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Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, par Marie-José Mercat et al., poster

Poster. 

Peu de races locales porcines ont des programmes de sélection. En plus des généalogies déjà disponibles, mettre en place de tels programmes exige des phénotypes pour définir des objectifs de sélection puis estimer les valeurs génétiques des animaux. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes et de mieux caractériser les races, viandes et produits.

An online phenotype database: a prerequisite for breeding programs in local pig breeds

Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated with a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages: English, Croatian, French, German and Slovenian languages are already available, and other languages can be easily included. Stakeholders of all the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. Data can be hosted in a common database or in duplicate partner-specific databases. Once enough data have been recorded, genetic parameters (heritabilities, genetic correlations between traits) can be estimated and selection objectives defined for each local breed.

2019

Ecoconception des aliments destinés aux porcs : analyse d’incertitude

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 169-174, par Sandrine Espagnol et al.

Réduire les impacts environnementaux des productions animales reste une priorité. Formuler des éco-aliments générant de moindres impacts environnementaux peut constituer un levier d’action. Cette formulation nécessite la connaissance des impacts des intrants alimentaires, ce que rassemble la base de données ECOALIM. Ces données d’impacts sont des valeurs moyennes à l’échelle de la France et, de ce fait, ne rendent pas compte de la grande diversité des itinéraires techniques et des contextes pédoclimatiques. Ainsi, ces valeurs moyennes nationales sont-elles suffisantes pour mettre en oeuvre une écoconception des aliments du bétail ? Cette étude ambitionne d’y répondre en se basant sur une analyse d’incertitude des impacts des principales matières premières utilisées en alimentation animale (blé, maïs, orge, colza, tournesol, et leurs coproduits transformés), et des impacts des éco-aliments formulés soit à partir de données moyennes, soit à partir de données spécifiques, pour différents contextes économiques et de disponibilité en matières premières. Un échantillonnage aléatoire (N entre 500 et 1000) a été réalisé en tirant les valeurs d’impacts des matières premières dans une loi normale bornée par des valeurs minimales et maximales. Chaque jeu de données est utilisé pour comparer les impacts environnementaux et les taux d’incorporation des matières premières entre les aliments formulés à moindre coût et les éco-aliments. Pour les impacts changement climatique et consommation d’énergie, les moyennes nationales d’impacts environnementaux des matières premières s’avèrent suffisantes pour l’écoconception en permettant de réduire effectivement les impacts par rapport à la formulation à moindre coût. Les résultats sont plus variables pour les impacts consommation de phosphore et occupation des sols. De même, certaines matières premières comme le blé et le maïs requièrent des itinéraires plus précis qu’une simple situation moyenne nationale.

Feed eco-design for pigs: uncertainty analysis

Reducing environmental impacts of the livestock sector remains a priority. Formulating eco-feeds with lower impacts can be used as one mechanism. Doing so requires knowledge about feedstuff impacts, such as those contained in the ECOALIM database. As this database provides average values at a national scale, it can have high uncertainty due to the large variability in production techniques and soil/climate contexts for crops. Thus, the purpose of this study was to assess the relevance of eco-designing feed based on average national values. Uncertainty analysis was performed considering the variability in impact of the main crops used for pig feeds: wheat, maize, barley, rapeseed and sunflower and their processed co-products. This was applied to formulate eco-feeds within various economic contexts and conditions of feedstuff availability. A random sample (n = 500-1000) was created by drawing environmental impact values from a normal distribution truncated by minimum and maximum values. Each dataset was used to compare impacts of the eco-feed with those of an average standard feed. The effect of incorporation rates of feedstuffs was also analysed. For the impacts “energy consumption” and “climate change”, and for many feedstuffs, the use of national average data of environmental impacts appeared suitable for an eco-design implementation by feed manufacturers. Nonetheless, the ECOALIM dataset needs to be enriched with more detailed data for certain feedstuffs, such as maize and wheat, and also for certain impacts, such as “phosphorus use” and “land use”.

2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51e Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

NOUVEL OUTIL EN LIGNE : Porcprotect pour évaluer la biosécurité

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Isabelle Corrégé, Porc Mag (FRA), 2018, n° 537, décembre, p. 30

Créé par l’Ifip, le nouvel outil en ligne Porcprotect permet aux éleveurs d’auditer eux-mêmes leur élevage sur son niveau de biosécurité.

