La base documentaire de l'IFIP

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Une base de données moléculaires partagée au service de la surveillance de Listeria monocytogenes dans la chaîne alimentaire en France

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Benjamin Félix et al., Bulletin Epidémiologique Santé Animale - Alimentation (FRA), numéro spécial : sécurité sanitaire des aliments, janvier 2017, n° 77, p. 82-87

 Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. De ce fait, la surveillance des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle. Un dispositif efficace de surveillance sanitaire de la chaîne alimentaire nécessite la centralisation de données de qualité et la production d’informations utiles et accessibles. L’Anses, au titre de ses mandats de Laboratoire de référence national (LNR) et de l’Union européenne (LRUE) pour Lm, fournit un appui scientifique et technique en amont de cette collecte de données. Elle assure notamment l’harmonisation des méthodes de typage des souches isolées de la chaîne alimentaire, l’organisation de formations et d’essai inter-laboratoires d’aptitude pour les laboratoires des réseaux français et européen. En France, dans le cadre de l’unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Anses et l’Institut du Porc (Ifip) ont travaillé depuis quatre ans au développement d’une base de données nationale pour la centralisation et le partage des données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux organismes. A terme, elle sera partagée avec quatre autres instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Cette base de données est interconnectée avec le système de base de données européen mis en place par le LRUE et l’Autorité européenne de sécurité des aliments et permet la remontée au niveau européen des données collectées au niveau national. La base de l’UMT Armada contient actuellement 1 200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permet une surveillance plus fine des souches circulant en France dans les différentes filières alimentaires.

ENG

A shared molecular database for the surveillance of Listeria monocytogenes in the food chain in France

Listeria monocytogenes (Lm) is a ubiquitous bacterium responsible for a rare but serious infection: listeriosis. Transmitted through the consumption of contaminated food, listeriosis is fatal in 20% to 30% of cases. It mainly affects people with a weakened immune system. Therefore, the surveillance of strains isolated from the food chain and the environment is essential. An effective food chain surveillance system requires the centralisation of high-quality data and the production of useful and accessible information. ANSES, under its mandates as National Reference Laboratory (NRL) and European Union Reference Laboratory (EURL) for Lm, provides scientific and technical support prior to this data collection. In particular, it harmonises typing methods for strains isolated from the food chain, and organises training and inter-laboratory proficiency tests for laboratories in the French and European networks. In France, as part of the ARMADA Joint Technological Unit (UMT), ANSES and the French Pork and Pig Institute (IFIP) have been working for four years on the development of a national database for the centralisation and sharing of epidemiological and genetic data on the strains held by the two organisations. Over time, it will be shared with four other French technical institutes and the ANSES laboratories involved in Lm surveillance. This database is interconnected with the European database system developed by the EURL and the European Food Safety Authority, which makes it possible to report data collected nationwide at European level. The database of the ARMADA UMT currently contains 1,200 strains typed by PFGE, sharing 256 combined ApaI/AscI profiles. This tool is enhancing the surveillance of strains circulating in the various food sectors in France.

2017

Des données pour produire des aliments du bétail écologiques

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Sandrine Espagnol et Aurélie Wilfart, Tech Porc (FRA), 2016, n° 32, novembre-décembre, p. 27-29

Dossier Environnement : réduire, ajuster, produire

Ecoalim, voilà le nom des données maintenant disponibles sur les impacts environnementaux des matières premières utilisées en alimentation du bétail et notamment en porc.
Grâce à ces données, on peut évaluer les impacts des aliments formulés et ainsi concevoir de nouveaux aliments écologiques !

PDF icon Sandrine Espagnol et Aurélie Wilfart, Tech Porc (FRA), 2016, n° 32, novembre-décembre, p. 27-29
2016

Création d’une base de données spatialisée relative à la valorisation énergétique par méthanisation des résidus et coproduits organiques des agro‐industries : Présentation du projet ValorMap

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Visuel présenté par Laureen Badey (ITERG) et al., aux Journées et Industrie Biogaz méthanisation, à Limoges (France), 10-12 février 2016, 12 pages

Le projet ValorMap a débuté fin 2014 pour une durée de 3 ans et demi (le projet sera à la moitié de son parcours en février 2016). Il a pour objet de créer une base de données spatialisée relative à la valorisation énergétique par méthanisation des résidus et coproduits organiques des agro-industries.

