La base documentaire de l'IFIP

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Towards the quantitative characterisation of piglets’ robustness to weaning: A modelling approach

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M Revilla et al., Animal, 2019, volume 16, mai, 11 pages

Weaning is a critical transition phase in swine production in which piglets must cope with different stressors that may affect their health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises both economic and public health concerns such as the appearance of antimicrobial-resistant microbes. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animals’ capacity to endure the challenges associated with weaning. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. A total of 325 Large White pigs weaned at 28 days of age were monitored and further housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning, and blood was sampled at weaning and 1 week later for collecting haematological data. A dynamic model was constructed based on the Gompertz–Makeham law to describe live weight trajectories during the first 75 days after weaning, following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). Model calibration was performed for each animal. Our results show that the transition time between the two time windows, as well as the weight trajectories are characteristic for each individual. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation, with an average coefficient of determination of 0.99, and a concordance correlation coefficient of 0.99. The utility of the model is that it provides biologically meaningful parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. Our rationale is that the dynamics of weight inform on the capability of the animal to cope with the weaning disturbance. Indeed, there were significant correlations between model parameters and individual diarrhoea scores and haematological traits. Overall, the parameters of our model can be useful for constructing weaning robustness indexes by using exclusively the growth curves. We foresee that this modelling approach will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.

https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/18FBD3614BA779E09D061744323CF5DD/S1751731119000843a.pdf/towards_the_quantitative_characterisation_of_piglets_robustness_to_weaning_a_modelling_approach.pdf

2019

Conservation des ressources génétiques : cryobanque nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 89-90

Le programme de conservation des races locales porcines est destiné à suivre les races Porc Pie Noir du Pays Basque, Porc de Bayeux, Porc Gascon, Porc Cul Noir Limousin, Porc Blanc de l’Ouest et Porc Nustrale.
L’IFIP intervient dans la réalisation et la mise en place de ce programme à 2 niveaux : in situ en suivant les animaux présents en élevage et ex situ en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.
L’IFIP contribue également à évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP est en charge de l’animation de l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs : LIGERAL.
Ce dernier est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture comme organisme de sélection porcine pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines.
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2019

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

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Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 84

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. L’information du génome des animaux est également prise en compte dans les lignées femelles Large White (LW) et Landrace français (LF). Chaque semaine, les meilleurs candidats LW et LF sont génotypés sur puces ADN basse densité. Puis les génotypages haute densité sont reconstitués par imputation, permettant ainsi d’optimiser les coûts. Pour consolider les populations de référence, les reproducteurs les plus utilisés en sélection sont de nouve

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2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

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2019

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
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2019

Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

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2019

Animation technique pour le compte de l'Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel et Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 86

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique porcine, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’œuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

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2019

Etude de la composante génétique du défaut « jambon déstructuré »

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Sandrine Schwob, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 57

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son élimination. Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’origine génétique du défaut afin de réduire la fréquence d’apparition par la voie génétique.

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2019

Diversité génétique des souches de Listeria isolées dans la filière porcine en France

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Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 46

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie responsable d’une zoonose rare mais grave appelée listériose qui cause 300 à 400 infections par an en France et s’avère mortelle dans 20 à 30% des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. La gravité de l’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée.
La contamination des aliments peut survenir à partir de matières premières animales ou végétales mais plus particulièrement à partir de l’environnement des sites de production dans lequel les souches de Lm sont capables de survivre, de persister et de s’implanter. La technique MLST (Multi Locus Sequence Typing) est devenue la méthode standardisée au niveau international pour analyser la structure génétique des populations de Lm. Fondée sur le polymorphisme de séquence de 7 gènes de ménage, cette méthode permet l’attribution d’un «complexe clonal» (CC) à une souche. En France, les CC1, CC2, CC4, CC6 sont décrits comme hyper virulents et fréquemment isolés de cas cliniques.
Les CC9 et CC121 sont quant à eux isolés plus fréquemment d’aliments que de cas cliniques. Les CC9 et CC121 sont prévalents dans tous les compartiments de production alimentaire.
Entre 2015 et 2017, l’Ifip en partenariat avec l’Anses de Maisons-Alfort ont mené une étude qui visait à obtenir une meilleure connaissance de la diversité des souches de Listeria monocytogenes (Lm) afin de mieux caractériser la manière dont elle circule dans la filière porcine.
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2019

