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Une base de données de typage partagée pour la surveillance de Listeria monocytogenes / A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data

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Les Cahiers de l'IFIP, 3(1), 53-58 - La revue R&D de la filière porcine française

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes faibles immunitairement et plus rarement des personnes en bonne santé. L’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée. De ce fait, la surveillance génétique des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle.
Dans le cadre de l’Unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Ifip et l’Anses ont travaillé depuis 4 ans à l’harmonisation de leurs protocoles de typage PFGE. Le besoin d’échanger leurs données de typage a abouti à la création d’une base de données nationale de typage partagée. L’objectif de cette base est de mettre en commun les données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux instituts. A terme, elle sera partagée entre quatre instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Elle contient actuellement 1200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permettra une surveillance accrue des souches circulant dans la filière porcine.

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2016

Une base de données moléculaires partagée au service de la surveillance de Listeria monocytogenes dans la chaîne alimentaire en France

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Benjamin Félix et al., Bulletin Epidémiologique Santé Animale - Alimentation (FRA), numéro spécial : sécurité sanitaire des aliments, janvier 2017, n° 77, p. 82-87

 Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. De ce fait, la surveillance des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle. Un dispositif efficace de surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire nécessite la centralisation de données de qualité et la production d’informations utiles et accessibles. L’Anses, au titre de ses mandats de Laboratoire de référence national (LNR) et de l’Union européenne (LRUE) pour Lm, fournit un appui scientifique et technique en amont de cette collecte de données. Elle assure notamment l’harmonisation des méthodes de typage des souches isolées de la chaîne alimentaire, l’organisation de formations et d’essai inter-laboratoires d’aptitude pour les laboratoires des réseaux français et européen. En France, dans le cadre de l’unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Anses et l’Institut du Porc (Ifip) ont travaillé depuis quatre ans au développement d’une base de données nationale pour la centralisation et le partage des données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux organismes. A terme, elle sera partagée avec quatre autres instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Cette base de données est interconnectée avec le système de base de données européen mis en place par le LRUE et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et permet la remontée au niveau européen des données collectées au niveau national. La base de l’UMT Armada contient actuellement 1 200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permet une surveillance plus fine des souches circulant en France dans les différentes filières alimentaires.

ENG

A shared molecular database for the surveillance of Listeria monocytogenes in the food chain in France

Listeria monocytogenes (Lm) is a ubiquitous bacterium responsible for a rare but serious infection: listeriosis. Transmitted through the consumption of contaminated food, listeriosis is fatal in 20% to 30% of cases. It mainly affects people with a weakened immune system. Therefore, the surveillance of strains isolated from the food chain and the environment is essential. An effective food chain surveillance system requires the centralisation of high-quality data and the production of useful and accessible information. ANSES, under its mandates as National Reference Laboratory (NRL) and European Union Reference Laboratory (EURL) for Lm, provides scientific and technical support prior to this data collection. In particular, it harmonises typing methods for strains isolated from the food chain, and organises training and inter-laboratory proficiency tests for laboratories in the French and European networks. In France, as part of the ARMADA Joint Technological Unit (UMT), ANSES and the French Pork and Pig Institute (IFIP) have been working for four years on the development of a national database for the centralisation and sharing of epidemiological and genetic data on the strains held by the two organisations. Over time, it will be shared with four other French technical institutes and the ANSES laboratories involved in Lm surveillance. This database is interconnected with the European database system developed by the EURL and the European Food Safety Authority, which makes it possible to report data collected nationwide at European level. The database of the ARMADA UMT currently contains 1,200 strains typed by PFGE, sharing 256 combined ApaI/AscI profiles. This tool is enhancing the surveillance of strains circulating in the various food sectors in France.

2017

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, par Marie-José Mercat et al., poster

Poster. 

Peu de races locales porcines ont des programmes de sélection. En plus des généalogies déjà disponibles, mettre en place de tels programmes exige des phénotypes pour définir des objectifs de sélection puis estimer les valeurs génétiques des animaux. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes et de mieux caractériser les races, viandes et produits.

An online phenotype database: a prerequisite for breeding programs in local pig breeds

Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated with a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages: English, Croatian, French, German and Slovenian languages are already available, and other languages can be easily included. Stakeholders of all the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. Data can be hosted in a common database or in duplicate partner-specific databases. Once enough data have been recorded, genetic parameters (heritabilities, genetic correlations between traits) can be estimated and selection objectives defined for each local breed.

