La base documentaire de l'IFIP

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Additive and dominance genomic parameters for backfat thickness in purebred and crossbred pigs

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Mohammadpanah M (Shahid Bahonar University of Kerman, Iran) et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 291, poster

In pig crossbreeding programs, genetic evaluation has been based predominantly on purebred data accounting only for additive genetic effects, whereas improving crossbred performance is the ultimate goal. Theoretically, a combined crossbred and purebred selection method is advised if genetic correlation between purebred and crossbred populations differ from unity. If dominance effects are large enough, assortative mating strategies can enhance the total genetic values of the offspring. Hence, estimates of genetic parameters for purebreds and crossbreds are needed to assess the best selection crossbreeding scheme strategies. In this study, additive and dominance genetic variance components and additive and dominance genotypic correlations between a Piétrain and a Piétrain × Large White populations were estimated for backfat thickness (BFT). A total of 607 purebreds and 620 crossbred BFT records were analysed with a genotypic bivariate model that included hot carcass weight and inbreeding coefficient as covariates, an additive and a dominance genotypic effects, and a pen nested within batch random effect. Genetic parameters were estimated with EM-REML plus an additional iteration of AIREML to obtain the asymptotic standard deviations of the estimates. The additive genotypic correlation between purebreds and crossbreds was high, 0.82, indicating that the genetic progress attained in the purebreds can mostly be transferred to the crossbreds. Dominance genetic variance represented about 10% of the BFT phenotypic variance in both populations, suggesting that assortative matings could slightly enhance both purebred and crossbred performances. However, the underlying genetic mechanisms responsible for the dominance effects could differ between populations since dominance genotypic correlation was 0.49.

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Digestive efficiency is a heritable trait to further improve feed efficiency in pigs

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Vanille Déru (INRA/ France Génétique Porc) et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 415

The use of diets with dietary fibres from alternative feedstuffs less digestible for pigs is a solution considered to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative diet with fibres on individual digestive efficiency coefficients, and to estimate their heritabilities and genetic correlations with other production traits. A total of 480 Large White pigs were fed a high fibre diet (FD) and 547 of their sibs were fed a conventional diet (CO). For each animal, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrophotometry.

Individual daily feed intake (DFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR) were recorded as well as lean mean percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits. The FD pigs had significantly lower DC than CO pigs (-5 to 6 points). The DC were moderately to highly heritable, with heritabilities ranging from 0.41±0.14 to 0.50±0.15 in CO, and from 0.62±0.17 to 0.70±0.17 in FD. Genetic correlations between DC and ADG (from -0.65 to -0.52), FCR (from -0.75 to -0.33), and DFI (from -0.83 to -0.57) were high and negative in both diets. The DC were slightly unfavourably correlated with CY (from -0.24 to -0.11) and favourably correlated with LMP (from 0.03 to 0.29). Genetic correlations were generally unfavourable with meat quality traits (from -0.75 to 0.09). Genetic correlations of DC between diets were close to 1, so no interaction between feed and genetics could be evidenced for these traits. To conclude, DC measured in farm conditions are interesting criteria for selection to account for animal digestive capacity, due to moderate to high heritabilities and high genetic correlations with FCR.

However, according to these first results, it would have to be selected together with carcass yield and meat quality to avoid adverse genetic trends on the latter traits.

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Couverture du Porc par les chiffres

Le porc par les chiffres 2019-2020

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Les chiffres clés les plus récents des filières porcines dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel...) et de la filière porcine en France ; les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous !

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques. 

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande :

Edition IFIP, 39 pages, 16 X 24

25,00 €

Dissecting total genetic variance into additive and dominance components of purebred and crossbred pig traits

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Llibertat Tusell et al., Animal, 23 mai 2019, 11 pages

The partition of the total genetic variance into its additive and non-additive components can differ from trait to trait, and between purebred and crossbred populations. A quantification of these genetic variance components will determine the extent to which it would be of interest to account for dominance in genomic evaluations or to establish mate allocation strategies along different populations and traits. This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain × Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into six groups of traits: growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behaviour, boar taint and puberty. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models, including additive and dominance genotypic effects, and a genomic inbreeding covariate allowed to retrieve the additive and dominance single nucleotide polymorphism variances for purebred and crossbred performances. These estimated variances were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Estimates of the Piétrain and Large White allelic contributions to the crossbred variance were of about the same magnitude in all the traits. Estimates of additive genetic variances were similar regardless of the inclusion of dominance. Some traits showed relevant amount of dominance genetic variance with respect to phenotypic variance in both populations (i.e. growth rate 8%, feed conversion ratio 9% to 12%, backfat thickness 14% to 12%, purebreds-crossbreds). Other traits showed higher amount in crossbreds (i.e. ham cut 8% to 13%, loin 7% to 16%, pH semimembranosus 13% to 18%, pH longissimus dorsi 9% to 14%, androstenone 5% to 13% and estradiol 6% to 11%, purebreds-crossbreds). It was not encountered a clear common pattern of dominance expression between groups of analysed traits and between populations. These estimates give initial hints regarding which traits could benefit from accounting for dominance for example to improve genomic estimated breeding value accuracy in genetic evaluations or to boost the total genetic value of progeny by means of assortative mating.


