La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Fiche n° 060 : progrès génétiques

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers
techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture.
Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP.
La Direction Générale des Politiques Agricole, Agro-alimentaire et des Territoires (DGPAAT) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.
En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

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2015

Suivi et animation des schémas de sélection

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Fiche n° 058 : progrès génétiques

La gestion d’un schéma de sélection suppose une prise de décisions au quotidien. Ces décisions peuvent être de nature stratégique : pour définir un objectif de sélection, raisonner un investissement, etc…, ou opérationnelle pour le choix des reproducteurs et la réalisation des accouplements par exemple.
Il est donc important de fournir aux entreprises de sélection des outils pour faciliter et fiabiliser les prises de décision.
De tels outils sont actuellement développés par l’IFIP pour optimiser le progrès génétique réalisé dans les schémas des lignées porcines inscrites aux livres généalogiques porcins collectifs (LGPC).
Les outils mis en place en 2013-2014 ont permis de définir de nouveaux objectifs de sélection pour les lignées porcines des LGPC et de réaliser un suivi fin de l’efficacité des schémas de sélection.

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2015

Mise en place de la sélection génomique

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Fiche n° 056 : progrès génétiques

La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins.
Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de réaliser un choix plus précis des reproducteurs à un âge relativement précoce. Les gains de précision sont particulièrement importants pour les critères dont les quantités d’information sont limitées au moment de la sélection : critères de reproduction, de qualité des carcasses et de la viande, de longévité, etc.
En outre, la sélection génomique ouvre de nouvelles perspectives pour intégrer de façon appropriée les performances issues d’individus croisés
pour la sélection des reproducteurs des lignées de race pure.

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2015

Evaluations génétiques des populations porcines

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Fiche n° 055 : progrès génétiques

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique en mesurant les performances des animaux sur ces caractères.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques estiment la valeur génétique des candidats à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, les valeurs génétiques des animaux de 8 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 4 autonomes : Duroc Gène+, lignée sino-européenne de Gène+ Taï-Zumu, Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont calculées et transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP) et centres d’insémination artificielle (CIA).

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2015

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Fiche n° 024 : contribution aux politiques publiques

L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) par un suivi de la variabilité génétique intra-race et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien technique pour le fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs).
Le LIGERAL est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

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2015

Nouvelle station collective de phénotypage FG Porc-Inra : un site dédié à la génomique

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Outil central pour l'obtention de populations de référence dans le cadre de programmes d'amélioration génétique, la station collective FG Porc sera inaugurée fin juin. Présentation et enjeux.

2015

Relations génétiques entre caractères relatifs au développement sexuel, à l’odeur de la viande, à l’état inflammatoire et à l’agressivité chez le porc mâle entier

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Poster.

Les acteurs européens de la filière porcine se sont engagés à arrêter la castration chirurgicale des porcelets mâles d’ici 2018. La castration des mâles est réalisée pour éviter les défauts d’odeur (odeur de verrat) dans la viande. Elle permet également de limiter les problèmes d’agressivité, sources possibles de malêtre et de dégradation des carcasses (lésions). Des liens bidirectionnels ont été mis en évidence entre les hormones sexuelles et l’agressivité (Giersing et al., 2000; Soma et al., 2008), ainsi qu’entre les hormones sexuelles et l’inflammation (Merlot et al., 2013). La sélection génétique est envisagée pour diminuer l’odeur de verrat mais avant de l’appliquer, il est prudent d’évaluer les conséquences sur d’autres caractères comme les fonctions testiculaire et immunitaire, et l’agressivité. L’objectif de cette étude est donc d’estimer les relations génétiques entre les hormones sexuelles, l’odeur de verrat, l’inflammation et les lésions sur la carcasse, indicateurs de l’agressivité.

