La base documentaire de l'IFIP

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Amélioration génétique des qualités maternelles des truies

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Aptitudes maternelles = un caractère complexe :

- Ensemble des caractéristiques qui influencent SURVIE et CROISSANCE de ses

porcelets ;

- Dépendent des gènes de la mère

(effet maternel) et des gènes du porcelet
PDF icon Amélioration génétique des qualités maternelles des truies
2010

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

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2015

Construction et validation d’un premier catalogue de gènes du microbiome intestinal chez le porc

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50es Journées de la Recherche Porcine, 6 et 7 février 2018, Paris, p. 49-54, par Jordi Estellé (INRA) et al.

Le porc est une espèce importante en élevage comme en recherche biomédicale. Nous avons constitué un premier catalogue de gènes du microbiome intestinal par séquençage d’ADN fécal de 287 porcs originaires de France, Chine et Danemark. Ont été identifiés 7,7 millions de gènes microbiens non-redondants et 719 espèces métagénomiques. La moitié des gènes a pu être assignée au plan taxonomique ; 98% sont des gènes de bactéries pour lesquelles les phylums les plus représentés sont les Firmicutes (28,73%) puis les Bacteroidetes (9,28%). Le catalogue du porc partage cinq fois plus de gènes avec le catalogue humain qu’avec celui de la souris, confirmant que le porc pourrait être, dans certains cas, un meilleur modèle pour l’homme que la souris. Une analyse visant à identifier et quantifier l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques a reflété les pratiques courantes dans chaque pays ou élevage et montré que limiter l’usage des antibiotiques dans l’alimentation réduit massivement la charge en gènes d’antibiorésistance. Le séquençage d’ADN fécal d’animaux non représentés dans le catalogue (truies gestantes, jeunes porcelets) a permis de valider que le catalogue est perfectible mais largement utilisable de par sa couverture de la diversité microbienne. Ce premier catalogue de gènes du microbiome intestinal constitue une ressource majeure pour développer la métagénomique quantitative chez le porc et contribuer à la compréhension fine de la construction des phénotypes.

The first reference gene catalogue of the gut microbiome in pigs

The pig is an important species for food production and biomedical research. We have established a first gene catalogue of the pig gut microbiome by deep sequencing fecal DNA from a cohort of 287 pigs bred in France, China and Denmark. The catalogue contains more than 7.7 million non-redundant genes. A total of 719 metagenomic species was identified. Half of the genes could be taxonomically assigned, and 98% of them corresponded to bacteria. The most abundant phyla were the Firmicutes (28.73%) and the Bacteroidetes (9.28%). The pig and human catalogues share five times as many genes as the mouse and human catalogues, supporting the use of pigs for biomedical research. Analysis of the prevalence of antibiotic resistance genes demonstrated the effect of eliminating antibiotics from animal diets and thereby reducing the risk of spreading antibiotic resistance associated with farming systems. Additional fecal samples from animals of various ages and physiological conditions (e.g. gestating sows, young piglets before and after weaning) were sequenced, and the results validated that the catalogue is perfectible but already provides a good coverage of microbial diversity. This first gene catalogue of the gut microbiome constitutes a highly valuable resource to implement quantitative metagenomics in pigs and to contribute to understand better the construction and plasticity of phenotypes.

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2018

Diversity across major and candidate genes in European local pig breeds

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Maria Munoz et al., 2018, Plos One, 20 novembre, 30 pages

The aim of this work was to analyse the distribution of causal and candidate mutations associated to relevant productive traits in twenty local European pig breeds. Also, the potential of the SNP panel employed for elucidating the genetic structure and relationships among breeds was evaluated. Most relevant genes and mutations associated with pig morphological, productive, meat quality, reproductive and disease resistance traits were prioritized and analyzed in a maximum of 47 blood samples from each of the breeds (Alentejana, Apulo-Calabrese, Basque, Bísara, Majorcan Black, Black Slavonian (Crna slavonska), Casertana, Cinta Senese, Gascon, Iberian, Krškopolje (Krškopoljski), Lithuanian indigenous wattle, Lithuanian White Old Type, Mora Romagnola, Moravka, Nero Siciliano, Sarda, Schwäbisch-Hällisches Schwein (Swabian Hall pig), Swallow-Bellied Mangalitsa and Turopolje). We successfully analyzed allelic variation in 39 polymorphisms, located in 33 candidate genes. Results provide relevant information regarding genetic diversity and segregation of SNPs associated to production and quality traits. Coat color and morphological trait-genes that show low level of segregation, and fixed SNPs may be useful for traceability. On the other hand, we detected SNPs which may be useful for association studies as well as breeding programs. For instance, we observed predominance of alleles that might be unfavorable for disease resistance and boar taint in most breeds and segregation of many alleles involved in meat quality, fatness and growth traits. Overall, these findings provide a detailed catalogue of segregating candidate SNPs in 20 European local pig breeds that may be useful for traceability purposes, for association studies and for breeding schemes. Population genetic analyses based on these candidate genes are able to uncover some clues regarding the hidden genetic substructure of these populations, as the extreme genetic closeness between Iberian and Alentejana breeds and an uneven admixture of the breeds studied. The results are in agreement with available knowledge regarding breed history and management, although largest panels of neutral markers should be employed to get a deeper understanding of the population’s structure and relationships.

https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0207475&type=printable

2018

Effects of sex and halothane gene on the pig grading prediction equations of lean meat percentage

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Abstract.