L’objectif du projet est de capitaliser l’ensemble des travaux antérieurs en méthanisation des partenaires et de mener des investigations supplémentaires afin d’identifier l’ensemble des résidus et coproduits des agro-industries pouvant être mobilisés en méthanisation ainsi que leurs caractéristiques (composition physico-chimique, ratio de production, voie de valorisation actuelle, etc.). La base de données créée proposera une cartographie des gisements disponibles et de leur potentiel méthanogène. Celle-ci sera mise à disposition des agro-industries et des principaux acteurs de la filière méthanisation. Elle permettra de faciliter la mobilisation de substrats organiques par des installations de méthanisation sur le territoire français. Ce projet devra également permettre aux agro-industriels de disposer des éléments nécessaires pour envisager une valorisation en méthanisation, et pour comparer cette solution avec les voies de valorisation actuelles.

Ce projet rassemble :

  • des Instituts Techniques couvrant plusieurs filières agro-industrielles,
  • des Centres régionaux d’innovation et de transfert de technologie couvrant plusieurs régions (Provence Alpes-Côte-d’Azur, Lorraine, Auvergne),
  • des centres de recherche publique (le LBE de l’INRA de Narbonne et l’IRSTEA de Rennes).

Les Instituts Techniques et les Centres régionaux, par leur connaissance du secteur agro-industriel et des caractéristiques des résidus et coproduits générés, seront à même d’identifier les gisements potentiellement méthanisables. Le LBE de l’INRA évaluera les performances en méthanisation des résidus et coproduits identifiés. Enfin, l’IRSTEA capitalisera l’ensemble de ces résultats dans une base de données spatialisée.

Le projet ValorMap est une initiative du RMT ACTIA Ecoval et est co-financé par l’ADEME.

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2016

Une base de données de typage partagée pour la surveillance de Listeria monocytogenes / A molecular Listeria monocytogenes database to centralize and share typing data

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Les Cahiers de l'IFIP, 3(1), 53-58 - La revue R&D de la filière porcine française

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie ubiquitaire responsable d’une infection rare mais grave : la listériose. Transmise par la consommation d’aliments contaminés, la listériose s’avère mortelle dans 20 à 30 % des cas. Elle touche principalement les personnes faibles immunitairement et plus rarement des personnes en bonne santé. L’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée. De ce fait, la surveillance génétique des souches isolées de la chaîne alimentaire et de l’environnement de production est essentielle.
Dans le cadre de l’Unité mixte technologique (UMT) Armada, l’Ifip et l’Anses ont travaillé depuis 4 ans à l’harmonisation de leurs protocoles de typage PFGE. Le besoin d’échanger leurs données de typage a abouti à la création d’une base de données nationale de typage partagée. L’objectif de cette base est de mettre en commun les données épidémiologiques et génétiques des souches détenues par les deux instituts. A terme, elle sera partagée entre quatre instituts techniques français ainsi que les laboratoires de l’Anses impliqués dans la surveillance de Lm. Elle contient actuellement 1200 souches typées par PFGE, partageant 256 profils combinés ApaI/AscI. Cet outil permettra une surveillance accrue des souches circulant dans la filière porcine.