Le porc biologique : un marché de niche en lente progression

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Vincent Legendre et Laurent Alibert, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 40

Occupant une place importante dans les débats des Etats Généraux de l’alimentation, la différenciation par les signes de qualité est en enjeu important pour les filières animales. Le développement concerne en particulier le Label Rouge et les produits issus de l’Agriculture Biologique.
En partenariat avec l’ITAB (Institut de l’Agriculture et de l’Alimentation Biologique), l’IFIP suit l’évolution, de la production et du marché, du porc biologique.
En 2018, un point complet sur les enjeux et les perspectives de la filière a été réalisé et diffusé. En particulier, une journée technique co-construite par l’IFIP et l’ITAB a rassemblé professionnels de la filière et chercheurs en novembre 2018 autour des questions d’élevage, de transformation, de commercialisation et de consommation.
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2019

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44

Les actions de la filière porcine française pour maîtriser le risque de salmonelle sont nombreuses et réparties sur chaque maillon de notre filière. Il n’est pas simple de connaître l’ensemble de ces mesures et d’avoir une idée de la cohérence du dispositif quand on se trouve au sein d’un maillon.
L’Ifip qui bénéficie d’une vue d’ensemble a décrit dans ce programme l’ensemble du dispositif de maîtrise, afin de souligner sa cohérence et sa pertinence. La DGAL et l’ANSES ont également participé à ce travail descriptif.
Outre le partage de la connaissance du dispositif salmonelle français pour tous les opérateurs de la filière, ce travail a également vocation à aider les entreprises exportatrices à expliquer aux services sanitaires étrangers l’architecture et la performance du dispositif français.
Ainsi la description est technique mais aussi pédagogique pour les techniciens comme les commerciaux oeuvrant sur les marchés exports de viandes et de charcuteries.

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2019

Sélectionner sur l’adiposité pour améliorer la qualité

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Sandrine Schwob et al., Réussir Porc / Tech Porc (FRA), 2019, n° 268, mai, p. 44-46

L’Ifip et l’Inra mettent l’accent sur les atouts des tissus adipeux et définissent les nouveaux enjeux en termes de stratégie de sélection porcine.

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2019

Diversité des races locales et de leurs systèmes de production pour des produits d’excellence

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Marie-José Mercat, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 39

Ce projet européen vise à développer des filières durables basées sur 20 races locales européennes sous exploitées. Les génomes des races sont analysés. Leurs performances, besoins nutritionnels et impacts environnementaux sont évalués dans leurs systèmes de production spécifiques pour faire le lien entre pratiques d’élevage et qualité intrinsèque des produits.
Les attentes des consommateurs et les stratégies de commercialisation sont intégrées dans le périmètre d’étude.
Démarré en 2015, le projet se termine fin mars 2019.
En France, les travaux portent principalement sur la race Gascon et dans une moindre mesure sur la race Basque.

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2019

La filière porcine polonaise : sur le fil entre potentiel et menaces

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Lisa Le Clerc et Elisa Husson, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 34

La filière porcine polonaise tire parti de sa compétitivité et de ses avantages en coûts de main d’œuvre. Son développement reposant sur l’exportation de produits et l’importation d’animaux est menacé par les restrictions qui seraient imposées par l’extension de la Fièvre Porcine Africaine (FPA). Cette étude vise à comprendre les caractéristiques du modèle de production polonais.

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2019

Veille internationale : les faits marquants de 2018

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Elisa Husson, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 30

Les entreprises de la filière porcine française sont confrontées à une forte concurrence internationale sur le marché européen et hors-UE.
La veille économique internationale de l’IFIP suit et analyse les évènements et les tendances les plus marquants du secteur porcin. Ceci afin d’informer les opérateurs français, de leur permettre de fonder leurs choix (organisation, investissements, stratégies, commercialisation) et d’anticiper les changements.
L’IFIP entretient des bases de données et documentaires sur le marché du porc (prix, production, échanges, consommation), les réglementations, les structures de production, les entreprises, les questions de société et l’économie.
L’expertise est nourrie par un réseau de contacts entretenu régulièrement.
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2019