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2015

Relation entre la production spermatique et le risque d’odeur de mâle entier des descendants de race pure ou croisés

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L’étude porte sur 100 verrats issus de trois variétés de Piétrain codifiées V1 à V3 (74 verrats V1, 10 V2 et 16 V3). Pour chaque verrat, les données de 90 prélèvements de semence réalisés en CIA et des dosages de composés odorants sur en moyenne 15,4 descendants sont disponibles. Les descendants, la moitié de race pure, l’autre moitié de type Piétrain x Large‐White, ont été élevés à l’INRA UETP (Le Rheu) jusqu’à 110 kg. Les risques d’odeur de mâle entier sont  évalués par dosage d’androsténone et de scatol dans le gras prélevé à l’abattoir. Les données de production spermatique sont corrigées pour les effets du site de production, de l’âge et de la fréquence des prélèvements pour estimer une production spermatique moyenne par verrat et par éjaculat. Les risques d’odeur de mâle entier sont globalement faibles dans la population étudiée. Toutes variétés de Piétrain confondues, les verrats avec les plus fortes productions spermatiques ont une proportion plus faible de descendants sans risque d’odeur par rapport aux verrats à faible production spermatique. La production spermatique des pères des descendants à forte teneur en androsténone est en moyenne plus élevée que celle des pères des descendants à faible teneur. Les différences sont plus marquées avec les descendants croisés qu’avec les descendants de race pure. Les conclusions sont similaires avec les pères V1 seuls mais les écarts sont plus faibles et moins significatifs qu’avec le dispositif complet. Les écarts ne sont globalement pas significatifs avec les pères V2 et V3 seuls qui présentent des effectifs plus faibles.

Relationship between sperm production and boar taint risk of purebred or crossbred entire offspring

This study focuses on 100 boars from three Pietrain varieties: 74 V1, 10 V2 and 16 V3. On average, data on 90 ejaculates collected von AI centers and boar taint measurement on 15.4 offspring are available. Offspring, half purebred and half Pietrain x Large‐White type were reared at INRA UETP (Le Rheu, France) up to 110 kg. Boar taint risk is assessed by androstenone and skatole measurements in fat taken at the slaughterhouse. Sperm production data are corrected for the production site, the age and the collection frequency to estimate an average sperm production count per boar and ejaculate. Boar taint odor risk showed to be low on average in the tested population. Considering the three Pietrain varieties altogether, boars with the highest sperm production have a lower proportion of offspring without risk of odor compared to boars with low sperm production. The sperm production of the fathers of pigs with high androstenone content in fat is on average higher than that of the fathers of low androstenone content offspring. Differences are more pronounced on crossbred offspring than on purebred ones. The conclusions are similar with V1 fathers alone but differences are smaller and less significant than with the complete experimental design. The differences are generally not significant with V2 and V3 varieties alone which are in lower numbers.

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2015

Relations génétiques entre caractères relatifs au développement sexuel, à l’odeur de la viande, à l’état inflammatoire et à l’agressivité chez le porc mâle entier

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Poster.

Les acteurs européens de la filière porcine se sont engagés à arrêter la castration chirurgicale des porcelets mâles d’ici 2018. La castration des mâles est réalisée pour éviter les défauts d’odeur (odeur de verrat) dans la viande. Elle permet également de limiter les problèmes d’agressivité, sources possibles de mal‐être et de dégradation des carcasses (lésions). Des liens bidirectionnels ont été mis en évidence entre les hormones sexuelles et l’agressivité (Giersing et al., 2000; Soma et al., 2008), ainsi qu’entre les hormones sexuelles et l’inflammation (Merlot et al., 2013). La sélection génétique est envisagée pour diminuer l’odeur de verrat mais avant de l’appliquer, il est prudent d’évaluer les conséquences sur d’autres caractères comme les fonctions testiculaire et immunitaire, et l’agressivité. L’objectif de cette étude est donc d’estimer les relations génétiques entre les hormones sexuelles, l’odeur de verrat, l’inflammation et les lésions sur la carcasse, indicateurs de l’agressivité.