PDF icon 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, poster
2019

Une base des données de facteurs d’émission selon l’itinéraire technique : Elfe

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Nadine Guingand, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 91

Les éleveurs de porcs de plus de 2 000 places de porcs de plus de 30 kg ou 750 emplacements de truies doivent annuellement déclarer leurs émissions d’ammoniac, de protoxyde d’azote, de méthane et de particules sur le site GEREP de l’administration française. (https:// www.declarationpollution.developpement- durable.gouv.fr/gerep). Ces mêmes élevages doivent aussi (au titre du BREF Elevages révisé, publié en février 2017) justifier du respect de niveaux maximaux d’émission d’ammoniac par leurs bâtiments. Pour ce faire, l’utilisation de facteurs d’émission par catégorie animale et par itinéraire technique est proposée par le BREF Elevages.

Afin d’améliorer les connaissances relatives aux émissions et de contribuer à réduire la contribution de l’élevage (70% des émissions d’ammoniac d’origine agricole), un Consortium regroupant des acteurs de la recherche (Inra, Irstea) et du développement (Ifip, Itavi, Idèle, CRAB, Terres Inovia, Arvalis, Citepa) s’est constitué pour mutualiser les références relatives aux émissions des ateliers porcs, volailles et herbivores.

L’objectif du projet ELFE (ELevages et Facteurs d’Emission) est (1) de créer pour les porcs, les bovins et les volailles une base de données des facteurs d’émissions gazeuses (NH3, N2O, CH4, CO2, NOx, COV) d’odeurs et de particules par les bâtiments, unités de stockage, traitement des effluents, épandage et pâturage ; (2) d’analyser ces données pour établir des facteurs moyens d’émission par itinéraire technique ; et (3) de diffuser ces acquis auprès d’un large public (scientifiques, instances décisionnelles, acteurs de l’appui technique, éleveurs, enseignement. Le projet ELFE est en lien direct avec le RMT Elevage et Environnement (axe thématique : émissions gazeuses).

PDF icon Nadine Guingand, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 91, fiche n° 51
2018

Une distribution de précision à sec en maternité

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Yvonnick Rousselière, Réussir Porc-Tech Porc (FRA), 2019, n° 266, février-mars, p. 41

Pour connaître précisément les quantités d’aliment distribuées aux truies et répondre à des besoins expérimentaux, l’Ifip et Asserva ont conçu un dispositif de distribution qui ne mélange pas l’eau et l’aliment.

PDF icon Yvonnick Rousselière, Réussir Porc-Tech Porc (FRA), 2019, n° 266, février-mars, p. 41
2019

Une étude auprès de 2000 Français révèle de multiples attentes sur l’élevage

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Elsa Delanoue, Anne-Charlotte Dockès et Alizée Choutteau, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 8-10

Un sondage en partenariat avec l’Ifop réalisé en juin 2016 auprès d’un échantillon représentatif de la population française permet de quantifier les attentes des citoyens vis-à-vis de l’élevage. La moitié d’entre eux souhaitent une amélioration progressive des pratiques d’élevage avec un intérêt particulier pour le bien-être animal et l’accès au plein air.

PDF icon Elsa Delanoue, Anne-Charlotte Dockès et Alizée Choutteau, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 8-10
2017

Une étude internationale sur l'importance de l'androsténone et du skatole pour l'odeur de verrat : I. Présentation du programme et mesures des composés de l'odeur de verrat par des procédés analytiques différents.<br /><br /><br />An international study on the importance of androstenone and skatole for boar taint : I. Presentation of the programme and measurement of boar taint compounds with different analytical procedures.

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An international study, involving 11 participants in 7 European countries, was conducted to provide scientific evidence for an objective measurement of boar taint in entire male pigs and its possible variation between countries. The specific objectives were to determine the respective contributions of androstenone and skatole to boar taint and their possible variations according to production systems and consumer populations. Over 4000 entire male pigs and 200 gilts were raised and slaughtered in 6 countries.
2000

Une évaluation de l’efficience protéique des élevages porcins français, capacité à convertir de façon non concurrentielle les ressources végétales en produits carnés / Estimating the uncompetitive contribution of French pig livestock to protéine supply...

