La base documentaire de l'IFIP

La base documentaire de l'IFIP : des centaines de documents à télécharger ou bien à commander.

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Publication Annéetrier par ordre croissant

De nouveaux objectifs de sélection en lignée collective Piétrain

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Les objectifs de sélection de la lignée collective Piétrain ont été récemment réactualisés. Ils intègrent désormais de nouveaux caractères, notamment pour affiner le travail de sélection sur les aspects de qualité de viande.

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2014

Conservation des races locales

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Fiche n° 82 : Contribution aux politiques publiques

L’IFIP contribue au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) notamment en veillant à la variabilité génétique intra-race et en limitant l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien à l’animation et au fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs). Le LIGERAL a reçu l’agrément du Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des six races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

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2014

Animation technique de l'Agence de la Sélection Porcine

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Fiche n° 51 : Progrès génétiques

L'Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l'Agriculture.

Depuis 2005, au sein d'une convention de partenariat, l'ASP confie l'animation et/ou la maîtrise d'oeuvre de ses travaux à l'IFIP.

La Direction Générale des Politiques Agricole, Agro-alimentaire et des Territoires (DGPAAT) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) :

- conformité aux exigences réglementaires,

- suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ;

- mise à disposition des utilisateurs de références.

En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie a l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

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2014

Evaluations génétiques des populations porcines

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Fiche n° 48 : Progrès génétiques

Les meilleurs animaux d'une génération sont sélectionnés parmi les candidats à la sélection pour devenir de futurs reproducteurs.

Le potentiel génétique d'un animal est évalué en considérant ses propres performances ainsi que celles de tous ses contemporains et apparentés.

Chaque semaine, les valeurs génétiques des animaux des populations collectives et de certaines populations autonomes collectives et de certaines populations autonomes sont calculées et transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP) et centres d'insémination artificielle.

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2014

Outils de suivi de l'efficacité des schémas de sélection

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Fiche n° 46 : Progrès génétiques

Les étapes de sélection mises en place dans les schémas de sélection ont pour but de faire progresser le niveau génétique des populations sur un ensemble de caractères d'intérêt économique.

L'efficacité des étapes de sélection est évaluée à l'aune de modélisation des schémas de sélection qui permettent de prédire le progrès génétique attendu sur un ensemble de caractères.

Le progrès génétique attendu doit se traduire aussi par l'augmentation des performances des animaux sur les dits caractères.

Il est donc important de disposer d'outils pour s'assurer de la cohérence entre le progrès génétique espéré, prédit à l'aide du modèle, et le progrès génétique réalisé.

L'objectif de cette action était d'identifier ou de concevoir des outils pertinents pour réaliser ce travail de modélisation et de suivi des schémas de sélection.

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2014

Amélioration génétique de la qualité de la viande

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Fiche n° 44 : Progrès génétiques

La qualité de la viande est variable et difficilement prédictible, bien que plusieurs facteurs de variation de la qualité soient bien connus (gènes à effets majeurs, conditions d’ajeûnement, de transport et d’abattage des animaux…).

Plusieurs projets sont en cours a l’IFIP pour mettre à disposition des organismes de sélection porcine (OSP) et des industriels (abatteurs et transformateurs) de nouveaux outils d’évaluation de la qualité de la viande.

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2014

Applications moléculaires et génomiques en sélection porcine

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Fiche n° 49 : Progrès génétiques

Les données moléculaires tiennent une place croissante dans les programmes de sélection animaux. C'est pourquoi l'IFIP assure l'animation de l'association Bioporc dont l'objectif est de conduire des programmes de recherche en génomique qui répondent aux attentes des organisations de sélection porcine (OSP). Les OSP ADN, Choice Genetics France, Gène+ et Nucléus et l'IFIP sont membres de Bioporc.

En particulier, à travers le programme UtOpIGe, l'IFIP, l'INRA et les OSP membres de Bioporc mettent en place les pré-requis indispensables à la mise en œuvre d'une sélection génomique chez le porc.

