La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Démédication : élevage 6

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Fiche pratique EVALPORC 6/6 : évaluation rétrospective de plan d’intervention de réduction de l’usage des antibiotiques – Appel à Projet 2018 du Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation pour Plan Ecoantibio 2

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2020

Genome‐wide detection of copy number variants in European autochthonous and commercial pig breeds by whole‐genome sequencing of DNA pools identified breed‐characterising copy number states

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Samuelo Bovo (Université de Bologne, Italie) et al., Animal Genetics, 2020, volume 51, n° 4, août, p. 541-556

In this study, we identified copy number variants (CNVs) in 19 European autochthonous pig breeds and in two commercial breeds (Italian Large White and Italian Duroc) that represent important genetic resources for this species. The genome of 725 pigs was sequenced using a breed‐specific DNA pooling approach (30–35 animals per pool) obtaining an average depth per pool of 42×. This approach maximised CNV discovery as well as the related copy number states characterising, on average, the analysed breeds. By mining more than 17.5 billion reads, we identified a total of 9592 CNVs (~683 CNVs per breed) and 3710 CNV regions (CNVRs; 1.15% of the reference pig genome), with an average of 77 CNVRs per breed that were considered as private. A few CNVRs were analysed in more detail, together with other information derived from sequencing data. For example, the CNVR encompassing the KIT gene was associated with coat colour phenotypes in the analysed breeds, confirming the role of the multiple copies in determining breed‐specific coat colours. The CNVR covering the MSRB3 gene was associated with ear size in most breeds. The CNVRs affecting the ELOVL6 and ZNF622 genes were private features observed in the Lithuanian Indigenous Wattle and in the Turopolje pig breeds respectively. Overall, the genome variability unravelled here can explain part of the genetic diversity among breeds and might contribute to explain their origin, history and adaptation to a variety of production systems.

2020

Farmers’ representations of the effects of precision livestock farming on human-animal relationships

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Florence Kling-Eveillard (Idele) et al., Livestock Science, 2020, volume 238, août, 9 pages

Precision livestock farming affects the nature and frequency of farmers’ daily tasks, specifically in relation to animals. It consequently may modify how farmers consider their animals, the quality of the human-animal relationship and animal welfare. To better understand how new technologies impact human-animal relationships on the farm, a survey was carried out on 25 livestock farms in France. The farms raised dairy cows, gestating sows or broiler chickens using different equipment (sensors associated or not with robots). A qualitative thematic analysis to better identify farmers’ views on the different topics, and secondly a statistical analysis to identify if farmer profiles exist and to better understand the diversity of views were conducted. Most of the farmers expressed satisfaction about working with the new technology because their work becomes easier and allows more control over the management of the animals. Using PLF, the farmers describe a profession that has not fundamentally changed but which involves new tasks, new skills and daily schedules. Three farmers’ profiles were identified. Profile A farmers consider that one cannot talk about a human-animal relationship on their farm, and do not enjoy either touching or talking to their animals. Profile B farmers associate a good human-animal relationship with the animals’ welfare. Profile C is characterized by the central place occupied by animals and associate a good human-animal relationship with an absence of fear on the part of the animals. Farmers motivated by animals (profile C) find in precision livestock farming benefits related to animals, while the others (profiles A and B) find technical benefits detached from the animals. The farmers have room to manoeuvre in how they use the equipment; this can be seen for instance in the degree to which tasks are delegated to the equipment, which can be partial or total. Nevertheless, some farmers expressed concerns regarding the place of the new technologies on the farm, such as the risk of losing their own autonomy or their ability to observe animals and detect problems. Complementary studies could monitor these developments and contribute elements on the role of PLF in the sustainability of livestock farms.

2020

Effects of interactions between feeding practices, animal health and farm infrastructure on technical, economic and environmental performances of a pig-fattening unit

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Alice Cadéro (Inrae) et al., Animal, 2020, volume 14, n° S2, août, p. s348-s359

