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Etude de la capacité immunitaire chez le porc Large White : recherche de marqueurs génétiques liés à l'expression des gènes dans le sang

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Poster.

FR

En élevage porcin, les schémas de sélection cherchent à produire des animaux plus robustes afin, notamment, de réduire l’usage des antibiotiques. Nous avons engagé des recherches qui visent à qualifier la compétence immunitaire des animaux et étudions l'architecture génétique de paramètres immuns dans des populations d'animaux cliniquement sains. Nous avons déjà montré que de nombreux paramètres immunitaires sont héritables (Flori et al. 2011) et que le transcriptome du sang est informatif pour quantifier certains d'entre eux (Mach et al. 2013). Notre objectif est maintenant d'identifier des marqueurs génétiques associés à la variation d'expression des gènes dans le sang.

ENG

Analysis of the immune capacity in Large White pigs: search for genetic markers linked to the variation of gene expression in the blood

Combining animal production performances and health traits is a main issue in livestock farming. Blood is emerging as a source of biological information linked to the health and physiological state of each individual. Furthermore, it is an interesting surrogate tissue for animal phenotyping because its sampling is almost non-invasive and reproducible. We have already shown that several immune parameters are heritable and that the blood transcriptome is informative to quantify some of them. In this study, our aim was to identify genetic markers associated with gene expression variations in the blood, based on an expression genome-wide association study (eGWAS) using 243 Large White pigs at 60 days of age. Each pig was genotyped with the Illumina iSelect 60K Chip and the blood transcriptome analysis was performed by using a custom gene expression 8X60K microarray (Agilent Technologies). 4,591 significant associations between one SNP and one probe were found, including 62% cis-associations (the associated SNP is in a window of 2Mb surrounding the probe). Among the 3,419 probes with at least one associated SNP (eQTL), 70% had a cis-eQTL and 89% could be assigned to a porcine gene. The eQTLs were found to be linked with the expression of one to 51 genes. The genomic regions surrounding the eQTLs correspond to candidate regions to further study the genetic architecture of immunity trait variations in pigs, and contribute to paving the way towards a qualification of the individual immune capacity for translational research in precision pig farming.

2016

Mise en place d'un programme de sélection assistée par marqueurs dans la population sino-européenne Duochan

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Poster. Présentation du dispositif de sélection assistée par marqueurs (SAM) mis en place par l’OSP ADN depuis 2001 pour la sélection de verrats grand parentaux croisés chinois et premier bilan après 5 années de fonctionnement du programme de SAM.
PDF icon Mise en place d'un programme de sélection assistée par marqueurs dans la population sino-européenne Duochan
2009

Diversité génétique des populations porcines françaises dans les régions chromosomiques soumises à la sélection : projet DIVQTL

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Le projet DIVQTL avait pour but d'analyser la diversité génétique de la quasi-totalité des populations porcines françaises présente au sein de 8 régions du génome contenant des QTL ou des gènes majeurs. Une première phase a été réalisée sur 1 000 animaux avec 10 marqueurs microsatellites, suivie d'une deuxième phase où une sélection de 300 individus représentatifs des différentes races a été analysée sur 27 microsatellites complémentaires ainsi qu'un premier jeu de 29 SNP.
2006

Analyse de la diversité de quelques races et lignées porcines françaises à l'aide de marqueurs génétiques dans le cadre d'un vaste projet européen

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Un échantillon de seize races (et lignées) porcines françaises a été étudié dans le cadre d’un projet européen de diversité génétique financé par l’Union Européenne et portant sur soixante-dix races, avec examen individuel à raison de cinquante individus par race environ. Les races françaises se répartissaient en cinq races locales, quatre variétés des grandes races Large White, Landrace et Piétrain, et enfin sept lignées commerciales de race pure ou synthétiques.
PDF icon Analyse de la diversité de quelques races et lignées porcines françaises à l'aide de marqueurs génétiques dans le cadre d'un vaste projet européen
2004