Bien que l'action soit prioritairement conduite auprès des OSP, le programme UtOpIGe et les projets qui lui sont liés cherchent à répondre à des préoccupations sociétales (odeur de mâles entier) et de l'aval (qualités de viande).

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2014

Evaluations du système d'information génétique

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Fiche n° 47 : Progrès génétiques

La circulation de l’information est une composante importante dans l’efficacité des programmes  de sélection. Les performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances sont chargées en continu dans la base de données nationale génétique (BANAPOG). Chaque semaine, elles servent à l’estimation de valeurs génétiques actualisées des animaux qui sont transmises aux éleveurs sélectionneurs afin de les aider pour le renouvellement des animaux. Les échanges entre les logiciels de terrain ayant un module génétique et la base de données nationale se fait sous forme d’un fichier normalisé au format XML. Ce vecteur informatique sert également à la gestion des mouvements d’animaux, du catalogue des verrats d’IA et a la diffusion des valeurs génétiques.

Les évolutions apportées dans le système d’informations sont centralisées et coordonnées par l’IFIP qui assure également la maitrise d’ouvrage pour la base de données nationale génétique BANAPOG ainsi que différentes applications en étroite relation avec celle-ci, à savoir :

DeltaG : logiciel de gestion génétique utilise dans les élevages de sélection et quelques élevages de multiplication mâle ;

Porcia : base de données des verrats en CIA qui sert de support a la diffusion du catalogue des verrats aux acteurs génétiques (CIA, OSP, sélectionneurs, multiplicateurs) avec possibilité de la fournir également à des producteurs. L’application de gestion des verrats d’IA est utilisée maintenant par la plupart des Organisations de Sélection ayant une activité sur le territoire;

Porsta : logiciel de collecte des performances mesurées sur les animaux élevés dans les stations de contrôle des performances;

• L’application de concentration/diffusion qui, d’une part, récupère et vérifie la structure des fichiers apportes par les éleveurs et les structures contenant les performances zootechniques et génétiques et, d’autre part, génère et distribue les fichiers de valeurs génétiques et/ou le catalogue des verrats d’IA aux utilisateurs.

Les développements informatiques pour l’année 2013 ont permis l’amélioration du circuit général de l’information ainsi que l’ajout de nouvelles données que ce soit pour l’alimentation de la base nationale Banapog que pour la diffusion de nouveaux caractères génétiques évalués.

L’automatisation des échanges a été également améliorée et l’optimisation et le renouvellement de matériel informatique a permis d’améliorer considérablement les temps d’intégration des données dans la base nationale.

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2014

Améliorations génétiques des qualités maternelles

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Fiche n° 45 : Progrès génétiques

L'accroissement de la prolificité des truies constaté depuis 30 ans a permis d'augmenter le nombre de porcelets par portée. Toutefois, en parallèle, la survie des porcelets a été peu améliorée pendant la phase d'allaitement et la compétition alimentaire au sein de la portée s'est accrue.

De nouveaux critères doivent donc être intégrés dans les objectifs de sélection des lignées femelles pour améliorer à la fois la prolificité des truies et leur capacité à élever des portées homogènes en limitant le taux de mortalité avant sevrage.

Pour cela, le déterminisme génétique des caractéristiques numériques et pondérales de la portée doit être connu à la connaissance et au sevrage.

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2014

Encadrement des stations publiques de contrôle des performances

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Fiche n° 50 : Progrès génétiques

Les stations publiques de contrôle de performances ont pour but d’obtenir des références publiques objectives sur les divers types génétiques tout en garantissant la fiabilité de la collecte des données et la qualité des protocoles mis en œuvre.

L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, a été missionné par le Ministère charge de l’Agriculture pour assurer leur encadrement technique. Les 2 stations, celle d’Agesporc Génétique (Mauron, 56) et l’Unité Expérimentale Testage Porc INRA Le Rheu (35), constituent un outil de collecte de données dont les résultats concernent l’ensemble de la filière.

