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Publication Annéetrier par ordre croissant

Yersinia enterocolitica et Yersinia pseudotuberculosis

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Carole Feurer et Laurent Guillier, chapitre 20, p. 507-522, in : Risques microbiologiques alimentaires. Coll. Sciences et techniques agroalimentaires. Lavoisier Tech & DOC. Coordonnateurs : NAÏTALI Murielle, GUILLIER Laurent, DUBOIS-BRISSONNET Florence. Ouvrage 848 p. ISBN : 9782743021061.

Le genre Yersinia a été propsé pour rendre hommage au bactériologiste Alexandre Yersin, qui isola le bacille de la peste en 1894, lors d'une épidémie à Hong Kong. Cette bactérie d'abord dénommée Pasteurella pestis fut renommée Yersinia pestis en 1974. Parmi les différentes espèces de Yersinia, trois sont pathogènes : Y. pestis, l'agent de la peste, Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis. Seules ces deux dernières espèces peuvent être responsables de la maladie alimentaire zoonotique appelée la yersiniose. Maladie considérée comme émergente dans les années 1980-1990 (Schofield, 1992), l'augmentation des infections ces cinquante dernières années s'explique notamment par le développement de la réfrigération par la conservation des aliments, la bactérie étant capable de se mutliplier à 4°C (voir chapitre 6) . La yersiniose est aujourd'hui une des maladies d'origine alimentaire les plus importantes en Europe (EFSA et ECDC, 2015).

Depuis une dizaine d'années, Y. enterocolitica et Y. pseudotuberculosis font l'objet d'un intérêt scientifique fort (Zadernowska et al., 2014). Ces deux espèces sont largement étudiées dans de nombreuses publications, aussi bien sur des aspects phénotypiques, biologiques qu'épidémiologiques. Ce chapitre donne un aperçu de ces différents points.

2017

Analyse métagénomique de la dynamique de l’écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée

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Arnaud Bozec et al., 16es Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, 21-22 novembre 2016, Paris, France, p. 15-16

Cette étude vise à étudier la possibilité de conservation de viande de porc biopréservée conditionnée sous vide pendant 12 semaines à -1.5°C. Le challenge de la biopréservation est de pouvoir doubler la limite de conservation actuelle qui est de 6 semaines (Bozec et al., 2005), grâce à la maîtrise des flores d’altération et au maintien de la qualité sanitaire des viandes. La comparaison des modalités expérimentales, avec l’utilisation de deux ferments par rapport à un essai témoin non biopréservé a permis de suivre l’évolution bactérienne par microbiologie classique et métagénomique tout au long de la conservation.

ENG

Metagenomic dynamic analysis of the bacterial ecosystem of biopreserved pork meat

The objective of this study was to evaluate the bacterial evolution of biopreserved pork meat, vacuum-packed and stored at a temperature of -1.5° C for 12 weeks. The use of metagenomic analysis allowed a new insight into the bacterial competition taking place. The comparison of control samples to biopreserved meat with two separate Pediococcus acidilactici and Lactobacillus sakei cultures showed three different scenarios. Pediococcus acidilactici survived well for a period of five weeks. Subsequently however, it was then supplanted by the bacterial flora naturally present in the product, which was, in this case, Lactobacillus sakei, C. divergens and Leuconostoc gelidum. Alternatively, the protective culture Lactobacillus sakei showed the ability to maintain the microbiological quality in the vacuum-packed meat at an acceptable level for 12 weeks.

PDF icon Bozec et al.,16es Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, 21-22 novembre 2016, Paris
2016

Analyse métagénomique de la dynamique de l’écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée

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Poster.

L’objectif de cette étude était d’évaluer la dynamique d’évolution de l’écosystème bactérien de la viande de porc biopréservée et emballée sous vide puis stockée à une température de -1,5 °C pendant 12 semaines. L’analyse métagénomique a été utilisée comme un outil de compréhension de l’évolution des flores.

