La base documentaire de l'IFIP

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Microbiote intestinal chez le porc : paramètres génétiques de sa composition et liens avec des caractères immunitaires

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FR

L’objectif de cette étude est d’estimer les paramètres génétiques de la composition du microbiote intestinal chez le porc Large White et d’étudier les covariations entre cette composition et des paramètres immunitaires et de croissance. Dans le cadre du projet Sus-Flora, nous avons caractérisé la diversité du microbiote fécal pour 518 porcelets âgés de 60 jours, par séquençage d’une région variable du gène bactérien codant l’ARNr 16S. Nos premiers résultats ont mis en évidence une prédominance des genres bactériens Prevotella puis Oscillibacter, Dialister, Roseburia et Treponema. Des valeurs d’héritabilité comprises entre 0,13  0,08 et 0,55  0,16 ont été estimées pour l’abondance relative de 19 genres bactériens parmi les plus fréquents, démontrant ainsi une part génétique significative de la composition du microbiote intestinal chez le porc. Des corrélations génétiques positives et négatives sont identifiées entre abondances des taxons bactériens. Des covariations positives et négatives ont été trouvées entre des paramètres de formule sanguine (taux de monocytes, éosinophiles, plaquettes) et l’abondance des genres Prevotella, Roseburia, Dialister. Nous montrons également, pour un sous-groupe de 31 animaux, que la composition du microbiote intestinal se stabilise après 36 jours d’âge et que les animaux se séparent en deux groupes sur la base de la composition de leur microbiote intestinal, évoquant les entérotypes identifiés chez l’homme. Ces deux groupes, dominés par le genre Prevotella ou les Ruminococcaceae, sont retrouvés à 60 jours d’âge, avec la cohorte des 518 porcelets.

ENG

Pig gut microbiota: genetic parameters and links with immunity traits of the host

Our objectives were to estimate genetic parameters of the gut microbiota composition in French Large White pigs, and to uncover co-variations between the abundances of microbial communities and immunity or growth parameters of the host. In the framework of the Sus-Flora project, we characterized the diversity of the faecal microbiota of 518 60 day-old piglets by sequencing a variable region of the ribosomal 16S gene. Our first results have shown that the genera Prevotella, followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia or Treponema are dominant in the porcine faecal microbiota. Heritability values ranging from 0.13  0.08 to 0.55  0.16 were estimated for the relative abundance of 19 of the most common bacterial genera, highlighting the contribution of the host genome to the shaping of the gut microbial ecosystem. Regularized canonical correlations and sparse Partial Least Squares analyses highlighted both positive and negative correlations between immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. The establishment of microbial diversity in the gut was assessed by following a subset of 31 piglets at 14, 36, 48, 60 and 70 days of age. We showed that the gut microbiota composition was stabilized after 36 days of age. In addition, a stratification of the 31 piglets in two groups was observed after weaning, suggesting the existence of enterotypes as observed in humans. These two enterotype-like clusters were primarily distinguished by the levels of unclassified Ruminococcaceae and Prevotella, respectively. These two enterotype-like clusters were also found in the cohort of 518 60 day-old piglets.

2016

Enjeux et stratégies de la maîtrise du statut sanitaire des reproducteurs porcins et de la semence porcine en France

