La base documentaire de l'IFIP

La base documentaire de l'IFIP : des centaines de documents à télécharger ou bien à commander.

Résultats 1 à 20 de 246 résultats
Rechercher une documentation
Publication Annéetrier par ordre croissant

Adiposité et amélioration génétique chez le porc : état des lieux et nouveaux enjeux pour la qualité des produits

Consulter le resumé

51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 327-338, par Sandrine Schwob et al.

L’adiposité des carcasses de porcs abattus en France s’est réduite en moyenne de 45% entre 1977 et 2016. Ce constat est le résultat de 40 années de production d’animaux de plus en plus maigres, initiée dans les années 1950-1960 par la mise en place des grilles de classement commercial des carcasses et de paiement différencié en fonction de leur teneur en tissus maigres, au détriment des tissus gras. Cette évolution a conduit à une standardisation de la production, entraînant des difficultés pour répondre à la demande de certains segments de marché. Toutefois, une nouvelle évolution s’opère depuis quelques années au sein de la filière porcine française, se traduisant par un regain d’intérêt pour le gras et la volonté de s’orienter vers une plus grande diversification des carcasses produites et commercialisées. En effet, les tissus adipeux présentent de nombreux atouts, tant pour la transformation en produits de charcuterie et salaison (gras de couverture), que pour les qualités sensorielles et nutritionnelles des produits (lipides intramusculaires).
Cette synthèse fait le point sur les évolutions de l’amélioration génétique du porc en France en lien avec l’adiposité et la qualité des produits. Après un rappel sur l’intérêt des tissus adipeux pour les qualités des viandes et sur les caractéristiques de ces tissus, les facteurs de variation de l’adiposité et les caractères de quantité de gras pris en compte dans les programmes d’amélioration génétique (méthodes de mesure, paramètres génétiques) sont présentés. Un état des lieux de la variabilité génétique qui demeure au sein des populations porcines françaises (races sélectionnées et races locales) en termes de quantité et de répartition des tissus adipeux est dressé. Ce bilan est nécessaire pour définir les futures stratégies de sélection, afin de mieux répondre aux diverses attentes des industriels et des consommateurs.

Adiposity and genetic improvement in pigs: literature review and new challenges for meat product quality

The adiposity of carcasses of pigs slaughtered in France decreased by 45% on average from 1977 to 2016. This is the result of 40 years of production of increasingly lean animals, initiated from 1950-1960 by setting up commercial grading scales for carcasses and differentiated payment according to lean tissue content, to the detriment of fatty tissues. This evolution led to standardization of production, leading to difficulties in meeting the demand of certain market segments. However, changes have occurred in recent years within the French pork industry, resulting in a renewed interest in fat and the desire to move towards greater diversification of produced and marketed carcasses. Indeed, adipose tissues have many advantages, both for the processing of cured meat products and delicatessen products (fat cover), as well as for sensory and nutritional qualities of products (intramuscular lipids).
This review provides an update on pig genetic improvement in France in relation to adiposity and product quality. After a reminder of the importance of adipose tissues for meat quality and the characteristics of these tissues, factors of variation of adiposity and traits related to the amount of fat considered in breeding programs (measurement methods, genetic parameters) are presented. An inventory of the genetic variability that remains within French pig populations (selected breeds and local breeds) in terms of quantity and distribution of adipose tissues is drawn up. This assessment is necessary to define future selection strategies in order to better meet the various expectations of the pork industry and consumers.

2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

Consulter le resumé

51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 243-244, par Marie-José Mercat et al., poster

Poster. 

Peu de races locales porcines ont des programmes de sélection. En plus des généalogies déjà disponibles, mettre en place de tels programmes exige des phénotypes pour définir des objectifs de sélection puis estimer les valeurs génétiques des animaux. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes et de mieux caractériser les races, viandes et produits.

