La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Mesurer rapidement et efficacement les lipides intramusculaires

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Les lipides intramusculaires contribuent à la qualité organoleptique de la viande de porc.
De nouvelles méthodes de mesure du taux de lipides dans la viande sont en développement.
Elles permettront de prédire la qualité des longes à des cadences de mesure compatibles avec les besoins du phénotypage haut débit.

2016

France Génétique Porc dévoile ses objectifs

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Sélection collective

Les objectifs de sélection des lignées maternelles et paternelles collectives ont été récemment réactualisés. Ont été introduit, côté femelles, : un indice synthétique "Qualités Maternelles" et côté mâles : deux caractères de qualité de viande.

2016

Exploring transcriptomic diversity in muscle revealed that cellular signaling pathways mainly differentiate five Western porcine breeds

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Background

Among transcriptomic studies, those comparing species or populations can increase our understanding of the impact of the evolutionary forces on the differentiation of populations. A particular situation is the one of short evolution time with breeds of a domesticated species that underwent strong selective pressures. In this study, the gene expression diversity across five pig breeds has been explored in muscle. Samples came from: 24 Duroc, 33 Landrace, 41 Large White dam line, 10 Large White sire line and 39 Piétrain. From these animals, 147 muscle samples obtained at slaughter were analyzed using the porcine Agilent 44 K v1 microarray.

Results

A total of 12,358 genes were identified as expressed in muscle after normalization and 1,703 genes were declared differential for at least one breed (FDR < 0.001). The functional analysis highlighted that gene expression diversity is mainly linked to cellular signaling pathways such as the PI3K (phosphoinositide 3-kinase) pathway. The PI3K pathway is known to be involved in the control of development of the skeletal muscle mass by affecting extracellular matrix - receptor interactions, regulation of actin cytoskeleton pathways and some metabolic functions. This study also highlighted 228 spots (171 unique genes) that differentiate the breeds from each other. A common subgroup of 15 genes selected by three statistical methods was able to differentiate Duroc, Large White and Piétrain breeds.

Conclusions

This study on transcriptomic differentiation across Western pig breeds highlighted a global picture: mainly signaling pathways were affected. This result is consistent with the selection objective of increasing muscle mass. These transcriptional changes may indicate selection pressure or simply breed differences which may be driven by human selection. Further work aiming at comparing genetic and transcriptomic diversities would further increase our understanding of the consequences of human impact on livestock species.

2015

Créer de la valeur en porc : l'Ifip planchera le 8 décembre

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2015

Génétique : la sélection collective inaugure sa station de phénotypage

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France Génétique Porc, consortium regroupant les organismes de sélection porcine ADN, Gène+, Nucleus et l’Ifip, et l’Inra ont inauguré la station porcine de phénotypage située au Rheu. La volonté collective des opérateurs économiques et des instituts de recherche dote la filière porcine française d’un outil performant pour répondre aux enjeux de la sélection génomique.

PDF icon techporc_bidanel_n25_2015.pdf
2015

Les objectifs de sélection : un processus collectif

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Les résultats du travail de sélection :
- Elevages de sélection : Gain génétique sur les caractères sélectionnés
- Elevages de production : Gain économique sur les caractères d’intérêt
La sélection génétique est source de progrès pour les caractères d’intérêt pour la filière !
-> Nécessité de dialoguer entre tous les acteurs de la filière pour exprimer les besoins et objectiver les critères de mesures
-> Processus d’amélioration continue demandant une vision à long terme...

PDF icon intervention de Sandrine Schwob Space 2015
2015

Sélection génomique : un nouvel outil pour la sélection collective

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Méthode de sélection prometteuse
- Sélection plus précise des candidats dans les meilleures portées
- Principalement sur les critères de reproduction pour les lignées maternelles
- Ouvre des perspectives pour l’amélioration d’autres critères
-> Plus grande efficacité de la sélection
Utilisation de l’outil à optimiser en raison de son coût
- Stratégies de génotypages des candidats
- Des opportunités liées à la baisse du prix de génotypage
Mise en place de l’évaluation génomique Landrace fin 2015

PDF icon Intervention de Alban Bouquet Space 2015
2015

Actualité sur l'élevage porcin - Septembre 2015

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Actualités de l'Ifip

Les Matinales de l'Ifip au Space du 15 au 18 septembre

Agenda : L'Ifip expose le Porc dans tous ses états à Paris, le 8 décembre 2015. Quel thème ? Produits du porc : créer plus de valeur ! Entrée gratuite sur  inscription, contact : ifip@ifip.asso.fr