European pig production faces economic and environmental challenges. Modelling can help farmers simulate and understand how changes in their management practices affect the efficiency of their production system. We developed an individual-based model of a pig-fattening unit that considers individual variability in performance among pigs, farmers’ feeding practices and animal management and estimates environmental impacts (using life cycle assessment) and economic results of the unit. We previously demonstrated that this model provides reliable estimates of farm performance for different combinations of management practices, pig types and building characteristics. The objectives of this study were to quantify how interactions between feeding practices and animal management influence fattening unit results in healthy or impaired health conditions using the model. A virtual experiment was designed to evaluate effects of interactions between feeding practices, health status of the pig herd and infrastructure constraints on the technical performance, economic results and environmental impacts of the unit. The virtual experiment consisted of 96 scenarios, which combined chosen values of 6 input parameters of the model: batch interval (35 days and 7 days), use or non-use of a buffer room to manage the lightest pigs, feed rationing (ad libitum and restricted) and sequence plans (two-phase (2P), daily-phase (DP)), scale at which the feeding plan is applied (i.e. room, pen and individual) and health status of the pig herd (i.e. healthy v. impaired). Variance analysis was used to test effects of the factors in these 96 scenarios, and multivariate data analyses were used to classify the scenarios. Healthy populations obtained on average higher economic results (e.g. gross margin of 11.20 v. 1.50 €/pig) and lower environmental impacts (e.g. 2.24 v. 2.38 kg CO2-eq/kg pig live weight gain) than the population with impaired health. With 35 days batch interval and DP feeding, populations with impaired health reached gross margin similar to healthy populations with 2P ad libitum feeding and 7 days batch interval. Restricted, DP and individual feeding plans improved the economic and environmental performances of the unit for both health statuses. This study highlighted that health status of the pig herd is the main factor that affects technical, economic and environmental performances of a pig-fattening unit, and that adequate feeding strategies and animal management can compensate, to some extent, the effects of impaired health on environmental impacts but not on gross margin.

2020

Modélisation du besoin en calcium et en phosphore de la truie

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Nathalie Quiniou, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 96

Le coût élevé des sources de phosphore et l’impact sur l’environnement d’un apport en excès de cet élément conduisent à restreindre les apports en P aux besoins chez la truie reproductrice. Au contraire, les sources de calcium sont peu onéreuses et, en l’absence de contrainte de teneur maximale sur cet élément, sa teneur peut être assez élevée dans les aliments. Les deux minéraux doivent pourtant être apportés de façon équilibrée. Un modèle est proposé pour estimer les besoins en Calcium de la truie reproductrice sur la base des connaissances disponibles, beaucoup plus limitées pour cet élément que pour Phosphore (Fig.).

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2020

Alimentation fractionnée pendant l’engraissement : intérêts et précautions

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Nathalie Quiniou, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 97

En améliorant l’adéquation entre les apports nutritionnels et les besoins des porcs charcutiers, il est possible d’économiser les sources de protéines et de réduire les rejets azotés sans détériorer les performances. Les systèmes de distribution d’aliment de précision permettent d'augmenter plus facilement le nombre de phases d’alimentation et ainsi de multiplier les paliers d’apports en acides aminés essentiels (AAe) pour suivre l’évolution
des besoins. Plus le nombre de phases est élevé, meilleure doit être la connaissance du profil d’évolution des besoins. Deux essais
ont été conduits à la station expérimentale IFIP (Romillé, 35) pour évaluer l’intérêt de scinder les périodes de croissance et de finition (Fig.). Un plan de rationnement progressif avec plafond est utilisé (2,4 kg/j pour les femelles, 2,7 kg/j pour les mâles castrés) et la teneur en énergie nette est fixée à 9,75 MJ/kg pour tous les aliments.

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2020

Incidences de la granulation sur l’efficacité nutritionnelle des aliments d’engraissement

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Didier Gaudré, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 98

Une proportion importante des aliments porcs est consommée en élevage sous la forme de granulés. Le process de granulation
consiste à mélanger l’aliment présenté en farine à de la vapeur d’eau jusqu’à atteindre une température de consigne comprise
entre 50 et 90 °C. Ce mélange est alors rapidement introduit dans une presse pour obtenir des granulés de dimension variable selon la filière utilisée. Le passage à la presse occasionne pour l’aliment des changements structuraux liés à l’action des forces mécaniques mises en oeuvre, associées à l’effet de l’augmentation de température. Les caractéristiques nutritionnelles de l’aliment sont modifiées par le process mais dans une mesure qui reste peu ou mal connue. Les valeurs nutritionnelles des tables de référence sont établies pour une présentation de l’aliment sous forme de farine. C’est pourquoi, dans le cadre du programme SOS Protein conduit par les régions Bretagne et Pays de la Loire, des travaux ont été réalisés afin de connaître la contribution nutritionnelle du procédé de granulation chez le porc.

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2020

L’alimentation multiphase des porcs par distribution en soupe

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Didier Gaudré, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 99

La distribution multiphase consiste à mélanger en proportion variable au cours de la phase d’engraissement, deux aliments de composition différente, afin d’ajuster les apports aux besoins nutritionnels des animaux et maintenir ainsi les performances tout en réduisant les rejets. En distribution d’aliment liquide (par une « machine à soupe »), système très représenté en France, ce type de plan d’alimentation est difficile à réaliser car il suppose la préparation de petites quantités de soupe et leur acheminement jusqu’à la case de destination. Dans le cadre du programme SOS Protein conduit par les régions Bretagne et Pays de la Loire, des travaux expérimentaux ont été entrepris afin d’évaluer les possibilités de mise en oeuvre du multiphase par les dispositifs de distribution d’aliment en soupe.