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2016

Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and poultry through the development of sustainable breeding programmes. II. Breeding strategies

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Agroecology uses ecological processes and local resources rather than chemical inputs to develop productive and resilient livestock and crop production systems. In this context, breeding innovations are necessary to obtain animals that are both productive and adapted to a broad range of local contexts and diversity of systems. Breeding strategies to promote agroecological systems are similar for different animal species. However, current practices differ regarding the breeding of ruminants, pigs and poultry. Ruminant breeding is still an open system where farmers continue to choose their own breeds and strategies. Conversely, pig and poultry breeding is more or less the exclusive domain of international breeding companies which supply farmers with hybrid animals. Innovations in breeding strategies must therefore be adapted to the different species. In developed countries, reorienting current breeding programmes seems to be more effective than developing programmes dedicated to agroecological systems that will struggle to be really effective because of the small size of the populations currently concerned by such systems. Particular attention needs to be paid to determining the respective usefulness of cross-breeding v. straight breeding strategies of well-adapted local breeds. While cross-breeding may offer some immediate benefits in terms of improving certain traits that enable the animals to adapt well to local environmental conditions, it may be difficult to sustain these benefits in the longer term and could also induce an important loss of genetic diversity if the initial pure-bred populations are no longer produced. As well as supporting the value of within-breed diversity, we must preserve between-breed diversity in order to maintain numerous options for adaptation to a variety of production environments and contexts. This may involve specific public policies to maintain and characterize local breeds (in terms of both phenotypes and genotypes), which could be used more effectively if they benefited from the scientific and technical resources currently available for more common breeds. Last but not least, public policies need to enable improved information concerning the genetic resources and breeding tools available for the agroecological management of livestock production systems, and facilitate its assimilation by farmers and farm technicians.

2016

Review: Towards the agroecological management of ruminants, pigs and poultry through the development of sustainable breeding programmes: I-selection goals and criteria

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Agroecology uses natural processes and local resources rather than chemical inputs to ensure production while limiting the environmental footprint of livestock and crop production systems. Selecting to achieve a maximization of target production criteria has long proved detrimental to fitness traits. However, since the 1990s, developments in animal breeding have also focussed on animal robustness by balancing production and functional traits within overall breeding goals. We discuss here how an agroecological perspective should further shift breeding goals towards functional traits rather than production traits. Breeding for robustness aims to promote individual adaptive capacities by considering diverse selection criteria which include reproduction, animal health and welfare, and adaptation to rough feed resources, a warm climate or fluctuating environmental conditions. It requires the consideration of genotype × environment interactions in the prediction of breeding values. Animal performance must be evaluated in low-input systems in order to select those animals that are adapted to limiting conditions, including feed and water availability, climate variations and diseases. Finally, we argue that there is no single agroecological animal type, but animals with a variety of profiles that can meet the expectations of agroecology. The standardization of both animals and breeding conditions indeed appears contradictory to the agroecological paradigm that calls for an adaptation of animals to local opportunities and constraints in weakly artificialized systems tied to their physical environment.

2016

ECOALIM : une base de données sur les impacts environnementaux des matières premières utilisées en France pour l’alimentation animale

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Aurélie Wilfart et al., 48es Journées Recherches Porcines (FRA), 2-3 février 2016, Paris, p. 49-54

FR

La réduction des impacts environnementaux des produits animaux est un enjeu important pour les filières animales. Pour raisonner les stratégies de réduction des impacts, il est nécessaire de disposer des références fiables d’impacts environnementaux des matières premières utilisées pour l’alimentation animale. La base de données ECOALIM fournit les inventaires de cycle de vie et les impacts environnementaux des matières premières utilisées pour l’alimentation animale en France. Elle repose sur la méthodologie d’analyse du cycle de vie, et calcule les impacts changement climatique, eutrophisation, acidification, consommation d’énergie non renouvelable, consommation de phosphore et occupation des terres pour différents périmètres : sortie du champ, sortie d’organisme stockeur, sortie du port et sortie d’usine de production. Les données techniques de la période 2008-2012 ont été utilisées. La base de données contient 150 valeurs dont 58 matières premières moyennes, 27 valeurs de déclinaisons et 10 matières premières étrangères. Les impacts des matières premières moyennes sont en cohérence avec l’expertise et reposent sur des modélisations des inventaires plus complètes que celles de la base de données européenne AgriFootprint. Les leviers techniques considérés n’ont pas les mêmes effets sur les impacts des cultures de blé, maïs, colza, orge et tournesol. L’utilisation des leviers techniques doit être donc être raisonnée en accord avec les problématiques environnementales du territoire. La base de données ECOALIM repose sur des données précises et homogènes. Elle fournit pour la première fois l’ensemble des produits à faible taux d’incorporation ou innovants et permet ainsi de réaliser des formules complètes et d’explorer des formules d’aliments innovantes, prenant en compte des critères économiques et environnementaux.

