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Software for automatic treatment of large biomedical images databases

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Measuring body composition of live animals or carcasses by CT involves the acquisition of large number of images. The software presented here is a simple and user friendly analysis tool for large images datasets. The software was developed in C# for windows. It permits to define instinctively by a graphical interface the different operations of an analysis scheme, and to apply the resulting treatment automatically to a large selection of images. Furthermore the software also easily allows the adding of new analysis operations. In the example presented here the software was able to apply a rather simple image analysis treatment for body composition measurement (threshold followed by mathematical morphology) on a dataset of more than 200 000 images in 838 minutes.

PDF icon monziols2013-3.pdf
2013

Software for predictive microbiology and risk assessment: A description and comparison of tools presented at the ICPMF8 Software Fair

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The 8th International Conference on Predictive Modelling in Food was held in Paris, France in September 2013. One of the major topics of this conference was the transfer of knowledge and tools between academics and stakeholders of the food sector. During the conference, a “Software Fair” was held to provide information and demonstrations of predictive microbiology and risk assessment software. This article presents an overall description of the 16 software tools demonstrated at the session and provides a comparison based on several criteria such as the modeling approach, the different modules available (e.g. databases, predictors, fitting tools, risk assessment tools), the studied environmental factors (temperature, pH, aw, etc.), the type of media (broth or food) and the number and type of the provided microorganisms (pathogens and spoilers). The present study is a guide to help users select the software tools which are most suitable to their specific needs, before they test and explore the tool(s) in more depth.

2015

Souches de Yersinia enterocolitica du porc et risques sanitaires

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Bastien Frémaux, Sabine Jeuge et Carole Feurer, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 53

Yersinia enterocolitica (Ye) est une entérobactérie régulièrement mise en cause dans les pathologies digestives et extra-digestives d’origine alimentaire. Elle est identifiée comme le 3ème agent zoonotique dans l’Union Européenne, derrière Campylobacter et Salmonella (EFSA and ECDC, 2016). Les souches de Ye sont classées en 3 groupes selon leur pouvoir pathogène. Les souches fortement pathogènes (BT1B), les souches pathogènes (BT2, 3, 4 et 5) et les souches considérées comme non pathogènes (BT1A). En France et dans de nombreux autres pays, le BT4 est celui le plus fréquemment isolé chez les cas humains (79%), suivi par le BT2 (19%) et le BT3 (2%). Le porc, porteur sain de Ye est reconnu comme le principal réservoir de Ye pathogène pour l’Homme et plusieurs études associent la consommation de viande de porc ou de charcuterie avec des cas de yersiniose. Une enquête menée par l’Anses en 2010 a montré l’importance de cette bactérie dans la filière porcine française. Les biotypes 1A, 2, 3 et 4 ont été retrouvés. Les souches pathogènes ont été isolées sur 13,7% des porcs charcutiers et dans 74,3% des lots de porcs. Outre la présence avérée de souches de biotypes pathogènes, il est important de décrire le risque sanitaire qu’elles représentent.

PDF icon Bastien Frémaux, Sabine Jeuge et Carole Feurer, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 53
2020

Sources of Campylobacter SP contamination of piglets in farrowing units of farrow-to-finish farms : first results

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Campylobacter sp. is one of the most frequent cause of human enteritis with Campylobacter jejuni more commonly implicated than C. coli. Campylobacter sp. has been isolated from raw beef, pork, limb, chicken and cooked meats. Campylobacters are often found in digestive tract of pigs (2, 8, 12, 14, 10, 3, 15, 4, 6). C. coli is the large predominant species (12, 14, 4, 6) but C. jejuni was also isolated in association with C. coli (3, 15, 9). Campylobacter colonization of the pigs seems to occur at an early age (3, 13, 15).
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2004

Spécial Plan de Relance "structuration de filières" : définir un schéma de construction de prix en filière porcine

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Lisa Le Clerc, Porc Mag (FRA), 2020, n° 558, décembre, p. 28

Dans le cadre du Plan de Relance, les entreprises de la filière porcine peuvent bénéficier d'aides pour leurs projets de "structuration filières". L'Ifip propose son expertise pour accompagner les groupes souhaitant mettre en place des indicateurs de prix de vente prenants en compte les coûts de production.

