La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Un lavage d'air partiel plus économique

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Nadine Guingand, Porc Mag (FRA), 2020, n° 550, mars, p. 31

Afin de réduire le coût de traitement de l'air tout en conservant une bonne efficacité sur l'abattement des émissions d'ammoniac, l'Ifip a étudié un système. Combinant ventilation et lavage d'air basé sur un traitement partiel de l'air.

2020

Consommation de charcuterie en GMS Vers un retour des MDD au devant de la scène

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Valérie Diot, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 507, mars, synthèse du mois, p. 8

En 2019, les achats de charcuterie en GMS baissent en volume mais progressent en valeur. Cependant, cette valorisation profite avant tout aux marques de distributeurs (MDD), qui par ailleurs bénéficient du contexte favorable de la Loi Egalim.

Les enseignes se différencient par l’intermédiaire de leurs marques propres face à des consommateurs qui fragmentent leurs parcours d’achat.

PDF icon Valérie Diot, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 507, mars, synthèse du mois, p. 8
2020

Adiposité et génétique chez le porc : état des lieux et nouveaux enjeux pour la qualité des produits

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Sandrine Schwob et al., Inra Productions Animales (FRA), 2020, volume 33, n° 1, mars, p. 17-29

Les tissus adipeux du porc présentent de nombreux atouts, tant pour la transformation en charcuteries et salaisons que pour les qualités sensorielles et nutritionnelles des viandes et produits. Un état des lieux de la variabilité génétique de l’adiposité chez le porc en France en lien avec la qualité des produits est nécessaire pour définir les futures stratégies de sélection et ainsi mieux répondre aux diverses attentes des industriels et des consommateurs1.

voir un pdf de l'article : https://productions-animales.org/article/view/3112/11038

1 Cet article a fait l’objet d’une présentation aux 51es Journées de la Recherche Porcine (Schwob et al., 2019)

ENG

Genetics and adiposity in pigs: state of the art and new challenges for meat product quality

Carcass adiposity of pigs slaughtered in France has decreased by 45 % on average between 1977 and 2016. The production of increasingly lean animals has been initiated in the 1950-1960’s by setting up commercial grading scales for carcasses and differentiated payment according to their lean content, to the detriment of fatty tissues. This evolution led to a standardization of production, leading to difficulties in meeting the quality demand of certain market segments. However, a renewed interest in fat has occurred recently within the French pork industry. Indeed, fatty tissues have many advantages, both for the ability for processing into cured products and delicatessen, as for sensory and nutritional qualities of products. This review provides an update on pig genetics improvement in France in relation to adiposity and product quality. After recalling the characteristics of fat tissues and their importance for the quality of meat and pork products, the factors influencing adiposity and the traits related to fat quantity taken into account in breeding programs are presented. An inventory of the genetic variability of fatness that remains within French pig populations (selected and local breeds) is drawn up. This will allow defining future selection strategies, to better meet the various expectations of the pork industry and consumers.

2020

Toward the prediction of PSE-like muscle defect in hams: Using chemometrics for the spectral fingerprinting of plasm

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Laetitia Théron (Inrae), Food Control, 2020, volume 109, mars

PSE-like muscle defect is of great importance in the cooked ham industry because of the economic losses it can cause. Although this muscle defect has been widely studied from a mechanistic angle, there is a lack of reliable and practical markers. This study proposes the use of chemometrics for the spectral fingerprinting of pig plasma to predict the PSE-like muscle defect in cooked hams. Both MALDI-TOF mass spectrometry and ATR-FTIR spectroscopy were used to obtain protein and chemical function fingerprints. Though the two approaches showed very good predictive capacity, MALDI-TOF mass spectrometry was found to be better suited to predicting normal hams, i.e. hams without the defect; while ATR-FTIR spectroscopy was found to be better suited to predicting the PSE-like muscle defect. These results demonstrated the feasibility of predicting the PSE-like defect using spectral fingerprinting and chemometrics approaches.

2020
mémento de l'éleveur de porc par l'Ifip Institut du porc

Mémento de l'éleveur de porc (étudiants, enseignants, libraires)

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65,00 €
2020
couverture des 52e JRP

Journées de la Recherche Porcine 2020

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Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais.

Fichier en format PDF à télécharger.