ENG

ECOALIM: French database for the environmental impacts of feed ingredients for animal nutrition

Reducing the environmental impact of animal products is a major challenge for animal production chains. To handle strategies of impact mitigation, it is necessary to have accurate references on environmental impact of feed ingredients used in animal nutrition. The ECOALIM database provides life cycle inventories and environmental impact of feed ingredients utilized in France. Based on life cycle assessment methodology, it calculates the impacts on climate change, eutrophication, acidification, non-renewable energy use, phosphorus consumption and land use for different system boundaries: at the field gate, stored agencies gate, harbour gate, and plant gate. Technical data from 2008 to 2012 were utilized. The database contains 150 values including 58 national average feed ingredients, 27 variants and 10 foreign feed ingredients. The impacts of average feed ingredients are consistent with our expert knowledge and international bibliography, and rely on inventories modelling more exhaustive than the European database Agrifootprint. The utilization of technical leverages should be chosen in accordance with the environmental issue at the local level. The ECOALIM database relies on precise and homogenous data. It provides for the first time to our knowledge all the minor components and makes it possible to construct full formulas and to investigate innovative feed formulas accounting for economic and environmental criteria.

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2016

Evolution of medication costs over a 10 year period from National technical-economic database on French Pig farms

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Poster.

The evolution of medication costs over a 10 year period (2004-2014) in French pig farms was analysed.

Abstract 

Introduction: The control of the medication costs is a major challenge in pig industry to optimize production costs and meets the national plan of reduction of the antibiotic use in veterinary medicine. Medication costs are collected in the National technical-economic database (GTE). This is an indirect annual monitoring of antibiotic use from a large network of farms national distribution. In this paper, the evolution of medication costs over the last 10 years (2004- 2014) in French Pig farms is analysed. 
Materials and Methods: Medication costs are analysed from results collected in GTE database in two types of herds: farrow‐to‐finish herds (n> 1475 farms) and fattening herds (n> 339 farms). Several medication costs were considered: total costs, preventive costs with 2 sub-categories, vaccines and livestock management products, curative cost with the orally-administered medication and antibiotic and anti-inflammatory injections. 
Results: In farrow‐to‐finish herds, the total medication costs decreased significantly by 0.76 €/100 kg carcass (-12%) between 2004 and 2014, in relation to the decrease in orally-administered medication (- 0.65 €/100 kg carcass, -40%), in antibiotic and anti-inflammatory injections (- 0.47 €/100kg carcass, - 42%) and also in livestock management products (- 0.26 €/100 kg per carcass, -18%). During the same period vaccination, costs increased (+ 0.28 €/100 kg carcass, +11%). Over those 10 years, the levels of curative medication decreased by 41% and were lower than those of preventive medication (- 2.27 €/100 kg carcass in 2014). Medication costs for fattening herds also decreased significantly by 0.72 €/100 kg carcass (-24%) between 2004 and 2014, in relation to the decrease of orally-administered medication (- 0.65 €/100kg carcass, -42%) and antibiotic and anti-inflammatory injections (- 0.33 €/100 kg carcass, -63%). However, livestock management products and vaccines remained stable for this category of farms. Over the 10 years, the level of curative medication decreased by 47%. In 2014 the preventive medication costs were higher than those of curative medication (+ 0.11 €/100 kg carcass). 
Conclusion: The decrease in medication costs associated with a decreased use of curative treatments and an increased use of vaccines, meets the expectations of Human and Animal Health Authorities and society. This is due to improvement in the health status of farms in connection with the development of vaccinations and biosecurity practices contributing to the success of the actions to reduce antibiotic use.