2020

Spécialisation territoriale et concentration des productions animales européennes : état des lieux et facteurs explicatifs

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Cet article porte sur l’évolution récente (depuis 2000) de la localisation des productions animales (lait de vache, viande bovine, porcs et volailles) au sein des Etats membres de l’Union Européenne. En utilisant les dernières données statistiques disponibles à un niveau géographique fin, une analyse est conduite sur les processus de concentration géographique et de spécialisation productive des territoires.

Les forces qui influent sur ces processus ne sont pas nouvelles et ont déjà fait l’objet de nombreux travaux d’économistes au fil du temps. Elles concernent principalement les avantages comparatifs, les économies d’échelle et d’agglomération ainsi que la qualité de la structuration industrielle et commerciale. Si les normes environnementales (directive Nitrates, Natura 2000…) et les mesures du développement rural (soutiens spécifiques aux agricultures des zones défavorisées) constituent un levier pour freiner voire diminuer la concentration animale, force est de constater que leur influence est souvent moins grande que les forces évoquées ci-dessus. La spécialisation productive des territoires demeure cependant un processus complexe. Une analyse de la co-localisation des productions animales met en évidence le fait que les productions de granivores (volailles et porcs) ont tendance à se localiser dans les zones géographiques similaires. Cependant, l’association porcs et vaches laitières est la plus fréquente dans les zones les plus denses en cheptel total. Le cheptel de vaches allaitantes a quant à lui tendance à être repoussé dans les zones défavorisées où les autres productions animales ont des difficultés à s’implanter ou à se maintenir.

Regional specialization and concentration of European livestock: situation and explanatory factors

This article aims at analyzing the recent location patterns (since 2000) of animal productions (milk, beef, pork, poultry and eggs) in the Member States of the European Union. The geographical concentration process and the productive specialization of territories are studied from the latest available statistical data at a fine geographical level. The drivers of this process are not new and have already been mentioned in many economists’ publications. They are related to comparative advantages, scale economies and agglomeration economies as well as to the industrial organization of the supply chain. Although the environmental standards (Nitrates Directive, Natura 2000…) and the rural development measures (specific support to farmers in less-favored farming areas) are viewed as a tool to limit or reduce animal concentration, their influence is often weak and not sufficiently strong to counterbalance the above-mentioned agglomeration forces. In addition, we compared the pattern of co-location of different animal production within EU countries and the specialization structure of European regions among countries. For example, the production of granivores (pigs and poultry) tends to be located in the same geographical areas. However, association of dairy cows and pigs is the most common in the most densely populated areas. Beef cattle tend to be located in low animal density areas where other livestock have difficulty being established or maintained.

2015

Spoilage of fresh turkey and pork sausages: Influence of potassium lactate and modified atmosphere packaging

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Ngoc-Du Martin Luong (Inrae) et al., Food Research International, 2020, volume 137, novembre, p. 1-14

Fresh poultry and pork meat products represent highly perishable products which are susceptible to spoil within a few days after production. Lactate addition and modified atmosphere packaging are common preservation strategies used to overcome spoilage. This study aimed to identify the effects of these strategies and their possible interactions on spoilage indicators simultaneously on fresh pork and turkey sausages. Ten batches of raw meat (turkey or pork) sausages were industrially produced with different lactate concentrations (0, 1 or 2% w/w in turkey and 0, 0.57 and 1.13% w/w in pork), packed under different gas mixtures (air, MAP1: 70% O2 – 30% CO2 and MAP2: 50% CO2 − 50% N2) and chill stored during 22 days. Spoilage responses including enumeration of total aerobic mesophilic and lactic acid bacteria, measurement of pH and colour, evaluation of visual defects and off-odour, were monitored. Effects of lactate and modified atmosphere packaging (MAP) as well as random effect of the batch variability were studied using a mixed effect model. Despite initial batch variability, significant effects of lactate and gas packaging were observed but in a different way in turkey and pork. Our results suggest that for fresh turkey sausages, the gas mixture enriched in oxygen enhanced off-odour perception and sausage discolouration from red to dark grey / brown colour. Unlike turkey sausages, in pork sausages, lactate did not significantly influence the monitored spoilage responses, whereas MAP (70% O2-30% CO2) reduced the off-odour perception. The developed model could be useful to estimate the effect of preservation strategies on spoilage occurrence while considering industrial batch variability.