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Les Cahiers de l'IFIP, 5(1), 27-34 - La revue R&D de la filière porcine française

Les porcs consomment des céréales qui auraient pu être en partie dédiées à l’alimentation humaine, ils valorisent également des coproduits non consommables par l’Homme. L’objectif de cette étude est d’évaluer la contribution nette des élevages de porcs en France à la production de protéines pour l’alimentation humaine. Dans cette optique, l’indice de consommation n’est pas suffisant puisqu’il ne permet pas de différencier les ressources végétales qui auraient pu être effectivement consommées par l’Homme de celles qui n’auraient pu l’être. Par ailleurs, la viande n’est pas le seul produit des carcasses porcines valorisé en alimentation humaine. L’étude s’appuie donc sur un nouvel indicateur ; l’Efficience de Conversion des Protéines Consommables par l’homme (ECpc), qui correspond au rapport entre la somme des protéines produites par l’élevage à destination de la consommation humaine, divisée par la somme des protéines végétales consommées par l’élevage mais qui auraient pu l’être directement par l’Homme. L’ECpc, également appelée efficience protéique nette, a été évaluée selon différents modes d’alimentation des élevages porcins français, ainsi que selon différents scénarios de consommation des aliments par l’Homme. Les résultats indiquent que l’élevage de porcs a la capacité de contribuer favorablement à la production de protéines pour l’Homme à condition de valoriser des ressources végétales non consommables par l’Homme. Par ailleurs, la composition des aliments pour porcs est en constante évolution. Les performances zootechniques des porcs vont dans le sens d’une amélioration continue. Pour les élevages achetant leurs aliments aux fabricants d’aliments du bétail (FAB), l’efficience protéique nette s’est globalement améliorée entre 2005 et 2016, mais reste extrêmement liée au contexte de prix des matières premières déterminant leur incorporation dans les aliments : les moyennes annuelles varient donc du simple au double (moins de 0,5 à plus de 0,9). Les résultats montrent aussi une sensibilité élevée de l’indicateur d’efficience nette aux modes de consommation des produits animaux et des végétaux par l’Homme.

35,00 €
2018

Une expertise au service des entreprises et des pouvoirs publics : R.M.T Expertise pour la détermination de la durée de vie microbiologique des aliments

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PDF icon Une expertise au service des entreprises et des pouvoirs publics : R.M.T Expertise pour la détermination de la durée de vie microbiologique des aliments
2010

Une formulation multiobjectif pour réduire les impacts environnementaux des aliments pour porcs charcutiers

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Florence Garcia-Launay (INRA) et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, p. 239-244

Les matières premières (MP) utilisées dans l’alimentation contribuent majoritairement aux impacts changement climatique, consommation d’énergie et utilisation des terres du kg de porc produit. La méthode traditionnelle de formulation (MinPrix) minimise le coût du mélange des MP, sans considérer les impacts environnementaux. L’objectif de cette étude était de développer une méthode de formulation multiobjectif (MinMO) minimisant à la fois le prix et les impacts environnementaux des MP calculés par Analyse du Cycle de Vie. Le modèle de programmation linéaire construit recherche la meilleure formule d’aliment sous contraintes nutritionnelles et de disponibilité des MP avec une fonction multiobjectif qui inclut un index de prix et un index environnemental. Un facteur de pondération de l’index environnemental (α) et de l’index de prix (1-α), a été inclus à la fonction.
Les impacts des MP proviennent du jeu de données ECOALIM inclus dans AgriBalyse® v1.3. Des aliments croissance et finition ont été formulés avec 2 scénarios de disponibilité des MP (disponibilité actuelle limitée LIM ou disponibilité accrue NLIM) selon une formulation MinPrix et une formulation MinMO. En NLIM-MinPrix vs. LIM-MinPrix l’index environnemental est réduit en moyenne de 3% et l’index de prix de 1%. En MinMO avec α=0,5 vs. MinPrix, l’index environnemental des deux aliments diminue de 10% en LIM et de 22% en NLIM. Simultanément, le prix du mélange augmente de 1,5% en LIM et de 1,7% en NLIM. Pour α supérieur à 0,5, l’index environnemental n’est quasiment plus réduit. La formulation multiobjectif semble être une méthode efficace pour produire des aliments à impacts réduits. Les résultats seront modulés dans le futur en tenant compte des besoins accrus en certaines MP et+ des interactions possibles avec les besoins des autres espèces animales.