PDF icon Poster IFIP de Isabelle Corrégé, 24th International pig veterinary society congress, 7-10 juin 2016, Dublin (Irlande)
2016

Alimentation de précision des porcs charcutiers rationnés

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Fiche n° 039 : mise au point des technologies innovantes

La réduction des apports protéiques est une voie de progrès qui peut être réalisée à l’échelle des aliments distribués à tous les porcs ou à celle de
 l’animal par un ajustement quotidien des apports en nutriments.
L’alimentation de précision est une voie prometteuse pour améliorer le bilan environnemental, tout en préservant les résultats économiques. C’est un concept qui intègre l’estimation des besoins et la mise en oeuvre de techniques d’alimentation de pointe. Au Canada, un système est développé pour les porcs alimentés à volonté. Dans le cadre du projet RERALIM, un prototype a été développé par l’IFIP en partenariat avec la société Asserva pour le porc alimenté de façon rationnée.

PDF icon fiche_bilan2015_039.pdf
2016

Base de données des sérotypes de Salmonella dans la filière porcine

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Fiche n° 033 : référentiels pour l'amélioration des pratiques de différents métiers de la filière

En 2014 en Europe, Salmonella est la deuxième cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme avec 88,715 cas confirmés (Efsa, 2015). Il existe plus de 2600 sérotypes de Salmonella. Cependant, les fréquences d’isolement des sérotypes sont très variables.
En moyenne, les 20 sérotypes les plus fréquemment identifiés représentent 80% des souches isolées chaque année en France. Parmi ces 20 sérotypes se trouvent les 6 sérotypes réglementés S. EnteritidisS. Typhimurium, S. Infantis, S. Hadar, S. Virchow et S. Kentucky mais également S. 4,[5], 12 : i :- dont la progression est constante ces dernières années. Ainsi, il est important de surveiller spécifiquement l’incidence des variants monophasiques et immobiles du sérotype Typhimurium dans la filière porcine. En effet, ceux-ci sont en constante progression depuis 2007 et étaient responsables de 3 épidémies liées à  la consommation de saucisson sec et de produits de charcuterie durant le 4ème trimestre 2011. L’Ifip
gère une base de données de plus de 1000 souches de salmonelles finement caractérisées au niveau de leur sérotype et de leur pulsotype (profil génétique).
Cette base, qui date de 2007 est alimentée régulièrement soit de façon volontaire, soit par des souches collectées au travers d’études interprofessionnelles, ceci afin de mieux connaître le danger Salmonella tout au long de la chaîne et mieux répondre aux interrogations des professionnels concernant la gestion de ce risque.
L’implémentation pérenne de cette base de données permet (1) d’obtenir une image de la diversité qualitative et quantitative des souches circulantes dans la filière porcine (2) de connaitre l’incidence du variant monophasique S. Typhimurium SI 4,[5], 12 : i : - dans la filière et (3) de constituer un souchier représentatif des souches circulant dans la filière, qui pourra être utilisé dans le cadre d’autres projets.

PDF icon fiche_bilan2015_033.pdf
2016

Exploitation des données de l’Image Meater pour la sélection génétique

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Fiche n° 026 : classification des pièces et des carcasses

Depuis juin 2013, 18 abattoirs du Grand Ouest utilisent l’Image Meater en remplacement du Capteur Gras Maigre (CGM) pour le classement des
carcasses. L’Image Meater est une caméra vidéo associée à un analyseur d’images. Il permet de réaliser une série de 16 mesures au niveau de la jonction rein-jambon (épaisseurs de gras, de muscles et des longueurs). Quatre de ces valeurs (G3, G4, M3, M4) sont actuellement utilisées dans le calcul du Taux de Muscle des Pièces (TMP).
Le TMP utilisé dans les évaluations génétiques est défini à partir des pesées des différentes pièces composant la carcasse d’animaux élevés en station de phénotypage (TMP dit « station »). La réalisation de ces pesées à l’abattoir demande du temps et de la main d’oeuvre mais aboutit à l’obtention de données précises.
L’objectif est de déterminer si le TMP estimé par Uniporc Ouest ou les mesures élémentaires de l’Image Meater sont suffisamment précis et proches du TMP « station » pour être utilisés en remplacement de la découpe des pièces à l’abattoir ou pour apporter un complément aux mesures actuelles.