Santé des animaux : les limites de la sélection génétique face aux maladies

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Marie-José Mercat, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2019, n° 270, juillet-août, p. 44-45

Des leviers génétiques existent pour sélectionner des animaux résistants à certains variants d’agents infectieux comme E. coli.

Mais une résistance globale aux maladies, ou simplement à tous les variants d’E. coli, semble illusoire.

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Towards the quantitative characterisation of piglets’ robustness to weaning: A modelling approach

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M Revilla et al., Animal, 2019, volume 16, mai, 11 pages

Weaning is a critical transition phase in swine production in which piglets must cope with different stressors that may affect their health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises both economic and public health concerns such as the appearance of antimicrobial-resistant microbes. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animals’ capacity to endure the challenges associated with weaning. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. A total of 325 Large White pigs weaned at 28 days of age were monitored and further housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning, and blood was sampled at weaning and 1 week later for collecting haematological data. A dynamic model was constructed based on the Gompertz–Makeham law to describe live weight trajectories during the first 75 days after weaning, following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). Model calibration was performed for each animal. Our results show that the transition time between the two time windows, as well as the weight trajectories are characteristic for each individual. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation, with an average coefficient of determination of 0.99, and a concordance correlation coefficient of 0.99. The utility of the model is that it provides biologically meaningful parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. Our rationale is that the dynamics of weight inform on the capability of the animal to cope with the weaning disturbance. Indeed, there were significant correlations between model parameters and individual diarrhoea scores and haematological traits. Overall, the parameters of our model can be useful for constructing weaning robustness indexes by using exclusively the growth curves. We foresee that this modelling approach will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.


Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 84

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. L’information du génome des animaux est également prise en compte dans les lignées femelles Large White (LW) et Landrace français (LF). Chaque semaine, les meilleurs candidats LW et LF sont génotypés sur puces ADN basse densité. Puis les génotypages haute densité sont reconstitués par imputation, permettant ainsi d’optimiser les coûts. Pour consolider les populations de référence, les reproducteurs les plus utilisés en sélection sont de nouve

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Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 89-90

Le programme de conservation des races locales porcines est destiné à suivre les races Porc Pie Noir du Pays Basque, Porc de Bayeux, Porc Gascon, Porc Cul Noir Limousin, Porc Blanc de l’Ouest et Porc Nustrale.
L’IFIP intervient dans la réalisation et la mise en place de ce programme à 2 niveaux : in situ en suivant les animaux présents en élevage et ex situ en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.
L’IFIP contribue également à évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP est en charge de l’animation de l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs : LIGERAL.
Ce dernier est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture comme organisme de sélection porcine pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines.
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Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

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Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
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Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

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Animation technique pour le compte de l'Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel et Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 86

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique porcine, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’œuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

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Etude de la composante génétique du défaut « jambon déstructuré »

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Sandrine Schwob, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 57

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son élimination. Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’origine génétique du défaut afin de réduire la fréquence d’apparition par la voie génétique.

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Diversité génétique des souches de Listeria isolées dans la filière porcine en France

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Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 46

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie responsable d’une zoonose rare mais grave appelée listériose qui cause 300 à 400 infections par an en France et s’avère mortelle dans 20 à 30% des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. La gravité de l’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée.
La contamination des aliments peut survenir à partir de matières premières animales ou végétales mais plus particulièrement à partir de l’environnement des sites de production dans lequel les souches de Lm sont capables de survivre, de persister et de s’implanter. La technique MLST (Multi Locus Sequence Typing) est devenue la méthode standardisée au niveau international pour analyser la structure génétique des populations de Lm. Fondée sur le polymorphisme de séquence de 7 gènes de ménage, cette méthode permet l’attribution d’un «complexe clonal» (CC) à une souche. En France, les CC1, CC2, CC4, CC6 sont décrits comme hyper virulents et fréquemment isolés de cas cliniques.
Les CC9 et CC121 sont quant à eux isolés plus fréquemment d’aliments que de cas cliniques. Les CC9 et CC121 sont prévalents dans tous les compartiments de production alimentaire.
Entre 2015 et 2017, l’Ifip en partenariat avec l’Anses de Maisons-Alfort ont mené une étude qui visait à obtenir une meilleure connaissance de la diversité des souches de Listeria monocytogenes (Lm) afin de mieux caractériser la manière dont elle circule dans la filière porcine.
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Le porc biologique : un marché de niche en lente progression