ENG

Multi-objective formulation to reduce the environmental impacts of pig feeds

The production of feed ingredients for pig feeds has a major contribution to climate change, energy use and the land occupation impacts of the animal products. Nonetheless, the traditional least-cost (LC) feed formulation methods minimize the cost of the feed mix, without consideration of its environmental impacts. The objective of this study was to estimate the potential mitigation of environmental impacts calculated by Life Cycle Assessment through a multi-objective formulation (MinMO) of pig feeds. The linear programming model built searches the best feed formula under nutritional constraints with a multi-objective function including an economic price index and an environmental impact index. A weighting coefficient α of the environmental index and (1-α) of the price index has been included for the objective function. Impact values of feed ingredients came from the ECOALIM dataset of AgriBalyse® v1.3. Growing and finishing feeds were formulated within two scenarios of feed ingredient availability (current limited LIM, increased NLIM) with LC formulation and MinMO formulation. In NLIM-LC vs. LIM-LC the environmental index is reduced on average by 3% and the price index by 1%. In MinMO with α=0.5 vs. LC, the environmental index of both feeds decreases by 10% in LIM and 22% in NLIM. Simultaneously, the price of the feed mix increases by 1.5% in LIM and 1.7% in NLIM.
For α higher than 0.5, the environmental index is not further reduced. Multi-objective formulation of pig feeds may be an efficient method to produce low-impact feeds. Further work will account for the additional needs for some feed ingredients and possible interactions with the requirements for the other livestock species, at the territory level.

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2017

Une méthode pour mesurer les usages d'antibiotiques

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Démédication. L'Ifip et l'Anses-ANMV ont établi un cahier des charges pour mesurer de façon précise, fiable et automatisée les usages d'antibiotiques en élevage.

2016

Une niche intelligente en post-sevrage

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Avec 30 % des consommations d’énergie d’un élevage naisseur-engraisseur, le post-sevrage est un stade très consommateur en chauffage. Les niches avec système de régulation du chauffage semblent offrir des perspectives intéressantes pour réduire la consommation.
PDF icon Une niche intelligente en post-sevrage
2011

Une nouvelle méthode de prélèvement urinaire pour le monitoring des pathologies uro-génitales

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Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 95

Entre 2010 et 2013, les truies étaient la seule catégorie de porcins pour lesquels les usages d’antibiotiques augmentaient. Alors que le mode de logement des truies est réputé protecteur vis-à-vis des infections urinaires, les pathologies uro-génitales représentent à la fois le motif de traitement antibiotique des truies le plus fréquent (71% des élevages) et la majorité des doses (65% du nombre de doses journalières /animal). La prévalence des pathologies urinaires n’a pas été évaluée en France au cours des 10 dernières années. Elle varie selon l’étude et le pays de 15 à plus de 40% des truies. Les conséquences des bactériuries font l’objet de controverses, avec des portages asymptomatiques sans conséquences cliniques. Au contraire, dans certains troupeaux les impacts sont réels : troubles de reproduction, problèmes de mise bas et mortalité. En élevage, le diagnostic repose sur des tests rapides (bandelettes Nitrite et examens visuels), confirmés en laboratoire. Après plusieurs années de monitoring régulier, ces examens sont moins prescrits. Faut-il y voir les bénéfices des mesures préventives mises en place ou au contraire un moindre suivi en élevage ? En effet, la collecte d’urines individuelles en fin de gestation est devenue plus chronophage depuis la mise en groupes. L’objectif de ce projet est de proposer une méthode permettant aux éleveurs de collecter de l’urine plus rapidement et de façon plus systématique à l’aide d’un tampon vaginal.

PDF icon Sylviane Boulot, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 95
2019

Une nouvelle version pour MéthaSim

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Pascal Levasseur, Porc Mag (FRA), n° 523, septembre, p. 57

Biométhane. L'Ifip propose une nouvelle version de son outil MéthaSim, le calculateur qui simule l'intérêt économique de l'injection de biométhane et le coût du traitement des digestats. Cette actualisation tient compte des derniers tarifs d'achat de l'électricité et intègre une mise à jour des coûts d'investissements et de fonctionnement.