PDF icon poster de Arnaud Bozec et al., 16es JSMTV, 21-22 novembre 2016, Paris, France
2016

Antimicrobial resistance, adhesion and biofilm formation ability of Salmonella strains isolated from the French pig and pork industry

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Salmonella remains the most frequently detected causative agent in the foodborne outbreaks reported in 2013 in European Union (22.5 % of total outbreaks) (EFSA, 2015). Pork and products thereof are commonly implicated in Salmonella outbreaks. Salmonella Derby and Salmonella Typhimurium are the two main prevalent serovars in the French pig and pork industry.

PDF icon Poster IFIP de Bastien Frémaux et al., I3S, 6-8 juin 2016, Saint Malo, France
2016

Evaluation of different analytical methods for detection of monophasic variants of S. Typhimurium during process and shelf-life of dried sausages

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Monophasic variants of Salmonella Typhimurium (4,12:i:- and 4,5,12:i:-) have been increasingly reported in France and in Europe in the past
few years. These variants had been identified in humans, animals and different foodstuffs, especially in pork products. During the
foodborne outbreaks involving these variants in 2010 and 2011, despite the absence of detection in food samples, the epidemiological and
food investigations suggested dried pork sausages as the source of the outbreak. The aims of this study was to evaluate the detection
capacity of various analytical methods for 2 monophasic variants of S. Typhimurium and 2 control strains (Salmonella Derby and
Salmonella Typhimurium) in dried sausages.

PDF icon Poster IFIP de Sabine Jeuge et al., I3S, 6-8 juin 2016, Saint Malo, France
2016

Development of a quantification method for Salmonella enumeration on pig carcasses

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Slaughterhouses are a key step to control Salmonella contamination on pork products (EFSA, 2010). However, knowledge about Salmonella contamination on pig carcasses is essentially qualitative. This project aims at developing a method to enumerate Salmonella on pig carcasses in order to lower the quantification threshold and to facilitate its use in laboratories and slaughterhouses. The end goal is to quantitatively assess the contamination by Salmonella on pig carcasses.

PDF icon Poster IFIP de Sabine Jeuge et al., I3S, 6-8 juin 2016, Saint Malo, France
2016

Propriétés d’adhésion et de résistance aux biocides et antibiotiques de souches de Salmonella

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Fiche n° 024 : maîtrise des qualités sanitaires des produits

Salmonella est la cause la plus fréquente d’épidémies d’origine alimentaire en Europe (28,6% de l’ensemble des épidémies alimentaires) (EFSA,
2014).
Avec la volaille, le porc constitue un réservoir majeur des salmonelles. En France, parmi les 2600 sérovars salmonelles, Typhimurium et Derby représentent, chaque année depuis 2005, entre 60% et 80% des salmonelles isolées en filière porcine.
L’implantation privilégiée de ces sérotypes dans la filière porcine n’est aujourd’hui pas expliquée.
Une étude antérieure menée par l’IFIP n’a pas permis de corréler la prévalence élevée de ces sérotypes avec un fort potentiel de croissance ou une
éventuelle résistance aux acides organiques, à une température critique (60°C) ou à des aw basses.
Cependant, d’autres mécanismes physiologiques, pourraient être à l’origine de leur persistance au sein de la filière.
Cette étude visait donc à caractériser un panel de souches salmonelles de sérovars Typhimurium (n = 15) et Derby (n = 15) issues de la filière porcine pour (1) leur mobilité, (2) leur capacité à adhérer sur deux types de matériaux retrouvés dans l’industrie de la viande, l’acier inoxydable (INOX) et un polymère, le polyéthylène haute densité (PEHD), (3) leur résistance vis-à-vis des antibiotiques et des principaux biocides utilisés dans les secteurs de l’abattage-découpe et de la transformation.