An online phenotype database: a prerequisite for breeding programs in local pig breeds

Currently, breeding programs exist only for few local pig breeds in Europe. For some of them, no or very few phenotypes are recorded. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed as part of the TREASURE H2020 project. This is the first step towards implementing breeding programs in European local pig breeds, based on standardised recording of growth, carcass and meat quality traits. First, the required variables were collected for six local breeds: Basque (FR), Bísara (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopolje (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total, 74 variables were identified representing animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers (IDs) used in the different countries: animal IDs, breed, farm, etc. codifications. Great attention was paid to describing methods for measuring traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated with a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages: English, Croatian, French, German and Slovenian languages are already available, and other languages can be easily included. Stakeholders of all the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. Data can be hosted in a common database or in duplicate partner-specific databases. Once enough data have been recorded, genetic parameters (heritabilities, genetic correlations between traits) can be estimated and selection objectives defined for each local breed.

2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection en race pure de caractères de reproduction de la lignée maternelle Large White

Consulter le resumé

51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 309-314, par Raphaël Boré et al.

L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt des performances de reproduction de truies croisées Large White x Landrace pour l’évaluation génomique de la lignée maternelle Large White Français (LW). Les performances de 24 771 truies croisées (103 305 portées) ayant eu une carrière dans un élevage de production entre 2007 et 2017 ont été analysées conjointement avec les performances de 24 377 femelles LW de race pure utilisées sur la même période (69 415 portées). Deux caractères ont été considérés : le nombre de porcelets nés vivants (NbNv) et le nombre de mort-nés (NbMn). Les performances exprimées en race pure et en croisement ont été analysées comme deux caractères différents génétiquement corrélés. Les composantes de la variance de chaque caractère ont été estimées par Gibbs Sampling en remontant cinq générations de pedigree pour construire les matrices de parenté et en intégrant l’information génomique de 1 439 reproducteurs LW. Pour les deux caractères les héritabilités estimées sont faibles en race pure (h²NbNv=0,12 ± 0,01 et h²NbMn=0,11 ±0,01%-) et en croisement (h²NbNv=0,07 ± 0,01 et h²NbMn=0,06 ± 0,01). Des corrélations génétiques élevées (rg > 0,90) ont été estimées entre la performance exprimée en race pure et en croisement. Ce résultat confirme que le progrès génétique cumulé dans le schéma de sélection de race pure est pour l’essentiel transféré à la truie croisée sur les critères de reproduction. Une étude de validation croisée suggère que l’intégration de cet échantillon de performances en croisement dans l’évaluation génomique de race pure permettrait d’obtenir un gain de fiabilité (CD) modéré des index génomiques des candidats à la sélection. Ce gain de CD d’environ 2 points de pourcentage correspondrait à une augmentation de 10% de la fiabilité actuelle des index.

Interest of crossbred sow performance for the selection of reproduction traits in the purebred Large White maternal line

The objective of this study was to evaluate benefits of use of Large White x Landrace sow reproduction performance for genomic evaluation of the French Large White (LW) dam line. The performances of 24 771 crossbred sows (103 305 litters) used on production farms from 2007-2017 were analysed along with those of 24 377 purebred LW sows used during the same period (69 415 litters). Two traits were considered: the number of live born piglets (NbNv) and the number of stillbirths (NbMn). The purebred and crossbred performances were analysed as two different traits that are genetically correlated. Variance components were estimated for each breed by Gibbs Sampling using five generations of pedigree to construct relationship matrices and integrate the genomic information of 1 439 LW breeding animals. Estimated heritabilities were low for purebred (h²NbNv= 0.12 ± 0.01 and h²NbMn=0.11 ± 0.01) and crossbred performances (h²NbNv= 0.07 ± 0.01 and h²NbMn=0.06 ± 0.01). For both traits, high genetic correlations (rg > 0.90) were estimated between purebred and crossbred performances. This result confirms that most of the genetic progress cumulated in purebred parental lines should be transferred to the crossbred sows. A cross-validation study suggested that integration of crossbred performances into the purebred genomic evaluation could provide a slight increase in reliability of the genomic indices for selection candidates. This increase in index reliability of approximately 2 points of percentage would correspond to a 10% increase compared to the current reliability of the indices.

2019

Qualité des produits de porcs gascons élevés en système d’élevage extensif de la filière Noir de Bigorre : effets de la saison et des ressources alimentaires

Consulter le resumé

51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 217-222, par Bénédicte Lebret et al.