PDF icon fiche_bilan2015_027.pdf
2016

Programmes de recherche en biologie moléculaire et en génomique

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Fiche n° 057 : progrès génétiques

La sélection des animaux s’appuie de plus en plus sur des données moléculaires et de génomique.
C’est pourquoi l’IFIP anime l’association BIOPORC dont l’objectif est de conduire des programmes de recherche en génomique répondant aux attentes des organisations de sélection porcine (OSP).
Les OSP ADN, CHOICE GENETICS FRANCE, GENE+ et NUCLEUS et l’IFIP sont membres de BIOPORC.
L’action est prioritairement conduite auprès des OSP, mais les thématiques abordées dans ces programmes répondent à des préoccupations sociétales et des éleveurs (odeur de mâle entier, sensibilité au sevrage …), et des attentes de l’aval de la filière (qualité des viandes).

PDF icon fiche_bilan2014_057.pdf
2015

Software for predictive microbiology and risk assessment: A description and comparison of tools presented at the ICPMF8 Software Fair

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The 8th International Conference on Predictive Modelling in Food was held in Paris, France in September 2013. One of the major topics of this conference was the transfer of knowledge and tools between academics and stakeholders of the food sector. During the conference, a “Software Fair” was held to provide information and demonstrations of predictive microbiology and risk assessment software. This article presents an overall description of the 16 software tools demonstrated at the session and provides a comparison based on several criteria such as the modeling approach, the different modules available (e.g. databases, predictors, fitting tools, risk assessment tools), the studied environmental factors (temperature, pH, aw, etc.), the type of media (broth or food) and the number and type of the provided microorganisms (pathogens and spoilers). The present study is a guide to help users select the software tools which are most suitable to their specific needs, before they test and explore the tool(s) in more depth.

2015

Evaluations du système d'information génétique

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Fiche n° 47 : Progrès génétiques

La circulation de l’information est une composante importante dans l’efficacité des programmes  de sélection. Les performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances sont chargées en continu dans la base de données nationale génétique (BANAPOG). Chaque semaine, elles servent à l’estimation de valeurs génétiques actualisées des animaux qui sont transmises aux éleveurs sélectionneurs afin de les aider pour le renouvellement des animaux. Les échanges entre les logiciels de terrain ayant un module génétique et la base de données nationale se fait sous forme d’un fichier normalisé au format XML. Ce vecteur informatique sert également à la gestion des mouvements d’animaux, du catalogue des verrats d’IA et a la diffusion des valeurs génétiques.

Les évolutions apportées dans le système d’informations sont centralisées et coordonnées par l’IFIP qui assure également la maitrise d’ouvrage pour la base de données nationale génétique BANAPOG ainsi que différentes applications en étroite relation avec celle-ci, à savoir :

DeltaG : logiciel de gestion génétique utilise dans les élevages de sélection et quelques élevages de multiplication mâle ;

Porcia : base de données des verrats en CIA qui sert de support a la diffusion du catalogue des verrats aux acteurs génétiques (CIA, OSP, sélectionneurs, multiplicateurs) avec possibilité de la fournir également à des producteurs. L’application de gestion des verrats d’IA est utilisée maintenant par la plupart des Organisations de Sélection ayant une activité sur le territoire;

Porsta : logiciel de collecte des performances mesurées sur les animaux élevés dans les stations de contrôle des performances;

• L’application de concentration/diffusion qui, d’une part, récupère et vérifie la structure des fichiers apportes par les éleveurs et les structures contenant les performances zootechniques et génétiques et, d’autre part, génère et distribue les fichiers de valeurs génétiques et/ou le catalogue des verrats d’IA aux utilisateurs.

Les développements informatiques pour l’année 2013 ont permis l’amélioration du circuit général de l’information ainsi que l’ajout de nouvelles données que ce soit pour l’alimentation de la base nationale Banapog que pour la diffusion de nouveaux caractères génétiques évalués.

