La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc

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Visuels d'intervention présentés par Antoine Vautier, à la 7ème journée de restitution des programmes de R&D financés par le Casdar "Innovation et partenariat" et "Recherche finalisée et innovation", le 17 janvier 2018, Paris

PDF icon visuels de Antoine Vautier, journée CASDAR du 17 janvier 2018, Paris
2018

Filière porcine ukrainienne : Illusions perdues

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Baromètre Porc (FRA), 2018, n° 489, synthèse du mois, septembre, p. 8, par Boris Duflot

Avec son potentiel de productions végétales, ses faibles coûts de main d’oeuvre et une tradition de consommation de porc, l’Ukraine pouvait devenir un acteur majeur du commerce international. Mais la propagation de la peste porcine africaine empêche quasiment toute exportation, tandis que le marché intérieur s’est réduit depuis la crise politique et économique de 2014.

PDF icon Baromètre Porc (FRA), 2018, n° 489, synthèse du mois, septembre, p. 8, par Boris Duflot
2018

Computed tomography for comparing the lean meat content of different genotypes of entire male pigs

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Gérard Dumas et al., 64rd International Congress of Meat Science and Technology (ICOMST), 12–17 août 2018, Melbourne, Australie, poster

From July 2018 the EU reference for pig grading is the lean meat percentage (LMP) based on total dissection of a half-carcass. Dissection can be replaced by an unbiased computed tomography (CT) procedure. Daumas et Monziols (2018) developed a pan-European CT procedure for determining this LMP. The hypothesis is such a procedure could be applied on very lean carcasses, issued from entire males of purebred used as terminal sires in production. The aim of this paper is to test this CT procedure to assess the LMP differences between several lean genetic groups and the three halothane genotypes.

PDF icon Gérard Dumas et al., 64rd ICOMST, 12–17 août 2018, Melbourne, Australie, poster
2018

TREASURE : Diversité des races locales de porcs et des systèmes de production pour des produits traditionnels de qualité élevée et des filières porcines durables

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Bénédicte Lebret (INRA), Marie José Mercat et Herveline Lenoir (IFIP),Salon International de l'Agriculture (SIA) 2018, 24 février-4 mars 2018, Paris, poster 

 

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2018

Using 1K SNP panel for genomic selection in 3 French pig breeds: Accuracy of Imputation and estimation of genomic breeding values using 1K SNP panel, designed for several breeds in French pig populations

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Céline Carillier-Jacquin (Université de Toulouse, INRA, INPTet ENVT)  et al., Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, vol. Electronic Poster Session - Species - Porcine 1, Auckland, Nouvelle-Zélande, 11–16 février 2018, p. 294-298

The current cost of medium density SNP chips is a limit to the development of genomic selection in pig populations (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). To reduce the cost of genotyping, a low density (LD) SNP chip was designed in 2016 and has been used in routine.
This LD panel of around 1100 SNP was optimized for imputation accuracy in the French Landrace (Land) pig population using equally spaced SNP with minor allele frequency (MAF) larger than 0.2. In the present study, we proposed to adapt the panel to two other major French pig breeds i.e. Large White (LW) and Pietrain (PI) lines. Imputation accuracy as well as the impact on genomic estimated breeding value (GEBV) were estimated in the three breeds using this new SNP chip design.

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2018

Immunome differences between porcine ileal and jejunal Peyer’s patches revealed by global transcriptome sequencing of gut-associated lymphoid tissues

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T. Maroilley et al., Scientific Reports, 2018, volume 8, n° 1, 13 juin, 12 pages

The epithelium of the intestinal mucosa and the gut-associated lymphoid tissues (GALT) constitute an essential physical and immunological barrier against pathogens. In order to study the specificities of the GALT transcriptome in pigs, we compared the transcriptome profiles of jejunal and ileal Peyer’s patches (PPs), mesenteric lymph nodes (MLNs) and peripheral blood (PB) of four male piglets by RNA-Seq. We identified 1,103 differentially expressed (DE) genes between ileal PPs (IPPs) and jejunal PPs (JPPs), and six times more DE genes between PPs and MLNs. The master regulator genes FOXP3GATA3STAT4TBX21 and RORC were less expressed in IPPs compared to JPPs, whereas the transcription factor BCL6 was found more expressed in IPPs. In comparison between IPPs and JPPs, our analyses revealed predominant differential expression related to the differentiation of T cells into Th1, Th2, Th17 and iTreg in JPPs. Our results were consistent with previous reports regarding a higher T/B cells ratio in JPPs compared to IPPs. We found antisense transcription for respectively 24%, 22% and 14% of the transcripts detected in MLNs, PPs and PB, and significant positive correlations between PB and GALT transcriptomes. Allele-specific expression analyses revealed both shared and tissue-specific cis-genetic control of gene expression.