Genetic relationships between measures of sexual development, boar taint, health and aggressiveness in pigs

Breeding intact boars is a promising alternative to the surgical castration of piglets. Genetic selection should make it possible to solve problems due to boar taint and aggressiveness. About 1600 Pietrain type (purebred) or Pietrain x Large White type (crossbred) boars were raised in a testing station. Blood samples were collected for measuring two sex hormones (testosterone, estradiol), and indicators of the inflammatory status (C‐reactive protein: CRP, Pig Major Acute‐Phase Protein: pigMAP, blood formula). Animals were slaughtered nine days later, measured for boar taint compounds (androstenone, skatole) and skin lesions on carcass, an indicator of aggressiveness. For both genetic types, heritability was moderate for sex hormones (from 0.17 to 0.29) and skatole (purebred: 0.24, crossbred: 0.37), and high for androstenone (0.63 and 0.70). Genetic correlations between sex hormones and boar taint compounds were moderate to high (from 0.31 to 0.95). Heritability was moderate for CRP (0.24 and 0.46) and very low for pigMAP (0.06 and 0.05). Numbers of leucocytes had moderate to high heritabilities according to the genetic type (0.21 and 0.52). Heritability of skin lesions was moderate for both genetic types (0.31). Genetic correlations were negative between sex hormones and inflammatory measures (from ‐0.46 to ‐0.05), positive between testosterone and number of lesions (0.43 and 0.53), and low between androstenone and lesions (‐0.06 and ‐0.17). Therefore, it would be possible to select boars on their concentration in plasma sex hormones to decrease boar taint and aggressiveness, without important consequences on the inflammatory system.

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2015

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

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2015

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

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2015

Actualité sur l'élevage porcin - Avril 2015

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Actualité de l'Ifip

Agenda 2015 : 

  • Journées Portes ouvertes : 26 juin 2015 de 14h30 à 17h
  • Prenez date : Prochaine JRP : 2 et 3 février 2016

Conjoncture porcine : danger sur l'approvisionnement national pour la consommation et la transformation en charcuteries (Michel Rieu)

La formation des futurs salariés de l'élevage : un enjeu pour le développement de' la production porcine (Stéphane Gouault)

Accréditation CFCV* de l'IFIP (Françoise Dufour)

* Crédits de Formation Continue Vétérinaire

Un outil innovant pour la détection précoce des pathologies à partir des consommations individuelles d'eau des porcs (Yvonnick Rousselière)

Des turbulences dans la déclaration des émissions polluantes 2014 (Nadine Guingand)

Quels niveaux d'acides aminés et de protéines dans les aliments pour mâles entiers (Nathalie Quiniou)

Impact de l'ergot des céréales sur les performances de croissance des porcs (Nathalie Quiniou)

Intérêt de la présentation de l'aliment sous forme de miettes pour les porcs mâles non castés (Nathalie Quiniou)

Flash sur la concurrence : hausse de la production et baisse des prix dans l'UE (Estelle Antoine)

Conférence de presse : conjoncture porcine : danger sur l'approvisionnement national pour la consommation et la transformation en charcuteries (Michel Rieu)

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2015

Nouveaux objectifs de sélection des lignées femelles

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Les objectifs de sélection des lignées collectives Large-White femelle et Landrace ont été récemment réactualisés par France Génétique Porc. Ils répondent aux objectifs fixés par les éleveurs et la filière et intègrent de nouveaux caractères de qualités maternelles.

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2015

L’Ecusson Noir, un exemple de mise en place d’une filière en race locale

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De type Ibérique, le porc Cul Noir Limousin est originaire de l’ouest du Massif Central et connu depuis le 16ème siècle. Désormais, il est élevé en région Limousin et sur deux départements limitrophes : la Dordogne et la Charente. Un collectif se construit actuellement pour mettre en place une filière de commercialisation.

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2014

Races locales : la progression des effectifs est conditionnée par la valorisation

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Les six races locales porcines françaises, regroupées dans le programme de conservation au début des années 1980, sont aujourd’hui reconnues en tant que races à part entière.
Certaines d’entre elles se sont engagées dans des démarches d’Appellation d’Origine Protégée leur permettant de mettre en avant un savoir faire lié au territoire.

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2014

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

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Poster.

In a terminal cross, individuals from purebred parental lines are selected to produce crossbred individuals. Up to now, the inclusion of crossbred information for selecting parental lines has not led to a clear advantage compared to within line selection. Can this scenario change with the use of genomic information?

