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Deciphering the genetic regulation of peripheral blood transcriptome in pigs through expression genome-wide association study and allele-specific expression analysis

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T. Maroilley et al., BMC Genomics, 2017, 13 décembre, volume 18, n° 1, 13 décembre,19 pages

Abstract

BACKGROUND:

Efforts to improve sustainability in livestock production systems have focused on two objectives: investigating the genetic control of immune function as it pertains to robustness and disease resistance, and finding predictive markers for use in breeding programs. In this context, the peripheral blood transcriptome represents an important source of biological information about an individual's health and immunological status, and has been proposed for use as an intermediate phenotype to measure immune capacity. The objective of this work was to study the genetic architecture of variation in gene expression in the blood of healthy young pigs using two approaches: an expression genome-wide association study (eGWAS) and allele-specific expression (ASE) analysis.

RESULTS:

The blood transcriptomes of 60-day-old Large White pigs were analyzed by expression microarrays for eGWAS (242 animals) and by RNA-Seq for ASE analysis (38 animals). Using eGWAS, the expression levels of 1901 genes were found to be associated with expression quantitative trait loci (eQTLs). We recovered 2839 local and 1752 distant associations (Single Nucleotide Polymorphism or SNP located less or more than 1 Mb from expression probe, respectively). ASE analyses confirmed the extensive cis-regulation of gene transcription in blood, and revealed allelic imbalance in 2286 SNPs, which affected 763 genes. eQTLs and ASE-genes were widely distributed on all chromosomes. By analyzing mutually overlapping eGWAS results, we were able to describe putative regulatory networks, which were further refined using ASE data. At the functional level, genes with genetically controlled expression that were detected by eGWAS and/or ASE analyses were significantly enriched in biological processes related to RNA processing and immune function. Indeed, numerous distant and local regulatory relationships were detected within the major histocompatibility complex region on chromosome 7, revealing ASE for most class I and II genes.

CONCLUSIONS:

This study represents, to the best of our knowledge, the first genome-wide map of the genetic control of gene expression in porcine peripheral blood. These results represent an interesting resource for the identification of genetic markers and blood biomarkers associated with variations in immunity traits in pigs, as well as any other complex traits for which blood is an appropriate surrogate tissue.

2017

La biosécurité en élevage de porcs : enjeux, observance, freins et perspectives de progrès

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Isabelle Corrégé et Anne Hémonic, Colloque de l’Association française de médecine vétérinaire (AFMVP), session : la biosécurité : l’alpha et l’oméga, courtes communications, cas pratiques, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes

La maîtrise de la santé en élevage de porcs est l’un des défis majeurs de la filière porcine. La biosécurité, qu’elle soit externe ou interne, impacte la santé en agissant comme facteur préventif de l’introduction ou de la propagation des maladies en élevage. De plus, des études françaises et étrangères montrent un lien entre le niveau de biosécurité et les usages d’antibiotiques, l’application de mesures strictes de biosécurité étant un des moyens de réduire les usages. D’autres études mettent également en lumière l’intérêt technico-économique de la biosécurité, les élevages avec les meilleures pratiques ayant des performances techniques optimisées et un écart de marge standardisée de l’ordre de 200 €/truie/an par rapport aux élevages avec des pratiques plutôt défavorables. Cependant, la mise en oeuvre des mesures de biosécurité est très variable selon les élevages et des axes de progrès persistent malgré de nombreuses actions de sensibilisation menées ces dernières années en particulier sous l’égide du plan Ecoantibio. Une des raisons est que ces démarches apparaissent parfois comme des contraintes supplémentaires nécessitant des investissements ou des modifications des pratiques sans nécessairement d’effets favorables sur les performances technico-économiques. D’autres freins sont également identifiés tels qu’une formation insuffisante des éleveurs sur ce sujet, la difficulté à prioriser les mesures, des contraintes économiques, etc. Afin d’améliorer cette situation, certaines mesures peuvent être déployées que ce soit en termes de formation, de communication, d’accompagnement des élevages par des audits ou au travers de démarches qualités. 