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Vincent Legendre et Laurent Alibert, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 40

Occupant une place importante dans les débats des Etats Généraux de l’alimentation, la différenciation par les signes de qualité est en enjeu important pour les filières animales. Le développement concerne en particulier le Label Rouge et les produits issus de l’Agriculture Biologique.
En partenariat avec l’ITAB (Institut de l’Agriculture et de l’Alimentation Biologique), l’IFIP suit l’évolution, de la production et du marché, du porc biologique.
En 2018, un point complet sur les enjeux et les perspectives de la filière a été réalisé et diffusé. En particulier, une journée technique co-construite par l’IFIP et l’ITAB a rassemblé professionnels de la filière et chercheurs en novembre 2018 autour des questions d’élevage, de transformation, de commercialisation et de consommation.
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Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44

Les actions de la filière porcine française pour maîtriser le risque de salmonelle sont nombreuses et réparties sur chaque maillon de notre filière. Il n’est pas simple de connaître l’ensemble de ces mesures et d’avoir une idée de la cohérence du dispositif quand on se trouve au sein d’un maillon.
L’Ifip qui bénéficie d’une vue d’ensemble a décrit dans ce programme l’ensemble du dispositif de maîtrise, afin de souligner sa cohérence et sa pertinence. La DGAL et l’ANSES ont également participé à ce travail descriptif.
Outre le partage de la connaissance du dispositif salmonelle français pour tous les opérateurs de la filière, ce travail a également vocation à aider les entreprises exportatrices à expliquer aux services sanitaires étrangers l’architecture et la performance du dispositif français.
Ainsi la description est technique mais aussi pédagogique pour les techniciens comme les commerciaux oeuvrant sur les marchés exports de viandes et de charcuteries.

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Sélectionner sur l’adiposité pour améliorer la qualité

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Sandrine Schwob et al., Réussir Porc / Tech Porc (FRA), 2019, n° 268, mai, p. 44-46

L’Ifip et l’Inra mettent l’accent sur les atouts des tissus adipeux et définissent les nouveaux enjeux en termes de stratégie de sélection porcine.

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Diversité des races locales et de leurs systèmes de production pour des produits d’excellence

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Marie-José Mercat, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 39

Ce projet européen vise à développer des filières durables basées sur 20 races locales européennes sous exploitées. Les génomes des races sont analysés. Leurs performances, besoins nutritionnels et impacts environnementaux sont évalués dans leurs systèmes de production spécifiques pour faire le lien entre pratiques d’élevage et qualité intrinsèque des produits.
Les attentes des consommateurs et les stratégies de commercialisation sont intégrées dans le périmètre d’étude.
Démarré en 2015, le projet se termine fin mars 2019.
En France, les travaux portent principalement sur la race Gascon et dans une moindre mesure sur la race Basque.

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La filière porcine polonaise : sur le fil entre potentiel et menaces

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Lisa Le Clerc et Elisa Husson, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 34

La filière porcine polonaise tire parti de sa compétitivité et de ses avantages en coûts de main d’œuvre. Son développement reposant sur l’exportation de produits et l’importation d’animaux est menacé par les restrictions qui seraient imposées par l’extension de la Fièvre Porcine Africaine (FPA). Cette étude vise à comprendre les caractéristiques du modèle de production polonais.

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Veille internationale : les faits marquants de 2018

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Elisa Husson, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 30

Les entreprises de la filière porcine française sont confrontées à une forte concurrence internationale sur le marché européen et hors-UE.
La veille économique internationale de l’IFIP suit et analyse les évènements et les tendances les plus marquants du secteur porcin. Ceci afin d’informer les opérateurs français, de leur permettre de fonder leurs choix (organisation, investissements, stratégies, commercialisation) et d’anticiper les changements.
L’IFIP entretient des bases de données et documentaires sur le marché du porc (prix, production, échanges, consommation), les réglementations, les structures de production, les entreprises, les questions de société et l’économie.
L’expertise est nourrie par un réseau de contacts entretenu régulièrement.
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