2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc (QualiPorc)

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Sandrine Schwob et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2018, volume 63, janvier, p. 407-419

Les perspectives en matière d'amélioration génétique de la qualité de viande (QV) reposent sur la mise au point de nouveaux outils haut débit, de prédiction précoce, peu coûteux et non invasifs. Pour cela, de nouvelles méthodes de mesure de QV, s’appuyant sur des technologies émergentes, ont été développées et testées en routine. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) permet de quantifier les teneurs en lipides intramusculaires (LIM) et caractériser le persillage dans le muscle Longissimus. La méthode d’analyse d’images a été automatisée pour améliorer les cadences de mesures (400 échantillons scannés par jour) et assurer la traçabilité des données. L’évolution du taux de LIM le long du muscle Longissimus analysée par IRM montre que l’échantillon prélevé au niveau de la 13ème côte est représentatif du taux de LIM moyen de la longe (R²=0.88). La spectroscopie visible et proche infrarouge (NIRS) permet, quant à elle, de prédire les rendements technologiques et les défauts de tranchage. Enfin, les données d’expression génique quantifiées dans le muscle Longissimus ont été exploitées afin d’identifier des biomarqueurs discriminant 3 classes de qualité technologique et sensorielle: à défaut, correct ou extra. Le meilleur modèle pour prédire l’appartenance d’un échantillon à une classe de qualité inclut 12 gènes.

ENG

Development of high throughput methods to predict pork quality at industrial scale

This project aimed at providing new early and non-invasive predictors of pork quality usable in slaughter houses, to orientate use of carcasses and cuts and optimize their economic value. For this purpose, the project included development, testing and validation of various methods under industrial conditions. Magnetic Resonance Imaging (MRI) technology was used to estimate the Longissimus muscle intramuscular fat (IMF) content and marbling. Image analysis method was automated to improve measurement rate (400 samples scanned per day) and ensure data traceability. MRI was also used to study the representativeness of IMF content determined at the 13th rib to assess average IMF of the whole Longissimus muscle. Results showed high repeatability and good predictive ability of Longissimus average IMF content with determination at the 13th rib level (R²=0.88). Near Infrared Spectroscopy (NIRS) was used to estimate cooking and slicing yields and structural defects. NIRS technology could predict slicing losses caused by paste-like and cohesion defects on processed loin slices. Finally, gene expressions quantified on Longissimus muscle were used to discriminate 3 pork quality classes: low, acceptable and extra technological and sensory quality levels. The best model to predict meat quality level of pork loins included expression levels of 12 genes.

2018

Survey of demographic and phenotypic data of local pig breeds of TREASURE project

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Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internacional sobre el Cerdo Mediterráneo, 2018, p. 1-4

ENG

The paper reports the results of a survey on the demographic and phenotypic characterization of 20 European local pig breeds involved in the H2020 TREASURE project including information on: demographic parameters, main morphological features, reproductive information, additional information collected at herd-level (i.e. temperament, holding, mating practices), origins and development of the breeds. Almost all the breeds (18 out of 20) possess a herd book even if the starting year is highly variable (from 1980 to 2006). Number of breeding females ranged from 24 (Moravka) to over 200,000 heads (Ibérico). Male/female ratio varied greatly with the highest values for the Italian breeds probably due to the different policy of animal recording. Almost all the breeds undergo a conservation program whereas really few are interested by other conservation techniques and for less than five breeds data related to effective number and inbreeding coefficient are easily available. Average values for teat number, litter size and weaned piglets are 12, 8 and 6 respectively with a great potential for their improvement. The depicted scenario is highly diversified and the data collected represent the starting point for the achievement of a collective trademark under the umbrella of the TREASURE project.
 
ESP
 
Este trabajo presenta los resultados de una encuesta de datos demográficos y fenotípicos de 20 razas locales de cerdos en estudio en el proyecto H2020 TREASURE y incluí información de: parámetros demográficos, características morfológicas principales, parámetros reproductivos, informaciones adicionales a nivel de los efectivos (ex. Temperamento, instalaciones, prácticas de cubrición), orígenes y desarrollo de las razas. Casi todas las razas (18 de 20) tienen libro genealógico, aunque su fecha de inicio varía mucho (de 1980 a 2006). El número de hembras reproductoras varía de 24 (Moravka) a más de 200 mil cabezas (Ibérico). La relación macho/hembra varía mucho con los valores más altos verificados en las razas italianas muy probablemente debido a una política diferente relativamente al registro de animales. Casi todas las razas tienen programas de conservación, aunque pocas están interesadas en otras técnicas de conservación y sólo en menos que 5 razas los datos relativos a número de efectivos y de coeficiente de consanguinidad están fácilmente disponibles. Los valores medios para números de pezones, tamaño de camada y lechones destetados son de 12, 8 y 6, respectivamente con un grande potencial para mejora. El escenario descrito es altamente diversificado y esta colecta de datos representa el punto de partida para una marca colectiva debajo del parasol del proyecto TREASURE.
PDF icon Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internaciona
2018

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brehaut, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 53

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. Chaque semaine, cinq populations porcines (4 collectives : Large White lignée femelle, Landrace français, Piétrain et Large White lignée mâle, et 1 autonome : Duroc Axiom) sont évaluées et les VG sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination animale (CIA).