2018

ELFE, une base de données pour caractériser les émissions gazeuses

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Nadine Guingand et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, p. 265-266, poster

En France, le secteur de l’élevage est responsable de 70% des émissions d’ammoniac et de 17,8% des émissions de Gaz à Effet de Serre (GES) (CITEPA, 2012). La caractérisation de ces émissions apparaît donc comme un enjeu incontournable du développement de ce secteur en France mais aussi en Europe. La diversité de l’élevage français résulte de différentes combinaisons d’espèces animales, de stades physiologiques, modes de logement, types d’effluents mais aussi de pratiques des éleveurs. Cette diversité conduit à des niveaux d’émissions gazeuses variables et dont les facteurs de variation sont souvent mal connus. La comparaison des facteurs d’émissions publiés dans la littérature est complexe du fait du manque d’informations sur leurs conditions d’acquisition. Ainsi, la mise en oeuvre d’une base de données regroupant uniquement les facteurs d’émissions publiés dans la littérature ou acquis au cours des projets menés par les différents acteurs du RMT Elevages et Environnement serait insuffisante pour répondre à cet enjeu. C’est pourquoi la base de données ELFE (Elevages et Facteurs d’Emission) a été créée pour élaborer des facteurs d’émissions sur la base de critères spécifiques liés aux objectifs finaux et aux métadonnées disponibles.

ENG

ELFE, a database to determine gaseous emission

In France, 70% of ammonia and 18% of greenhouse gas (GHG) originate from the livestock sector. Thus, improving knowledge on the magnitude and origin of gaseous emissions is essential to reduce them, and then meet societal requirements and setup regulations at national and European levels. A consortium involving research (Inra, Irstea) and technical development (Ifip, Itavi, Idele, CRAB, Terres Innovia, Arvalis) was created to implement a robust database (ELFE) gathering (inter)national literature references on gaseous emissions of poultry, pork, herbivore productions and related indicators. With the help of the database ELFE, we aim to determine emission factors (EF) for NH3, GHG, particles and odors in various technical itineraries integrating the different steps of animal and manure management (i.e. building, manure storage and treatment, spreading and pasture). Building the structure of the database was the first step of this project financed by the French Agency of the Environment and the Control of Energy (ADEME). Further on, national and international literature data were integrated into the database. At the moment, around 1,000 publications are recorded, essentially focusing on NH3 and GHG emissions. The next steps concentrate on data analysis to determine average EF’s per itinerary and EF-variability due to metadata (i.e. animal type, climate, diet, duration, storage type...). Outcomes will be published in scientific journals but also made available for stakeholders as guidance documents (i.e. fact sheets, technical reports). The purpose of these documents is to advise agricultural consultants and authorities on ways of reducing emissions and improving air quality in livestock production systems.

PDF icon Nadine Guingand et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, p. 265-266, poster
2017

ELFE, une base de données pour caractériser les émissions gazeuses

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Nadine Guingand et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, poster

ELFE est une base de données issue d’un consortium entre différents acteurs de la recherche et du développement.

Elle a pour but de produire des facteurs d’émission d’ammoniac, Gaz à Effet de Serre, particules et odeurs par itinéraire technique pour les élevages d’herbivores, porcs et volailles, en intégrant les différentes étapes des conduites animales et de gestion des effluents (bâtiment, stockage, traitement, épandage et pâturage).

PDF icon Nadine Guingand et al., 49es Journées de la Recherche Porcine, Paris, 31 janvier et 1er février 2017, poster
2017

Des facteurs d’émissions par itinéraire technique d’élevage : projet ELFE

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Nadine Guingand, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 94

Les éleveurs de porcs de plus de 2 000 places de porcs de plus de 30 kg ou 750 places de truies doivent déclarer annuellement leurs émissions d’ammoniac, de protoxyde d’azote, de méthane et de particules sur le site dédié de l’Administration française (GEREP). (https://www.declarationpollution.developpement-durable.gouv.fr/gerep).

Ces mêmes élevages doivent aussi justifier du respect des niveaux d’émissions d’ammoniac de leurs bâtiments (cf conclusions du BREF Elevages publiées en février 2017).

Pour calculer ces émissions, l’utilisation de facteurs d’émission par catégorie d’animal et par itinéraire technique est une voie proposée.