L’automatisation des échanges a été également améliorée et l’optimisation et le renouvellement de matériel informatique a permis d’améliorer considérablement les temps d’intégration des données dans la base nationale.

PDF icon fiche_bilan2013_47.pdf
2014

Réduire les impacts environnementaux des élevages

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Le RMT élevages et environnement a organisé une journée de présentation des outils pour améliorer les impacts environnementaux des élevages. Le choix est large : bases de données, calculateurs, ouvrages, guides... Tous ont le même objectif : réduire les impacts des élevages sur le sol, l'air ou l'eau.

PDF icon techporc_lagadec_n15_2014.pdf
2014

Vers une simplification des procédures d’identification des porcs

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Les systèmes d’identification et de traçabilité des porcs au sein de l’Union européenne, dont les obligations de base sont fixées par la réglementation communautaire, sont performants. Toutefois, ils diffèrent selon les états, leur contexte sanitaire et la problématique du bien-être animal.

2013

Software for automatic treatment of large biomedical images databases

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Measuring body composition of live animals or carcasses by CT involves the acquisition of large number of images. The software presented here is a simple and user friendly analysis tool for large images datasets. The software was developed in C# for windows. It permits to define instinctively by a graphical interface the different operations of an analysis scheme, and to apply the resulting treatment automatically to a large selection of images. Furthermore the software also easily allows the adding of new analysis operations. In the example presented here the software was able to apply a rather simple image analysis treatment for body composition measurement (threshold followed by mathematical morphology) on a dataset of more than 200 000 images in 838 minutes.

PDF icon monziols2013-3.pdf
2013

Software for automatic treatment of large biomedical images databases

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Measuring body composition of live animals or carcasses by CT involves the acquisition of large number of images. The software presented here is a simple and user friendly analysis tool for large images datasets. The software was developed in C# for windows. It permits to define instinctively by a graphical interface the different operations of an analysis scheme, and to apply the resulting treatment automatically to a large selection of images. Furthermore the software also easily allows the adding of new analysis operations. In the example presented here the software was able to apply a rather simple image analysis treatment for body composition measurement (threshold followed by mathematical morphology) on a dataset of more than 200 000 images in 838 minutes.

PDF icon monziols2013-2.pdf
2013

Caractérisation des élevages à partir de BDPORC

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Alexia Aubry, Bilan 2012, éditions Ifip, juin 2013, p. 80

Fiche n° 53

La concurrence, la recherche de compétitivité et les obligations réglementaires faites à l’élevage porcin conduisent à une évolution rapide des structures d’élevage en France, qu’il est important de suivre en temps réel.
Depuis juillet 2009, les éleveurs doivent notifier les mouvements (entrée/sortie) des porcins de chacun de leurs sites d’élevage dans BDPORC, la base de données nationale de l’identification porcine.
Cette étude s’inscrit dans le prolongement du travail exploratoire mené jusqu’en 2009 sur les valorisations envisageables pour BDPORC. Elle vise à calculer la spécialisation et la dimension des élevages, à partir des données de flux de porcins enregistrés dans la base de données.
L’objectif est de suivre l’évolution des structures d’élevage, en complément des enquêtes statistiques nationales.
Les indicateurs calculés sont comparés, pour un échantillon d’élevages, aux descripteurs fournis par la Gestion Technico-économique (GTE), afin de tester la fiabilité des algorithmes de calcul et de déterminer les paramètres de calcul les plus appropriés.

PDF icon Alexia Aubry, Bilan 2012, éditions Ifip, juin 2013, p. 80
2013

Caractérisation des structures d'élevage à partir de la base de données BDPORC. Comparaison aux calculs obtenus en GTE

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Poster. La concurrence, la recherche de compétitivité et les obligations réglementaires poussent à une évolution rapide des structures d’élevage de porcs en France, qu’il est important de suivre en temps réel. Des algorithmes de calcul ont pour cela été développés à partir des flux de porcins enregistrés dans BDPORC, la base de données nationale de l’identification porcine.
PDF icon Caractérisation des structures d'élevage à partir de la base de données BDPORC. Comparaison aux calculs obtenus en GTE
2013

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