PDF icon Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brehaut, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 53, fiche n° 24
2018

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP.

La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

PDF icon Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50, fiche n° 21
2018

Valorisation de nouvelles données d’effi cacité alimentaire pour la sélection

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Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46

L’efficacité alimentaire est un critère de sélection important pour la filière porcine. Depuis 2014, des investissements conséquents ont été réalisés par les entreprises de sélection françaises pour étendre la capacité de phénotypage des animaux sur ce critère grâce à l’installation de DAC en élevage. Le contrôle de candidats à la sélection sur l’efficacité alimentaire a pour but d’augmenter la précision de la sélection des futurs reproducteurs et donc le progrès génétique réalisé.
En parallèle, plusieurs programmes de recherche ont été mis en place sur cette thématique à la station de phénotypage FG Porc du Rheu (35). L’objectif de ces projets est d’acquérir des données sur de nouveaux caractères d’efficacité alimentaire mais aussi de mieux caractériser les interactions entre le type d’aliments et le travail de sélection.

PDF icon Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46, fiche n° 18
2018

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55

Dans le cadre du suivi de la gestion des ressources génétiques, l’IFIP veille à la mise en place et à la réalisation du programme de conservation des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.
Ce programme est axé sur la gestion des animaux vivants mais possède également une orientation ex situ avec l’adhésion au GIS Cryobanque Nationale. Par ailleurs, l’IFIP apporte sa contribution pour évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP anime le Ligéral qui est l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs. Le Ligéral est l’organisme de sélection porcine qui a été agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour tenir les livres généalogiques des six races locales porcines.

PDF icon Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55, fiche n° 25
2018

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51

A l’initiative de FG Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la nouvelle station de phénotypage a été bâtie en 2015. La gestion quotidienne de la station a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. Ce projet s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les professionnels de la sélection et la recherche: (1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; (2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; (3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, est missionné par le Ministère l’Agriculture pour assurer son encadrement technique. Les informations recueillies sont complémentaires à celles recueillies par les OSP en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. C’est pourquoi elle est équipée d’une chaîne de distribution d’aliment multiphase permettant d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case d’une part et d’autre part de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Les DAC sont équipés de plateaux de pesée afin de suivre les cinétiques de croissance. Le tomographe à rayon X de l’IFIP pourra être utilisé sur les porcs en cours de contrôle.

La station constitue ainsi un outil de collecte de données à visées génétiques dont les résultats concernent l’ensemble de la filière. Compte tenu de l’intérêt collectif de ce projet, il a reçu le soutien financier des conseils régionaux de Basse Normandie, Bretagne et Pays de la Loire, ainsi que de France Agrimer. Uniquement consacrée au contrôle des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références en 2015 et 2016, elle
s’est ouverte à l’expérimentation dès 2017 en participant au projet européen Feeda-Gene qui étudie l’aspect génétique de l’aptitude à digérer l’aliment dans le cadre du Programme de Recherche et Innovation H2020. L’étude Microfeed (financement ANR), qui cherche à déterminer le rôle du microbiote intestinal sur l’efficacité alimentaire et la robustesse des animaux est menée en parallèle sur les mêmes animaux (cf. Valorisation de nouvelles données d’efficacité alimentaire pour la sélection). L’ensemble des données collectées sont sauvegardées dans la base de données nationale génétique et sont accessibles aux équipes de recherche.

PDF icon Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51, fiche n° 22
2018
mieux connaître les travaux conduits par l'institut du porc

Bilan d'activité de l'IFIP en 2017 : près de 70 fiches-actions de R&D (études et des résumés des résultats)

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L’IFIP est l’organisme de recherche-développement-innovation au service de tous les métiers de la filière porcine française, filière dont la vocation est de :

PDF icon près de 70 fiches actions de R&D de l'IFIP Institut du porc : résultats des études conduites en 2017
2018

La production française a baissé de 1 % en 2017

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Michel Rieu et Elisa Husson, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 258, mai, p. 8

À 2,2 millions de tonnes, la production porcine française (production indigène exprimée en tonnage) a baissé de 1 % en 2017, après un rebond de près de 2 % les deux années précédentes. Elle est ainsi inférieure de 5% à la moyenne des années 1998-2002 (2,33 Mt), période de son sommet historique et de 4 % par rapport à la moyenne 2008-2010 (2,31 Mt).