Afin d’améliorer les connaissances relatives aux émissions et de contribuer à réduire la contribution de l’élevage (70 % des émissions d’ammoniac d’origine agricole), un consortium regroupant des acteurs de la recherche (Inra, Irstea) et des instituts techniques (Ifip, Itavi, Idele, CRAB, Terres Inovia, Arvalis, Citepa) s’est créé pour mutualiser les références relatives aux émissions des ateliers porcs, volailles et herbivores, dans le cadre du projet ELFE (Elevages et Facteurs d’Emission).

L’objectif est :

(1) de créer une base de données des facteurs d’émissions gazeuses (NH3, N2O, CH4, CO2, NOx, COV) d’odeurs et de particules au niveau des bâtiments, des unités de stockage, de celle de traitement des effluents, de l’épandage et du pâturage pour les porcs, les bovins et les volailles

(2) d’analyser ces données en vue d’établir des valeurs moyennes (facteurs d’émissions) par itinéraire technique et

(3) de diffuser ces acquis auprès d’un large public de scientifiques, instances décisionnelles, appui technique, éleveurs et enseignement.

Le projet ELFE est en lien direct avec le RMT Elevage et Environnement, dans son axe thématique sur les émissions gazeuses.

PDF icon Nadine Guingand, Bilan 2016, mai 2017, p. 94, fiche n° 55
2017

MLVA_Normalizer: Workflow for Normalization of MLVA Profiles and Data Exchange between Laboratories

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Paul Bachelerie et al., Journal of proteomics & bioinformatics, 2016, volume 9, n° 2, janvier, p. 025-026

Motivation: MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) is a typing method used today to characterize several major pathogens such as Brucella, Mycobacterium tuberculosis or Salmonella. It takes advantage from the comparison of the size of specific genomic loci constituted by tandem repeat sequences. Unfortunately the raw size estimate is instrument dependent and consequently the results obtained cannot be compared without normalization between laboratories involved in disease monitoring, surveillance and official controls.
Results: To overcome this problem we developed a workflow tool, MLVA_normalizer, conceived to normalize MLVA results. This normalization workflow tool is designed to be applied to any bacterial genera and does not depend on the MLVA protocol used.

2017

Vers un observatoire de la qualité des viandes françaises?

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Oui, le suivi de la qualité de viande est important pour la filière :

  • Évaluation du progrès / quantification des problèmes
  • Collecte de données pH INAPORC: mise en évidence d’élevages aux résultats différenciés (inférieur vs supérieur)

Etude INAPORC en cours : enquêtes en élevages pour la recherche de facteurs amonts d’influence sur le pH 24

Déficit en données représentatives de qualité de viande : Données IFIP: milieu industriel, mais maitrise préparation à l’abattage

PDF icon intervention de A Vautier à la journée quizz qualité des viandes de janvier 2017
2017

Base de données sur les contaminants chimiques susceptibles d'être transférés aux denrées alimentaires d'origine animale

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 6ès rencontres du RMT Quasaprove "recherche appliquée, formation & transfert", Paris, le 8 mars 2016, visuels, par Emilie Donnat et Eric Royer

Dans un contexte de mondialisation accrue, la qualité sanitaire des denrées alimentaires d’origine animale (DAOA) est une priorité pour les acteurs des filières.

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2017

Une base de données moléculaires partagée au service de la surveillance de Listeria monocytogenes dans la chaîne alimentaire en France

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Benjamin Félix et al., Bulletin Epidémiologique Santé Animale - Alimentation (FRA), numéro spécial : sécurité sanitaire des aliments, janvier 2017, n° 77, p. 82-87

 Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. De ce fait, la surveillance des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle. Un dispositif efficace de surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire nécessite la centralisation de données de qualité et la production d’informations utiles et accessibles. L’Anses, au titre de ses mandats de Laboratoire de référence national (LNR) et de l’Union européenne (LRUE) pour Lm, fournit un appui scientifique et technique en amont de cette collecte de données. Elle assure notamment l’harmonisation des méthodes de typage des souches isolées de la chaîne alimentaire, l’organisation de formations et d’essai inter-laboratoires d’aptitude pour les laboratoires des réseaux français et européen. En France, dans le cadre de l’unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Anses et l’Institut du Porc (Ifip) ont travaillé depuis quatre ans au développement d’une base de données nationale pour la centralisation et le partage des données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux organismes. A terme, elle sera partagée avec quatre autres instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Cette base de données est interconnectée avec le système de base de données européen mis en place par le LRUE et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et permet la remontée au niveau européen des données collectées au niveau national. La base de l’UMT Armada contient actuellement 1 200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permet une surveillance plus fine des souches circulant en France dans les différentes filières alimentaires.