source : https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0963996920305263/pdfft?md5=5227fed033c4a282d596c66be7b6f2ba&pid=1-s2.0-S0963996920305263-main.pdf

2020

Sponge vs excision technique for carcass sampling of beef, lamb and pig - Influence on process hygiene criteria and monitoring

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Brice Minvielle et al., 63e International Congress of Meat Science and Technology, Cork, Irlande, 13-18 août 2017, poster

According to EU regulations meat operators must comply with process hygiene criteria, specifi ed for carcasses in terms of daily mean log cfu/cm²
of Aerobic colony count (ACC) and Enterobacteriaceae (ENT). These limits shall apply only to carcass sampled by excision, but other sampling
methods may be used if it can be demonstrated to the satisfaction of the competent authority that it provides at least equivalent guarantees.
The present study was undertaken to evaluate for beef, sheep and pig carcasses (i) the effectiveness of two types of sponge swabbing for the
enumeration of ACC and ENT in comparison to excision sampling, (ii) the consequences on the evaluation of process hygiene counts and the
determination of alternative microbial limits, and (iii) the impact of the change of method on the hygiene monitoring of the slaughtering process.

PDF icon Brice Minvielle, 63e ICOMST, Cork, Irlande, 13-18 août, poster
2017

Stabilité de la couleur de la viande de porc fraîche

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La mesure de la formation de la metmyoglobine dans les muscles permet de suivre la stabilité de la couleur de la viande. Quatre muscles de porc : un muscle de type blanc glycolytique, Longissimus lumborum, 2 muscles de type intermédiaire, Pectoralis profundus et Triceps brachii lateralis et un ensemble de muscles rouges lents oxydatifs sont comparés. Les 3-4 premiers jours après l'abattage, le taux de metmyoglobine est nul puis il augmente de façon linéaire, plus ou moins rapidement selon les muscles : entre 2,91% et 9,34% par jour.
PDF icon Stabilité de la couleur de la viande de porc fraîche
2000

Stabilité des antibiotiques en présence de biocides désinfectants dans l’eau d’abreuvement des porcs

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Anne Hémonic et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, poster

En élevage, l’eau d’abreuvement est fréquemment traitée par un biocide désinfectant afin d’en améliorer la qualité bactériologique. Cette eau peut également servir de vecteur d’antibiotiques.

Cependant, la compatibilité entre les biocides désinfectants et les antibiotiques est mal documentée. L’objectif de cette étude est d’évaluer la stabilité des antibiotiques en présence de désinfectants dans l’eau de boisson.

PDF icon Anne Hémonic et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017
2017

Stabilité des antibiotiques en présence des biocides désinfectants dans l'eau d'abreuvement des porcs

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Anne Hémonic et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, p. 223-224, poster 

En élevage, l’eau d’abreuvement est fréquemment traitée par un biocide désinfectant afin d’en améliorer la qualité bactériologique. Cette eau peut également servir de vecteur de médicaments, dont les antibiotiques. Cependant, la compatibilité entre les biocides désinfectants et les antibiotiques est mal documentée. L’objectif de cette étude est d’évaluer la stabilité des antibiotiques en présence de désinfectants dans l’eau de boisson.

ENG

Stability of antimicrobials in contact with disinfectants in drinking water for pigs

In farms, when antimicrobials are administered through drinking water, they may be in contact with a disinfectant used to improve the bacteriological quality. The objective of this study is to evaluate the stability of antimicrobials in this situation. Six antimicrobials (amoxicillin, colistin, doxycycline, tylosin, trimethoprim and sulfadiazine) and three disinfectants (sodium hypochlorite, hydrogen peroxide and electrolyzed water) were tested. Each antimicrobial was tested as an active ingredient and as a veterinary medicinal product to assess the potential effect of the formulation. In a first step, antimicrobial assay was performed by high performance liquid chromatography in a stock solution with and without disinfectant, at T0, T12 and T24 hours, which is the usual storage period in farms. In a second step, the same assay was performed after neutralization of the disinfectant by sodium thiosulfate or sodium bisulfite. In a third step, the stock solution was incorporated at 5 % into disinfected water, to simulate a treatment administered by a dosing pump. All antimicrobials were stable with sodium hypochlorite. With hydrogen peroxide, amoxicillin was deteriorated by 13 % in step 1, but not in step 2 with sodium bisulfite. This disinfectant also impacted tylosin in step 3 (- 11 %). With electrolyzed water, colistin and sulfadiazine were rapidly deteriorated in step 1 (respectively -20 % and – 11 %), but not in step 2 with sodium thiosulfate. However, with the exception of trimethoprim, no antimicrobial was stable in step 3, which implies to connect the dosing pump to a circuit without electrolyzed water.

