.

ENG

What are the genetic relationships between traits measured either on purebred or crossbred Piétrain pigs ?

In pig breeding schemes, the traits of interest are measured in the grandparent or parent populations on purebred animals. However, the progress in these pure breeds should be expressed in the crossbred offspring. It is generally expected that the genetic relationships between traits measured on purebred and crossbred animals are high for growth traits and body composition. The purpose of the study was to estimate the genetic correlations between performances recorded in pure and crossed animals on a large number of traits related to production, quality, welfare and health, i.e. growth rate, carcass composition, meat quality including boar taint, sex hormones, blood parameters, bodily injury and leg weakness. About 1,600 animals were included in the study, either purebred Piétrain or crossbred Piétrain x Large White. For the majority of production traits such as growth and carcass composition, genetic correlations between purebred and crossbred were close to 1 (between 0.7 and 1, with a standard error between 0.05 and 0.20). Some traits had lower correlation parameters such as the number of leukocytes (rg = 0.5 ± 0.30) or the number of injuries at the beginning of fattening (rg = -0.14 ± 0.40).

2016

Effet du type génétique et du génotype halothane sur l’épaisseur de lard mesurée par tomographie RX tout au long de la carcasse

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FR

L’étude repose sur l’analyse de l’épaisseur de lard au tomographe RX d’animaux de 13 types génétiques : des races pures de type Piétrain, des croisés deux voies de type Piétrain x Large-White et des porcs charcutiers. Pour chacune des 280 demi-carcasses analysées, les épaisseurs moyennes de lard sont calculées sur la longueur totale de la carcasse et sur trois zones anatomiques (épaule, longe, jambon). Des différences d’épaisseur de lard sont observées entre zones anatomiques et entre groupes de types génétiques. Les porcs de races pures sont plus maigres que les porcs croisés deux voies, eux-mêmes plus maigres que les porcs charcutiers. Les épaisseurs de lard décroissent de l’épaule au jambon. Les plus faibles coefficients de variation des mesures d’épaisseur de lard sont observés au niveau de la longe. Les trois génotypes au locus halothane sont représentés dans cette étude. Des différences significatives entre les animaux NN et Nn sont mises en évidence : les animaux hétérozygotes présentent une épaisseur moyenne de lard plus faible de 0,7 mm par rapport aux homozygotes ; l’écart est de 1 mm au niveau des zones de la longe et de l’épaule (respectivement P < 0,05 et P < 0,01) mais n’est pas significatif au niveau de la zone du jambon. Aucune différence significative n’est observée par rapport au génotype nn, sans doute en raison du faible nombre d’animaux porteurs de ce génotype.

ENG

Effect of the genetic type and the halothane genotype on fat thickness measured with Computed Tomography (CT) throughout the carcass

The study is based on fat thickness analysis with computed tomography (CT) of animals from 13 genetic types: purebred Piétrain-like breeds, crossbred Piétrain x Large-White types and crossbred fattening pigs. For each of the 280 analyzed half-carcasses, average fat thickness was calculated throughout the carcass as well as in three body parts (shoulder, loin, ham zones). Fat thickness differences were observed between body parts and between groups of genetic types. Purebred animals were leaner than crossbred Piétrain x Large-White types themselves leaner than crossbred fattening pigs. Subcutaneous fat thickness decreased from the shoulder to the ham. The lowest fat thickness variation coefficients were seen for the loin. The three halothane genotypes were represented in this study. Significant differences between NN and Nn animals were highlighted: heterozygote animals presenting 0.7 mm less fat thickness compared with homozygotes; significant differences were seen at the loin (1.1 mm, P < 0.05) and shoulder (1.0 mm, P < 0.01) parts but differences were not significant at the ham. No significant effect was observed in comparison with the nn genotype, probably due to the small number of animals carrying this genotype.

2016

L’évaluation génomique dans un schéma de croisement terminal

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Poster

FR

L’intérêt d’utiliser le croisement est de bénéficier de la complémentarité entre les lignées parentales et des effets d’hétérosis au niveau des terminaux. Dans les schémas d’amélioration génétique, les individus des lignées parentales de race pure sont généralement sélectionnés sur des performances enregistrées sur des animaux de race pure, alors que la sélection vise à améliorer la performance des descendants croisés. Ainsi, l’amélioration génétique observée au niveau du noyau de sélection peut ne se retrouver que partiellement chez les descendants croisés élevés en conditions commerciales en raison de corrélations génétiques inférieures à 1 entre des phénotypes enregistrés sur les deux types d’animaux. Dans le contexte de la sélection génomique, il est opportun d'explorer les nouvelles possibilités offertes par le génotypage des animaux pour mieux prendre en compte les phénotypes d’animaux croisés pour sélectionner les animaux des lignées parentales. Dans cette étude, nous avons développé et testé un modèle en une seule étape (modèle SSt pour « single step ») (Aguilar et al., 2010) pour l'estimation des paramètres génétiques et des valeurs génétiques dans une population constituée d’animaux purs et d’animaux croisés apparentés.