ENG

A shared molecular database for the surveillance of Listeria monocytogenes in the food chain in France

Listeria monocytogenes (Lm) is a ubiquitous bacterium responsible for a rare but serious infection: listeriosis. Transmitted through the consumption of contaminated food, listeriosis is fatal in 20% to 30% of cases. It mainly affects people with a weakened immune system. Therefore, the surveillance of strains isolated from the food chain and the environment is essential. An effective food chain surveillance system requires the centralisation of high-quality data and the production of useful and accessible information. ANSES, under its mandates as National Reference Laboratory (NRL) and European Union Reference Laboratory (EURL) for Lm, provides scientific and technical support prior to this data collection. In particular, it harmonises typing methods for strains isolated from the food chain, and organises training and inter-laboratory proficiency tests for laboratories in the French and European networks. In France, as part of the ARMADA Joint Technological Unit (UMT), ANSES and the French Pork and Pig Institute (IFIP) have been working for four years on the development of a national database for the centralisation and sharing of epidemiological and genetic data on the strains held by the two organisations. Over time, it will be shared with four other French technical institutes and the ANSES laboratories involved in Lm surveillance. This database is interconnected with the European database system developed by the EURL and the European Food Safety Authority, which makes it possible to report data collected nationwide at European level. The database of the ARMADA UMT currently contains 1,200 strains typed by PFGE, sharing 256 combined ApaI/AscI profiles. This tool is enhancing the surveillance of strains circulating in the various food sectors in France.

2017

Des données pour produire des aliments du bétail écologiques

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Sandrine Espagnol et Aurélie Wilfart, Tech Porc (FRA), 2016, n° 32, novembre-décembre, p. 27-29

Dossier Environnement : réduire, ajuster, produire

Ecoalim, voilà le nom des données maintenant disponibles sur les impacts environnementaux des matières premières utilisées en alimentation du bétail et notamment en porc.
Grâce à ces données, on peut évaluer les impacts des aliments formulés et ainsi concevoir de nouveaux aliments écologiques !

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2016

Création d’une base de données spatialisée relative à la valorisation énergétique par méthanisation des résidus et coproduits organiques des agro‐industries : Présentation du projet ValorMap

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Visuel présenté par Laureen Badey (ITERG) et al., aux Journées et Industrie Biogaz méthanisation, à Limoges (France), 10-12 février 2016, 12 pages

Le projet ValorMap a débuté fin 2014 pour une durée de 3 ans et demi (le projet sera à la moitié de son parcours en février 2016). Il a pour objet de créer une base de données spatialisée relative à la valorisation énergétique par méthanisation des résidus et coproduits organiques des agro-industries.

L’objectif du projet est de capitaliser l’ensemble des travaux antérieurs en méthanisation des partenaires et de mener des investigations supplémentaires afin d’identifier l’ensemble des résidus et coproduits des agro-industries pouvant être mobilisés en méthanisation ainsi que leurs caractéristiques (composition physico-chimique, ratio de production, voie de valorisation actuelle, etc.). La base de données créée proposera une cartographie des gisements disponibles et de leur potentiel méthanogène. Celle-ci sera mise à disposition des agro-industries et des principaux acteurs de la filière méthanisation. Elle permettra de faciliter la mobilisation de substrats organiques par des installations de méthanisation sur le territoire français. Ce projet devra également permettre aux agro-industriels de disposer des éléments nécessaires pour envisager une valorisation en méthanisation, et pour comparer cette solution avec les voies de valorisation actuelles.

Ce projet rassemble :

  • des Instituts Techniques couvrant plusieurs filières agro-industrielles,
  • des Centres régionaux d’innovation et de transfert de technologie couvrant plusieurs régions (Provence Alpes-Côte-d’Azur, Lorraine, Auvergne),
  • des centres de recherche publique (le LBE de l’INRA de Narbonne et l’IRSTEA de Rennes).

