La base documentaire de l'IFIP

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Analyse de la variabilité génétique des races porcines collectives et des races locales en conservation à partir de l'information généalogique

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L’analyse généalogique de quatre races porcines en sélection (Large White lignée femelle, Large White lignée mâle, Landrace français et Piétrain) et de cinq races locales en conservation (Basque, Gascon, Blanc de l’Ouest, Limousin et Bayeux) a été réalisée à partir de l’étude des pédigrees.
PDF icon Analyse de la variabilité génétique des races porcines collectives et des races locales en conservation à partir de l'information généalogique
2001

Bilan des effectifs, des performances de reproduction et de la variabilité génétique des 6 races locales

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Les données extraites de la base informatique du LIGERAL permettent de dresser un bilan sur les 10 dernières années tant sur les effectifs, les performances de reproduction que sur la variabilité génétique des 6 races locales porcines françaises agréées. Concernant les évolutions du cheptel, les races Gasconne et Basque se distinguent par leur fort développement alors que les races Bayeux, Limousine et Porc Blanc de l'Ouest affichent une légère baisse. La race Nustrale, récemment agréée, présente des effectifs intermédiaires.
PDF icon Bilan des effectifs, des performances de reproduction et de la variabilité génétique des 6 races locales
2008

Caractérisation génomique des races locales porcines et de leurs semences stockées en Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 52e Journée de la Recherche Porcine, 4 et 5 février 2020, Paris, p. 1-6

Des semences de races locales porcines sont conservées dans la Cryobanque Nationale (CBN) sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats). Elles ont vocation à servir aux programmes de conservation. Une caractérisation génomique des collections de la CBN d’une part et d’animaux récents (240 animaux) d’autre part est réalisée par génotypage (puce 70K). Les races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest et Nustrale sont ainsi étudiées sur trois périodes : années de naissance moyennes 1986 (pellets), 1998 (paillettes) et 2014 (animaux récents). L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement des animaux par race. Quelques erreurs de traçabilité des semences les plus anciennes (pellets) sont décelées. L’apparentement génomique moyen entre les animaux d’une même race est le plus faible en race Nustrale et le plus élevé en race Basque. Dans les échantillonnages d’animaux récents, l’absence de certains allèles trouvés dans l’ADN des semences plus anciennes souligne l’intérêt de la CBN. L’évolution dans le temps du statut halothane des races locales diffère en fonction des pratiques régulières ou non de génotypage. Enfin, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de génome dans des segments chromosomiques homozygotes, est estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Des valeurs de FROH supérieures à 0,22 semblent associées à des échecs de reproduction plus fréquents avec les semences de la CBN. Grâce à cette caractérisation, le choix des semences de la CBN à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques.

ENG

Genomic characterisation of local pig breeds and of their semen stocked in the national gene bank

Local pig breed semen is maintained in a National Gene Bank (NGB) in pellets (59 boars) or straws (78 boars) to be used in preservation programs. A genomic characterisation both of the NGB collections and of recent animals (240 animals) has been performed through genotyping (70K chip). The Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest and Nustrale breeds were thus studied for three average birth periods: 1986 (pellets), 1998 (straws) and 2014 (recent animals). Multidimensional analysis of genotyping data shows a clustering of animals by breed. Some traceability errors were detected with the oldest semen (pellets). Average genomic relatedness between animals of the same breed was the lowest in the Nustrale and highest in the Basque breed. Some of the alleles found on NGB semen DNA were no longer present in the recent animal samples, stressing the value of the NGB. Over time evolution of the halothane status of the breeds differs according to the regular genotyping practise. Lastly, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of the genome in homozygote chromosomal segments, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. FROH values greater than 0.22 seemed to be associated with more frequent reproductive failure when using NGB semen. Because of this characterisation, the use of NGB semen can now rely on new genomic criteria.

2020

Carte des races locales

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Localisation sur le territoire français des races locale format A3.
PDF icon Carte des races locales
2009

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 104

L’IFIP participe à l’encadrement du programme de conservation des ressources génétiques : gestion des animaux vivants et adhésion à la Cryobanque Nationale.

L’IFIP suit et gère la variabilité génétique intra-race des populations et l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection. L’IFIP anime le Ligéral, livres généalogiques des races locales.

Le Ligéral, agréé par le Ministère de l’Agriculture, détient les livres généalogiques des 6 races locales porcines : Pie Noir du Pays Basque, Bayeux, Gascon, Cul Noir Limousin, Blanc de l’Ouest et Nustrale.

PDF icon Herveline Lenoir, Bilan 2016, mai 2017, p. 104, fiche n° 64
2017

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55

Dans le cadre du suivi de la gestion des ressources génétiques, l’IFIP veille à la mise en place et à la réalisation du programme de conservation des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.
Ce programme est axé sur la gestion des animaux vivants mais possède également une orientation ex situ avec l’adhésion au GIS Cryobanque Nationale. Par ailleurs, l’IFIP apporte sa contribution pour évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP anime le Ligéral qui est l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs. Le Ligéral est l’organisme de sélection porcine qui a été agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour tenir les livres généalogiques des six races locales porcines.