2017

Une pharmacie intelligente en élevage : SmartPharm

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Michel Marcon, Yvonnick Rousselière et Anne Hémonic, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 94

La demande des consommateurs s’exprime fortement pour une meilleure traçabilité des pratiques (jusqu’au produit), notamment en ce qui concerne les traitements vétérinaires. Le projet Smartpharm a pour objectif d’automatiser la collecte des informations relatives aux traitements sanitaires en les associant aux animaux traités. Il s’agit avant tout de proposer à l’éleveur un tableau de bord lui permettant de suivre l’évolution des traitements réalisés et de comparer ses propres pratiques à des références proposées par l’IFIP ; l’objectif étant de faire évoluer ces pratiques pour limiter le recours aux traitements curatifs. Les utilisateurs peuvent également éditer des fiches de traçabilité indiquant, pour un animal ou un lot d’animaux, l’ensemble des traitements reçus ; cette traçabilité, élément de rassurance du consommateur, permettant aussi le cas échéant de valoriser les animaux non traités dans des filières dédiées « sans antibiotiques », par exemple.

PDF icon Michel Marcon, Yvonnick Rousselière et Anne Hémonic, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 94
2019

Une pompe doseuse, oui ou non ?

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Anne Hémonic, Tech Porc (FRA), 2016, n° 30, juillet-août, p. 40-42

La pompe doseuse est un matériel incontournable en élevage. Simple d’utilisation, elle implique quand même une bonne maîtrise de la qualité de l’eau, du matériel et de la préparation de la solution mère. Les éleveurs équipés sont satisfaits. Les autres expriment des réticences qui peuvent être levées par un accompagnement et un appui technique.

PDF icon Anne Hémonic, Tech Porc (FRA), 2016, n° 30, juillet-août, p. 40-42
2016

Une rentabilité insuffisante des entreprises d'abattage-découpe

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Fiche n° 013 : caractéristiques des entreprises de la filière

Les secteurs de l’abattage et de la découpe des filières porcines européennes ont des dynamiques contrastées. Une analyse approfondie des déterminants de leur compétitivité permet de positionner l’industrie française face à sa concurrence.
La structure des entreprises ne cesse d’évoluer : investissement, restructurations, construction et fermeture de sites, alliances, fusion, intégration verticale, internationalisation, etc. Par ailleurs, le passage du commerce européen de viande porcine à la vente de pièces de découpe de plus en plus élaborées complexifie l’activité commerciale des abatteurs dans un contexte tendu (surplus d’offre en Europe, perte de débouchés vers la Russie, baisse de consommation…).
L’accès aux données des entreprises est rendu difficile par la concentration du secteur. En conséquence, l’étude de l’aval de la filière porcine nécessite une analyse croisée de données statistiques (Eurostat, Insee, etc.) et de données plus qualitatives (presse spécialisée, études de marché, sites web des entreprises, entretiens…).

PDF icon fiche_bilan2015_013.pdf
2016

Une soupe chaude est-elle meilleure ? : Synthèse

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Chauffer la soupe présente-t-il un intérêt ?

Cette pratique ancienne a été délaissée, l’isolation et le chauffage de la porcherie assurant le confort thermique du porc.

A l’exception des soupes très diluées à base de lactosérum brut ou de coproduits, l’intérêt du réchauffement de la soupe en engraissement se limite à éviter les températures très basses.

En post-sevrage, le réchauffage peut favoriser la consommation du porcelet, l’efficacité alimentaire restant inchangée.
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2011

Une source de stress pour la truie allaitante : la température ambiante

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Au cours de ces dernières années, l’augmentation de la prolificité des truies s’est accompagnée d’une augmentation de leur potentiel de production laitière. Or, les besoins nutritionnels pour la production de lait sont très importants et en fait supérieurs à la quantité de nutriments que la truie est capable d’ingérer spontanément. Il en résulte un déficit qui est compensé,

dans une certaine limite, par la mobilisation des réserves corporelles. Tout facteur influençant l’appétit sera donc susceptible d’aggraver le déséquilibre
PDF icon Une source de stress pour la truie allaitante : la température ambiante
2000

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