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FR

L’organisation génétique pyramidale nécessite une maîtrise sanitaire rigoureuse dans les centres de collecte de sperme (CIA) comme dans les élevages de sélection et de multiplication afin d’éviter la diffusion d’agents pathogènes. Malgré la diversité des opérateurs, les organismes de sélection porcine (OSP) et les CIA présents en France ont toujours su aborder de manière collective et concertée les enjeux sanitaires majeurs, en se regroupant au sein de l’Agence de la sélection porcine (ASP) ou de groupes techniques animés par l’Ifip.
Pour les maladies de catégorie I, la diffusion de reproducteurs et de semence est réglementée avec, pour certaines, des plans de surveillance sérologique. Par ailleurs, depuis les années 1990, l’Ifip, l’ASP, les OSP et les CIA se sont engagés dans une démarche volontaire de surveillance de pathogènes, en dehors du champ de la réglementation. Cette initiative a porté ses fruits, la France étant un des rares pays d'Europe dont l’ensemble des élevages de sélection et des CIA présente un statut SDRP négatif, et ce depuis 1997. L’aboutissement de ces actions a été la création, en 2014, d’une « démarche qualité sanitaire » (EQS) dans la filière génétique, regroupant l’ensemble des acteurs présents sur le territoire.
Cette synthèse aborde les enjeux de la maîtrise du statut sanitaire des reproducteurs et de la semence, les attentes en termes de statut sanitaire des reproducteurs, les maladies concernées, les moyens utilisés pour les contrôler et le fonctionnement du système de surveillance sanitaire français. Les mesures de biosécurité associées, les conditions de transport et d’accueil des reproducteurs dans les élevages de production sont également précisées.

ENG

The control of the health status of breeding pigs and boar semen in France: issues and strategies

The pyramid genetic organization requires rigorous sanitary control both in artificial insemination centers (AIC) and in selection and multiplication farms to avoid the spread of pathogens. In France, swine genetic and semen supply companies have always had a collective and concerted approach on the major health issues, being involved in technical groups led by Ifip and French Pig Breeding Agency (ASP).
Breeding pig and boar semen trading activities are regulated through a public policy for controlled contagious diseases, including in some cases serological monitoring plans. But further than the legal framework, Ifip, ASP, genetic companies and semen suppliers have been engaged since the 1990s in a voluntary approach of pathogen supervision. This initiative has been successful, as France is one of the few countries in Europe in which, since 1997, all pure breed farms and AIC have a PRRS negative status. The outcome of these actions was the creation, in 2014, of a health quality approach (EQS) for the genetics sector bringing together all the relevant actors in the country.
This overview deals with the issues of the health status control of breeding pigs and boar semen, the expectations on the health status of breeding pigs, the diseases concerned and the strategies implemented to control them and the French health monitoring scheme. The importance of linked biosecurity rules is also discussed, as are the transport and reception conditions of young gilts or boars in common production farms.

2016

Quelles sont les relations génétiques entre des caractères mesurés sur des animaux purs ou croisés issus de Piétrain ?

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Poster.

FR

La sélection des populations porcines françaises se fait en mesurant des animaux de race pure, en ferme ou en station de contrôle. Cependant, l’un des objectifs de la sélection est d’améliorer la performance des animaux croisés. L’estimation des corrélations génétiques entre ces performances permet d’évaluer l’efficacité de la sélection sur des caractères déjà sélectionnés ou potentiellement à sélectionner dans l’avenir pour améliorer la qualité des produits ou le bien-être des animaux.

ENG

What are the genetic relationships between traits measured either on purebred or crossbred Piétrain pigs ?

In pig breeding schemes, the traits of interest are measured in the grandparent or parent populations on purebred animals. However, the progress in these pure breeds should be expressed in the crossbred offspring. It is generally expected that the genetic relationships between traits measured on purebred and crossbred animals are high for growth traits and body composition. The purpose of the study was to estimate the genetic correlations between performances recorded in pure and crossed animals on a large number of traits related to production, quality, welfare and health, i.e. growth rate, carcass composition, meat quality including boar taint, sex hormones, blood parameters, bodily injury and leg weakness. About 1,600 animals were included in the study, either purebred Piétrain or crossbred Piétrain x Large White. For the majority of production traits such as growth and carcass composition, genetic correlations between purebred and crossbred were close to 1 (between 0.7 and 1, with a standard error between 0.05 and 0.20). Some traits had lower correlation parameters such as the number of leukocytes (rg = 0.5 ± 0.30) or the number of injuries at the beginning of fattening (rg = -0.14 ± 0.40).

2016

Un indicateur de veille concurrentielle internationale des filières porcines

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Poster.