107,00 €
2020

A PBPK model to study the transfer of α-hexabromocyclododecane (α-HBCDD) to tissues of fast- and slow-growing broilers

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Bertrand Méda (Inrae) et al., Food Additives & Contaminants : Part A, 2020, volume 37, numéro 2, février, p. 316-331

A physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model was developed to investigate the production-specific factors involved in the transfer of α-hexabromocyclododecane (α-HBCDD) to broiler meat. The model describes growth and lipid deposition in tissues of fast- (FG) and slow- (SG) growing broilers from hatching to slaughter and simulates the exposure through the ingestion of contaminated feed or expanded polystyrene insulation material. Growth parameters were obtained from the literature while parameters relative to uptake, distribution, and elimination of α-HBCDD were adjusted using results of a previous experiment involving broilers exposed through feed throughout the rearing period or allowed to depurate before slaughter. The model was used to compare the two main edible tissues, breast and leg meat, as well as skin, and to investigate the variability within strain. Between strains and within strain, α-HBCDD assimilation efficiency (AE) is higher when the animals are slaughtered young or heavy. However, increasing slaughter age will lower α-HBCDD concentration in tissues, due to dilution. Based on fresh weight, the concentration of α-HBCDD in breast muscles and skin tends to be lower in SG than in FG broilers (-30 to +10%), while it is 10% to 80% higher in leg muscles. Compared to breast muscles, consuming leg muscles would elicit an exposure 9 and 16 times higher in FG and SG broilers, respectively. The consumption of skin together with muscles would multiply the exposure by up to 36 times compared to breast muscle alone. In case of acute exposure, the α-HBCDD concentration in tissues increased sharply, all the more since the animals are lighter in weight, and then decreased rapidly. In FG broilers, dilution through growth contributed for up to 37%, 28% and 97% to the decontamination of breast muscles, leg muscles and skin, respectively, depending on the duration of depuration before slaughter.

https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/19440049.2019.1681596?needAccess=true#aHR0cHM6Ly93d3cudGFuZGZvbmxpbmUuY29tL2RvaS9wZGYvMTAuMTA4MC8xOTQ0MDA0OS4yMDE5LjE2ODE1OTY/bmVlZEFjY2Vzcz10cnVlQEBAMA==

2020

Crise sanitaire de FPA en Chine : porc et protéines : équilibres de marchés bouleversés

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Jan-Peter Van Ferneij, Porc Mag (FRA), 2020, n° 549, février, p. 44-45

Fin 2019, Abcis* a conduit avec d'autres experts du marché chinois, une étude sur l'iimpact de l'épidémie de fièvre porcine africaine, qui sévit en Chine et en Asie du Sud-Ouest, sur des marchés mondiaux des protéines. Cette analyse de la filière porcine chinoise propose des scénarios d'évolution de la filière chinoise et des marchés internationaux du porc et des protéines.

 

*Abcis est une société de services créee par l'Ifip, l'Idele et l'Itavi.

2020

Evaluation rétrospective de plans d'intervention pour réduire l'usage des antibiotiques en élevage de porcs

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Alexandre Poissonnet et al., Congrès annuel de l'AFMVP, 11 décembre 2020, 2 pages

La réduction des usages d’antibiotiques est un enjeu majeur. Depuis plusieurs années, la filière porcine a réussi à diminuer son utilisation de plus de 40 % (1 ; 2). Cette réussite est due à l’implication des éleveurs et des encadrants techniques (techniciens et vétérinaires) dans des plans d’intervention ayant pour base une approche globale de type éco-pathologique. Ces plans s’articulent autour de différentes actions préventives et curatives : la biosécurité, la vaccination ; la nutrition, la conduite d’élevage, les recours à des traitements alternatifs ; l’arrêt de traitements antibiotiques à visées préventives ou métaphylactiques. Ce dernier point représente une prise de risque pour l’éleveur et le vétérinaire. A ce titre, il est intéressant de présenter l’efficacité technique et économique de ces plans d’intervention. A travers six cas d’étude, ce projet a évalué, de manière rétrospective, l’efficacité de plans d’intervention mis en place dans des élevages du groupement AGRIAL.

PDF icon afmvp2020_poissonnet_cavarait.pdf
2020

Des outils numériques pour prévenir les maladies

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Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 19

La prévention des maladies est aujourd’hui facilitée par des outils numériques disponibles sur le web et les smartphones. Ils évaluent la biosécurité de l’élevage, mais aussi les mouvements de personnes.

PDF icon Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 19
2020

Le registre des traitements se numérise avec Gvet

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Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 23

Dans une enquête réalisée en 2018 auprès de 104 éleveurs,..

PDF icon Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 23
2020

L’hyperconnectivité s’invite chez les vétérinaires

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Michel Marcon, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 26-27

Deux nouvelles solutions de télémédecine ont été présentées en décembre au congrès de l’Association française de médecine vétérinaire porcine.