PDF icon fiche_bilan2015_024.pdf
2016

Détection des variants monophasiques de Salmonella Typhimurium dans le saucisson sec

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Fiche n° 022 : maîtrise des qualités sanitaires des produits

Salmonella enterica sérotype 4,12:i:- et Salmonella enterica sérotype 4,5,12:i:- sont des variants monophasiques du sérotype Typhimurium, dont l’émergence a été récemment observée en France et en Europe. En France, cette émergence a été observée à la fois à partir des données de surveillance des souches d’origine humaine et non humaine.
Les cas d’infection, pour lesquels ces sérotypes ont été mis en évidence, peuvent être liés à des sources alimentaires variées, mais des produits de charcuterie sèche tels que les saucissons secs ont été impliqués dans des épisodes de toxi-infections en 2010 et 2011.
Au cours de la toxi-infection de 2011, la souche incriminée n’a pas pu être isolée du produit de salaison suspecté malgré 43 échantillons étudiés.
Des chercheurs se sont interrogés sur la capacité des méthodes validées à détecter les variants monophasiques de Salmonella Typhimurium lorsque
ceux-ci sont soumis à un stress procédé d’étuvageséchage de salaison. C’est pour répondre à cette question que ce projet a été réalisé.

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2016

Application de la biopréservation à la qualité microbiologique de saucisses fraîches à teneur réduite en nitrite

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Fiche n° 023 : maîtrise des qualités sanitaires des produits

La commission européenne est actuellement en cours de réflexion pour diminuer les doses d’utilisation de nitrite dans certaines denrées alimentaires, dont les produits carnés transformés. Afin de préparer les artisans à ce changement réglementaire, le pôle d’innovations technologiques du Ceproc Evolution Pro souhaitait disposer de travaux leur permettant d’identifier les doses permissibles de nitrite n’entraînant pas de modification significative de la couleur et sans préjudice sur la qualité et la sécurité microbiologique de saucisses fraiches (chipolatas). Dans ce contexte réglementaire, l’objectif de ce projet consistait à tester différentes concentrations en nitrite afin de déterminer quelle réduction, couplée à l’utilisation d’une flore protectrice, permettait l’obtention d’un produit de qualité microbiologique et organoleptique acceptable. Dans un second temps, nous avons testé le comportement de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica pour une formulation biopréservée à teneur réduite en nitrite, sélectionnée en étape 1, qui garantissait le respect des critères microbiologiques et sensoriels.

PDF icon fiche_bilan2015_023.pdf
2016

Hygiène : réalisation d'essais de l'adhésion microbienne à la formation de biofilms

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Dans les industries agro-alimentaires, la biocontamination des surfaces peut entraîner des pertes de rentabilité importantes liées à l’encrassement des matériaux (augmentation de la consommation d’énergie, réduction de la productivité, dégradation du produit fini…).

Lorsqu’elle implique des germes pathogènes, cette biocontamination peut être à l’origine de problèmes de santé publique parfois sévères.
Conscient des enjeux socio-économiques et scientifiques que peuvent générer de tels phénomènes bioadhésifs, le RMT ACTIA CHLEAN s’est fixé plusieurs missions, parmi lesquelles l’amélioration des connaissances des phénomènes bioadhésifs pour proposer, aux industriels et aux filières du secteur agro-alimentaire, des solutions innovantes dans la maîtrise du risque sanitaire des produits et de l’hygiène des matériaux.
Dans ce contexte, il est apparu nécessaire de proposer des méthodes harmonisées pour étudier l’adhésion microbienne, première étape de la formation de biofilms, au travers de ce guide.
Ces méthodes et les recommandations qui y sont associées sont destinées à tout laboratoire qui souhaite mener des travaux nécessitant des surfaces contaminées (cellules adhérentes ou biofilm) pour, par exemple :
- évaluer l’efficacité d’agents nettoyants et désinfectants;
- étudier les biotransferts de la surface vers l’aliment;
- déterminer l’aptitude à l’adhésion de différents micro-organismes;
- optimiser des techniques de décrochement;
- comparer des techniques de contrôle de la qualité microbiologique des surfaces;
- améliorer la nettoyabilité de surfaces...