ENG

Genomic evaluation of pigs using a terminal-cross model

In crossbreeding schemes, within-line selection of purebred lines mainly aims at improving performance of crossbred progeny in field conditions. The genetic correlation between purebred and crossbred performance is an important parameter to be assessed to ascertain that purebred performance is a good predictor of crossbred performance. With the availability of high density markers, feasibility of using crossbred information for evaluating purebred candidates can be reevaluated. This study implements and applies to real data a single-step terminal-cross model to estimate genetic parameters of several production traits in Pietrain and Pietrain x Large White pigs.
Piglets were recorded for growth rate between 35 and 110 kg. Animals were genotyped using the 60K SNP chip. For each trait, purebred and crossbred performances were jointly analyzed. The purebred animals were evaluated through an animal model, whereas the additive genetic effect of a crossbred individual was decomposed into its purebred sire and dam allelic contribution effects. Piétrain genotypes were introduced in genetic evaluation in a single-step procedure. The same model but only accounting for pedigree information was compared to the genomic model in terms of breeding value accuracies obtained from the mixed model equations.
Genetic correlation between purebreds and sire allelic contribution to crossbred performance was high (0.84 and 0.79 for the genomic and the pedigree model, respectively). Breeding value accuracies of the genotyped animals obtained with the genomic model outperformed the pedigree model.

2016

Etude de la capacité immunitaire chez le porc Large White : recherche de marqueurs génétiques liés à l'expression des gènes dans le sang

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Poster.

FR

En élevage porcin, les schémas de sélection cherchent à produire des animaux plus robustes afin, notamment, de réduire l’usage des antibiotiques. Nous avons engagé des recherches qui visent à qualifier la compétence immunitaire des animaux et étudions l'architecture génétique de paramètres immuns dans des populations d'animaux cliniquement sains. Nous avons déjà montré que de nombreux paramètres immunitaires sont héritables (Flori et al. 2011) et que le transcriptome du sang est informatif pour quantifier certains d'entre eux (Mach et al. 2013). Notre objectif est maintenant d'identifier des marqueurs génétiques associés à la variation d'expression des gènes dans le sang.

ENG

Analysis of the immune capacity in Large White pigs: search for genetic markers linked to the variation of gene expression in the blood

Combining animal production performances and health traits is a main issue in livestock farming. Blood is emerging as a source of biological information linked to the health and physiological state of each individual. Furthermore, it is an interesting surrogate tissue for animal phenotyping because its sampling is almost non-invasive and reproducible. We have already shown that several immune parameters are heritable and that the blood transcriptome is informative to quantify some of them. In this study, our aim was to identify genetic markers associated with gene expression variations in the blood, based on an expression genome-wide association study (eGWAS) using 243 Large White pigs at 60 days of age. Each pig was genotyped with the Illumina iSelect 60K Chip and the blood transcriptome analysis was performed by using a custom gene expression 8X60K microarray (Agilent Technologies). 4,591 significant associations between one SNP and one probe were found, including 62% cis-associations (the associated SNP is in a window of 2Mb surrounding the probe). Among the 3,419 probes with at least one associated SNP (eQTL), 70% had a cis-eQTL and 89% could be assigned to a porcine gene. The eQTLs were found to be linked with the expression of one to 51 genes. The genomic regions surrounding the eQTLs correspond to candidate regions to further study the genetic architecture of immunity trait variations in pigs, and contribute to paving the way towards a qualification of the individual immune capacity for translational research in precision pig farming.

2016

Accuracy of genomic selection to improve litter traits in the French Landrace pig population

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Poster.

• To assess gains in accuracy due to integration of genomic information in genomic evaluations of pigs,
• Focus on litter traits and on the French Landrace dam line.

PDF icon poster ifip de Alain Bouquet et al., 67th EAAP Meeting, 29/08-02/09/2016, Belfast, Irlande, Royaume-Uni, session 67, poster 23
2016

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal-cross model

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In crossbreeding schemes, within-line selection of purebreds is performed mainly to improve the performance of crossbred descendants under field conditions. The genetic correlation between purebred and crossbred performance is an important parameter to be assessed because purebred performance can be a poor predictor of the performance of crossbred offspring. With the availability of high-density markers, the feasibility of using crossbred information to evaluate purebred candidates can be reassessed. This study implements and applies a single-step terminal-cross model (GEN) to real data to estimate the genetic parameters of several production and quality traits in pigs.

2016

Conservation des ressources génétiques

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Fiche n° 069 : des actions de R&D pour répondre aux politiques publiques

L’IFIP contribue à la préservation des ressources génétiques des populations porcines, par l’encadrement qu’il apporte au programme de conservation
in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale). L’IFIP assure le suivi de la variabilité génétique intrarace et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP participe au fonctionnement du Ligéral (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le Ligéral est l’OSP agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2015_069.pdf
2016

Développement de la sélection génomique

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Fiche n° 059 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins.
Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de réaliser un choix plus précis des reproducteurs à un âge relativement précoce. Plusieurs actions ont été engagées en 2015 en vue de définir le coût d’opportunité de la sélection génomique pour une utilisation en routine dans les lignées collectives.