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2020

Appui aux réseaux des éleveurs fabriquant les aliments porcins à la ferme

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Laurent Alibert, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 100

L’IFIP apporte un appui technique aux 8 associations régionales AIRFAF et à leur fédération nationale. L’objectif de ces associations est d’apporter aux éleveurs adhérents une information technique et économique et de contribuer à la maîtrise de la qualité de l’aliment et du coût alimentaire. Les conseils d’administration de chaque association établissent chaque année un programme d’activités mis en oeuvre par un comité technique. Celui-ci est composé de techniciens des structures techniques et économiques des régions (unions régionales, groupements de producteurs, EDE-Chambres d’agriculture, ARVALIS, Terres Innovia, IFIP…), et présidé par des éleveurs spécialisés. Certaines actions sont également engagées à l’initiative du bureau de la fédération nationale. L’IFIP apporte un appui méthodologique dans la conduite des différentes actions et réalise un certain nombre d’interventions dans des contextes régionaux variés et sur des thèmes concernant les matières premières, la conjoncture, la formulation, la technologie, les protocoles d’essai de validation sur le terrain… AIRFAF est un lieu d’échanges permanent pour les éleveurs, les techniciens des structures, et les fournisseurs (minéraux et complémentaires, matières premières, matériel de fabrication). Les préoccupations des éleveurs et de leurs partenaires peuvent ainsi être abordées de manière concertée et prises en compte rapidement.

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2020

Biosécurité et prévention contre la Fièvre Porcine Africaine

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Isabelle Corrégé, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 101

Bien que la situation en Belgique soit plutôt rassurante, la fièvre porcine africaine continue de se répandre en Europe et en Asie. Le nombre de cas en Europe a encore augmenté en 2019, avec 6557 cas sur sangliers et 2055 en élevage. De nouveaux cas sont apparus à l’Ouest de la Pologne, à proximité immédiate de la frontière allemande. L’Ifip a mis en oeuvre différentes actions pour aider les acteurs à répondre aux exigences de biosécurité, en élevage et lors du transport des porcs.

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2020

Séroprévalence de la Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) dans les élevages de sélection en France

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Isabelle Corrégé, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 102

La virulence de la Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) se différencie selon les souches concernées : les premières hautement virulentes, dites «non InDel», et les secondes moyennement virulentes, dites «InDel». Des cas de DEP moyennement virulente ont été décrits dans plusieurs pays de l’Union Européenne depuis 2014. En France, 7 cas de DEP InDel ont été déclarés entre 2014 et 2019. L’enquête sérologique réalisée en élevages de production par l’ANSP indique une prévalence de la DEP en France inférieure à 0,6 %. L’objectif de cette étude est d’estimer cette séroprévalence vis-à vis du virus de la DEP dans les élevages de sélection et de multiplication français.

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2020

Monitoring des consommations (eau, aliment) et du poids de porcelets en post-sevrage

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Anne Hémonic, Michel Marcon et Yvonnick Rousselière, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 103

La détection précoce de pathologies est l’une des pistes à investiguer afin de réduire la consommation d’intrants en production porcine et de proposer des produits respectant les exigences du consommateur. Selon la bibliographie, le suivi du comportement alimentaire et d’abreuvement des porcelets en post-sevrage peut être utilisé pour concevoir ce type de modèle. Pour ce faire, l’IFIP en collaboration avec ASSERVA, a développé trois automates : nourrisseur et abreuvoir connectés, système de pesée automatique. Avant même d’analyser le possible comportement déviant des animaux malades, cette étude vise à décrire le comportement « normal » des animaux sains.

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2020

Mesure du biofilm dans les circuits d’eau en élevage porcin et comparaison de protocoles de décapage

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Anne Hémonic, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 104

L’entretien régulier des canalisations de l’eau de boisson est une étape clé pour limiter le développement d’un biofilm, préserver la qualité bactériologique de l’eau et la santé des animaux et limiter l’état d’encrassement des équipements. Or, en pratique, les éleveurs de porcs sont très peu nombreux à appliquer un protocole de décapage du biofilm. Cette étude compare des indicateurs facilement applicables en élevage pour objectiver la présence d’un biofilm et évaluer l’efficacité de différents protocoles de décapage. Des essais ont été menés sur des circuitapost-sevrage, dans des salles de 30 élevages volontaires localisés en Bretagne et en Normandie.

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2020

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel et Claire Hassenfratz, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 106

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique porcine, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie
l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Etablissements de Sélection Porcine (ESP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des ESP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs
de références.