Guide pratique, édité par ACTIA

2015

Réseau Mixte Technologique Actia - QUALIMA

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Fiche n° 045 : maîtrise de l'hygiène des produits

Le réseau mixte technologique (RMT) est un outil de partenariat scientifique et technique, mis en place et soutenu par le Ministère chargé de l’Agroalimentaire, sous la coordination de l’Actia pour le secteur agro-alimentaire. Cet ensemble d’acteurs du développement et du transfert, de la recherche et de l’enseignement constitue un réseau unique d’expertise. Par la mise en commun des compétences, ainsi que des moyens techniques, le RMT contribue à apporter des réponses concrètes aux entreprises et aux pouvoirs publics.
Le RMT Qualima, débuté en janvier 2014 pour 5 années, fait suite au RMT Actia Durée de vie des aliments labellisé sur la période 2007-2013.
Il vise à proposer des méthodologies et des outils :
- de validation des mesures de maîtrise de la qualité et de la sécurité microbiologiques des aliments,
- de validation des procédés en tenant compte de leur impact sur la physiologie bactérienne,
- d’optimisation des plans de vérification et de surveillance.

PDF icon fiche_bilan2014_045.pdf
2015

Etude de l’impact du procédé d’abattage sur la contamination des carcasses par Yersinia enterocolitica

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Fiche n° 042 : maîtrise de l'hygiène des produits

Yersinia enterocolitica est une entérobactérie psychrotrophe régulièrement mise en cause dans les pathologies humaines digestives et extra-digestives d’origine alimentaire dans les pays tempérés et froids. En 2011, elle est identifiée comme le 4ème agent zoonotique dans l’Union Européenne, derrière Campylobacter, Salmonella et Escherichia coli (VTEC), avec un total de 7,017 cas confirmés (EFSA, 2013).
Le porc est considéré comme le principal réservoir pour héberger les biotypes pathogènes pour l’homme. L’infection a généralement comme
source l’ingestion de viande contaminée, mal cuite ou crue ou des produits de charcuterie.
Le caractère psychrotrophe de la bactérie peut lui permettre de se multiplier dans les conditions habituelles
de bonne maîtrise de la chaîne du froid.
Du fait de son tropisme principalement oro-pharyngé, Y. enterocolitica est fréquemment isolée dans la cavité buccale, au niveau des amygdales et de la langue même si les porcs ne développent pas de signes cliniques.
En France, en 2010-2011, la prévalence sur amygdales était estimée à 13.7% [10,1-17,3] au niveau individuel, et à 74,3% [65-84] à l’échelle des lots (élevage) (Fondrevez et al, 2011 ; 2014).
Les carcasses et les abats peuvent être contaminés durant le processus d’abattage, par des contaminations fécales durant l’éviscération et plus
généralement par les contaminations croisées via l’équipement, le personnel et l’environnement de l’abattoir (Frederiksson-Ahomaa et al., 2000, 2001; Nesbakken et al., 2003a).
Plusieurs études ont montré que les procédures d’inspection et certains types de présentation de carcasses augmentaient la fréquence de contamination des abats rouges et des carcasses.
L’objectif principal de cette étude était d’étudier l’impact du procédé d’abattage, et en particulier le retrait de la langue sur chaîne, sur la contamination externe en Y. enterocolitica des carcasses de porc. Cette étude a également permis d’obtenir des informations sur la fréquence de contamination des carcasses de porc par Y. enterocolitica en France.

PDF icon fiche_bilan2014_042.pdf
2015

Dynamique de la fleur naturelle de surface de saucissons secs selon différents modes de conservation

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Fiche n° 040 : maîtrise de l'hygiène des produits

L’export à l’international constitue une voie importante de valorisation des produits de salaison. Ceci implique une conservation des produits sur une longue durée qui peut altérer leur qualité si les conditions de transport sont inadaptées ou mal maîtrisées. Notamment, l’évolution de la fleur naturelle de surface des saucissons secs, du fait de son exposition, est intimement dépendante des conditions ambiantes de conservation.