FR

L’internationalisation du marché du porc, aussi bien au sein de l’UE qu’à l’échelle transcontinentale, ne cesse de s’accroître. Les échanges de produits du porc au sein de l’UE ont progressé de 50% entre 2003 et 2013, et les exportations de l’UE vers les pays tiers de 45%. Dans ce contexte de renforcement de la concurrence internationale, mais également d’ouverture de nouvelles opportunités à l’export, les opérateurs de la filière porcine française ont besoin de se situer par rapport aux concurrents et d’évaluer les facteurs d’écart de compétitivité. L’objectif est d’identifier les leviers à actionner pour renouer avec le dynamisme et la rentabilité de tous les maillons.
FranceAgriMer développe des observatoires de veille concurrentielle pour évaluer la compétitivité des filières agricoles françaises, et a confié à l’IFIP la réalisation de la veille sur les filières porcines. L’IFIP s’est appuyé sur son expérience de constitution, à l’intention d’INAPORC, d’un observatoire de la compétitivité des filières porcines européennes.

ENG

A synthetic indicator for the international competitive watch of pig supply chains

This article deals with a specific methodology to summarize international pig supply chain competitiveness in a single score. Nineteen countries among the most important for the international pork market are selected for the analysis, including nine European, five Eurasian and five American countries. Each of the nineteen countries is characterized by twenty-seven quantitative variables, which are organized into six themes: macroeconomic characteristics, control of natural factors, internal market, cost of livestock production, organization of the sector and markets portfolio for export. Each variable is scored on a specific scale (from 10 to 120 points). The sum of the scores of the 27 variables is the synthetic competitiveness indicator, out of 1 000 points.
The results highlight the performance of the major pork meat exporters. In 2013, the United States had the best score, followed by Germany and Denmark. These countries rely on competitive production, strong exports, large companies that operate internationally and a favorable macroeconomic environment. Other exporting countries (Canada, Chile, the Netherlands, Brazil and Spain) are also well positioned in the ranking (fourth to eighth, respectively).
France, ninth in the ranking, is affected by a downward trend in production and consumption. The farms are efficient but lack of investment threatens their sustainability. Exports are decreasing and not well valued, due to a relatively low level of processing.

2016

Accuracy of genomic selection to improve litter traits in the French Landrace pig population

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Poster.

• To assess gains in accuracy due to integration of genomic information in genomic evaluations of pigs,
• Focus on litter traits and on the French Landrace dam line.

PDF icon poster ifip de Alain Bouquet et al., 67th EAAP Meeting, 29/08-02/09/2016, Belfast, Irlande, Royaume-Uni, session 67, poster 23
2016

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal-cross model

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In crossbreeding schemes, within-line selection of purebreds is performed mainly to improve the performance of crossbred descendants under field conditions. The genetic correlation between purebred and crossbred performance is an important parameter to be assessed because purebred performance can be a poor predictor of the performance of crossbred offspring. With the availability of high-density markers, the feasibility of using crossbred information to evaluate purebred candidates can be reassessed. This study implements and applies a single-step terminal-cross model (GEN) to real data to estimate the genetic parameters of several production and quality traits in pigs.

2016

Metagenetic analysis of the bacterial fl ora dynamics of biopreserved pork meat

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Poster.

The objective of this study was to evaluate the dynamics of the bacterial fl ora of biopreserved and vacuum-packed pork meat stored at a temperature of -1.5° C for 12 weeks. The use of metagenetic analysis allowed a new insight into the bacterial competition taking place during storage.

PDF icon Poster IFIP de Arnaud Bozec et al., 62e ICOMST, 14-19 août 2016, Bangkok, Thaïlande
2016

Antimicrobial resistance, adhesion and biofilm formation ability of Salmonella strains isolated from the French pig and pork industry

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Salmonella remains the most frequently detected causative agent in the foodborne outbreaks reported in 2013 in European Union (22.5 % of total outbreaks) (EFSA, 2015). Pork and products thereof are commonly implicated in Salmonella outbreaks. Salmonella Derby and Salmonella Typhimurium are the two main prevalent serovars in the French pig and pork industry.