La filière Noir de Bigorre (NB) valorise des porcs de race pure Gascon en viandes et jambon sec (AOC/AOP). Les animaux élevés en conditions extensives (pâturage, 20 porcs/ha) consomment selon la saison de l’herbe, des glands ou autres fruits en complément d’un aliment conventionnel. La variabilité des ressources alimentaires et des conditions climatiques peut influencer la croissance des animaux, la composition et la qualité de la viande et des produits transformés. Cette étude visait à caractériser les niveaux moyens et la variabilité des produits AOC NB selon la saison de finition. Des porcs mâles castrés gascons ont été abattus en fin d’hiver (Répétition 1, R1, n = 25), printemps (R2, n = 23) ou automne (R3, n = 28) à environ 170 kg (14 mois). La saison n’influence pas la vitesse de croissance et modifie peu la composition corporelle (adiposité légèrement accrue en hiver). La viande des porcs R2 et R3 présente un pH ultime plus élevé (Longissimus, Gluteus), une couleur plus rouge et moins claire (Longissimus) et une teneur en lipides intramusculaires (Gluteus) plus élevée, comparé aux porcs R1 (P < 0,01), mais la texture de la viande n’est pas modifiée. La saison associée aux ressources disponibles influence la composition lipidique. Les teneurs en acides gras polyinsaturés n-3 (Gluteus, bardière) et vitamine E sont supérieures chez les porcs R2 relativement aux porcs R1 et R3 (P < 0,05), illustrant l’effetfavorable du pâturage sur la valeur nutritionnelle des produits. Ces résultats associés aux qualités sensorielles du jambon sec permettront aux acteurs de la filière d’adapter leurs pratiques d’élevage afin de continuer à améliorer les qualités et différencierleurs produits au sein de l’AOC.

Quality of products from Gascon pigs in extensive system of the Noir de Bigorre pork chain: influence of season and feeding resources

The Noir de Bigorre (NB) chain produces fresh pork and dry cured ham (PDO) from Gascon purebred pigs. Depending on the season, animals reared under extensive conditions (pasture, 20 pigs/ha) consume grass, acorns and other fruits in addition to conventional feed. Variability in food resources and climatic conditions can influence pig growth and the composition and quality of meat and processed products. This study aimed to characterise average levels and variability of NB PDO products according to pig finishing season. Gascon castrated males were slaughtered at the end of winter (Replicate 1, R1, n = 25), spring (R2, n = 23) or fall (R3, n = 28) at about 170 kg (14 months). The season did not influence growth rate and had little effect on body composition (slight increase in fatness in winter). The meat from R2 and R3 pigs had higher ultimate pH (Longissimus, Gluteus), redder and lighter colour (Longissimus) and higher intramuscular fat content (Gluteus) than that from R1 pigs (P < 0.01), whereas the texture was not modified. The season associated with available feeding resources influenced the lipid composition. The levels of n-3 polyunsaturated fatty acids (Gluteus, backfat) and vitamin E were higher in R2 than in R1 and R3 pigs (P < 0.05), illustrating the positive effect of grazing on the nutritional value of products. With these results and the forthcoming sensory qualities of dry cured ham, actors of the NB chain could adapt their breeding practices to improve the qualities further and differentiate the products within the PDO specifications.

2019

Etude consommateurs sur les produits traditionnels de porcs de race locale : attentes et évaluation hédonique

Consulter le resumé

51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 239-240, par Bénédicte Lebret (INRA) et al., poster

Poster. 

