La base documentaire de l'IFIP

La base documentaire de l'IFIP : des centaines de documents à télécharger ou bien à commander.

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Surveillance des maladies non réglementées : la génétique française franchit une nouvelle étape

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Depuis une vingtaine d’années, les Organismes de la Sélection Porcine et les Centres d’Insémination Artificielle surveillent les maladies non réglementées d’importance majeure, comme le SDRP ou la pleuropneumonie. Sous l’égide de l’Ifip-Institut du porc et de l’Agence de Sélection Porcine, ils ont décidé de standardiser les protocoles de contrôle et de les fédérer dans une charte d’engagement volontaire, la charte EQS.

PDF icon techporc_correge_n17_2014.pdf
2014

Conservation des races locales

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Fiche n° 82 : Contribution aux politiques publiques

L’IFIP contribue au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) notamment en veillant à la variabilité génétique intra-race et en limitant l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien à l’animation et au fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le LIGERAL a reçu l’agrément du Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des six races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2013_82.pdf
2014

Mesures de protection vis-à-vis de la diarrhée épidémique porcine (DEP) mises en oeuvre par les OSP

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La Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) sévit actuellement aux Etats-Unis, au Canada et dans certains pays d’Amérique du Sud et d’Asie. Ce nouveau type de virus DEP n’est actuellement pas présent en France ni en Europe.
Les Organismes de Sélection Porcine (OSP) adhérents à l’ASP conscients du possible risque d’introduction sur notre territoire de ce nouveau type de coronavirus lors de l’importation de reproducteurs ou de semence provenant de pays touchés se sont engagées sur un certain nombre de mesures appropriées de protection.

PDF icon depmars_2015.pdf
2014

Transport d’animaux vivants : mesures de biosécurité destinées à limiter la propagation de la diarrhée épidémique porcine, DEP

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Les données issues de l’épidémie de DEP aux Etats-Unis et au Canada ont montré que le transport des animaux vivants est une des principales voies de transmission de la maladie entre élevages.

De plus, la gestion rigoureuse des transports au Canada, et tout particulièrement au Québec semble avoir permis de limiter de manière efficace la transmission de la maladie.
Ce document décrit les mesures de biosécurité conseillées pour le transport des animaux vivants afin de limiter la propagation de la DEP en cas d’apparition en France.

PDF icon dep_transport.pdf
2014
La race cul noir du Limousin

Les races porcines locales françaises (à petits effectifs et en conservation)

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Des fiches pour mieux connaitre les races locales porcines française, à petits effectifs et en conservation.

PDF icon cliquez ici pour télécharger les fiches
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

PDF icon jrp2014-genetique-schwob-poster.pdf
2014

Polymorphismes du gène RN : effets sur la qualité de la viande

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Poster. Estimer l’effet d’haplotypes du gène RN sur la qualité de la viande dans des populations françaises.

PDF icon jrp2014-genetique-mercat-poster.pdf
2014

Connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives Françaises

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Poster. La finalité première de l’évaluation génétique est le choix des reproducteurs sur leur potentiel génétique. Cependant, la comparaison des valeurs génétiques des animaux d’élevages différents n’est fiable que si les connexions génétiques sont suffisantes. L’objectif de l’étude est de mesurer le degré de connexion existant entre les élevages de sélection des populations porcines collectives françaises.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-poster.pdf
2014

Estimation de l'effet de polymorphismes dans le gène RN sur la qualité de la viande

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Poster.

La mutation RN‐ (R200Q) du gène RN (PRKAG3) est connue pour ses effets majeurs sur la qualité de la viande : augmentation du potentiel glycolytique, abaissement du pH ultime de la viande, associés à une baisse de rendement technologique (Milan et al., 2000). D’autres polymorphismes du gène RN sont connus, parmi lesquels ceux décrits par Ciobanu et al. (2001), dont les effets sont plus faibles que RN‐.

L’objectif de cette étude est d’estimer, dans des populations françaises, l’effet d’haplotypes du gène RN, définis avec ces autres polymorphismes, sur la qualité de la viande.

PDF icon Poster de Marie José Mercat et al.
2014

Evaluation de la connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives françaises

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Poster. 

Le BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) est la méthode statistique de référence utilisée pour l’évaluation génétique des reproducteurs. Il utilise de façon optimale l’information phénotypique et généalogique pour estimer les valeurs génétiques des reproducteurs et les effets d’environnement.

Toutefois, la comparaison des valeurs génétiques entre élevages n’est possible que si les individus contrôlés dans des troupeaux différents sont suffisamment apparentés.

En effet, les individus apparentés établissent des connexions entre élevages qui améliorent l’estimation des effets génétiques et environnementaux. Il est donc important de mesurer la connexion génétique entre élevages.

Différents critères de connexion entre élevages ont été proposés dans la littérature (Laloë et al., 1996).