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2014
tous les essentiels à avoir sous la main

Catalogue des éditions Ifip 2015

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Les éditions de l’Ifip-Institut du porc : des incontournables pour tous les métiers de la filière porcine

  1. L’expertise pour la compétitivité et durabilité de l’élevage de porcs
  2. Des documents de référence pour les métiers de l’abattage, découpe et transformation des viandes

Bon de commande à renvoyer ou à faxer à IFIP-Editions, 5 rue Lespagnol, 75020 PARIS - ifip@ifip.asso.fr - Fax : 01 58 39 35 69

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2014

Les Cahiers de l’IFIP, Revue R&D de la filière porcine française

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En 2014, l’IFIP lance la revue technique : « Les Cahiers de l’IFIP »

PDF icon Les Cahiers de l'Ifip 2014 (version française), PDF icon Les Cahiers de l'Ifip 2014 (in English), PDF icon bulletin d'abonnement pour 1 an à compléter
2014
le porc dans tous ses états

Journée d'échanges de l'Ifip "le porc dans tous ses états"

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L’IFIP EXPOSE LE PORC le 9 décembre 2014 de 9h30 à 16h35 à Paris (Espace du Centenaire-Maison de la RATP, Paris 12)
Venez participer à une journée d’échanges autour des activités de l’Ifip …

Entrée gratuite sur inscription
Formulaire d’inscription en ligne : http://www.ifip.asso.fr/fr/journee_echanges_ifip
Répondre avant le 28 novembre 2014 à IFIP-Institut du porc - 5 rue Lespagnol - 75020 Paris
Contact : juliette.baron@ifip.asso.fr - tél : 01 58 39 39 50 - Fax : 01 58 39 35 69
 

 

PDF icon Programme de la journée d'échanges Ifip du 9 décembre 2014
2014

Phenotypic and genetic relationships between growth and feed intake curves and feed efficiency and amino acid requirements in the growing pig

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Improvement of feed efficiency in pigs has been achieved essentially by increasing lean growth rate, which resulted in lower feed intake (FI). The objective was to evaluate the impact of strategies for improving feed efficiency on the dynamics of FI and growth in growing pigs to revisit nutrient recommendations and strategies for feed efficiency improvement. In 2010, three BWs, at 35 ± 2, 63 ± 9 and 107 ± 7 kg, and daily FI during this period were recorded in three French test stations on 379 Large White and 327 French Landrace from maternal pig populations and 215 Large White from a sire population. Individual growth and FI model parameters were obtained with the InraPorc® software and individual nutrient requirements were computed. The model parameters were explored according to feed efficiency as measured by residual feed intake (RFI) or feed conversion ratio (FCR).

Animals were separated in groups of better feed efficiency (RFI− or FCR− ), medium feed efficiency and poor feed efficiency.

Second, genetic relationships between feed efficiency and model parameters were estimated. Despite similar average daily gains (ADG) during the test for all RFI groups, RFI− pigs had a lower initial growth rate and a higher final growth rate compared with other pigs. The same initial growth rate was found for all FCR groups, but FCR− pigs had significantly higher final growth rates than other pigs, resulting in significantly different ADG. Dynamic of FI also differed between RFI or FCR groups. The calculated digestible lysine requirements, expressed in g/MJ net energy (NE), showed the same trends for RFI or FCR groups: the average requirements for the 25% most efficient animals were 13% higher than that of the 25% least efficient animals during the whole test, reaching 0.90 to 0.95 g/MJ NE at the beginning of the test, which is slightly greater than usual feed recommendations for growing pigs. Model parameters were moderately heritable (0.30 ± 0.13 to 0.56 ± 0.13), except for the precocity of growth (0.06 ± 0.08). The parameter representing the quantity of feed at 50 kg BW showed a relatively high genetic correlation with RFI (0.49 ± 0.14), and average protein deposition between 35 and 110 kg had the highest correlation with FCR (−0.76 ± 0.08).

Thus, growth and FI dynamics may be envisaged as breeding tools to improve feed efficiency. Furthermore, improvement of feed efficiency should be envisaged jointly with new feeding strategies.

2014

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