Les produits alimentaires traditionnels sont considérés comme des éléments importants de l’identité, de la culture et du développement des régions rurales, auxquels les consommateurs attribuent des qualités sensorielles élevées (Guerrero et al., 2009). La définition du terme « traditionnel » relatif aux produits alimentaires, qui relève de règlements européens (509/2006 puis 1151/2012), implique la notion d’usage transmis entre générations. Toutefois, les produits alimentaires traditionnels, comme tout produit, doivent bénéficier d’innovations qualitatives (sanitaire, nutritionnelle ou sensorielle) afin de maintenir voire accroître leurs parts de marché (Guerrero et al., 2009).
Les attentes et préférences des consommateurs envers les produits de porc conventionnels ou issus de modes de production « alternatifs » ainsi que l’effet d’innovations visant notamment l’amélioration des qualités nutritionnelles ont fait l’objet de plusieurs études (pour exemple Dransfield et al. 2005 ; Marino et al., 2017 ; Casal et al., 2018) alors que les attentes relatives aux produits de porc traditionnels (PPT) et surtout l’effet d’innovations sur ces produits ont été beaucoup moins étudiés (Zakowska-Biemans et al., 2016). Par ailleurs, les informations apportées aux consommateurs concernant l’origine de la viande, la race ou le mode de production des animaux influencent leurs attentes et leur perception des PPT (Karolyi, 2013 ; Asioli et al., 2017) et peuvent ainsi constituer des éléments de différenciation valorisables par le marketing. Dans ce contexte, notre étude visait à évaluer les attentes et l’acceptabilité de PPT par les consommateurs, l’influence d’une d’innovation visant à accroître la qualité sensorielle, et l’influence d’informations relatives à la race et au mode de production des porcs sur la perception des produits. L’étude a porté sur des jambons secs d’Appellation d'Origine Contrôlée / Protégée (AOC /AOP) Noir de Bigorre (NB) issus de porcs de race pure Gascon. Elle a été réalisée à Toulouse, ville proche de la zone de production de la filière NB et constituant un marché potentiel important pour ces produits.

Traditional pork products from a local breed: consumers’ expectations and hedonic evaluation

Assessing consumers’ acceptability of traditional pork products (TPP) from local breeds is part of evaluating the sustainability of local chains. Expectations and hedonic perception of Protected Designation of Origin (PDO) Noir de Bigorre (NB) dry-cured ham produced from the pure Gascon breed were assessed. The study was conducted in Toulouse (France), as an expanding market for TPP, with 124 consumers who regularly purchased TPP (quota sampling method). Three products were used: “NB-PDO dry-cured ham 24-month curing – local pig breed in extensive system” (NB24), “NB-PDO dry-cured ham 36-month curing – local pig breed in extensive system” (NB36) as an innovative TPP to enhance sensory quality, and “Iberian ham – 50% Iberian pig” (IB) as a competing product. Following the expectation disconfirmation theory, the sensory test included three phases: blind (tasting without information), expected (product description only) and actual liking (tasting with information), using a 9-point scale from 1 (extremely dislike) to 9 (extremely like). Data were analysed using a mixed linear model including the effects of product, phase, interaction between product and phase, consumer session as random, and considering repeated measures within consumer. The blind hedonic test showed no differences (P>0.05) among products, which all had high blind liking scores (6.7-6.8). Product description strongly influenced expected liking (P<0.001), with a higher score for NB36 than NB24 (7.8 vs 7.2, respectively, P<0.05) and the lowest score for IB (5.2). The informed hedonic test showed higher actual liking scores for NB36 and NB24, which were similar, than for IB (7.4 and 7.2 vs 5.9, respectively, P<0.001). Both NB hams had higher actual liking than blind liking scores (P<0.05), denoting a positive effect of information on acceptability. Actual liking was similar to expected liking for NB24, indicating fulfilment of hedonic expectations. In contrast, actual liking was lower than blind liking for IB (P<0.05). This study will be supplemented by a study of consumer preferences and willingness to pay.

2019

Etude consommateurs sur les produits traditionnels de porcs de race locale : attentes et évaluation hédonique

Consulter le resumé

Poster présenté par Bénedicte Lebret (INRA) et al., aux 51e Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Les produits alimentaires traditionnels sont des éléments importants de l'identité, de la culture et du développement des régions rurales, auxquels les consommateurs attribuent des qualités sensorielles élevées.

Document réservé Espace Pro, veuillez vous identifier
2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

Consulter le resumé

Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51e Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

Journées de la Recherche Porcine 2019

Consulter le resumé

Le recueil des JRP permet la diffusion rapide des résultats de la recherche francophone sous forme d’articles de 6 pages ou 2 pages, comprenant tous un résumé en anglais.