Les Instituts Techniques et les Centres régionaux, par leur connaissance du secteur agro-industriel et des caractéristiques des résidus et coproduits générés, seront à même d’identifier les gisements potentiellement méthanisables. Le LBE de l’INRA évaluera les performances en méthanisation des résidus et coproduits identifiés. Enfin, l’IRSTEA capitalisera l’ensemble de ces résultats dans une base de données spatialisée.

Le projet ValorMap est une initiative du RMT ACTIA Ecoval et est co-financé par l’ADEME.

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2016

Une base de données de typage partagée pour la surveillance de Listeria monocytogenes / A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data

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Les Cahiers de l'IFIP, 3(1), 53-58 - La revue R&D de la filière porcine française

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes faibles immunitairement et plus rarement des personnes en bonne santé. L’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée. De ce fait, la surveillance génétique des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle.
Dans le cadre de l’Unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Ifip et l’Anses ont travaillé depuis 4 ans à l’harmonisation de leurs protocoles de typage PFGE. Le besoin d’échanger leurs données de typage a abouti à la création d’une base de données nationale de typage partagée. L’objectif de cette base est de mettre en commun les données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux instituts. A terme, elle sera partagée entre quatre instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Elle contient actuellement 1200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permettra une surveillance accrue des souches circulant dans la filière porcine.

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2016

Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and poultry through the development of sustainable breeding programmes: I-selection goals and criteria

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Agroecology uses natural processes and local resources rather than chemical inputs to ensure production while limiting the environmental footprint of livestock and crop production systems. Selecting to achieve a maximization of target production criteria has long proved detrimental to fitness traits. However, since the 1990s, developments in animal breeding have also focussed on animal robustness by balancing production and functional traits within overall breeding goals. We discuss here how an agroecological perspective should further shift breeding goals towards functional traits rather than production traits. Breeding for robustness aims to promote individual adaptive capacities by considering diverse selection criteria which include reproduction, animal health and welfare, and adaptation to rough feed resources, a warm climate or fluctuating environmental conditions. It requires the consideration of genotype × environment interactions in the prediction of breeding values. Animal performance must be evaluated in low-input systems in order to select those animals that are adapted to limiting conditions, including feed and water availability, climate variations and diseases. Finally, we argue that there is no single agroecological animal type, but animals with a variety of profiles that can meet the expectations of agroecology. The standardization of both animals and breeding conditions indeed appears contradictory to the agroecological paradigm that calls for an adaptation of animals to local opportunities and constraints in weakly artificialized systems tied to their physical environment.

2016

Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and poultry through the development of sustainable breeding programmes. II. Breeding strategies

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Agroecology uses ecological processes and local resources rather than chemical inputs to develop productive and resilient livestock and crop production systems. In this context, breeding innovations are necessary to obtain animals that are both productive and adapted to a broad range of local contexts and diversity of systems. Breeding strategies to promote agroecological systems are similar for different animal species. However, current practices differ regarding the breeding of ruminants, pigs and poultry. Ruminant breeding is still an open system where farmers continue to choose their own breeds and strategies. Conversely, pig and poultry breeding is more or less the exclusive domain of international breeding companies which supply farmers with hybrid animals. Innovations in breeding strategies must therefore be adapted to the different species. In developed countries, reorienting current breeding programmes seems to be more effective than developing programmes dedicated to agroecological systems that will struggle to be really effective because of the small size of the populations currently concerned by such systems. Particular attention needs to be paid to determining the respective usefulness of cross-breeding v. straight breeding strategies of well-adapted local breeds. While cross-breeding may offer some immediate benefits in terms of improving certain traits that enable the animals to adapt well to local environmental conditions, it may be difficult to sustain these benefits in the longer term and could also induce an important loss of genetic diversity if the initial pure-bred populations are no longer produced. As well as supporting the value of within-breed diversity, we must preserve between-breed diversity in order to maintain numerous options for adaptation to a variety of production environments and contexts. This may involve specific public policies to maintain and characterize local breeds (in terms of both phenotypes and genotypes), which could be used more effectively if they benefited from the scientific and technical resources currently available for more common breeds. Last but not least, public policies need to enable improved information concerning the genetic resources and breeding tools available for the agroecological management of livestock production systems, and facilitate its assimilation by farmers and farm technicians.