ENG

Biosecurity in pig herds : issues, compliance, obstacles and improvement ways

The health control in pig herds is one of the major challenges of the pig industry. Biosecurity, whether external or internal, impacts health by acting as a preventive factor in the introduction or spread of diseases. Moreover, French and international studies show a link between the level of biosecurity and the use of antibiotics: the application of strict biosecurity measures is one of the ways to reduce their usage. Other studies show the technical and economic impact of biosecurity: pig farms with high biosecurity levels have optimized technical performances. The difference of standardized margins between these farms and those with lower biosecurity levels is estimated at around 200 €/sow/year. However, the application of biosecurity measures varies considerably between farms. The marge of improvement remains important despite numerous awareness-raising measures carried out in recent years, in particular within the French Ecoantibio plans. One of the reasons is that biosecurity sometimes appears as an additional constraint requiring investment or changes in practices without necessarily having a favorable effect on technical and economic performances. Other influences are identified, such as inadequate training of farmers on this subject, difficulty in prioritizing measures, economic pressure, etc. In order to improve this situation, some measures can be deployed: training, communication, biosecurity audits or quality assurance schemes. 

PDF icon Isabelle Corrégé et Anne Hémonic, colloque de l'AFMVP, le 30 novembre-1er décembre 2017, Rennes
2017

Transport de porcs vivants : la biosécurité est essentielle

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Isabelle Corrégé et Anne Hémonic, Colloque de l'Association française de médecine vétérinaire porcine (AFMVP), session : la biosécurité : l'alpha et l'oméga, courtes communications, cas pratiques, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes

Le transport des porcs vivants est un des principaux risques de transmission de maladies entre pays, régions ou élevages. Un nombre très important de camions avec des porcs circulent sur notre territoire. La situation sanitaire à l'égard de la peste porcine africaine (PPA) qui s’étend vers l’ouest de l’Europe et de la diarrhée épidémique porcine (DEP) décrits dans plusieurs pays européens et en France doit inciter les acteurs à renforcer leur vigilance. En France, une partie du territoire et certains élevages sont négatifs SDRP et l’objectif est de maintenir ce statut. Le renforcement des mesures de biosécurité liées aux transports est donc nécessaire pour limiter le risque de propagation de ces maladies.

PDF icon Isabelle Corrégé et Anne Hémonic, colloque de l'AFVMP, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes
2017

La biosécurité comme levier d’amélioration technico-économique en élevage de porcs

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Isabelle Corrégé et Anne Hémonic, Bulletin des GTV (FRA), 2017, numéro spécial, p. 109-115

La biosécurité et les bonnes pratiques d’hygiène en élevage de porcs sont aujourd’hui primordiales pour répondre aux évolutions réglementaires (Guide de Bonnes Pratiques d’Hygiène), pour maîtriser la santé et donc permettre une diminution de l’usage des antibiotiques (Plan EcoAntibio). Cependant, la mise en oeuvre des mesures de biosécurité est très variable selon les élevages et des axes de progrès persistent, pour partie parce que les acteurs ne perçoivent pas le retour sur investissement de la mise en place de mesures de biosécurité. Les conditions d’élevage, dont la biosécurité, impactent la santé en agissant comme facteurs protecteur ou de risque de l’expression des maladies. De plus, des études françaises et étrangères montrent un lien entre le niveau de biosécurité et les usages d’antibiotiques, l’application de mesures strictes de biosécurité étant un des moyens de réduire les usages. D’autres études mettent également en lumière l’intérêt technico économique, les élevages ayant les meilleures pratiques ont des performances techniques optimisées ce qui se traduit par un écart de marge standardisée avec les élevages ayant des pratiques plutôt défavorables de l’ordre de 200 € par truie et par an.

2017

La qualité de l’eau en élevage : cas pratiques, retours d’audits

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Anne Hémonic, Colloque de l’Association française de médecine vétérinaire (AFMVP), session : la biosécurité : l’alpha et l’oméga, courtes communications, cas pratiques, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes

La qualité de l’eau d’abreuvement fait partie des mesures de biosécurité essentielles pour maîtriser l’état sanitaire d’un cheptel. En effet, une mauvaise qualité bactériologique et/ou physico-chimique de l’eau peut impacter le statut sanitaire des élevages, soit de façon directe (transmission d’agents pathogènes dans l’eau d’abreuvement), soit de façon indirecte (présence d’éléments interférents, comme le fer, le manganèse ou le calcium qui peuvent réduire la solubilité des médicaments solubles, diminuer l’efficacité désinfectante de la chloration ou entretenir le dépôt d’un biofilm hébergeant des agents pathogènes).
Dix formations, pris en charges par le Plan Ecoantibio, ont été réalisés par l’Ifip sur les 12 derniers mois. Le programme portait sur l’eau d’abreuvement (la qualité bactériologique et physico-chimique de l’eau, la gestion des abreuvoirs) et l’administration de traitement par pompe doseuse. 77 vétérinaires et techniciens ont suivi la formation en salle qui s’est prolongée, à cinq reprises, par un audit en élevage. L’objectif de cet article est de présenter quelques retours d’expérience sur les audits réalisés (constats et recommandations formulées).