PDF icon Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55, fiche n° 25
2018

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

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Fiche n° 024 : contribution aux politiques publiques

L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques in situ (gestion des animaux vivants) et ex situ (adhésion au GIS Cryobanque Nationale) par un suivi de la variabilité génétique intra-race et de l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.
L’IFIP apporte son soutien technique pour le fonctionnement du LIGERAL (association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs).
Le LIGERAL est agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour la tenue des livres généalogiques des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.

PDF icon fiche_bilan2014_024.pdf
2015

Diversité génétique des populations porcines françaises dans les régions chromosomiques soumises à la sélection : projet DIVQTL

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Le projet DIVQTL avait pour but d'analyser la diversité génétique de la quasi-totalité des populations porcines françaises présente au sein de 8 régions du génome contenant des QTL ou des gènes majeurs. Une première phase a été réalisée sur 1 000 animaux avec 10 marqueurs microsatellites, suivie d'une deuxième phase où une sélection de 300 individus représentatifs des différentes races a été analysée sur 27 microsatellites complémentaires ainsi qu'un premier jeu de 29 SNP.
2006

Effectifs et performances de reproduction des 5 races locales porcines françaises

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Les évolutions des effectifs de reproducteurs et du nombre d’élevages ainsi que leur répartition géographique sont décrites pour chacune des cinq races locales. Le Gascon et le Basque connaissent le développement le plus favorable, le Bayeux et le Limousin une situation intermédiaire, tandis que le Blanc de l’Ouest traverse une période difficile. Dans toutes les races, les améliorations doivent porter sur la conduite d’élevage et le choix des futurs reproducteurs afin d’accroître les performances de reproduction : pourcentage de truies productives, nombre
PDF icon Effectifs et performances de reproduction des 5 races locales porcines françaises
2002

Etude des performances de reproduction de 5 races locales porcines françaises

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Les données de 6031 portées des cinq races locales porcines françaises (Basque, Bayeux, Gascon, Limousin et Blanc de l’ouest) ont été analysées pour étudier deux variables de taille de portée (nombres de porcelets nés vivants ou sevrés par portée). Les résultats soulignent la nécessité de pratiquer un minimum de sélection sur la taille de portée puisque ce caractère est en train de se dégrader (-0,036 porcelet né vivant par an et -0,029 porcelet sevré par an).
PDF icon Etude des performances de reproduction de 5 races locales porcines françaises
2000

Le porc de Bayeux

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Le porc de Bayeux provient de croisements,

réalisés au milieu du 19ème siècle, entre le

porc Normand et le porc noir de Berkshire

(Angleterre).Le Bessin (Calvados) est son berceau et, avant la dernière guerre, il est présent dans presque toutes les fermes de Normandie.

PDF icon Le porc de Bayeux
2003

Les races locales de porcs en France

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Plaquette du Ligeral sur les 6 races locales : porc blanc de l'Ouest, porc de Bayeux, porc cul noir du Limousin, porc basque, porc gascon, porc nustrale.

PDF icon plaquetteligeral.pdf
2013

Les races porcines en France. Les races sélectionnées. Les races locales

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Affiche représentant les différentes races sélectionnées et les races locales

Poster
PDF icon Les races porcines en France. Les races sélectionnées. Les races locales
2010

Premier bilan annuel des performances de reproduction des cinq races locales porcines françaises

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Depuis 1996, une base de données informatisée a été mise en place à l’ITP pour la gestion des informations concernant les 5 races locales porcines françaises : Basque, Bayeux, Gascon, Limousin et Blanc de l’Ouest. Le fonctionnement de cette base de données est présenté en détail au travers des informations récoltées et stockées,

du schéma de transmission des données et des documents diffusés.

L’informatisation de ces informations rend possible la valorisation de ces données sous forme d’un bilan annuel des performances de
PDF icon Premier bilan annuel des performances de reproduction des cinq races locales porcines françaises
1999

Première expérience d'utilisation de semence de la Cryobanque Nationale comme outil de gestion de la variabilité génétique en race locale porcine

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Le maintien de la variabilité génétique des races locales porcines repose sur une gestion rigoureuse des accouplements. Le stock de semences conservées dans la Cryobanque Nationale constitue une sauvegarde du patrimoine destiné à permettre la reconstitution d'une race en cas d'extinction. L’expérience concerne l’utilisation des stocks de la Cryobanque Nationale pour gérer la variabilité en élevage, montrant ainsi la complémentarité des outils de conservation in situ et ex situ.
PDF icon Première expérience d'utilisation de semence de la Cryobanque Nationale comme outil de gestion de la variabilité génétique en race locale porcine
2008

Représentativité des races locales porcines stockées dans la Cryobanque Nationale

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Marie-José Mercat et al., 3rd International Seminar of CRB-Anim Infrastructure Domestic Animals, Biobanks and Biodiversity, 26 Novembre 2019 