107,00 €
2019

Etude génétique du défaut « jambon déstructuré »

Consulter le resumé

Les Cahiers de l'IFIP, 5(2), 9-20 - La revue R&D de la filière porcine française

Le défaut « jambon déstructuré » constitue un handicap majeur dans la technologie de fabrication du jambon cuit. Actuellement, il n’est détectable qu’après désossage du jambon, ce qui complique son élimination. Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’origine génétique du défaut afin de réduire la fréquence d’apparition par la voie génétique. Pour cela, l’étude a été menée sur 1 196 porcs charcutiers, issus de verrats Piétrain purs et de truies croisées Large White x Landrace, représentatifs des porcs commerciaux produits et abattus en France. Les animaux ont été abattus en 10 lots et les conditions de pré-abattage et d’abattage ont été standardisées. La fréquence d’apparition du défaut « jambon déstructuré » est de 14,4 % en moyenne, alors que la qualité technologique globale de la viande est bonne (pHu=5,73). Les résultats confirment l’origine multifactorielle du défaut, avec un effet du sexe (1,5 fois plus de défauts chez les femelles que chez les mâles castrés), du génotype Halothane (3,3 fois plus de défauts chez les animaux Nn que chez les NN) et l’influence simultanée du taux de muscle de la carcasse et surtout du pHu du jambon sur l’apparition du défaut. L’analyse par famille de verrat a mis en évidence une origine polygénique du défaut : 16% de la variabilité du caractère est expliquée par d’autres gènes que celui de sensibilité à l’Halothane. Cette étude fournit des résultats importants pour mettre en place une stratégie de sélection du défaut « jambon déstructuré ».

35,00 €
2018

Diversity across major and candidate genes in European local pig breeds

Consulter le resumé

Maria Munoz et al., 2018, Plos One, 20 novembre, 30 pages

The aim of this work was to analyse the distribution of causal and candidate mutations associated to relevant productive traits in twenty local European pig breeds. Also, the potential of the SNP panel employed for elucidating the genetic structure and relationships among breeds was evaluated. Most relevant genes and mutations associated with pig morphological, productive, meat quality, reproductive and disease resistance traits were prioritized and analyzed in a maximum of 47 blood samples from each of the breeds (Alentejana, Apulo-Calabrese, Basque, Bísara, Majorcan Black, Black Slavonian (Crna slavonska), Casertana, Cinta Senese, Gascon, Iberian, Krškopolje (Krškopoljski), Lithuanian indigenous wattle, Lithuanian White Old Type, Mora Romagnola, Moravka, Nero Siciliano, Sarda, Schwäbisch-Hällisches Schwein (Swabian Hall pig), Swallow-Bellied Mangalitsa and Turopolje). We successfully analyzed allelic variation in 39 polymorphisms, located in 33 candidate genes. Results provide relevant information regarding genetic diversity and segregation of SNPs associated to production and quality traits. Coat color and morphological trait-genes that show low level of segregation, and fixed SNPs may be useful for traceability. On the other hand, we detected SNPs which may be useful for association studies as well as breeding programs. For instance, we observed predominance of alleles that might be unfavorable for disease resistance and boar taint in most breeds and segregation of many alleles involved in meat quality, fatness and growth traits. Overall, these findings provide a detailed catalogue of segregating candidate SNPs in 20 European local pig breeds that may be useful for traceability purposes, for association studies and for breeding schemes. Population genetic analyses based on these candidate genes are able to uncover some clues regarding the hidden genetic substructure of these populations, as the extreme genetic closeness between Iberian and Alentejana breeds and an uneven admixture of the breeds studied. The results are in agreement with available knowledge regarding breed history and management, although largest panels of neutral markers should be employed to get a deeper understanding of the population’s structure and relationships.

2018

Le porc par les chiffres 2018-2019

Consulter le resumé

Les chiffres clés les plus récents des filières porcines dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel...) et de la filière porcine en France ; les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous !

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques. 

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande : ifip@ifip.asso.fr

Edition IFIP, 38 pages, 16 X 24

25,00 €
2018

An online phenotype database: first step towards breeding programs in local pig breeds

Consulter le resumé

Marie-José Mercat et al., 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018, visuels d'intervention

In order to further allow implementation of breeding programs in local pig breeds, with selection objectives defined for each local breed, we aimed at developing a standardised recording of carcass and meat quality traits. These data have to be connected with herdbooks to estimate genetic parameters of the traits (heritabilities and genetic correlations) which are necessary to define breeding objectives. Today the situation is very different from one local breed to another. No or very few phenotypes are recorded in some of them, while breeding programs already exist for a few breeds. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed in the frame of the TREASURE project. First, the required variables have been collected for six local breeds: Basque (FR), Bísaro (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopoljski (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total 74 variables have been identified dealing with animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers used in the different countries: animal IDs, breed, farm… codifications. Major attention has been paid to the description of measurement methods of traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated to a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages. The website and database are currently on test until the end of the TREASURE project. All the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. The database can be duplicated so that each partner can host its own data. Funded by European Union H2020 RIA program (grant agreement no. 634476).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 69th EAAP, Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018
2018

