La base documentaire de l'IFIP

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Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, par Marie-José Mercat et al., poster

Poster. 

Peu de races locales porcines ont des programmes de sélection. En plus des généalogies déjà disponibles, mettre en place de tels programmes exige des phénotypes pour définir des objectifs de sélection puis estimer les valeurs génétiques des animaux. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes et de mieux caractériser les races, viandes et produits.

An online phenotype database: a prerequisite for breeding programs in local pig breeds

Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated with a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages: English, Croatian, French, German and Slovenian languages are already available, and other languages can be easily included. Stakeholders of all the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. Data can be hosted in a common database or in duplicate partner-specific databases. Once enough data have been recorded, genetic parameters (heritabilities, genetic correlations between traits) can be estimated and selection objectives defined for each local breed.

PDF icon 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, poster
2019

Une base de données moléculaires partagée au service de la surveillance de Listeria monocytogenes dans la chaîne alimentaire en France

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Benjamin Félix et al., Bulletin Epidémiologique Santé Animale - Alimentation (FRA), numéro spécial : sécurité sanitaire des aliments, janvier 2017, n° 77, p. 82-87

 Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. De ce fait, la surveillance des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle. Un dispositif efficace de surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire nécessite la centralisation de données de qualité et la production d’informations utiles et accessibles. L’Anses, au titre de ses mandats de Laboratoire de référence national (LNR) et de l’Union européenne (LRUE) pour Lm, fournit un appui scientifique et technique en amont de cette collecte de données. Elle assure notamment l’harmonisation des méthodes de typage des souches isolées de la chaîne alimentaire, l’organisation de formations et d’essai inter-laboratoires d’aptitude pour les laboratoires des réseaux français et européen. En France, dans le cadre de l’unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Anses et l’Institut du Porc (Ifip) ont travaillé depuis quatre ans au développement d’une base de données nationale pour la centralisation et le partage des données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux organismes. A terme, elle sera partagée avec quatre autres instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Cette base de données est interconnectée avec le système de base de données européen mis en place par le LRUE et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et permet la remontée au niveau européen des données collectées au niveau national. La base de l’UMT Armada contient actuellement 1 200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permet une surveillance plus fine des souches circulant en France dans les différentes filières alimentaires.

ENG

A shared molecular database for the surveillance of Listeria monocytogenes in the food chain in France

Listeria monocytogenes (Lm) is a ubiquitous bacterium responsible for a rare but serious infection: listeriosis. Transmitted through the consumption of contaminated food, listeriosis is fatal in 20% to 30% of cases. It mainly affects people with a weakened immune system. Therefore, the surveillance of strains isolated from the food chain and the environment is essential. An effective food chain surveillance system requires the centralisation of high-quality data and the production of useful and accessible information. ANSES, under its mandates as National Reference Laboratory (NRL) and European Union Reference Laboratory (EURL) for Lm, provides scientific and technical support prior to this data collection. In particular, it harmonises typing methods for strains isolated from the food chain, and organises training and inter-laboratory proficiency tests for laboratories in the French and European networks. In France, as part of the ARMADA Joint Technological Unit (UMT), ANSES and the French Pork and Pig Institute (IFIP) have been working for four years on the development of a national database for the centralisation and sharing of epidemiological and genetic data on the strains held by the two organisations. Over time, it will be shared with four other French technical institutes and the ANSES laboratories involved in Lm surveillance. This database is interconnected with the European database system developed by the EURL and the European Food Safety Authority, which makes it possible to report data collected nationwide at European level. The database of the ARMADA UMT currently contains 1,200 strains typed by PFGE, sharing 256 combined ApaI/AscI profiles. This tool is enhancing the surveillance of strains circulating in the various food sectors in France.

2017

Une base de données de typage partagée pour la surveillance de Listeria monocytogenes / A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data

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Les Cahiers de l'IFIP, 3(1), 53-58 - La revue R&D de la filière porcine française

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes faibles immunitairement et plus rarement des personnes en bonne santé. L’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée. De ce fait, la surveillance génétique des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle.
Dans le cadre de l’Unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Ifip et l’Anses ont travaillé depuis 4 ans à l’harmonisation de leurs protocoles de typage PFGE. Le besoin d’échanger leurs données de typage a abouti à la création d’une base de données nationale de typage partagée. L’objectif de cette base est de mettre en commun les données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux instituts. A terme, elle sera partagée entre quatre instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Elle contient actuellement 1200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permettra une surveillance accrue des souches circulant dans la filière porcine.