L'Ifip et Asserva inventent le système d'alimentation des porcs de demain (Nathalie Quiniou et Michel Marcon)

La sélection collective a inauguré sa station de phénotypage (Joël Bidanel)

Débats de société sur l'élevage dans 4 pays de l'UE : recensement et analyse. Le projet "Accept"* (Christine Roguet) ---- *Accept : pour acceptabilité des élevages par la société, lauréat de l'appel à projet 2014 du CASDAR

Le consoommateur serait-il disposé à payer plus pour un porc non castré à vif ? (Patrick Chevillon)

L'Europe du Nord toujours en pointe sur le dossier du bien-être (Valérie Courboulay)

Etats des lieux de la petite méthanisation avec cogénération (< 80 kWe) en France (Pascal Levasseur)

DEP : mesures de protection mises en oeuvre par les OSP mises à jour (Joël Bidanel et Isabelle Corrégé)

Le secteur porcin en Chine : restructurations et perspectives (Jan-Peter Van Ferneij)

L'IFIP à l'ESPHM, le congrès européen dédié à la santé porcine à Nantes en 2015 (Anne Hémonic)

Contrôles bien-être en élevage : une version actualisée du vade-mecum (Valérie Courboulay)

Semences porcines bientôt sans antibiotiques ? (Sylviane Boulot)

Avec le Vivea, les formations pour les éleveurs de porcs prises en charge à 100% (Françoise Dufour)

Vient de paraître

- Le porc par les chiffres, édition 2015

- Porc par les chiffres + Porc performances 2014

- Abonnez-vous aux Cahiers de l'Ifip !

- Bilan d'activité 2014

PDF icon newsletter_amont_sept_2015.pdf
2015

Panorama du commerce international du porc : commerce mondial 2014

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L’année 2014 a été marquée par l’absence de la Russie, à partir de février pour les exportateurs européens et à partir d’août pour l’Amérique du Nord. Seul le Brésil a augmenté ses exportations vers la Russie mais au détriment des expéditions vers l’Ukraine. La crise sanitaire nord-américaine de DEP (diarrhée épidémique porcine), a conduit à une baisse des exportations, à cause du recul des disponibilités et d’une perte de compétitivité due au prix national très élevé.
L’UE a profité de cette situation pour augmenter ses exportations vers les pays asiatiques, Japon, Corée et les Philippines surtout. L’offre de viande de porc dans ces y pays était moins soutenue, en raison de problèmes sanitaires. Les importations chinoises totales étaient en léger recul (-3%), mais les expéditions de l’UE, tous produits confondus, ont progressé de 6%. Hong Kong reste une plateforme de commerce de viande, dont les destinations autres que la Chine se sont développées en 2014.

PDF icon Panorama du commerce international du porc : commerce mondial 2014
2015

Production porcine dans l'UE : chiffres clés (septembre 2015) - EU pig production: key figures (September 2015)

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Production porcine dans l’UE : chiffres clés
EU pig production: key figures

Présentation générale - General information

Union européenne : cheptel porcin en 2014 - European Union: 2014 pig herd

Bilans d'approvisionnement porcin en 2014 - Pig supply balance, 2014
Autoapprovisionnement - Self-sufficiency
Consommation par habitant - Per capita consumption

Commerce intra-communautaire (UE à 28) de viandes, produits et sous-produits de porc en 2014 - EU 28 (intra EU trade), pork meat, products and by-products in 2014
Exportations de viandes, produits et sous-produits de porc des pays de l’UE vers les pays tiers en 2014 - EU 28 exports (extra EU trade), pork meat, products and by-products in 2014

PDF icon Production porcine dans l'UE : chiffres clés (septembre 2015) - EU pig production: key figures (September 2015)
2015