Six races locales porcines françaises sont reconnues par le ministère en charge de l’agriculture : races Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest (PBO) et Nustrale. Dans ces populations issues d’un trèsfaible nombre de fondateurs, lessemencesstockées en Cryobanque Nationale (CBN) peuvent pleinement contribuer au maintien des ressources génétiques in vivo. La race Nustrale est cependant absente de la CBN, faute de centre de collecte en Corse. Dans le cadre du projet Caraloporc, une collection d’ADN a été constituée afin de caractériser le génome de ces six races par génotypage (puce 70K). L’ADN a été extrait des semences de la CBN conservées sous forme de pellets (59 verrats) ou de paillettes (78 verrats) ; en complément, et afin de comparer les échantillons conservés aux populations actuelles, des prélèvements de sang ou de cartilage d’oreille ont été analysés pour 240 animaux. En moyenne, douze ans séparent les verrats avec de la semence congelée en pellets de ceux avec de la semence congelée en paillettes : années de naissance moyennes 1986 et 1998, respectivement. Avec les animaux récents nés en moyenne en 2014, l’étude couvre donc trois périodes de naissance. L’analyse multidimensionnelle des données de génotypage montre un regroupement clair des animaux par race. Les animaux les plus anciens (pellets) se situent parfois en périphérie des nuages de points, ce qui traduit une certaine évolution dans le temps des populations. C’est le cas notamment pour les verrats gascons, mais surtout PBO et Bayeux. Les races locales restent bien différenciables après ajout de données de génotypages d’animaux d’autres populations (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc et Meishan). Par ailleurs, les animaux récents de l’étude présentent une perte de polymorphisme pour une proportion de SNP comprise entre 2,7% en Gascon et 8 ,7% en PBO par rapport aux animaux représentés en CBN. Cela traduit une probable perte d’allèles dans les populations sur pied, qui pourrait être corrigée par l’utilisation des semences de la CBN. En outre, la consanguinité génomique (FROH) des animaux, définie comme la proportion de segments chromosomiques homozygotes dans un génome, a été estimée. La race Bayeux, considérée comme la plus consanguine sur la base des pedigrees, se positionne dans une situation plus favorable que les races Basque et Cul Noir Limousin au niveau génomique. Ces résultats soulignent l’originalité de chacune des races locales françaises et la représentativité des collections anciennes stockées en CBN. Ainsi, grâce à cette caractérisation, le choix des semences à utiliser peut désormais reposer sur de nouveaux critères génomiques. Le projet Caraloporc a été financé par CRB‐Anim. Une partie des données de génotypages sont issues d’autres programmes : H2020 TREASURE (GA n°634476) et Délisus (Projet‐ANR‐07‐GANI‐0001). 

ENG

Representativness of local pig breeds in the French cryobanck 

Six French local pig breeds are recognised by the ministry in charge of agriculture: the Basque, Gascon, Cul Noir Limousin, Porc de Bayeux, Porc Blanc de l’Ouest (PBO) and Nustrale breeds. Semen of the nationale cryobank (NCB) can fully contribute to in vivo genetic resources preservation. However, in the absence of insemination centre in Corsica, the Nustrale breed cannot be in the NCB. As part of the Caraloporc project, a DNA collection was constituted in order to characterise the genome of these six breeds through genotyping (70K chip). DNA was extracted from the NCB semen stored as pellets (59 boars) or straws (78 boars); in addition, in order compare the NCB preserved samples to present populations, blood or ear cartilage of 240 recent animals were also analysed. On average, boars with semen in pellets are born twelve years before those with semen in straws: average birth year 1986 and 1998, respectively. Together with the recent animals born around 2014, the study covers three birth periods. Multidimensional analysis of genotyping data shows a clear clustering of animals by breed. The oldest animals (pellets) are sometimes located in the periphery of the clusters marking some change over time in the populations. This is notably the case of the Gascon but mostly the PBO and Bayeux breeds. Local pig breeds are still separated when genotyping data from other populations are added (Large White, Landrace, Piétrain, Duroc and Meishan). Furthermore, between 2.7% (Gascon) and 8.7% (PBO) of the alleles found on NCB semen DNA were no longer present in the recent animals. This probably means a loss of polymorphism in nowadays populations that could be restored thanks to the NCB semen. In addition, genomic inbreeding (FROH), defined as the proportion of homozygous chromosomal segments in the genome, was estimated. The Bayeux breed, which is viewed as the most inbred based on pedigrees, is in a more favourable position than the Basque and the Cul Noir Limousin breeds at the genomic level. These results highlight the originality of each of the French local pig breeds and the representativeness of the old collections preserved in the NCB. Thus, because of this characterisation, the use of NCB semen can now rely on new genomic criteria. The Caraloporc project was funded by CRB‐Anim. Part of the genotyping data were produced in other programs: H2020 TREASURE (GA n°634476) and Délisus (Projet‐ANR‐07‐GANI‐0001).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 3rd International Seminar of CRB-Anim Infrastructure Domestic Animals, 26 novembre 2019
2019