2016

ECOALIM : une base de données sur les impacts environnementaux des matières premières utilisées en France pour l’alimentation animale

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Aurélie Wilfart et al., 48es Journées Recherches Porcines (FRA), 2-3 février 2016, Paris, p. 49-54

FR

La réduction des impacts environnementaux des produits animaux est un enjeu important pour les filières animales. Pour raisonner les stratégies de réduction des impacts, il est nécessaire de disposer des références fiables d’impacts environnementaux des matières premières utilisées pour l’alimentation animale. La base de données ECOALIM fournit les inventaires de cycle de vie et les impacts environnementaux des matières premières utilisées pour l’alimentation animale en France. Elle repose sur la méthodologie d’analyse du cycle de vie, et calcule les impacts changement climatique, eutrophisation, acidification, consommation d’énergie non renouvelable, consommation de phosphore et occupation des terres pour différents périmètres : sortie du champ, sortie d’organisme stockeur, sortie du port et sortie d’usine de production. Les données techniques de la période 2008-2012 ont été utilisées. La base de données contient 150 valeurs dont 58 matières premières moyennes, 27 valeurs de déclinaisons et 10 matières premières étrangères. Les impacts des matières premières moyennes sont en cohérence avec l’expertise et reposent sur des modélisations des inventaires plus complètes que celles de la base de données européenne AgriFootprint. Les leviers techniques considérés n’ont pas les mêmes effets sur les impacts des cultures de blé, maïs, colza, orge et tournesol. L’utilisation des leviers techniques doit être donc être raisonnée en accord avec les problématiques environnementales du territoire. La base de données ECOALIM repose sur des données précises et homogènes. Elle fournit pour la première fois l’ensemble des produits à faible taux d’incorporation ou innovants et permet ainsi de réaliser des formules complètes et d’explorer des formules d’aliments innovantes, prenant en compte des critères économiques et environnementaux.

ENG

ECOALIM: French database for the environmental impacts of feed ingredients for animal nutrition

Reducing the environmental impact of animal products is a major challenge for animal production chains. To handle strategies of impact mitigation, it is necessary to have accurate references on environmental impact of feed ingredients used in animal nutrition. The ECOALIM database provides life cycle inventories and environmental impact of feed ingredients utilized in France. Based on life cycle assessment methodology, it calculates the impacts on climate change, eutrophication, acidification, non-renewable energy use, phosphorus consumption and land use for different system boundaries: at the field gate, stored agencies gate, harbour gate, and plant gate. Technical data from 2008 to 2012 were utilized. The database contains 150 values including 58 national average feed ingredients, 27 variants and 10 foreign feed ingredients. The impacts of average feed ingredients are consistent with our expert knowledge and international bibliography, and rely on inventories modelling more exhaustive than the European database Agrifootprint. The utilization of technical leverages should be chosen in accordance with the environmental issue at the local level. The ECOALIM database relies on precise and homogenous data. It provides for the first time to our knowledge all the minor components and makes it possible to construct full formulas and to investigate innovative feed formulas accounting for economic and environmental criteria.

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2016

Evolution of medication costs over a 10 year period from National technical-economic database on French Pig farms

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Poster.

The evolution of medication costs over a 10 year period (2004-2014) in French pig farms was analysed.