Genome-wide association studies in purebred and crossbred entire male pigs

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A total of 654 purebred Piétrain entire male pigs and 716 crossbred Piétrain × Large White entire male pigs issued from about 70 Piétrain sires were tested in a French test station for production traits (feed intake, feed efficiency, growth rate, carcass composition and meat quality). All were genotyped with the 60K Porcine SNPchip. Genome wide association studies were run using linear mixed models with a genomic kinship matrix to account for relatedness between individuals, and the fixed effect of each SNP was tested separately. In a first step, separate analyses of the two populations showed suggestive results (P<0.0001) for almost all traits in the two populations. For production traits, eight 1-Mb regions affected multiple correlated traits in the purebred pigs, and only one in the crossbred pigs. Only two regions with P<0.0001 were detected in common in purebred and crossbred individuals after correction for the halothane mutation, on SSC1 and SSC2. Breed differences in linkage disequilibrium between markers and causal variants, or different gene effects due to the purebred vs crossbred polygenic background could explain these discrepancies. Genotypes were phased and chromosome breed origins were identified in all progeny. Analyses were thus run to estimate within breed allelic effects in the crossbred population, and combining the two populations. After accounting for differences in allele frequencies in the two populations, only few SNP estimates showed significantly different allelic effects depending on the genetic background. If confirmed in a larger design, this suggests that genes affecting production traits act similarly in purebred and crossbred commercial pigs, as suggested by high genetic correlations between purebred and crossbred pigs for these traits.

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2015

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

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This study presents a single-step terminal-cross model (GEN) to estimate genetic parameters of growth rate and pH of longissimus dorsi in pigs. The model is compared in terms of parameter estimates and breeding value accuracies with a pedigree-based terminal-cross model (PED) and 2 univariate single-step models (GEN_UNI) for purebred (PB) and crossbred (CB) performance. Ninety Piétrain sires were mated with 306 Piétrain and 306 Large White dams leading a total of 654 PB and 716 CB male piglets. Sires and PB offspring were genotyped using the 60K SNP chip. PB and CB performances were jointly analyzed as 2 traits. The PB animals were accounted for through an animal model, whereas the additive genetic effect of a CB individual was decomposed into its sire and dam allelic contribution effects plus a Mendelian sampling confounded with the residual. Genetic correlation between the PB and the sire contribution for CB performance was estimated. The inverse of a matrix combining both genomic and pedigree relationship matrices was used in the mixed model equations for the Piétrain line as in a single-step procedure. The PED model was of the same form as GEN but accounted only for pedigree information. The GEN_UNI models contained same effects as the GEN model for either the PB or CB performance. (Co)variance components were estimated by Gibbs sampling. Genetic correlations [HPD95%] between PB and CB traits obtained with the GEN model were close to unity: 0.84 [0.45, 1.00] and 0.97 [0.83, 1.00] for growth rate and pH, respectively, suggesting that PB line selection is already successful to improve CB performance. Genotyped animals obtained higher breeding value accuracies with the GEN model than with the PED and GEN_UNI models. Accounting for PB and CB information together with genomic information improves the precision of the genetic evaluation in breeding programs based on crossbreeding.

PDF icon tusell et al., 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 aout-4 septembre 2015, abstract
2015

La sélection collective inaugure sa station de phénotypage

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France Génétique Porc, consortium regroupant les organismes de sélection porcine (OSP) ADN, GENE+, NUCLEUS et l’IFIP, et l’INRA ont inauguré la station porcine de phénotypage située au Rheu. La volonté collective des opérateurs économiques et des instituts de recherche dote la filière porcine française d’un outil performant pour répondre aux enjeux de la sélection génomique.

PDF icon le plan de la station porcine de phénotypage du rheu -Inra/ifip, PDF icon dossier de vite de la station porcine de phénotypage du Rheu (ifip/inra)
2015

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Fiche n° 060 : progrès génétiques

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers
techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture.
Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP.
La Direction Générale des Politiques Agricole, Agro-alimentaire et des Territoires (DGPAAT) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.
En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

PDF icon fiche_bilan2014_060.pdf
2015

Suivi et animation des schémas de sélection

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Fiche n° 058 : progrès génétiques

La gestion d’un schéma de sélection suppose une prise de décisions au quotidien. Ces décisions peuvent être de nature stratégique : pour définir un objectif de sélection, raisonner un investissement, etc…, ou opérationnelle pour le choix des reproducteurs et la réalisation des accouplements par exemple.
Il est donc important de fournir aux entreprises de sélection des outils pour faciliter et fiabiliser les prises de décision.
De tels outils sont actuellement développés par l’IFIP pour optimiser le progrès génétique réalisé dans les schémas des lignées porcines inscrites aux livres généalogiques porcins collectifs (LGPC).
Les outils mis en place en 2013-2014 ont permis de définir de nouveaux objectifs de sélection pour les lignées porcines des LGPC et de réaliser un suivi fin de l’efficacité des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2014_058.pdf
2015