PDF icon Michel Marcon, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 26-27
2020

Trois protocoles de décapage du biofilm au banc d'essai

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Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 38-39

L’Ifip et Porc Spective ont testé des protocoles de décapage du biofilm des canalisations d’eau.
Ils sont effi caces mais pas toujours suffi sants s’ils ne sont appliqués qu’une seule fois.

PDF icon Anne Hémonic, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2020, n° 276, février-mars, p. 38-39
2020

Financement des exploitations porcines. L'innovation au service de trois enjeux

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Christine Roguet, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 505, février, synthèse du mois, p. 8

Les exploitations porcines doivent relever un triple défi : la modernisation, la transmission et la montée en gamme.
Le financement bancaire reste le premier levier, mais l’augmentation des capitaux nécessaires et des risques ainsi que la réorientation des concours publics conduisent au développement de nouveaux instruments financiers qui devront faire la preuve de leur utilité et efficacité.

PDF icon Christine Roguet, Baromètre Porc (FRA), 2020, n° 505, février, synthèse du mois, p. 8
2020

Caractérisation génomique des races locales porcines et de leurs semences stockées en Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6

Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN. Grâce à cette caractérisation, le choix des semences de la CBN à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques.

ENG

Genomic characterisation of local pig breeds and of their semen stocked in the national gene bank

Local pig breed semen is maintained in a National Gene Bank (NGB) in pellets (59 boars) or straws (78 boars) to be used in preservation programs. A genomic characterisation both of the NGB collections and of recent animals (240 animals) has been performed through genotyping (70K chip). The Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest and Nustrale breeds were thus studied for three average birth periods: 1986 (pellets), 1998 (straws) and 2014 (recent animals). Multidimensional analysis of genotyping data shows a clustering of animals by breed. Some traceability errors were detected with the oldest semen (pellets). Average genomic relatedness between animals of the same breed was the lowest in the Nustrale and highest in the Basque breed. Some of the alleles found on NGB semen DNA were no longer present in the recent animal samples, stressing the value of the NGB. Over time evolution of the halothane status of the breeds differs according to the regular genotyping practise. Lastly, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of the genome in homozygote chromosomal segments, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. FROH values greater than 0.22 seemed to be associated with more frequent reproductive failure when using NGB semen. Because of this characterisation, the use of NGB semen can now rely on new genomic criteria.

PDF icon Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6
2020

L'efficacité digestive est-elle un caractère intéressant pour améliorer l'efficacité alimentaire chez le porc ?

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Vanille Déru (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 2020, 4 et 5 février, Paris, p. 13-18

L’utilisation de régimes avec des teneurs accrues en fibres provenant d’aliments alternatifs, moins digestibles pour les porcs, est une solution utilisée pour limiter l’impact du coût de l’aliment en production porcine. L’étude a pour objectif de déterminer l’impact d’une teneur accrue en fibres (F) dans l’aliment sur la digestibilité chez le porc en croissance et d’estimer les paramètres génétiques de celle-ci. Un total de 654 porcs Large White a été nourri avec un régime conventionnel (CO) et 588 de leurs pleins-frères avec un régime F. Pour chaque porc, les coefficients d’utilisation digestive (CUD) de l’énergie, de la matière organique et de l’azote ont été prédits à partir d’échantillons de fèces analysés par spectrométrie dans le proche infrarouge. La consommation moyenne journalière (CMJ) et résiduelle (CMJR), le gain moyen quotidien (GMQ), l’indice de consommation (IC), le taux de muscle des pièces (TMP), le rendement en carcasse (RDT) et des caractères de qualité de la viande (CQV) ont été enregistrés sur chaque animal. Les trois CUD étaient significativement plus faibles pour les porcs nourris avec le régime F que les porcs nourris avec le régime CO (-6 à -7 %). Les trois CUD étaient modérément à fortement héritables (de 0,38±0,12 à 0,40±0,12 et de 0,54±0,15 à 0,56±0,15, respectivement, dans les régimes CO et F). Les trois CUD étaient favorablement corrélés à l’IC, la CMJ et la CMJR, mais défavorablement corrélés avec le GMQ et les CQV. Pour conclure, la digestibilité serait un caractère intéressant à ajouter dans les schémas de sélection afin d’affiner les décisions de sélection concernant l’efficacité alimentaire. Cependant, les corrélations génétiques défavorables avec le GMQ et les CQV notamment devront être prises en compte.

ENG

Is digestive efficiency a useful trait for improving pig feed efficiency?