PDF icon Anne Hémonic et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, p. 223-224, poster
2017

Stabilité du prix des aliments entre 2015 et 2017

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Didier Gaudré, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 264, décembre, p. 14

Le coût matière des aliments d’engraissement a peu évolué en trois ans. Le contexte est favorable à la réduction de leur taux de protéines.

PDF icon Didier Gaudré, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 264, décembre, p. 14
2018

Stability of antimicrobials in contact with disinfectants in drinking water for pigs

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Anne Hémonic et al., 9th European symposium of porcine health management (ESPHM), 3-5 mai 2017, Prague, République tchèque

In farms, when antimicrobials are administrated through drinking water, they may be in contact with a disinfectant use to improve the bacteriological quality. The objective of this study is to evaluate the stability of antimicrobials in contact with a disinfectant.

PDF icon Anne Hémonic et al., 9th ESPHM, 3-5 mai 2017, Prague, République tchèque
2017

Staphylococcus aureus - Etat des lieux dans la filière porcine

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Les staphylocoques représentent la deuxième cause des TIAC (toxi-infections alimentaires collectives) en France recensées par l’Institut de veille sanitaire, derrière les salmonelles. Staphylococcus aureus produit de nombreuses entérotoxines nommées entérotoxines staphylococciques qui sont responsables des différentes TIAC. Contrairement au germe lui-même, ces entérotoxines sont fortement thermorésistantes et restent actives après les traitements thermiques classiquement appliqués aux produits à base de porc.

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2010

Staphylococcus aureus état des lieux dans la filière porcine

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Sur la période 1996-2006, les staphylocoques représentent la deuxième cause des TIAC (toxi-infection alimentaire collective) en France recensées par l’Institut de veille sanitaire derrière les salmonelles.

En Europe, en 2006, S. aureus représentait le quatrième agent responsable de TIAC avec 4,1 % des foyers. L’incidence peut varier de façon importante d’un pays à un autre selon le système de surveillance mis en place.
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2010

Staphylococcus aureus, état des lieux dans la filière porcine

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Les staphylocoques sont la deuxième cause des toxi-infections alimentaires collectives en France. Entre 2001 et 2003, les produits à base de porc serait à l’origine de 10% des TIAC à S. aureus.

L’objectif de l’étude est de dresser un bilan des connaissances sur Staphylococcus aureus dans la filière porcine.
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2010

Station d'expérimentation nationale porcine de Romillé - Bilan de fonctionnement

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La capacité et la conception de la Station d'Expérimentation Nationale Porcine de Romillé permettent de réaliser des expérimentations sur l'ensemble de la

chaîne de production - du futur reproducteur au porc charcutier - ainsi que sur la réduction des nuisances et des caractéristiques des effluents d'élevage.

Son fonctionnement technique s'articule autour d'un élevage naisseur-engraisseur

de 168 truies productives.

Romillé est à 20 km de l'implantation ITP de Le Rheu, et de la Station de Recherche

Porcine de l'INRA à Saint Gilles.
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2000

Station de sélection porcine : de meilleures performances avec une entrée à 10-14 jours d'âge

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2001

Station Expérimentale de Romillé : MAP, bien-être et environnement pour priorités

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2000

Statut de dangerosité des carcasses de porcs vis-à-vis du danger Campylobacter spp.

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Les Campylobacter représentent un danger bactérien majeur pour l’Homme, puisqu'ils sont responsables du plus grand nombre de gastro-entérites bactériennes dans le monde (OMS, 2000). Des quatre espèces isolées en France sur des cas humains (Gallay et al., 2005) il apparaît que la plus fréquente est C. jejuni (75%), puis C. coli (16,9%), et plus marginalement C. lari (0,3%) et C. upsaliensis (0,1%). Les données sur le réservoir animal et sur la contamination des viandes, quoique nombreuses, sont aujourd’hui insuffisantes pour une analyse quantitative du risque.
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2006

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