PDF icon Anne Hémonic, colloque de l'AFMVP, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes
2017

La démarché GVET (Gestion des traitements VETérinaires en élevage) pour moderniser le registre des traitements et mesurer les usages d'antibiotiques en élevage porcin

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Anne Hémonic et al., Colloque de l’Association française de médecine vétérinaire (AFMVP), session : la biosécurité : l’alpha et l’oméga, courtes communications, cas pratiques, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes

L’éleveur est l’infirmier de son élevage : il prépare et administre les traitements aux animaux, conformément aux prescriptions vétérinaires. A ce titre, il endosse de nombreuses responsabilités : la santé et le bien-être des animaux, la sécurité et salubrité de la viande de porc, la sécurité du personnel de l’élevage.
Bien que la traçabilité des traitements vétérinaires en élevage soit obligatoire depuis 2000 (1), la quasi-totalité des éleveurs collecte actuellement ces informations sur support papier, sous des formats hétérogènes. La seule motivation est bien souvent de répondre aux obligations de traçabilité de l’utilisation des médicaments vétérinaires en élevage, régulièrement contrôlées par les Services de l’Etat. Cette réglementation est perçue comme une contrainte car elle exige une saisie répétitive et de peu d’intérêt, sans aucune valorisation afférente des données.
Désormais, de nouveaux éléments de contexte incitent à moderniser ce registre des traitements et à suivre les usages d’antibiotiques : les deux plans Ecoantibio (2, 3) recommandent de créer des outils d’auto-évaluation des usages d’antibiotiques en élevage à destination des éleveurs et des vétérinaires ; un Arrêté Ministériel de 2015 (4) demande aussi aux éleveurs de faire état des quantités et catégories d’antibiotiques utilisés sur une période donnée.
La démarche GVET (Gestion des traitements VETérinaires en élevage), entreprise par l’Ifip, l’Anses et Isagri et financée par le Plan Ecoantibio, vise à répondre à ces nouveaux enjeux : la modernisation du registre des traitements en élevage et la mesure standardisée et officielle des usages d’antibiotiques en élevage.

PDF icon Anne Hémonic et al., colloque de l'AFMVP, 30 novembre et 1er décembre 2017, Rennes
2017

En 2016, hausse de la rentabilité en Europe, baisse en Amérique

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Boris Duflot, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 12-14

Dossier économie : concurrence internationale et marchés

Les résultats InterPig de 2016 montrent une baisse des coûts de revient du porc dans la majorité des pays européens. Les marges des élevages se renforcent également grâce à la hausse des prix du porc. La situation est à l’opposé outre-Atlantique. Les prix du porc y baissent globalement. Les éleveurs brésiliens font de plus face à une forte hausse du coût alimentaire.

PDF icon Boris Duflot, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 12-14
2017

Abattage-découpe de coches, changements en France et en Europe

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Bérengère Lecuyer, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 15-17

Dossier économie : concurrence internationale et marchés

La viande de coche, moins chère que celle de porc charcutier, est recherchée par les transformateurs pour ses qualités organoleptiques et technologiques. La France tend à diminuer ses exportations de coches. Mais l’Allemagne occupe toujours une place centrale dans l’abattage et la découpe des coches en Europe, ce qui donne lieu à des restructurations et partenariats industriels.

PDF icon Bérengère Lecuyer, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 15-17
2017

Système d’alerte : peut-on prédire les boiteries des truies gestantes ?

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Michel Marcon et Valérie Courboulay Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 20-21

Distributeurs automatiques d’aliments, abreuvoirs connectés, pesées en routine, antenne verrat et accéléromètres constituent des sources d’informations passionnantes pour étudier le comportement des truies. Depuis la mise aux normes bien-être des truies, ces données peuvent constituer un vivier très utile pour épauler l’éleveur dans son travail.