Feeding diets with increased dietary fibre content from alternative by-products, which are less digestible for pigs, is a solution used to decrease the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed to determine the impact of an alternative diet with increased fibre content (F) on pig digestibility and to estimate genetic parameters of digestibility. A total of 654 Large White pigs were fed a conventional diet (CO), and 588 of their full-sibs were fed a F diet. For each pig, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrometry. Individual daily feed intake (DFI), residual feed intake (RFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR), lean meat percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits (MQT) were recorded for each pig. The three DC were significantly lower for pigs fed the F diet than pigs fed the CO diet (-6 to -7%). The three DC were moderately to highly heritable (from 0.38±0.12 to 0.40±0.12 and from 0.54±0.15 to 0.56±0.15 for the CO and the F diet, respectively). The three DC were favourably correlated with FCR, DFI and RFI, but unfavourably with ADG and MQT. To conclude, digestibility could be a useful trait to include in breeding schemes to improve selection decisions about feed efficiency. However, it would have to be selected along with ADG and MQT to avoid adverse genetic trends on the latter traits.

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2020

Quelles nouvelles mesures pour améliorer la sélection de l’efficacité alimentaire des porcs ?

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Hélène Gilbert (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 25-30

Les mesures de l’ingéré sont les clés d’une sélection précise de l’efficacité alimentaire. Elles sont cependant coûteuses. De plus, ces performances dépendent de nombreuses composantes, telles que le niveau de production, l’activité et le comportement des animaux, leur aptitude à répondre à des stress, et leur capacité à digérer l’aliment. L’importance relative de ces composantes dépend du système de production, en particulier de la séquence alimentaire et des conditions de logement des animaux. Cette communication propose de résumer les résultats obtenus dans le projet Feed-a-Gene sur l’évaluation de nouvelles mesures pour la sélection de l’efficacité alimentaire, en se concentrant sur les mesures les moins coûteuses qui peuvent contribuer à une plus grande durabilité de la production. Des mesures liées à l’activité des porcs, dont le comportement alimentaire, des indicateurs de bien-être (comptage des lésions et qualification des interactions entre animaux) et de stress, et des mesures d’efficacité digestive ont été évaluées. L’impact de l’effet génétique des autres individus de la loge (effets génétiques indirects) sur les performances individuelles a aussi été testé comme levier pour obtenir des valeurs génétiques plus précises. Les mesures les plus prometteuses (comportement alimentaire, interactions entre porcs, efficacité digestive, effets génétiques indirects) avaient des héritabilités comprises entre 0,18 et 0,70. Les gains de progrès génétique possibles par l’utilisation de telles mesures dans les schémas de sélection ont été évalués analytiquement pour identifier les meilleurs enregistrements à déployer en ferme.

ENG

Can new measures improve selection for feed efficiency in pigs?

Measuring feed intake is a key for accurate selection of feed efficiency. However, recording feed efficiency is expensive and depends on multiple components, including production level, activity, behaviour, responses to stress and digestion. The relative importance of these components is partly driven by the production system, especially diet and housing. This paper summarizes results obtained in the Feed-a-Gene project for new measures for feed efficiency in pigs, with a focus on how they can be used for sustainable breeding schemes. Measures related to pig activity (including feeding behaviour), measures to quantify welfare (injuries and interindividual interactions) and stress level, and measures of individual digestibility were evaluated. The genetic impact of other animals in the pen (indirect genetic effects, IGE) on individual performance was also considered as a potential approach to better estimate individual breeding values. Some of the most promising measures (feeding activity, pig interactions, digestibility, IGE) had moderate to high heritabilities (from 0.18-0.70). Gains in genetic progress achievable when including these measures in breeding schemes were evaluated analytically to identify the best procedures to implement on-farm.

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2020

Développement pubertaire des mâles entiers et risque d’odeur de verrat

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Claire Dugué (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 31-36

La castration des porcelets mâles a pour but de diminuer les risques de comportement agressif et d’éviter des défauts de qualité de viande. En effet, chez certains mâles entiers, l’androsténone (molécule produite dans les testicules) et le scatol (produit par les bactéries du tube digestif) s’accumulent dans le gras et donnent une odeur désagréable à la viande. Dans une perspective d’élevage de mâles entiers, une sélection contre l’accumulation d’androsténone dans le gras est envisagée, mais les éventuels effets négatifs sur la reproduction restent à analyser. L’objectif de l’étude est d’évaluer les relations entre l’accumulation d’androsténone dans le gras dorsal, la mise en place de la puberté chez les jeunes verrats, le comportement sexuel et les caractéristiques de la semence chez les verrats matures. Un phénotypage fin a été réalisé sur 114 verrats dans l’unité expérimentale INRA GenESI. Chaque verrat totalise jusqu’à 455 observations comprenant des mesures de production spermatique, des dosages d’androsténone et de scatol dans le gras dorsal et d’hormones plasmatiques (testostérone et œstradiol) à 180 jours et à 280 jours d’âge, des observations du comportement (débourrage, maintien de l’aptitude au prélèvement de semence et test de confiance vis-à-vis de l’homme) et des caractéristiques de semence. Des analyses multivariées ont été effectuées pour estimer les relations entre ces mesures. Les résultats suggèrent que l’œstradiol plasmatique peut servir de prédicteur de l’androsténone et qu’il n’y a pas de lien entre l’androsténone, les caractéristiques de la semence et le comportement sexuel des verrats.