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2020

Encadrement de la station porcine de phénotypage

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Claire Hassenfratz, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 107

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRAE Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche : 1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; 2) développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; 3) assurer la mise en application des phénotypages et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.

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2020

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 108

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique/génomique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. L’information du génome des animaux est également prise en compte dans les lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR). Chaque semaine, les meilleurs candidats de ces populations sont génotypés sur puces ADN basse ou haute densité. Puis les génotypages haute densité sont reconstitués par imputation, pour tous les animaux évalués.

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2020

Conservation des ressources génétiques et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 109

L’Ifip contribue à la gestion des ressources génétiques porcines et à l’encadrement des programmes de conservation des races locales. Il accompagne les programmes des races Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale, : suivi des reproducteurs en élevage et participation à la Cryobanque Nationale. L’Ifip gère la variabilité génétique intra-race des populations et la consanguinité des populations porcines. L’animation du Ligéral, association des livres généalogiques collectifs des 6 races locales de porcs, organisme de sélection porcine agréé par le Ministère de l’Agriculture, est assurée par l’Ifip.

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2020

Caractérisation génomique des races locales

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Marie-José Mercat, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 110

L’objectif du projet Caraloporc était de réaliser une caractérisation génomique des collections de semences de races locales de la Cryobanque Nationale (CBN) et de vérifier leur représentativité par rapport aux populations actuelles.

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2020

Gestion de la diversité génétique des races porcines sélectionnées

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Alban Bouquet, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 111

Dans un schéma de sélection, la création de progrès génétique suppose d’utiliser les meilleurs reproducteurs à chaque génération. Toutefois, une utilisation non raisonnée des reproducteurs est susceptible d’entrainer, à terme, une augmentation importante de la consanguinité dans la population.
Des problèmes liés à cette augmentation de consanguinité peuvent alors apparaître : baisse des performances de production et de reproduction, apparition d’anomalies congénitales, etc. Des mesures sont appliquées dans les schémas de sélection pour gérer au mieux la diversité génétique des
populations porcines sélectionnées et un bilan annuel est réalisé par l’IFIP pour évaluer l’efficacité des mesures. De nouvelles approches ont été développées pour mieux gérer la diversité génétique dans les populations sélectionnées. Parmi elles, la méthode des contributions génétiques optimales (ou OCS) fait consensus pour concilier efficacement progrès génétique et gestion de la diversité génétique (Meuwissen, 1997). Cette
méthode permet d’optimiser le choix des reproducteurs et de moduler leur utilisation pour créer le progrès génétique en utilisant au mieux les ressources génétiques disponibles. La disponibilité de données génomiques collectées en routine sur l’ensemble des reproducteurs est une opportunité pour gérer de façon plus fine la diversité génétique des populations.

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2020

Etude génétique de l’efficacité digestive (aptitude à digérer les aliments fibreux) des races porcines

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Alban Bouquet, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 112

En conditions normales d’élevage, un porc absorbe entre 75 et 85% des nutriments et de l’énergie contenus dans les aliments. Ainsi, 15 à 25% des nutriments sont excrétés et ne sont pas utilisés par l’animal pour sa croissance. Ceci constitue à la fois une perte économique mais aussi un rejet néfaste pour l‘environnement. L’absorption par l’intestin des nutriments contenus dans les aliments, appelée digestibilité, est bien connue des nutritionnistes pour formuler les aliments. Elle varie fortement entre aliments selon leur composition physico-chimique. Mais la capacité à digérer dépend aussi pour partie de l’individu. Jusqu’à présent, l’efficacité digestive a été peu étudiée sous l’angle génétique parce qu’il n’existait pas de méthodes de mesure applicables à grande échelle. La digestibilité est évaluée par le biais du coefficient d’utilisation digestive (ou CUD), qui représente la proportion de l’énergie ou des nutriments absorbés par l’intestin. Son évaluation suppose de connaître les quantités d’aliments, et donc de nutriments, ingérées, et les quantités de nutriments excrétés par une collecte et une analyse chimique des fèces. Ces mesures contraignantes sont généralement effectuées sur un faible nombre de porcs isolés en loge individuelle. Les travaux scientifiques se sont donc limités à des comparaisons de races ou de lignées sur des effectifs restreints. Dans le projet Feed-A-Gene, financé par l’Union Européenne, une nouvelle méthode d’analyse des fèces a été élaborée pour permettre une mesure haut débit de l’utilisation digestive de l’énergie et de l’azote par les porcs en conditions d’élevage. Cette méthode a été appliquée pour mesurer l’efficacité digestive de deux lots d’environ 800 animaux Large White nourris avec soit un aliment conventionnel, soit un aliment à teneur élevée en fibres pour estimer la variabilité génétique de ce nouveau caractère et les corrélations génétiques et phénotypiques existant avec les autres caractères.

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