Mise en place de la sélection génomique

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Fiche n° 056 : progrès génétiques

La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins.
Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de réaliser un choix plus précis des reproducteurs à un âge relativement précoce. Les gains de précision sont particulièrement importants pour les critères dont les quantités d’information sont limitées au moment de la sélection : critères de reproduction, de qualité des carcasses et de la viande, de longévité, etc.
En outre, la sélection génomique ouvre de nouvelles perspectives pour intégrer de façon appropriée les performances issues d’individus croisés
pour la sélection des reproducteurs des lignées de race pure.

PDF icon fiche_bilan2014_056.pdf
2015

Encadrement des stations publiques de contrôle des performances

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Fiche n° 059 : progrès génétiques

Les stations publiques de contrôle des performances ont pour but d’obtenir des références publiques objectives sur les divers types génétiques tout en garantissant la qualité des protocoles mis en oeuvre et la fiabilité de la collecte des données.
L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, a été missionné par le Ministère chargé de l’Agriculture pour assurer leur encadrement technique.
Les 2 stations, celle d’Agesporc Génétique (Mauron- 56) et l’Unité Expérimentale Testage Porcs INRA Le Rheu (35), constituent un outil de collecte de données dont les résultats concernent l’ensemble de la filière.
Les informations recueillies sont complémentaires au contrôle en ferme sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. Les stations sont également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures.
Les stations publiques sont ouvertes à tous les acteurs de la sélection porcine française.
En 2014, elles ont été utilisées pour 2 finalités :
- Contrôle sur des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références ; la station de Mauron est dédiée en totalité à ce protocole, ainsi qu’une partie de la station du Rheu ;
- la fin du projet de recherche UtOpIGe à l’UETP INRA Le Rheu. Il s’agissait de finaliser une population de validation composée d’animaux de type charcutier issus de croisements de truies commerciales (de type Large White x Landrace ou sino-européennes) et de verrats de type Piétrain apparentés à ceux des deux premières phases. Pour rappel, l’objectif de ce projet est de pouvoir estimer à partir des 2 populations de références, les valeurs génomiques des animaux ; la population de validation permettra alors de comparer les valeurs génomiques des verrats pères ainsi estimées aux performances phénotypiques obtenues par leurs descendants.
Des mesures complémentaires ont été ajoutées au protocole classique : notation des griffures et des aplombs, dosages chimiques (testostérone, androsténone et scatole) et scan complet d’une demi-carcasse.

PDF icon fiche_bilan2014_059.pdf
2015

Programmes de recherche en biologie moléculaire et en génomique

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Fiche n° 057 : progrès génétiques

La sélection des animaux s’appuie de plus en plus sur des données moléculaires et de génomique.
C’est pourquoi l’IFIP anime l’association BIOPORC dont l’objectif est de conduire des programmes de recherche en génomique répondant aux attentes des organisations de sélection porcine (OSP).
Les OSP ADN, CHOICE GENETICS FRANCE, GENE+ et NUCLEUS et l’IFIP sont membres de BIOPORC.
L’action est prioritairement conduite auprès des OSP, mais les thématiques abordées dans ces programmes répondent à des préoccupations sociétales et des éleveurs (odeur de mâle entier, sensibilité au sevrage …), et des attentes de l’aval de la filière (qualité des viandes).

PDF icon fiche_bilan2014_057.pdf
2015

Evaluations génétiques des populations porcines

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Fiche n° 055 : progrès génétiques

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique en mesurant les performances des animaux sur ces caractères.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques estiment la valeur génétique des candidats à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, les valeurs génétiques des animaux de 8 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 4 autonomes : Duroc Gène+, lignée sino-européenne de Gène+ Taï-Zumu, Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont calculées et transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP) et centres d’insémination artificielle (CIA).

PDF icon fiche_bilan2014_055.pdf
2015

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Fiche n° 024 : contribution aux politiques publiques

L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) par un suivi de la variabilité génétique intra-race et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien technique pour le fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs).
Le LIGERAL est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2014_024.pdf
2015

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