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Construction et validation d’un premier catalogue de gènes du microbiome intestinal chez le porc

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50es Journées de la Recherche Porcine, 6 et 7 février 2018, Paris, p. 49-54, par Jordi Estellé (INRA) et al.

Le porc est une espèce importante en élevage comme en recherche biomédicale. Nous avons constitué un premier catalogue de gènes du microbiome intestinal par séquençage d’ADN fécal de 287 porcs originaires de France, Chine et Danemark. Ont été identifiés 7,7 millions de gènes microbiens non-redondants et 719 espèces métagénomiques. La moitié des gènes a pu être assignée au plan taxonomique ; 98% sont des gènes de bactéries pour lesquelles les phylums les plus représentés sont les Firmicutes (28,73%) puis les Bacteroidetes (9,28%). Le catalogue du porc partage cinq fois plus de gènes avec le catalogue humain qu’avec celui de la souris, confirmant que le porc pourrait être, dans certains cas, un meilleur modèle pour l’homme que la souris. Une analyse visant à identifier et quantifier l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques a reflété les pratiques courantes dans chaque pays ou élevage et montré que limiter l’usage des antibiotiques dans l’alimentation réduit massivement la charge en gènes d’antibiorésistance. Le séquençage d’ADN fécal d’animaux non représentés dans le catalogue (truies gestantes, jeunes porcelets) a permis de valider que le catalogue est perfectible mais largement utilisable de par sa couverture de la diversité microbienne. Ce premier catalogue de gènes du microbiome intestinal constitue une ressource majeure pour développer la métagénomique quantitative chez le porc et contribuer à la compréhension fine de la construction des phénotypes.

The first reference gene catalogue of the gut microbiome in pigs

The pig is an important species for food production and biomedical research. We have established a first gene catalogue of the pig gut microbiome by deep sequencing fecal DNA from a cohort of 287 pigs bred in France, China and Denmark. The catalogue contains more than 7.7 million non-redundant genes. A total of 719 metagenomic species was identified. Half of the genes could be taxonomically assigned, and 98% of them corresponded to bacteria. The most abundant phyla were the Firmicutes (28.73%) and the Bacteroidetes (9.28%). The pig and human catalogues share five times as many genes as the mouse and human catalogues, supporting the use of pigs for biomedical research. Analysis of the prevalence of antibiotic resistance genes demonstrated the effect of eliminating antibiotics from animal diets and thereby reducing the risk of spreading antibiotic resistance associated with farming systems. Additional fecal samples from animals of various ages and physiological conditions (e.g. gestating sows, young piglets before and after weaning) were sequenced, and the results validated that the catalogue is perfectible but already provides a good coverage of microbial diversity. This first gene catalogue of the gut microbiome constitutes a highly valuable resource to implement quantitative metagenomics in pigs and to contribute to understand better the construction and plasticity of phenotypes.

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2018

Définition d’un catalogue exhaustif des découpes et pièces de découpe françaises

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Fiche n° 048 : gestion et amélioration des qualités technologiques des produits

Dans le secteur de l’abattage/découpe porcin, il est parfois observé une absence de cohérence entre les appellations des pièces issues de la découpe primaire ou secondaire. Certaines pièces de même dénomination peuvent notamment présenter des spécificités de parages et de présentation différentes selon les régions.
De même, à découpe équivalente, il peut subsister plusieurs appellations pour une pièce identique.
Ce manque de cohérence nationale peut être pénalisant au niveau du marché à l’export, entraîne une multiplication du nombre de références et de cahiers des charges en entreprise et ne permet pas d’obtenir de bonne lisibilité du marché des pièces de découpe.

En 2006, l’IFIP a lancé à la demande d’INAPORC une action sur la construction d’un référentiel de découpe français mis à jour, l’unique référentiel de classification étant jusqu’alors le document « Les viandes de France » réalisé par l’OFIVAL et devenu obsolète. A l’issue d’une enquête se basant sur le recensement des pratiques de découpe dans une dizaine d’abattoirs/découpe du territoire national et d’une concertation interprofessionnelle sur les appellations de pièces de découpe, le catalogue de découpe « frenchporkcuts.com » a vu le jour en 2008 et est disponible en libre accès sur le web.

Ce catalogue orienté essentiellement pour le marché de l’export propose désormais une description exhaustive des possibilités de découpe et de présentation pour les pièces du «5ème quartier».

Par contre, la description des pièces de découpe issues des 4 pièces principales (épaule, jambon, poitrine, longe), volontairement succincte dans ce catalogue, ne permet pas aujourd’hui de caractériser l’ensemble des pratiques de découpe française.

C’est pour répondre aux besoins d’une classification exhaustive de l’ensemble des pièces de découpe, mais également pour permettre une correspondance entre les différents référentiels déjà existants et utilisés par l’Administration (arrêté de 1993, norme CEE/ONU, catalogue de l’OFIVAL, catalogue ESS-FOOD,…) que ce projet est proposé.

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2015

Catalogue des mesures technologiques de l'Ifip - édition 2014

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Le catalogue de mesures de l’Ifip formalise les méthodes de mesures technologiques de référence les plus adaptées à la viande fraîche et aux produits de charcuterie : pH, activité de l’eau, couleur, capacité de rétention de l’eau, texture, tenue de tranche…

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2015
tous les essentiels à avoir sous la main

Catalogue des éditions Ifip 2015

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Les éditions de l’Ifip-Institut du porc : des incontournables pour tous les métiers de la filière porcine

  1. L’expertise pour la compétitivité et durabilité de l’élevage de porcs
  2. Des documents de référence pour les métiers de l’abattage, découpe et transformation des viandes

Bon de commande à renvoyer ou à faxer à IFIP-Editions, 5 rue Lespagnol, 75020 PARIS - ifip@ifip.asso.fr - Fax : 01 58 39 35 69

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2014