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2016

Une approche préliminaire des impacts environnementaux des aliments porcins

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Fiche n° 026 : réduction des impacts environnementaux et des consommations d'énergie

La quantification des impacts environnementaux d’un produit peut s’appuyer sur une méthode aujourd’hui bien connue et documentée : l’analyse de cycle de vie. Cette méthode, appliquée comme son nom l’indique à toutes les étapes du cycle de vie d’un produit, appréhende tous les processus d’amont ayant conduit à ce produit ; pour une matière première alimentaire : culture, transport, broyage, etc…
Les divers impacts sont aussi normalisés (nature et unité) et permettent de calculer : la contribution du produit au changement climatique (CC) en éq. CO₂, son effet sur la demande en énergie (EN) en MJ, sur l’occupation de surfaces (SOL) en m²/an, sur l’eutrophisation (EU) en éq. PO₄³- ou encore sur l’acidification (ACI) en éq. SO₂.
A partir de données d’impacts environnementaux connus pour chaque matière première, une étude menée par l’Ifip en collaboration avec l’INRA et la société MixScience propose une évaluation des impacts de l’aliment porc, dans différentes configurations représentatives de la production française et étudie plus particulièrement les possibilités de réduction des impacts Changement Climatique et Eutrophisation.

PDF icon fiche_bilan2014_026.pdf
2015

Une approche des seuils de teneurs en androsténone et en scatol déterminant l'acceptabilité des viandes de porcs mâles entiers par les consommateurs

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Trois études ont été réalisées avec des consommateurs Français pour établir les seuils d'androsténone pour l'acceptabilité des viandes fraîches de mâles entiers à la dégustation (côtelettes grillées). On a aussi évalué dans quelle mesure ces seuils dépendaient de la capacité des consommateurs à sentir l'androsténone pure. Un tiers, un cinquième et la moitié des consommateurs ne pouvaient pas sentir l'androsténone (INS), la percevait comme agréable (AGR) et désagréable (DES), respectivement.
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2012

Une application web pour le diagnostic de la biosécurité en élevage : PorcProtect

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Isabelle Corrégé, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 105

Impactant directement la santé en élevage, la biosécurité, est un corollaire indispensable de toute démarche crédible et durable de réduction de l’usage des antibiotiques. Par ailleurs, le niveau de cette biosécurité peut être effectivement amélioré dans de nombreux élevages. L’application web PorcProtect met à la disposition des éleveurs et des intervenants en élevage un outil d’évaluation de cette biosécurité et des préconisations en la matière.

PDF icon Isabelle Corrégé, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 105
2019

Une analyse de la relation entre prix du porc et prix des pièces

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Poster. En raison de sa nature libérale et concurrentielle, le marché du porc génère d’importantes fluctuations de cours, des animaux et des pièces qui en sont issues. Depuis toujours, ces prix apparaissent liés, mais la relation entre eux est plus complexe qu’il n’y paraît.
PDF icon Une analyse de la relation entre prix du porc et prix des pièces
2013

Une analyse de la relation entre prix du porc et prix des pièces

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Poster. Soumis depuis toujours à des fluctuations importantes de par la nature libérale et concurrentielle du marché du porc, les marchés du porc et des pièces ont historiquement été considérés comme étroitement liés. La réalité apparaît plus complexe aujourd’hui. L’objectif de cette étude est de proposer des éclairages sur la formation et la logique d’évolution du prix des pièces et du porc, d’établir s’il existe des relations solides et durables entre eux, pour finalement proposer des perspectives d’évolution du prix des pièces à court terme (entre 6 et 9 mois).

PDF icon jrp-2013-economie09_0.pdf
2013

Une analyse de la relation entre prix du porc et prix des pièces

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Poster. Soumis depuis toujours à des fluctuations importantes de par la nature libérale et concurrentielle du marché du porc, les marchés du porc et des pièces ont historiquement été considérés comme étroitement liés. La réalité apparaît plus complexe aujourd’hui. L’objectif de cette étude est de proposer des éclairages sur la formation et la logique d’évolution du prix des pièces et du porc, d’établir s’il existe des relations solides et durables entre eux, pour finalement proposer des perspectives d’évolution du prix des pièces à court terme (entre 6 et 9 mois).