PDF icon fiche_bilan2015_059.pdf
2016

Calcul des valeurs génétiques des populations porcines

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Fiche n° 057 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, 6 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 2 autonomes :
Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont évaluées et les Valeurs Génétiques sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination artificielle (CIA).

PDF icon fiche_bilan2015_057.pdf
2016

Animation technique auprès de l’Agence de Sélection Porcine

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Fiche n° 064 : animation de réseaux partenariaux

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références. En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

PDF icon fiche_bilan2015_064.pdf
2016

Utilisation des informations génomiques des animaux croisés pour la sélection

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Fiche n° 058 : réduction des coûts d'élevage

Dans les schémas de sélection porcin et avicole, des animaux de race pure sont sélectionnés dans un environnement de haut niveau sanitaire dans
l’objectif de produire des terminaux croisés élevés dans un milieu de production moins favorable. Le projet UtOpIGe (2011-2015) avait pour objectif
de fournir les informations nécessaires à la mise en oeuvre d’une sélection génomique optimale dans ces deux espèces. Ce document se focalise sur les résultats obtenus sur le porc.

PDF icon fiche_bilan2015_058.pdf
2016

Le porc par les chiffres 2016-2017 + Porc Performances 2015 (édition 2016)

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Les chiffres clés les plus récents des élevages porcins dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel/régions...) et de la filière porcine en France :

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les résultats de gestion technique et économique (coût de revient, prix),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques.

Toutes les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous.

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande.

Edition IFIP, 44 pages, 16 X 24

+

Résultats 2015 des élevages de porcs utilisant les méthodes nationales de GTE et GTTT. 
Ces données proviennent de trois méthodes complémentaires :
GTTT : gestion technique des troupeaux de truies,
GTE : gestion technico-économique des ateliers porcins,
Tableau de bord : coût de revient, rentabilité et productivité du travail, revenu de l'éleveur, revenu du travail, marge d'autofinancement, rendement des immobilisations et des stocks...

Edition IFIP, 32 pages

35,00 €
2016

Statut sanitaire des reproducteurs et de la semence : enjeux et maîtrise

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Dossier santé animale : maîtrise sanitaire : des fondamentaux aux techniques de pointe

L’organisation génétique pyramidale nécessite une maîtrise sanitaire rigoureuse dans les CIA et dans les élevages de sélection et de multiplication. Malgré la diversité des opérateurs, les OSP et les CIA français ont toujours abordé de manière collective et concertée les enjeux sanitaires majeurs, accompagnés par l’Ifip et l’Agence de la sélection porcine.

2016

France Génétique Porc dévoile ses objectifs

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Sélection collective

Les objectifs de sélection des lignées maternelles et paternelles collectives ont été récemment réactualisés. Ont été introduit, côté femelles, : un indice synthétique "Qualités Maternelles" et côté mâles : deux caractères de qualité de viande.

2016

Exploring transcriptomic diversity in muscle revealed that cellular signaling pathways mainly differentiate five Western porcine breeds

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Background

Among transcriptomic studies, those comparing species or populations can increase our understanding of the impact of the evolutionary forces on the differentiation of populations. A particular situation is the one of short evolution time with breeds of a domesticated species that underwent strong selective pressures. In this study, the gene expression diversity across five pig breeds has been explored in muscle. Samples came from: 24 Duroc, 33 Landrace, 41 Large White dam line, 10 Large White sire line and 39 Piétrain. From these animals, 147 muscle samples obtained at slaughter were analyzed using the porcine Agilent 44 K v1 microarray.

Results

A total of 12,358 genes were identified as expressed in muscle after normalization and 1,703 genes were declared differential for at least one breed (FDR < 0.001). The functional analysis highlighted that gene expression diversity is mainly linked to cellular signaling pathways such as the PI3K (phosphoinositide 3-kinase) pathway. The PI3K pathway is known to be involved in the control of development of the skeletal muscle mass by affecting extracellular matrix - receptor interactions, regulation of actin cytoskeleton pathways and some metabolic functions. This study also highlighted 228 spots (171 unique genes) that differentiate the breeds from each other. A common subgroup of 15 genes selected by three statistical methods was able to differentiate Duroc, Large White and Piétrain breeds.

Conclusions

This study on transcriptomic differentiation across Western pig breeds highlighted a global picture: mainly signaling pathways were affected. This result is consistent with the selection objective of increasing muscle mass. These transcriptional changes may indicate selection pressure or simply breed differences which may be driven by human selection. Further work aiming at comparing genetic and transcriptomic diversities would further increase our understanding of the consequences of human impact on livestock species.

2015

Génétique : la sélection collective inaugure sa station de phénotypage

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France Génétique Porc, consortium regroupant les organismes de sélection porcine ADN, Gène+, Nucleus et l’Ifip, et l’Inra ont inauguré la station porcine de phénotypage située au Rheu. La volonté collective des opérateurs économiques et des instituts de recherche dote la filière porcine française d’un outil performant pour répondre aux enjeux de la sélection génomique.

PDF icon techporc_bidanel_n25_2015.pdf
2015

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