PDF icon Jan-Peter Van Ferneij, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 10-11
2017

Comment la castration et la coupe de la queue influent sur les allaitements

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Valérie Courboulay, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 22-24

Les pratiques de castration entrent dans une organisation du travail en élevage et sont souvent réalisées à un jour précis dans la semaine et donc un âge défini des porcelets.
Or les premiers jours de vie des animaux sont une période clé sur la mise en place des allaitements et déterminent au sein de la portée l’ordre d’accès aux tétines. Nous avons voulu voir si l’âge auquel sont pratiquées les interventions pouvait perturber les allaitements et avoir des conséquences sur les porcelets.

PDF icon Valérie Courboulay, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 22-24
2017

Truie gestante : la perception des problèmes de boiterie

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Nathalie Quiniou (IFIP) et Lucile Montagne (Agrocampus Ouest), Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 25-27

Quatre étudiants d’Agrocampus Ouest sont allés à la rencontre d’acteurs de la filière porcine pour les interroger sur leur perception chez la truie gestante des facteurs de risque de problèmes de boiterie chez la truie gestante, notamment liés aux onglons.

PDF icon Nathalie Quiniou (IFIP) et Lucile Montagne (Agrocampus Ouest), Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 25-27
2017

Suivi de l’activité individuelle et quotidienne de truies gestantes

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Nathalie Quiniou, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 28-29

Plus la truie gestante est active et lourde, plus elle dépense d’énergie aux dépens de la reconstitution de ses réserves et du développement de sa portée. La prise en compte de ce critère est envisagée pour ajuster la ration au jour le jour. L’amplitude de cet ajustement serait-elle anodine ou non ?

PDF icon Nathalie Quiniou, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 28-29
2017

Détection rapide des odeurs de mâle entier en abattoir

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Laurie Detrimont et al., Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 43-45

Garantir une qualité de viande satisfaisante pour le consommateur est la principale finalité de la filière. Conformément à la déclaration d’intention européenne sur les alternatives à la castration chirurgicale des porcelets, la mise en oeuvre d’une technique de détection des odeurs, industrielle, objective et reconnue, au sein de l’abattoir et d’une gestion efficace des carcasses identifiées comme malodorantes est l’une des conditions sine qua non pour supprimer la castration.

PDF icon Laurie Detrimont et al., Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 43-45
2017

Le porc fermier plein air «respectueux» Lur Berri à base de Duroc

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Patrick Chevillon, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 46-48

Lur Berri et Arcadie ont osé avec succès l’utilisation de verrats Duroc purs pour une production de porcs plein air. L’objectif est de produire une viande fraîche et des charcuteries sèches à la hauteur du patrimoine gastronomique du Sud-Ouest. Serge Pinquie, le responsable filière porcs de Lur Berri, revient sur ce choix génétique. Louis Massabeau, Directeur des abattoirs Arcadie de Bayonne, nous décrit les plus de cette viande.

PDF icon Patrick Chevillon, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 46-48
2017

Facteurs de risque de morsures de queue. Les courants électriques parasites

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Valérie Courboulay, Tech Porc (FRA), n° 38, novembre-décembre, p. 1-2

Fiche n° 13

En élevage, deux situations peuvent être à l’origine de courants parasites (ou vagabonds) qui se traduisent par une agitation accrue des animaux pouvant aller jusqu'à des comportements comme la morsure de la queue :
• Un défaut de mise à la terre, c’est-à-dire un raccordement défectueux ou inexistant de tous les équipements électriques et/ou métalliques à la terre de l’exploitation.
• Une montée en charge d’électricité statique suite à des vibrations ou des frottements sur des éléments métalliques non électriques.

PDF icon Valérie Courboulay, Tech Porc (FRA), n° 38, novembre-décembre, p. 1-2
2017

Réduire le taux de protéines pour moins d'antibiotiques

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Didier Gaudré, Tech Porc (FRA), n° 38, novembre-décembre, p. 4-5

La réduction du taux de protéines des aliments est une aide efficace pour réduire l’intensité et la fréquence des diarrhées. Les essais réalisés par l’Ifip montrent qu’un taux de protéines de 17 % de l’aliment 1er âge est envisageable en pratique. Même si une réduction de performances est observée, la distribution d’un aliment 2ème âge correctement pourvu en acides aminés conduit à l’obtention de performances équivalentes à l’issue du post-sevrage.

PDF icon Didier Gaudré, Tech Porc (FRA), n° 38, novembre-décembre, p. 4-5
2017

L'Asie, moteur des exportations européennes

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Jan-Peter Van Ferneij, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 10-11

Dossier économie :concurrence internationale et marchés

Malgré des obstacles qui surviennent régulièrement, les exportations de l’UE vers les pays tiers suivent une tendance croissante. L’importance de l’Asie s’accentue, surtout en 2016 avec l’explosion de la demande chinoise. L’Asie absorbe ainsi 80 % des exportations européennes.