PDF icon jrp-2013-economie09.pdf
2013

Une activité motrice coûteuse en énergie

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Nathalie Quiniou, Tech Porc (FRA), 2016, n° 29, mai-juin, p. 18-19

Depuis la mise en groupes des truies, celles-ci sont plus actives, et consomment davantage d'aliment. Les références d'alimentation intègrent déjà une position debout pendant deux heures par jour. Mais si la truie passe une heure de plus debout, ses besoins d'entretien augmentent de 4%.

PDF icon Nathalie Quiniou, Tech Porc (FRA), 2016, n° 29, mai-juin, p. 18-19
2016

Un socle de Bonnes Pratiques d’Hygiène bien appliqué en élevage

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Anne Hémonic, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 64

Le Guide de Bonnes Pratiques d’Hygiène (GBPH) a pour objectif d’aider les éleveurs à maîtriser la sécurité sanitaire de la viande de porc. Il propose des éléments concrets et adaptés de maîtrise des « dangers » identifiés pour le consommateur, mais aussi de la santé des porcs. Il donne l’opportunité de revoir la biosécurité dans les élevages.

Le GBPH porc a été officiellement validé par les services de l’Etat en 2012. Les mesures répertoriées sont considérées comme efficaces et suffisantes pour répondre à l’objectif de sécurité de la viande. A partir de 2010, un audit a été initié par les Organisations Professionnelles pour évaluer le degré de conformité des élevages à ces «bonnes pratiques» (BPH).

PDF icon Anne Hémonic, Bilan 2016, mai 2017, p. 64, fiche n° 29
2017

Un socle de Bonnes Pratiques d'Hygiène globalement bien appliqué

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Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 38-39, par Anne Hémonic

93,7 %, c'est le taux moyen de conformité aux bonnes pratiques d'hygiène des 1 539 élevages audités entre 2010 et 2013. Ce très bon résultat signifie que les démarches basées sur le Guide de Bonnes Pratiques d'Hygiène, notamment la maîtrise des Salmonelles en élevage, ou encore le plan Ecoantibio, reposent sur un socle de mesures déjà globalement bien maîtrisé.

PDF icon Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 38-39, par Anne Hémonic
2017

Un simulateur pour raisonner la rentabilité d'un projet de méthanisation agricole : Méthasim

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Pascal Levasseur, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 71

La méthanisation agricole poursuit son développement, mais requiert plus que jamais la mise à disposition de références techniques et économiques, en raison, notamment de la diversité croissante des projets sur le terrain, dans un contexte d’évolution de la réglementation. MéthaSim est un outil web de l’IFIP pour simuler le fonctionnement (types de substrats, caractéristiques techniques, dimensionnement, ...) et statuer sur l’intérêt économique d’un projet de méthanisation à la ferme (https://methasim.ifip.asso.fr).

La dernière version (2018) a été actualisée : outre la mise à jour des montants d’investissement et des coûts de fonctionnement (approche plus analytique, par poste de dépense ; meilleure prise en compte de l’effet d’échelle), le calculateur permet désormais de simuler l’intérêt économique de l’injection de biométhane et de comparer son intérêt à celui de la production d’électricité par co-génération. Il permet également d’approcher le coût du traitement des digestats. La base de données des potentiels méthanogènes qui accompagne cet outil a également été mise à jour en 2018 et enrichie par, notamment, une centaine de déchets organiques supplémentaires.

PDF icon Pascal Levasseur, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 71
2019

Un service de cotations en ligne

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Françoise Raynaud, Porc Mag (FRA), n° 531, mai, p. 32

Baroporc permet de suivre les marchés de la filière porcine : prix du porc, de l'aliment, des porcelets, cotations des pièces et au détail... en régions et France, dans l'UE et les principaux pays producteurs de porc...