La filière porcine en Ukraine : un potentiel peu exploité

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Jan-Peter Van Ferneij, Michel Rieu et Boris Duflot, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 35

Cette étude visait à apprécier le potentiel de développement des filières animales en Ukraine, dont le porc, à la suite des rapprochements politiques et économiques récemment opérés entre l’Ukraine et l’Union européenne (UE). L’accord d’association entre l’Ukraine et l’UE est entré en vigueur en janvier 2017, dans un contexte de tension géopolitique extrême, avec en arrière-plan l’annexion de la Crimée par la Russie et l’invasion du Donbass. Cet accord vise à faire converger les politiques économiques, les législations et les règlements, notamment en droits du travail et commercial, et à favoriser les échanges internationaux (commerciaux, financiers).
Dans les faits, il vise à aligner les normes et les règles nationales sur celles en vigueur dans l’UE-28, mais aussi à créer un véritable état de droit en Ukraine (avec séparation réelle des pouvoirs exécutifs, législatifs et judiciaire).
Dans le secteur des grains, les exportations de céréales ukrainiennes, très compétitives, vers l’UE ont pris une importance significative ces dernières années.
Les contingents à droit nul sont largement utilisés. Les exportations ukrainiennes vers l’UE sont également très dynamiques en volailles de chair.

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2019

Marché du porc dans le monde : pression sur le cours en 2018

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Elisa Husson, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 32

Une veille nationale, européenne et mondiale permet de collecter des données et des informations sur les évènements qui façonnent les marchés. Elle permet de livrer aux opérateurs de la filière, les analyses pour comprendre et anticiper, et ainsi piloter leur activité. Conjoncturellement, les résultats des différents maillons de la filière porcine dépendent de la transmission des évolutions de prix.

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2019
la couverture du bilan de l'IFIP 2018

Bilan d'activité de l'IFIP-Institut du porc 2018

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Découvrez les travaux réalisés par l'IFIP en 2018 :

78 fiches synthétiques d'1 page par action technique conduite par les ingénieurs et les principaux résultats à retenir ...

Au sommaire  :

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2019

Basque pig

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Marie José Mercat et al., In: Candek-Potokar M et Nieto R, European local breeds – Diversity and performance. A study of project Treasure, ed. IntechOpen, 2019, p. 81-88

Local pig breeds are adapted to the specific local environment and fed with various locally available feedstuffs. Besides their genetic merit for agro-biodiversity, they represent the basis for sustainable local pork chains. The present chapter aims to present history and current status of the Basque pig breed, its exterior phenotypic characteristics, geographical location, production system and main products. This French autochthonous breed of pigs, which almost disappeared few decades ago, seems now consolidated, thanks to a chain organization and recognised high-quality products (Protected Designation of Origin).
Reproductive performance data reviewed from the literature and estimated from the LIGERAL database (herdbook) are presented. Available data on production traits including growth (early, middle, late and overall growth), feed intake, body composition and carcass traits are also summarized. Meat quality traits (pH, colour, intramuscular fat content and fatty acid composition) and back fat tissue characteristics (fatty acid profile) are also described. Studies on the Basque pig breed are scarce. Different production systems, feeding regimes and feed composition used among studies can explain differences observed between studies, especially for productive traits. However, the current review gives insight into the reproduction, production and carcass and meat quality traits of this local pig breed.

https://www.intechopen.com/chapter/pdf-download/65352

2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, par Marie-José Mercat et al., poster

Poster. 

Peu de races locales porcines ont des programmes de sélection. En plus des généalogies déjà disponibles, mettre en place de tels programmes exige des phénotypes pour définir des objectifs de sélection puis estimer les valeurs génétiques des animaux. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes et de mieux caractériser les races, viandes et produits.

An online phenotype database: a prerequisite for breeding programs in local pig breeds

Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated with a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages: English, Croatian, French, German and Slovenian languages are already available, and other languages can be easily included. Stakeholders of all the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. Data can be hosted in a common database or in duplicate partner-specific databases. Once enough data have been recorded, genetic parameters (heritabilities, genetic correlations between traits) can be estimated and selection objectives defined for each local breed.

2019

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