ENG

Puberty development of entire males and risk of boar taint

Male piglets are castrated to reduce the risk of aggressive behavior and improve meat quality. In some entire males, androstenone (from testes) and skatole (produced by the gut bacteria) accumulate in fat and give an unpleasant smell to the meat. Genetic selection against androstenone accumulation in back fat in entire males has been considered to overcome boar taint in carcasses, but possible side effects on reproductive traits have to be investigated. The objective of the study was to evaluate the relationship between androstenone accumulation in back fat, beginning of puberty, sexual behavior and semen characteristics in mature boars. To meet this objective, fine phenotyping of 114 boars was performed at the INRA GenESI experimental station. Each boar represented up to 455 observations, tests or samples, including concentrations of androstenone and skatole in back fat, concentrations of hormones in blood at 180 and 280 days of age, behavioral observations (breaking, maintaining libido and test of confidence in humans) and semen characteristics. Multivariate analysis was performed to estimate the relationships between variables. Results suggest that plasma œstradiol may predict androstenone and that there was no relationship between androstenone, semen characteristics, and boar libido.

PDF icon Claire Dugué (Inrae) et al., 52e Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 31-36
2020

Importance du phénotypage pour maintenir la précision des prédictions génomiques des caractères mesurés en station

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Céline Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52e Journée de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, Paris, p. 43-44, poster

Poster.

L’évaluation génomique dans les lignées porcines maternelles françaises a été mise en place en 2016 et a permis d’augmenter le progrès génétique, notamment pour les caractères de reproduction. Cependant, des problèmes calculatoires sont apparus pour l’évaluation génomique de certains caractères de production mesurés en station, dont la capacité de phénotypage est limitée. Cela concerne particulièrement les candidats génotypés des élevages de sélection qui ne disposent pas de phénotypes en station et peu d’apparentés phénotypés. La structure de données pour ce type de caractère (i.e. porcs génotypés (candidats) non phénotypés et porcs phénotypés (animaux station) non génotypés) pourrait être responsable des problèmes de convergence observés pour la prédiction des valeurs génomiques. Dans cette étude, nous avons simulé, à partir de phénotypes réels mesurés sur l’ensemble des candidats à la sélection, différents scénarios pour mimer la situation de phénotypage partiel rencontrée dans le cas des caractères mesurés en station et évaluer l’impact d’une augmentation du nombre de porcs phénotypés sur la précision des valeurs génomiques obtenues.

ENG

Poster.

Importance of phenotyping to maintain the accuracy of genomic predictions of traits measured in a test station

Genomic evaluation of French maternal lines, set up in 2016, has helped increase genetic progress, especially for reproductive traits. However, computational problems have emerged for genomic evaluation of certain production traits for which phenotyping capacity is limited. This particularly concerns genotyped candidates on breeding farms that have no phenotypes and only a few phenotyped relatives. This data structure seems to pose convergence problems for predicting genomic breeding values. To check this hypothesis, we simulated such a situation, based on a set of actual phenotype data measured for all farm candidates and genotypes. The simulation consisted of deleting phenotypes of the animals measured on-farm in order to reproduce the data structure encountered for the traitsrecorded at the FGPorc/INRAE test station in Le Rheu. Phenotypes were then progressively added in different scenarios to identify whether prediction accuracy improved and to estimate the number of phenotypes required. The simulations showed that the unbalanced structure between genotypes and phenotypes was responsible for the computational problems that led to low accuracy of genomic predictions. Phenotyping 12% of all pigs phenotyped at 100 kg each year made it possible to solve the computational problems observed and to recover 61% of the maximum expected accuracy. In conclusion, these results highlight the importance of collecting large-scale phenotypes in the context of genomic selection schemes. Further studies will be conducted to study the impact of genotyping animals measured at the station.

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2020

Importance du phénotypage pour maintenir la précision des prédictions génomiques des caractères mesurés en station

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Céline Carillier-Jacquin (Inrae) et al., 52es Journées de la Recherche Porcine (FRA), 4 et 5 février 2020, poster

Poster.

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2020

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