La base documentaire de l'IFIP

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A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

Le métabolome, un moyen pour trouver de nouveaux biomarqueurs ? Des profils métabolomiques pour faire de la prédiction de phénotypes chez le porc en croissance

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Cette étude visait à quantifier le pouvoir prédictif du métabolome sur des phénotypes de production dans la filière porcine. Des données métabolomiques ont été obtenues par Résonance Magnétique Nucléaire à partir d’une prise de sang réalisée pendant la période de croissance de l’animal. Selon le type de phénotype considéré, un spectre métabolomique peut être envisagé comme une source de biomarqueurs intéressants.
Ainsi, le taux de muscle des pièces de la carcasse a pu être correctement prédit à partir des mesures prises sur des prélèvements réalisés à environ 60 kg.

ENG

Metabolomics, a way to find new biomarkers?

This study was aimed at quantifying the predictive power of metabolomic data on production phenotypes in the pig. Metabolomic data
were obtained by Nuclear Magnetic Resonance from one blood sample during the growing period of the animals. Depending on the phenotype, a metabolomic spectrum can be envisioned as a source of suitable biomarkers. In particular, the lean meat percentage was correctly predicted from samples taken at around 60 kg.

2014

L’information économique : à l’appui de la filière porcine

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Voici la nouvelle présentation de Baromètre Porc, avec une couverture plus complète de la filière et des liaisons directes aux données chiffrées sur le nouveau site de l’IFIP.

PDF icon 2014bpn438-rieu.pdf
2014

Mémento de l'éleveur de porc (nouvelle édition 2013)

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130,00 €
2013

La filière porcine française : la compétitivité remise en cause

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visuel d'intervention

PDF icon 2013rieu-rmt-efa.pdf
2013

Vers une sélection d’animaux encore plus efficaces

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La Consommation Moyenne Journalière Résiduelle, ou CMJR, est un nouveau critère permettant d'identifier des animaux plus économes en aliment. Du point de vue économique, l'Indice de Consommation reste le critère de sélection le plus avantageux.

PDF icon techporc_bouquet_n14_2013.pdf
2013

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Organisation, objectifs et performances de la sélection génétique

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Visuels présentés lors de la Journée technique IFIP du 14/11/2013 "Compétitivité du porc français" à Rennes

PDF icon bidanel_journeecompetitivite.pdf
2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 54 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 54

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 59 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 59

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 66 : Piétrain Profil des femelles

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FICHE N° 66

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 57 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 57

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 64 : DUROC (Gène+) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 64

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 55 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 55

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 60 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 60

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 67 : Duroc (ADN) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 67

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 53 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 53

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 58 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 58

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 65 : Large White (Lignée mâle) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 65

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 56 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 56

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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