Cette étude avait pour objectif de déterminer les conditions de conservation du saucisson sec les plus adaptées pour une conservation longue durée.
Pour cela, l’analyse de la flore fongique de surface de saucissons secs embossés sous chaudin a été réalisée selon 3 modes de conditionnement (emballage perforé, sous atmosphère protectrice 70% N₂ et 30% CO₂ et sous vide) et 2 températures d’incubation (4°C versus 17°C) sur une période de 55 jours. Sur cette même période, l’évolution de la flore lactique et un suivi du pH et de l’aw des saucissons secs ont également été effectués.

PDF icon fiche_bilan2014_040.pdf
2015

Origin and ecological selection of core and food-specific bacterial communities associated with meat and seafood spoilage

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The microbial spoilage of meat and seafood products with short shelf lives is responsible for a significant amount of food waste. Food spoilage is a very heterogeneous process, involving the growth of various, poorly characterized bacterial communities. In this study, we conducted 16S ribosomal RNA gene pyrosequencing on 160 samples of fresh and spoiled foods to comparatively explore the bacterial communities associated with four meat products and four seafood products that are among the most consumed food items in Europe. We show that fresh products are contaminated in part by a microbiota similar to that found on the skin and in the gut of animals. However, this animal-derived microbiota was less prevalent and less abundant than a core microbiota, psychrotrophic in nature, mainly originated from the environment (water reservoirs). We clearly show that this core community found on meat and seafood products is the main reservoir of spoilage bacteria. We also show that storage conditions exert strong selective pressure on the initial microbiota: alpha diversity in fresh samples was 189±58 operational taxonomic units (OTUs) but dropped to 27±12 OTUs in spoiled samples. The OTU assemblage associated with spoilage was shaped by low storage temperatures, packaging and the nutritional value of the food matrix itself. These factors presumably act in tandem without any hierarchical pattern. Most notably, we were also able to identify putative new clades of dominant, previously undescribed bacteria occurring on spoiled seafood, a finding that emphasizes the importance of using culture-independent methods when studying food microbiota.

2015

Optimising the self-life of pork chops with new gas compositions and reduced headspace

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The objective of this study was to evaluate the influence of several gases compositions and headspaces on pork chops packages. Three batches of fresh pork meat packed under Modified Atmosphere Packaging (MAP) were studied. The evolutions of the gas composition, pH during storage were monitored and the evolutions of the spoilage microflora were evaluated. A panel of consumers realized sensorial analyses.

The composition of gases followed the same evolution in the two headspaces. There are no statistical differences between headspace 1 (H1) and H2. The H1 allowed an equivalent conservation H2. Consumers prefer smaller trays (H1). The best purchase intent (78%) is obtained by containing the lowest oxygen content (40%). The growth of Enterobacteriacae and Brochothrix shows respectively a 1 log and 2 log reduction with increasing CO2 rate (60% vs 30%). Small headspace (H1) with both 50%-50% and 60%-40% O2/CO2 mixture induced an overall microbiological quality that is in agreement with the GHP recommendations, and allows a 4 days extension of the shelf life.

PDF icon bozec2014icomst.pdf
2014

Quantifier les Salmonelles : quelles performances pour les laboratoires ? : étude inter-laboratoires pour la quantification des salmonelles

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Dans le cadre du RMT Actia "Expertise pour la détermination de la durée de vie microbiologique des aliments", une étude inter-laboratoires pour la quantification des salmonelles a été menée. 
L'ENIL de Saint-Lô There et l'ENILBIO de Poligny sont également membres de ce RMT.
Ce projet a été piloté par Mariem ELLOUZE (E-mail : mariem.ellouze@ifip.asso.fr), ingénieur d'études en microbiologie et microbiologie prévisionnelle, de l'IFIP (Institut du porc).