PDF icon Michel Rieu et Elisa Husson, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 258, mai, p. 8
2018

Un service de cotations en ligne

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Françoise Raynaud, Porc Mag (FRA), n° 531, mai, p. 32

Baroporc permet de suivre les marchés de la filière porcine : prix du porc, de l'aliment, des porcelets, cotations des pièces et au détail... en régions et France, dans l'UE et les principaux pays producteurs de porc...

2018

Les filières répondent aux attentes des consommateurs

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Christine Roguet, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 257, avril, p. 24-25

Pour satisfaire la demande des consommateurs, les fi lières porcines françaises foisonnent d’initiatives individuelles, au-delà des signes officiels de qualité.

PDF icon Christine Roguet, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 257, avril, p. 24-25
2018
Journées de la Recherche Porcine

Journées de la Recherche Porcine 2018

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Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais.

107,00 €
2018

Building and evaluation of SNPs panels for parentage tests issue in swine

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World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Auckland, Nouvelle Zélande, 11-16 février 2018, posters, 3 parties, par G. Even et al.

Three SNPs panels have been defined for parentage testing in swine containing 100, 200 and 329 SNPs, respectively. Markers have been chosen from the Illumina 60K version 2 chip based on Minor Allele Frequencies (MAF) estimated on twelve breeds used in France. A validation test has been performed confronting products genotypes with those of their right parents or those of animals related or unrelated to their right parents.

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2018

Cinquante années d’amélioration génétique du porc en France : bilan et perspectives

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50es Journées de la Recherche Porcine, 6 et 7 février 2018, Paris, p. 61-74, par Jean-Pierre Bidanel et al.

Cette synthèse fait le point sur les principales évolutions de l’amélioration génétique du porc en France depuis la loi sur l’élevage de 1966. Elle évoque rapidement les 20 premières années, qui ont fait l’objet d’une synthèse en 1986, puis décrit plus en détail les évolutions ultérieures, notamment l’arrêté de mars 1994 et ses conséquences organisationnelles. Les objectifs de sélection, initialement limités aux caractères de production, se sont complexifiés avec la prise en compte de la qualité de la viande, puis de la prolificité et enfin des aptitudes maternelles des truies. En termes d’outils, la mise en place d’une évaluation génétique basée sur la méthodologie du BLUP - modèle animal au milieu des années 1990 et le développement de l’insémination artificielle ont profondément changé le travail des sélectionneurs. Une nouvelle évolution majeure, la sélection génomique, est actuellement en cours de mise en place. La sélection a conduit à des améliorations importantes des performances pour les principaux caractères de l’objectif de sélection depuis 1970 : plus de 200 g de gain moyen quotidien, - 0,5 point d’indice de consommation, plus de 12 points de taux de viande maigre dans la carcasse, jusqu’à près de six porcelets nés vifs par portée supplémentaires. Ces évolutions favorables ont réduit l’empreinte environnementale de la production, mais ont également eu des effets défavorables : une augmentation de la mortalité des porcelets avant sevrage et une plus grande hétérogénéité des performances. Les enjeux pour l’avenir en termes d’objectifs d’amélioration génétique (prise en compte de caractères liés au bien-être, à la robustesse et à l’adaptation, …), de méthodes et d’outils (sélection génomique, phénotypage fin, modifications ciblées du génome) sont ensuite discutés.

Fifty years of pig breeding in France: outcomes and perspectives

This synthesis reviews the main changes that have occurred in the pig breeding sector in France since the 1966 Breeding Act. It briefly discusses the first 20 years, which were the subject of a review in 1986. It describes subsequent changes in more detail, in particular the March 1994 decree on pig selection and its organisational consequences. Breeding goals, initially limited to production traits, have then integrated meat quality traits, sow prolificacy and maternal abilities. Regarding tools, implementation of genetic evaluation based on the BLUP animal model in the mid-1990s and development of artificial insemination profoundly changed breeders’ work. A new major change, genomic selection, is currently being implemented. Large genetic gains have been obtained since 1970 for the main components of the breeding goal: they have exceeded 200 g/d for on-test average daily gain, -0.5 points for feed conversion ratio and 12 percentage points for carcass lean content, and approached six additional piglets born alive per litter. These gains have reduced environmental impacts of pig production but also had some detrimental effects: an increase in piglet pre-weaning mortality and greater heterogeneity of performances. Issues for future breeding goals (e.g. inclusion of traits related to welfare, robustness and adaptation), methods and tools (e.g. genomic selection, fine phenotyping, genome editing) are then discussed.

2018

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