2018

Un scanner à rayons X au service de la filière

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La filière porcine française, grâce à l'investissement de l'Office de l'élevage, d'Inaporc et de l'IFIP, vient de se doter d'un scanner RX mobile. Ce type d'équipement, dédié à l'origine au diagnostic médical, est particulièrement adapté à la mesure de la composition corporelle des animaux. Il permet de reconstruire des images en 3D basées sur les différences de densités des tissus et d'en mesurer les proportions par analyse d'image.
PDF icon Un scanner à rayons X au service de la filière
2008

Un outil pour réduire les consommations d’énergie dans les bâtiments d’élevage de porcs : MEDIBATE

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Michel Marcon, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 81

Avec l’évolution des prix de l’électricité en élevage, la gestion de l’énergie et les solutions pour en optimiser la consommation sont aujourd’hui à appréhender dans les projets d’investissement.

Pour représenter les flux énergétiques du système complexe animaux/ bâtiment/ climat, la modélisation permet de mobiliser les connaissances disponibles en un outil opérationnel.

Il s’agit ici de prédire les consommations d’énergie directes et indirectes de la manière la plus précise possible, en intégrant les descripteurs et caractéristiques propres à l’élevage.

Le modèle permet également d’optimiser ces consommations en adaptant ces caractéristiques et d’évaluer l’intérêt de solutions génératrices d’économies.

PDF icon Michel Marcon, Bilan 2016, mai 2017, p. 81, fiche n° 44
2017

Un outil pour l’aide à la décision d’investissement en élevage porcin : PORSIM

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Alexia Aubry, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 85

Les projets de création d’élevage porcin se sont raréfiés ces dernières années, mais la décision d’investir reste une question cruciale pour l’avenir.

Il s’agit aujourd’hui de projets de restructurations ou d’extensions, pour développer une activité, rechercher une meilleure cohérence de conduite, ou encore une amélioration technique ou sanitaire comme, par exemple, les projets s’accompagnant d’un dépeuplement-repeuplement.

Le modèle de simulation PORSIM, développé par l’IFIP dans les années 1980 pour analyser les projets de création d’élevage, a été entièrement repensé pour s’adapter à ces nouvelles attentes des utilisateurs, dans un tout autre contexte de production.

L’objectif actuel consiste à éclairer tout projet d’investissement dans un élevage existant, au moyen d’un outil simple à utiliser, connecté avec les données déjà disponibles pour l’élevage.

PDF icon Alexia Aubry, Bilan 2016, mai 2017, p. 85, fiche n° 48
2017

Un outil pour l’aide à la décision dans l’atelier d’engraissement porcin : Mogador

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Alexia Aubry, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 31

Pour réduire les impacts économiques et environnementaux de la production porcine, des outils sont utiles pour apprécier ces impacts (évaluation) et identifier les pistes d’amélioration (décision). Le modèle développé dans le cadre du projet MOGADOR produit les résultats technico-économiques de l’atelier d’engraissement et ses impacts environnementaux, à partir des caractéristiques de la structure de l’atelier (capacités, conduite et organisation) et des principales pratiques de gestion (alimentation, tri, ...).
L’originalité et la performance du modèle résident dans le fait qu’il prend en compte la variabilité des performances individuelles des porcs, en interaction avec les pratiques de l’élevage (conduite, alimentation) et sa structure. La qualité de prédiction du modèle et la procédure d’étalonnage établie permettent d’envisager son utilisation pour le conseil en élevage.

PDF icon Alexia Aubry, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 31, fiche n° 6
2018

Un outil pour évaluer le bien-être des porcs en croissance : BEEP

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Valérie Courboulay, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 29

Le bien-être des animaux est la combinaison de trois facteurs : l’éleveur, qui détermine ses pratiques de conduite d’élevage (soins, alimentation...) et intervient quotidiennement auprès de ses animaux, l’environnement des animaux (notamment les conditions de logement) et l’animal lui-même par sa capacité à évoluer dans son environnement.

Un des moyens de progresser sur cette question est de proposer à la disposition des éleveurs un outil leur permettant de s’autoévaluer, pour ensuite agir en connaissance de cause. L’observation des animaux, leur surveillance et les soins apportés formant le quotidien de l’élevage, la démarche suivie a été de s’appuyer sur ce savoir-faire pour co-construire avec des éleveurs un outil leur permettant de qualifier et mesurer le bien-être de leurs animaux.

PDF icon Valérie Courboulay, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 29, fiche n° 4
2018

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