PDF icon Jan-Peter Van Ferneij, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 10-11
2017

Les labels bien-être animal aux Pays-Bas, en Allemagne et au Danemark : analyse et enseignements

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Christine Roguet, 17es Journées d'études de Productions porcines et avicoles, le 22 novembre 2017, Namur, Belgique

Au sein de l’Union Européenne (UE), avec un gradient décroissant du nord au sud, l’élevage fait l’objet de nombreux débats relatifs à son impact sur les milieux naturels et la santé, à la manière dont sont traités les animaux et aux modes d’élevage, jugés trop intensifs (Delanoue et Roguet, 2015, Roguet et al., 2016). Ces dernières années, les attentes autour du bien-être animal ont fortement augmenté. A l’échelle européenne, en 2015, 94 % des citoyens jugent important le bien-être des animaux de ferme (57 % très, 37 % assez) et 82 % estiment qu’il devrait être mieux protégé (44 % incontestablement, 38 % probablement) (Eurobarometer, 2016). D’après le sondage d’opinion que nous avons réalisé en juin 2016 dans le cadre du projet de recherche ACCEPT1, l’attente la plus forte envers l’élevage des Français est que les animaux aient accès à l’air libre. 60 % d’entre eux jugent prioritaire d’offrir un accès au plein air à tous les animaux et 96 % sont favorables à un étiquetage des produits selon ce critère (Delanoue et al., 2017). Les nombreuses études réalisées sur les attentes des citoyens en termes de bien&‚08;être animal montrent qu’ils sont particulièrement sensibles aux critères suivants : nourriture et eau en quantité suffisante, absence de maladies, espace par animal, accès au plein air, possibilité de se comporter naturellement, bonne relation homme&‚08;animal, bonnes conditions de transport et d'abattage (Janssen et al., 2016) 2. A l’échelle européenne, plus de la moitié des personnes déclarent rechercher sur les produits, lors de leurs achats, les labels indiquant le niveau de bien&‚08;être animal, avec de fortes différences entre pays : 73 % des Néerlandais, 67 % des Danois, 61 % des Français, 60 % des Allemands mais 37 % des Espagnols (Eurobarometer, 2016). Ceci a déjà conduit un certain nombre de pays à mettre en place des labels pour étiqueter les produits selon le bien-être animal. Leur objectif est double : permettre aux consommateurs de choisir leurs produits animaux en fonction de leurs convictions et de leur budget, et faire progresser les conditions de vie du plus grand nombre d’animaux de rente. L’étiquetage doit permettre le financement par le marché des évolutions souhaitées des systèmes et pratiques d’élevage.
Cependant le consentement à payer est limité 3, du moins dans un premier temps, lorsque les labels n’existent pas, ou manquent de transparence, et en l’absence de campagnes d’information et de sensibilisation des citoyens. En effet, lorsqu’il ne parvient pas à bien identifier les différences entre produits, le consommateur tend à choisir le moins cher.
D’après Denver et al., (2017), ceci explique en partie la faible relation entre les attentes exprimées par le citoyen et son comportement d’achat.  

PDF icon Christine Roguet, 17e JPPA, le 22 novembre 2017, Namur, Belgique
2017

La place de l'éleveur sur la question du bien-être animal

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Visuels d'intervention présentés, par Valérie Courboulay, 14e Journée Régionale Porc, le 21 novembre 2017, Pontivy (Bretagne, France), thème : du bien-être pour les animaux et les éleveurs

PDF icon Visuels d'intervention présentés, par Valérie Courboulay, 14e Journée Régionale Porc, le 21 novembre 2017, Pontivy
2017

Initiative et labels "Bien-être" animal en Allemagne, Danemark et Pays-Bas

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Christine Roguet, 14e Journée régionale porcine, 21 novembre 2017, Pontivy, p. 16-17

La montée de la contestation de l’élevage pour son impact sur l’environnement, la santé et le bien-être animal a conduit les pays du nord de l’Europe à créer des labels « bien-être » pour étiqueter les produits. La présente analyse repose sur une veille bibliographique, en langue nationale, et des missions en Allemagne, au Danemark et aux Pays-Bas.

PDF icon Christine Roguet, 14e Journée régionale porcine, 21 novembre 2017, Pontivy, p. 16-17
2017

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