Les informations recueillies sont complémentaires au contrôle en ferme sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.

Les stations sont également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures.

Les stations publiques sont ouvertes à tous les acteurs de la sélection porcine française.

En 2013, elles ont été utilisées pour 2 finalités :

Contrôle sur des collatéraux a des fins d’évaluation et de recueil de références ; la station de Mauron est dédiée en totalité a ce protocole ;

Projet de recherche UtOpIGe a l’UETP INRA Le Rheu. Il se déroule en 3 phases correspondant chacune à l’entrée en station d’un millier de porcelets mâles entiers obtenus selon 3 protocoles d’échantillonnage successifs soit 16 bandes de contrôle de 192 animaux sur un peu plus de 3 ans (2011-2014). Dans un premier temps, 2 populations de référence ont été constituées : en 2011, des animaux de populations sélectionnées de type Piétrain, puis en 2012 et début 2013, des hybrides issus de truies de type Large White croisées avec les mêmes verrats.

Ensuite en 2013, a été démarrée la constitution d’une population de validation composée d’animaux de type charcutier issus de croisements de truies commerciales (de type Large White x Landrace ou sino-européennes) et de verrats de type Piétrain apparentes a ceux des 2 premières phases.

L’objectif de ce projet est de pouvoir estimer à partir des 2 populations de références les valeurs génomiques des animaux ; la population de validation permettra alors de comparer les valeurs génomiques des verrats pères ainsi estimées aux performances phénotypiques obtenues par leurs descendants.

Des mesures complémentaires ont été ajoutées au protocole classique : notation des griffures et des aplombs, dosages de testostérone, d’androsténone et de scatole et scan complet d’une demi-carcasse.

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2014

Mesures de protection vis-à-vis de la diarrhée épidémique porcine (DEP) mises en oeuvre par les OSP

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La Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) sévit actuellement aux Etats-Unis, au Canada et dans certains pays d’Amérique du Sud et d’Asie. Ce nouveau type de virus DEP n’est actuellement pas présent en France ni en Europe.
Les Organismes de Sélection Porcine (OSP) adhérents à l’ASP conscients du possible risque d’introduction sur notre territoire de ce nouveau type de coronavirus lors de l’importation de reproducteurs ou de semence provenant de pays touchés se sont engagées sur un certain nombre de mesures appropriées de protection.

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2014

Transport d’animaux vivants : mesures de biosécurité destinées à limiter la propagation de la diarrhée épidémique porcine, DEP

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Les données issues de l’épidémie de DEP aux Etats-Unis et au Canada ont montré que le transport des animaux vivants est une des principales voies de transmission de la maladie entre élevages.

De plus, la gestion rigoureuse des transports au Canada, et tout particulièrement au Québec semble avoir permis de limiter de manière efficace la transmission de la maladie.
Ce document décrit les mesures de biosécurité conseillées pour le transport des animaux vivants afin de limiter la propagation de la DEP en cas d’apparition en France.

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2014
La race cul noir du Limousin

Les races porcines locales françaises (à petits effectifs et en conservation)

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Des fiches pour mieux connaitre les races locales porcines française, à petits effectifs et en conservation.

PDF icon cliquez ici pour télécharger les fiches
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

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2014

Connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives Françaises

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Poster. La finalité première de l’évaluation génétique est le choix des reproducteurs sur leur potentiel génétique. Cependant, la comparaison des valeurs génétiques des animaux d’élevages différents n’est fiable que si les connexions génétiques sont suffisantes. L’objectif de l’étude est de mesurer le degré de connexion existant entre les élevages de sélection des populations porcines collectives françaises.

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2014

Polymorphismes du gène RN : effets sur la qualité de la viande

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Poster. Estimer l’effet d’haplotypes du gène RN sur la qualité de la viande dans des populations françaises.