PDF icon Poster IFIP de Bastien Frémaux et al., I3S, 6-8 juin 2016, Saint Malo, France
2016

Conservation des ressources génétiques

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Fiche n° 069 : des actions de R&D pour répondre aux politiques publiques

L’IFIP contribue à la préservation des ressources génétiques des populations porcines, par l’encadrement qu’il apporte au programme de conservation
in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale). L’IFIP assure le suivi de la variabilité génétique intrarace et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP participe au fonctionnement du Ligéral (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le Ligéral est l’OSP agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

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2016

Développement de la sélection génomique

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Fiche n° 059 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins.
Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de réaliser un choix plus précis des reproducteurs à un âge relativement précoce. Plusieurs actions ont été engagées en 2015 en vue de définir le coût d’opportunité de la sélection génomique pour une utilisation en routine dans les lignées collectives.

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2016

Calcul des valeurs génétiques des populations porcines

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Fiche n° 057 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, 6 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 2 autonomes :
Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont évaluées et les Valeurs Génétiques sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination artificielle (CIA).

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2016

Animation technique auprès de l’Agence de Sélection Porcine

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Fiche n° 064 : animation de réseaux partenariaux

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références. En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

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2016

Utilisation des informations génomiques des animaux croisés pour la sélection

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Fiche n° 058 : réduction des coûts d'élevage

Dans les schémas de sélection porcin et avicole, des animaux de race pure sont sélectionnés dans un environnement de haut niveau sanitaire dans
l’objectif de produire des terminaux croisés élevés dans un milieu de production moins favorable. Le projet UtOpIGe (2011-2015) avait pour objectif
de fournir les informations nécessaires à la mise en oeuvre d’une sélection génomique optimale dans ces deux espèces. Ce document se focalise sur les résultats obtenus sur le porc.

PDF icon fiche_bilan2015_058.pdf
2016

Actualité sur l'élevage porcin - Juillet 2016

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Agenda

Rendez-vous aux matinales de l’IFIP au SPACE :

13/09 : Bien traitance des porcs du départ de l’élevage à l’abattage

14/09 : Export des produits porc

15/09 : Filière porcine espagnole

16/09 : Biosécurité en élevage

 

Guide Batisanté : des bâtiments d’élevage maîtrisés pour des porcs en bonne santé (Anne Hémonic et Yvonnick Rousselière)

Baroporc, le nouveau service en ligne de l’IFIP sur les cotations (Françoise Raynaud)

Les contrats commerciaux en filière porcine, quelles perspectives ? (Estelle Antoine)

Une méthode standardisée et officielle pour mesurer les usages d’antibiotiques en élevage (Anne Hémonic)

Un nouveau numéro des Cahiers de l’IFIP à paraître (Claude Montariol, responsable Communication)

Sélection génomique en routine dans le schéma de sélection Landrace Français (Alain Bouquet)

Appuis aux élevages de porc en zone tropicale (Stéphane Gouault)

International Conference on Agricultural Engineering au Danemark en 2016 (Nadine Guingand)

Focus sur 2 formations de l’IFIP pour optimiser la conduite de l’élevage de porcs (contacter Catherine Vereecke, assistante formation)

IFIP et Crédit Impôt Recherche (Pierre Frotin)

Le bilan d’activité 2015 de l’IFIP est disponible !

Les références de GTTT-GTE de l’année 2015 sont disponibles (Contact : g3tgte@ifip.asso.fr)

PDF icon newsletter_amont_juillet_2016.pdf
2016

La contractualisation dans la filière porcine

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Fiche n° 018 : caractéristiques des entreprises de la filière

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2016

Exploitation des données de l’Image Meater pour la sélection génétique

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Fiche n° 026 : classification des pièces et des carcasses

Depuis juin 2013, 18 abattoirs du Grand Ouest utilisent l’Image Meater en remplacement du Capteur Gras Maigre (CGM) pour le classement des
carcasses. L’Image Meater est une caméra vidéo associée à un analyseur d’images. Il permet de réaliser une série de 16 mesures au niveau de la jonction rein-jambon (épaisseurs de gras, de muscles et des longueurs). Quatre de ces valeurs (G3, G4, M3, M4) sont actuellement utilisées dans le calcul du Taux de Muscle des Pièces (TMP).
Le TMP utilisé dans les évaluations génétiques est défini à partir des pesées des différentes pièces composant la carcasse d’animaux élevés en station de phénotypage (TMP dit « station »). La réalisation de ces pesées à l’abattoir demande du temps et de la main d’oeuvre mais aboutit à l’obtention de données précises.
L’objectif est de déterminer si le TMP estimé par Uniporc Ouest ou les mesures élémentaires de l’Image Meater sont suffisamment précis et proches du TMP « station » pour être utilisés en remplacement de la découpe des pièces à l’abattoir ou pour apporter un complément aux mesures actuelles.