Automation of pig classification methods make it relevant to quantify the main effects influencing the prediction equations of the lean meat percentage (LM%). A representative sample of the French pig slaughtering was selected in 3 abattoirs and stratified according to sex (50% castrated males and 50% females). Carcasses were measured by 3 classification methods – CSB Image-Meater® (IM), CGM, ZP – and cooled. An ear sample was analysed for Halothane gene (Hal). The left sides were cut according to the EU procedure and the four main joints were CT scanned. Images were thresholded in order to determine lean meat weight. Among the 209 pigs, the proportions of Nn and NN alleles were respectively of 52% and 48%, leading to a well balanced design. The least squares means were calculated for the factors SEX and Hal in an analysis-of-covariance model per classification method ilcuding the corresponding fat and muscle depths as well as the interactions. Interactions were never significant. Hal effect was not significant for the CGM. The adjusted differences between females and castrated males were for the lean meat percentage predicted by CGM, ZP and IM respectively of 1.0, 1.7 and 1.8. The adjusted differences between Nn and NN alleles were for the lean meat percentage predicted by ZP and IM respectively of 1.0 and 1.3. Sex could be managed by a different intercept in the classification equations if it is considered of practical relevance. The knowledge of the bias size between Hal alleles is of interest for the pig chain stakeholders.

PDF icon abstract de Gérard Daumas et Mathieu Monziols, 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 août-04 septembre 2015
2016

Effects of the sex dans halothane gene on pig carcass composition measured by computed tomography

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Abstract.

The aim of this study was to quantifiy this main effects influencing both the tissue composition measured by Computed Tomography (CT) and the classification variables of slaughtered pigs. A representative sample of the French pig slaughtering was selected in 3 abattoirs and stratified according to sex (50% castrated males and 50% females). Carcasses were measured by 3 classification methods – CSB Image-Meater® (IM), CGM, ZP – and cooled. An ear sample was analysed for Halothane gene (Hal). The left sides were cut according to the EU procedure and the four main joints were CT scanned. Images were thresholded in order to determine lean meat, fat and bone weight. Among the 209 pigs, the proportions of Nn and NN alleles were respectively of 52% and 48%, leading to a well balanced design. In the analysis of variance the interaction between sec and Hal was never significant. Sex was significant on all the fat and muscle depths as well as on all the tissues proportions in the joints, except the bone % in ham and loin. Hal was signficiant on all the tissues proportions in the joints, except the fat % in shoulder, the bone % in belly and the lean meat percentage (LM%) predicted by IM. Hal was not significant on the IM depths taken on the splitline but was significant on the CGM lateral depths. Sex had a major effect (1 standard deviation) on the LM% in the loin and the fat % in the shoulder. The highest Hal effect (0.6  standard deviation) was on the LM% in the carcass predicted by the CGM and the bone % in the shoulder. The adjusted differences between females and castrated males were for the LM% measured by CT and predicted by CGM, ZP and IM respectively of 3.0, 2.0, 1.6 and 1.6. The adjusted differences between Nn and NN alleles were for LM% measured by CT and predicted by CGM, ZP and IM respectively of 1.5, 1.5, 0.6 and 0.4. Hal and sex have important effects on pig carcass composition, but the automatic classification by IM is less sensitive than CGM to these ones.

PDF icon abstract de Gérard Daumas et Mathieu Monziols, 66th EAAP, Varsovie, Pologne, 31 août-04 septembre 2015
2016

Effets interactifs des gènes RN et HAL sur la qualité de la viande : résultats obtenus lors de la fabrication du jambon cuit prétranché

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Une expérience a été réalisée pour estimer les effets interactifs des deux gènes HAL (allèles N et n) et RN (allèles RN- et rn+) sur la note de déstructuration du jambon frais et les pertes au tranchage du jambon cuit. Des porcs des 9 génotypes combinés RN-HAL ont été produits et une vingtaine de jambons par génotype a été transformée en barres de jambon cuit selon le procédé “ jambon supérieur ” prétranché-préemballé. Les résultats montrent des effets majeurs des deux gènes RN et HAL sur la note de déstructuration et sur les pertes au tranchage.
PDF icon Effets interactifs des gènes RN et HAL sur la qualité de la viande : résultats obtenus lors de la fabrication du jambon cuit prétranché
2001

Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l’effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats

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L’étude repose sur le contrôle de performances en station (croissance, composition corporelle et qualité de viande) de familles composées d’une cinquantaine de descendants (mâles castrés et femelles) d’un même père de race pure. Ce dispositif a vocation à estimer, dans les populations porcines françaises en sélection, l’effet de mutations publiées dans la bibliographie, certaines parfois exploitées commercialement.
PDF icon Estimation, dans un dispositif familial issu des populations porcines françaises en sélection, de l’effet quantitatif de mutations dans des gènes majeurs et des gènes candidats
2012

Etude de la capacité immunitaire chez le porc Large White : recherche de marqueurs génétiques liés à l'expression des gènes dans le sang

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Tatiana Maroilley et al., 48es Journée de la Recherche Porcine (FRA), 2-3 février 2016, Paris, p. 285-286, poster

Poster.

FR

En élevage porcin, les schémas de sélection cherchent à produire des animaux plus robustes afin, notamment, de réduire l’usage des antibiotiques. Nous avons engagé des recherches qui visent à qualifier la compétence immunitaire des animaux et étudions l'architecture génétique de paramètres immuns dans des populations d'animaux cliniquement sains. Nous avons déjà montré que de nombreux paramètres immunitaires sont héritables (Flori et al. 2011) et que le transcriptome du sang est informatif pour quantifier certains d'entre eux (Mach et al. 2013). Notre objectif est maintenant d'identifier des marqueurs génétiques associés à la variation d'expression des gènes dans le sang.

ENG

Analysis of the immune capacity in Large White pigs: search for genetic markers linked to the variation of gene expression in the blood

Combining animal production performances and health traits is a main issue in livestock farming. Blood is emerging as a source of biological information linked to the health and physiological state of each individual. Furthermore, it is an interesting surrogate tissue for animal phenotyping because its sampling is almost non-invasive and reproducible. We have already shown that several immune parameters are heritable and that the blood transcriptome is informative to quantify some of them. In this study, our aim was to identify genetic markers associated with gene expression variations in the blood, based on an expression genome-wide association study (eGWAS) using 243 Large White pigs at 60 days of age. Each pig was genotyped with the Illumina iSelect 60K Chip and the blood transcriptome analysis was performed by using a custom gene expression 8X60K microarray (Agilent Technologies). 4,591 significant associations between one SNP and one probe were found, including 62% cis-associations (the associated SNP is in a window of 2Mb surrounding the probe). Among the 3,419 probes with at least one associated SNP (eQTL), 70% had a cis-eQTL and 89% could be assigned to a porcine gene. The eQTLs were found to be linked with the expression of one to 51 genes. The genomic regions surrounding the eQTLs correspond to candidate regions to further study the genetic architecture of immunity trait variations in pigs, and contribute to paving the way towards a qualification of the individual immune capacity for translational research in precision pig farming.

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2016

Nouvelles technologies : des perspectives très prometteuses pour la sélection

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Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 40-42, par Joël Bidanel et Marie-José Mercat

Les recherches en matière de génomique s'accélèrent. La connaissance précise du génome, de sa gouvernance et le développement de nouveaux outils laissent entrevoir une accélération du progrès génétique sur de nouveaux caractères.

PDF icon Tech Porc (FRA), 2017, n° 34, mars-avril, p. 40-42, par Joël Bidanel et Marie-José Mercat
2017

Polymorphismes du gène RN : effets sur la qualité de la viande

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Poster. Estimer l’effet d’haplotypes du gène RN sur la qualité de la viande dans des populations françaises.

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2014

Profil nutritionnel Inraporc n° 21 : Duroc (Gène+) profil des mâles castrés

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FICHE N° 21

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 30 : MUSCLOR (Gène+) profil mixte (mâles castrés / femelles)

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FICHE N° 30

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.

Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.

Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.

Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.

Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 64 : DUROC (Gène+) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 64

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Utilisation pratique à court terme de la connaissance du génome dans l'amélioration génétique porcine française

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Depuis la publication des premières cartes génétiques chez le porc en 1994 et 1995, la

connaissance du génome de cette espèce s'est accélérée : le génome est désormais quadrillé

par plus de 1000 marqueurs de diverses natures, pour lesquels des méthodes de typage sont disponibles de manière effective ou potentielle. Les perspectives d'utilisation de ces nouveaux outils se rapprochent donc et doivent être envisagées de manière concrète.
PDF icon Utilisation pratique à court terme de la connaissance du génome dans l'amélioration génétique porcine française
1999