PDF icon jrp2014-genetique-mercat-poster.pdf
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Conséquences d’une sélection sur l’homogénéité du poids des porcelets à la naissance sur la productivité numérique des truies Large White et Landrace Français

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L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt d’intégrer des critères d’homogénéité du poids des porcelets à la naissance dans les objectifs de sélection des lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR) Français pour améliorer la productivité numérique des truies au sevrage. Les paramètres génétiques de six caractéristiques pondérales de la portée ont été estimés à partir des pesées individuelles à la naissance de porcelets issus respectivement de 9925 et 4010 portées de race pure LW et LR. Les variables analysées sont l’écart‐type (ETPN), le coefficient de variation (CVPN) et l’amplitude des poids de naissance intra‐portée, le poids moyen de la portée (PMN), le poids du porcelet le plus lourd (MAX) et le taux de petits porcelets dans la portée. Cette analyse a été complétée par l’étude de quatre variables de productivité numérique des truies à la naissance et au sevrage : le nombre de porcelets nés vivants (NVIV), sevrés de et sevrés par la truie, ainsi que le taux de porcelets sevrés par la truie. Des héritabilités faibles ont été estimées pour les caractères de productivité numérique (≤ 0,10) et de variabilité pondérale (≤ 0,17). Des héritabilités plus élevées ont été estimées pour PMN et MAX (0,32 à 0,37). La modélisation du schéma de sélection de ces populations avec le logiciel ZPlan+ a permis d’évaluer les réponses attendues pour une sélection selon un indice qui intègre NVIV et ETPN ou CVPN. Dans les deux cas, sélectionner sur ETPN et CVPN conduit à homogénéiser le poids des porcelets. Toutefois, le choix du critère de variabilité pondérale influence notablement les réponses observées sur les autres caractéristiques de la portée.

Sélectionner sur ETPN permet d’accroître le progrès génétique sur la prolificité mais réduit le poids moyen des porcelets.

Sélectionner sur CVPN permet de stabiliser le poids des porcelets mais au prix d’un progrès génétique plus faible sur la prolificité.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-1.pdf
2014

Estimation de l'effet de polymorphismes dans le gène RN sur la qualité de la viande

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Poster.

La mutation RN‐ (R200Q) du gène RN (PRKAG3) est connue pour ses effets majeurs sur la qualité de la viande : augmentation du potentiel glycolytique, abaissement du pH ultime de la viande, associés à une baisse de rendement technologique (Milan et al., 2000). D’autres polymorphismes du gène RN sont connus, parmi lesquels ceux décrits par Ciobanu et al. (2001), dont les effets sont plus faibles que RN‐.

L’objectif de cette étude est d’estimer, dans des populations françaises, l’effet d’haplotypes du gène RN, définis avec ces autres polymorphismes, sur la qualité de la viande.

PDF icon Poster de Marie José Mercat et al.
2014

Evaluation de la connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives françaises

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Poster. 

Le BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) est la méthode statistique de référence utilisée pour l’évaluation génétique des reproducteurs. Il utilise de façon optimale l’information phénotypique et généalogique pour estimer les valeurs génétiques des reproducteurs et les effets d’environnement.

Toutefois, la comparaison des valeurs génétiques entre élevages n’est possible que si les individus contrôlés dans des troupeaux différents sont suffisamment apparentés.

En effet, les individus apparentés établissent des connexions entre élevages qui améliorent l’estimation des effets génétiques et environnementaux. Il est donc important de mesurer la connexion génétique entre élevages.

Différents critères de connexion entre élevages ont été proposés dans la littérature (Laloë et al., 1996).

Développé par l’INRA et l’Institut de l’Elevage, le CACO (critère d’admission au rang des troupeaux connectés) est utilisé depuis 2002 dans les populations françaises de bovins allaitants (Fouilloux et al., 2008).

Dans cette étude, la méthode CACO a été appliquée pour évaluer la connexion existant entre les élevages inclus dans les évaluations génétiques des caractères de production des quatre populations porcines collectives françaises : les lignées Large White femelle (LWF) et mâle (LWM), Landrace (LRF) et Piétrain (PPC).

PDF icon Poster de Alban Bouquet
2014

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