Abstract 

Introduction: The control of the medication costs is a major challenge in pig industry to optimize production costs and meets the national plan of reduction of the antibiotic use in veterinary medicine. Medication costs are collected in the National technical-economic database (GTE). This is an indirect annual monitoring of antibiotic use from a large network of farms national distribution. In this paper, the evolution of medication costs over the last 10 years (2004- 2014) in French Pig farms is analysed. 
Materials and Methods: Medication costs are analysed from results collected in GTE database in two types of herds: farrow‐to‐finish herds (n> 1475 farms) and fattening herds (n> 339 farms). Several medication costs were considered: total costs, preventive costs with 2 sub-categories, vaccines and livestock management products, curative cost with the orally-administered medication and antibiotic and anti-inflammatory injections. 
Results: In farrow‐to‐finish herds, the total medication costs decreased significantly by 0.76 €/100 kg carcass (-12%) between 2004 and 2014, in relation to the decrease in orally-administered medication (- 0.65 €/100 kg carcass, -40%), in antibiotic and anti-inflammatory injections (- 0.47 €/100kg carcass, - 42%) and also in livestock management products (- 0.26 €/100 kg per carcass, -18%). During the same period vaccination, costs increased (+ 0.28 €/100 kg carcass, +11%). Over those 10 years, the levels of curative medication decreased by 41% and were lower than those of preventive medication (- 2.27 €/100 kg carcass in 2014). Medication costs for fattening herds also decreased significantly by 0.72 €/100 kg carcass (-24%) between 2004 and 2014, in relation to the decrease of orally-administered medication (- 0.65 €/100kg carcass, -42%) and antibiotic and anti-inflammatory injections (- 0.33 €/100 kg carcass, -63%). However, livestock management products and vaccines remained stable for this category of farms. Over the 10 years, the level of curative medication decreased by 47%. In 2014 the preventive medication costs were higher than those of curative medication (+ 0.11 €/100 kg carcass). 
Conclusion: The decrease in medication costs associated with a decreased use of curative treatments and an increased use of vaccines, meets the expectations of Human and Animal Health Authorities and society. This is due to improvement in the health status of farms in connection with the development of vaccinations and biosecurity practices contributing to the success of the actions to reduce antibiotic use.

PDF icon Poster IFIP de Isabelle Corrégé, 24th International pig veterinary society congress, 7-10 juin 2016, Dublin (Irlande)
2016

Base de données des sérotypes de Salmonella dans la filière porcine

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Fiche n° 033 : référentiels pour l'amélioration des pratiques de différents métiers de la filière

En 2014 en Europe, Salmonella est la deuxième cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme avec 88,715 cas confirmés (Efsa, 2015). Il existe plus de 2600 sérotypes de Salmonella. Cependant, les fréquences d’isolement des sérotypes sont très variables.
En moyenne, les 20 sérotypes les plus fréquemment identifiés représentent 80% des souches isolées chaque année en France. Parmi ces 20 sérotypes se trouvent les 6 sérotypes réglementés S. EnteritidisS. Typhimurium, S. Infantis, S. Hadar, S. Virchow et S. Kentucky mais également S. 4,[5], 12 : i :- dont la progression est constante ces dernières années. Ainsi, il est important de surveiller spécifiquement l’incidence des variants monophasiques et immobiles du sérotype Typhimurium dans la filière porcine. En effet, ceux-ci sont en constante progression depuis 2007 et étaient responsables de 3 épidémies liées à  la consommation de saucisson sec et de produits de charcuterie durant le 4ème trimestre 2011. L’Ifip
gère une base de données de plus de 1000 souches de salmonelles finement caractérisées au niveau de leur sérotype et de leur pulsotype (profil génétique).
Cette base, qui date de 2007 est alimentée régulièrement soit de façon volontaire, soit par des souches collectées au travers d’études interprofessionnelles, ceci afin de mieux connaître le danger Salmonella tout au long de la chaîne et mieux répondre aux interrogations des professionnels concernant la gestion de ce risque.
L’implémentation pérenne de cette base de données permet (1) d’obtenir une image de la diversité qualitative et quantitative des souches circulantes dans la filière porcine (2) de connaitre l’incidence du variant monophasique S. Typhimurium SI 4,[5], 12 : i : - dans la filière et (3) de constituer un souchier représentatif des souches circulant dans la filière, qui pourra être utilisé dans le cadre d’autres projets.

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2016

Alimentation de précision des porcs charcutiers rationnés

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Fiche n° 039 : mise au point des technologies innovantes

La réduction des apports protéiques est une voie de progrès qui peut être réalisée à l’échelle des aliments distribués à tous les porcs ou à celle de
 l’animal par un ajustement quotidien des apports en nutriments.
L’alimentation de précision est une voie prometteuse pour améliorer le bilan environnemental, tout en préservant les résultats économiques. C’est un concept qui intègre l’estimation des besoins et la mise en oeuvre de techniques d’alimentation de pointe. Au Canada, un système est développé pour les porcs alimentés à volonté. Dans le cadre du projet RERALIM, un prototype a été développé par l’IFIP en partenariat avec la société Asserva pour le porc alimenté de façon rationnée.

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2016

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