Développé par l’INRA et l’Institut de l’Elevage, le CACO (critère d’admission au rang des troupeaux connectés) est utilisé depuis 2002 dans les populations françaises de bovins allaitants (Fouilloux et al., 2008).

Dans cette étude, la méthode CACO a été appliquée pour évaluer la connexion existant entre les élevages inclus dans les évaluations génétiques des caractères de production des quatre populations porcines collectives françaises : les lignées Large White femelle (LWF) et mâle (LWM), Landrace (LRF) et Piétrain (PPC).

PDF icon Poster de Alban Bouquet
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Conséquences d’une sélection sur l’homogénéité du poids des porcelets à la naissance sur la productivité numérique des truies Large White et Landrace Français

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L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt d’intégrer des critères d’homogénéité du poids des porcelets à la naissance dans les objectifs de sélection des lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR) Français pour améliorer la productivité numérique des truies au sevrage. Les paramètres génétiques de six caractéristiques pondérales de la portée ont été estimés à partir des pesées individuelles à la naissance de porcelets issus respectivement de 9925 et 4010 portées de race pure LW et LR. Les variables analysées sont l’écart‐type (ETPN), le coefficient de variation (CVPN) et l’amplitude des poids de naissance intra‐portée, le poids moyen de la portée (PMN), le poids du porcelet le plus lourd (MAX) et le taux de petits porcelets dans la portée. Cette analyse a été complétée par l’étude de quatre variables de productivité numérique des truies à la naissance et au sevrage : le nombre de porcelets nés vivants (NVIV), sevrés de et sevrés par la truie, ainsi que le taux de porcelets sevrés par la truie. Des héritabilités faibles ont été estimées pour les caractères de productivité numérique (≤ 0,10) et de variabilité pondérale (≤ 0,17). Des héritabilités plus élevées ont été estimées pour PMN et MAX (0,32 à 0,37). La modélisation du schéma de sélection de ces populations avec le logiciel ZPlan+ a permis d’évaluer les réponses attendues pour une sélection selon un indice qui intègre NVIV et ETPN ou CVPN. Dans les deux cas, sélectionner sur ETPN et CVPN conduit à homogénéiser le poids des porcelets. Toutefois, le choix du critère de variabilité pondérale influence notablement les réponses observées sur les autres caractéristiques de la portée.

Sélectionner sur ETPN permet d’accroître le progrès génétique sur la prolificité mais réduit le poids moyen des porcelets.

Sélectionner sur CVPN permet de stabiliser le poids des porcelets mais au prix d’un progrès génétique plus faible sur la prolificité.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-1.pdf
2014

A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

Le métabolome, un moyen pour trouver de nouveaux biomarqueurs ? Des profils métabolomiques pour faire de la prédiction de phénotypes chez le porc en croissance

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Cette étude visait à quantifier le pouvoir prédictif du métabolome sur des phénotypes de production dans la filière porcine. Des données métabolomiques ont été obtenues par Résonance Magnétique Nucléaire à partir d’une prise de sang réalisée pendant la période de croissance de l’animal. Selon le type de phénotype considéré, un spectre métabolomique peut être envisagé comme une source de biomarqueurs intéressants.
Ainsi, le taux de muscle des pièces de la carcasse a pu être correctement prédit à partir des mesures prises sur des prélèvements réalisés à environ 60 kg.

ENG

Metabolomics, a way to find new biomarkers?

This study was aimed at quantifying the predictive power of metabolomic data on production phenotypes in the pig. Metabolomic data
were obtained by Nuclear Magnetic Resonance from one blood sample during the growing period of the animals. Depending on the phenotype, a metabolomic spectrum can be envisioned as a source of suitable biomarkers. In particular, the lean meat percentage was correctly predicted from samples taken at around 60 kg.

2014

L’information économique : à l’appui de la filière porcine

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Voici la nouvelle présentation de Baromètre Porc, avec une couverture plus complète de la filière et des liaisons directes aux données chiffrées sur le nouveau site de l’IFIP.

PDF icon 2014bpn438-rieu.pdf
2014

Mémento de l'éleveur de porc (nouvelle édition 2013)

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130,00 €
2013

La filière porcine française : la compétitivité remise en cause

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visuel d'intervention

PDF icon 2013rieu-rmt-efa.pdf
2013

Vers une sélection d’animaux encore plus efficaces

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La Consommation Moyenne Journalière Résiduelle, ou CMJR, est un nouveau critère permettant d'identifier des animaux plus économes en aliment. Du point de vue économique, l'Indice de Consommation reste le critère de sélection le plus avantageux.

PDF icon techporc_bouquet_n14_2013.pdf
2013

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Organisation, objectifs et performances de la sélection génétique

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Visuels présentés lors de la Journée technique IFIP du 14/11/2013 "Compétitivité du porc français" à Rennes

PDF icon bidanel_journeecompetitivite.pdf
2013

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