PDF icon fiche_bilan2015_027.pdf
2016

Actualité internationale : les faits marquants

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Fiche n° 009 : des données exploitées pour l'aide à la décision

En raison des échanges croisés dans l’UE ou des exportations vers les pays tiers qui rencontrent celles des autres exportateurs, la filière porcine française est confrontée au monde. La « veille économique internationale » de l’IFIP s’efforce donc de détecter les évènements et les tendances les plus marquants pour les rapporter aux opérateurs français et leur permettre de fonder leurs choix (organisation, stratégies, commercialisation, investissements) et d’anticiper les changements.
L’IFIP entretient des bases de données et documentaires sur :
- les prix, la production, les échanges et la consommation de porc,
- les réglementations
- les structures de production et les entreprises
- les questions de société
- l’économie générale
L’expertise est aussi nourrie par des un réseau de contacts, actualisé en permanence.

PDF icon fiche_bilan2015_009.pdf
2016

Les emplois directs et indirects liés à l’élevage porcin en France

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Fiche n° 014 : caractéristiques des entreprises de la filière

Les crises récentes intervenues dans le secteur agro-alimentaire mettent en évidence son importance pour l’activité économique et l’emploi.
D’un point de vue plus général, la production de biens agricoles sur le territoire français génère une activité économique et des emplois qui seraient
perdus si cette production venait à baisser et être remplacée par l’importation.
La quantification des emplois liés à l’élevage, mais aussi à l’ensemble des filières animales, permet d’objectiver l’importance du secteur pour l’économie nationale et celle des territoires ruraux.
L’IFIP a collaboré à une étude, coordonnée par le GIS Elevages Demain, qui a dénombré les emplois directs et indirects liés aux élevages français.

PDF icon fiche_bilan2015_014.pdf
2016

La compétitivité du porc américain dans la perspective d'un accord de libre-échange transatlantique

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Fiche n° 017 : caractéristiques des entreprises de la filière

Dans le contexte des négociations entre l’Union européenne et les Etats-Unis en vue d’un accord de libre-échange transatlantique (dénommé TAFTA
ou TTIP), l’IFIP l’Institut de l’Elevage et l’Itavi (partenariat au sein du RMT « Economie des filières animales ») ont réalisé une étude approfondie des filières animales américaines. Comment les filières animales évoluent-elles, de l’alimentation animale à l’aval, en passant par l’élevage ?
Quelles sont leurs disponibilités à l’exportation et leur compétitivité ?
La négociation commerciale a repris de la vigueur à l’été 2015 avec le vote par le Congrès des Etats-Unis du TPA (Trade Promotion Authority) qui donne à l’Administration le pouvoir de négocier en détail. Cette décision a déjà permis d’achever la négociation du TPP (Trans-Pacific Partnership).
Quel serait l’impact d’une libéralisation des échanges sur la filière porcine européenne ? Quels seraient les produits américains les plus à même d’atteindre l’UE et surtout, à quel prix ?

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2016

Statut sanitaire des reproducteurs et de la semence : enjeux et maîtrise

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Dossier santé animale : maîtrise sanitaire : des fondamentaux aux techniques de pointe

L’organisation génétique pyramidale nécessite une maîtrise sanitaire rigoureuse dans les CIA et dans les élevages de sélection et de multiplication. Malgré la diversité des opérateurs, les OSP et les CIA français ont toujours abordé de manière collective et concertée les enjeux sanitaires majeurs, accompagnés par l’Ifip et l’Agence de la sélection porcine.

2016

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