2014

Prevalence of pathogenic Yersinia enterocolitica in slaughter-aged pigs during a one-year survey, 2010–2011, France

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The prevalence of pathogenic Yersinia enterocolitica in French slaughter-aged pigs was estimated by sampling 3120 pigs from 96 batches in 16 slaughterhouses from January 2010 to February 2011. Respectively, 36 batches (20 pigs/batch) and 60 batches (40 pigs/batch) were considered during the cold period and the warm period. Tonsils were swabbed before the chilling step. Pathogenic Y. enterocolitica was detected after enrichment in ITC and streaking on CIN and YeCM media. Typical isolates were confirmed as Y. enterocolitica and biotyped by biochemical tests as described in the ISO 10273:2003 method.

Of the tested pigs, 13.7% (CI95% [10.1–17.3]) were found positive for pathogenic Y. enterocolitica and 74.3% (CI95% [64.8–83.8]) of the pig batches contained at least one positive pig. The percentage of positive pigs per batch was generally low; 60.3% of positive batches contained fewer than 5 positive pigs. The prevalence of the pathogen at the batch level remained unchanged throughout this one-year study, but the prevalence in pigs was significantly higher during the warm period than during the cold period. Biotype 4 was the most prevalent biotype among the 827 isolated strains (91.9% of the isolates), followed by biotype 3 (7.25% of the isolates). Six isolates were of biotype 5 and one of biotype 2. Biotype 4 was found in all the 16 participating slaughterhouses, biotype 3 in ten slaughterhouses and biotype 5 in four.

This study provides valuable recent figures for the prevalence of pathogenic Y. enterocolitica in French pigs. It also highlights the seasonal aspect of the carriage of this pathogen by pigs, a pattern which differs from those in other countries.

2014

Development of a new anti microbial edible film for fresh meat products

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Food waste has become a major issue worldwide. According to FAO, about a third of the food for human consumption is wasted globally, representing around 1.3 billion tons a year. The food that costs the most because it is thrown away without being consumed is fresh meat. The development of an anti-microbial and edible film for this food would help reduce meat waste and will also be a good alternative to reduce packaging costs and cut the environmental impact.

PDF icon meatcoat_dicfs_vf_2013.pdf
2013

Applications de la biopréservation via des cultures microbiennes dans la filière des produits carnés (chapitre 4)

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Flores protectrices pour la conservation des aliments

Alternative innovante à l’utilisation de conservateurs dits « chimiques », la bioconservation ou biopréservation fait appel à des micro-organismes, appelés encore cultures protectrices, ou à leurs métabolites naturels. Comme toute autre méthode de conservation, elle permet de maîtriser la croissance de flores pathogènes ou d’altération, tout en préservant les qualités organoleptiques et nutritionnelles du produit. La fermentation est l’une des plus anciennes applications de la bioconservation. Aujourd’hui, la potentialité des cultures protectrices ne concerne plus seulement les produits fermentés mais devient prometteuse pour différentes denrées transformées ou fraîches.

Pourtant, en Europe, les applications industrielles restent limitées en raison de l’absence d’une définition claire du statut légal des flores protectrices, d’un manque de connaissances de l’impact sur l’évolution de l’écologie microbienne et des mécanismes impliqués, et de recul sur la réelle efficacité de ces flores.

Synthèse bibliographique consacrée à l’évaluation de flores protectrices pour améliorer la qualité microbiologique des aliments, cet ouvrage recense les espèces bactériennes et les mécanismes mis en jeu pour lutter contre les flores indésirables, principalement pathogènes. Les critères requis pour la sélection de flores protectrices efficaces ainsi que des exemples dans les principales filières alimentaires sont présentés.

Rédigé par un ensemble d’experts scientifiques (membres du réseau mixte technologique Florepro), cet ouvrage est destiné aux chercheurs, enseignants et professionnels des filières agroalimentaires.



ISBN : 978-2-7592-1920-9

160 pages

2013

Besoins et pratiques pour la quantification des salmonelles

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Le but de cette étude est de recenser les pratiques et besoins des laboratoires et des industriels pour la quantification des salmonelles et de mettre en place un cahier des charges pour une méthode de quantification des salmonelles.
PDF icon Besoins et pratiques pour la quantification des salmonelles
2013

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