TREASURE : Diversité des races locales de porcs et des systèmes de production pour des produits traditionnels de qualité élevée et des filières porcines durables

Consulter le resumé

Bénédicte Lebret (INRA), Marie José Mercat et Herveline Lenoir (IFIP),Salon International de l'Agriculture (SIA) 2018, 24 février-4 mars 2018, Paris, poster 

 

Document réservé Espace Pro, veuillez vous identifier
2018

Using 1K SNP panel for genomic selection in 3 French pig breeds: Accuracy of Imputation and estimation of genomic breeding values using 1K SNP panel, designed for several breeds in French pig populations

Consulter le resumé

Céline Carillier-Jacquin (Université de Toulouse, INRA, INPTet ENVT)  et al., Proceedings of the World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, vol. Electronic Poster Session - Species - Porcine 1, Auckland, Nouvelle-Zélande, 11–16 février 2018, p. 294-298

The current cost of medium density SNP chips is a limit to the development of genomic selection in pig populations (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). To reduce the cost of genotyping, a low density (LD) SNP chip was designed in 2016 and has been used in routine.
This LD panel of around 1100 SNP was optimized for imputation accuracy in the French Landrace (Land) pig population using equally spaced SNP with minor allele frequency (MAF) larger than 0.2. In the present study, we proposed to adapt the panel to two other major French pig breeds i.e. Large White (LW) and Pietrain (PI) lines. Imputation accuracy as well as the impact on genomic estimated breeding value (GEBV) were estimated in the three breeds using this new SNP chip design.

Document réservé Espace Pro, veuillez vous identifier
2018

Immunome differences between porcine ileal and jejunal Peyer’s patches revealed by global transcriptome sequencing of gut-associated lymphoid tissues

Consulter le resumé

T. Maroilley et al., Scientific Reports, 2018, volume 8, n° 1, 13 juin, 12 pages

The epithelium of the intestinal mucosa and the gut-associated lymphoid tissues (GALT) constitute an essential physical and immunological barrier against pathogens. In order to study the specificities of the GALT transcriptome in pigs, we compared the transcriptome profiles of jejunal and ileal Peyer’s patches (PPs), mesenteric lymph nodes (MLNs) and peripheral blood (PB) of four male piglets by RNA-Seq. We identified 1,103 differentially expressed (DE) genes between ileal PPs (IPPs) and jejunal PPs (JPPs), and six times more DE genes between PPs and MLNs. The master regulator genes FOXP3GATA3STAT4TBX21 and RORC were less expressed in IPPs compared to JPPs, whereas the transcription factor BCL6 was found more expressed in IPPs. In comparison between IPPs and JPPs, our analyses revealed predominant differential expression related to the differentiation of T cells into Th1, Th2, Th17 and iTreg in JPPs. Our results were consistent with previous reports regarding a higher T/B cells ratio in JPPs compared to IPPs. We found antisense transcription for respectively 24%, 22% and 14% of the transcripts detected in MLNs, PPs and PB, and significant positive correlations between PB and GALT transcriptomes. Allele-specific expression analyses revealed both shared and tissue-specific cis-genetic control of gene expression.

2018

Survey of demographic and phenotypic data of local pig breeds of TREASURE project

Consulter le resumé

Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internacional sobre el Cerdo Mediterráneo, 2018, p. 1-4

ENG

The paper reports the results of a survey on the demographic and phenotypic characterization of 20 European local pig breeds involved in the H2020 TREASURE project including information on: demographic parameters, main morphological features, reproductive information, additional information collected at herd-level (i.e. temperament, holding, mating practices), origins and development of the breeds. Almost all the breeds (18 out of 20) possess a herd book even if the starting year is highly variable (from 1980 to 2006). Number of breeding females ranged from 24 (Moravka) to over 200,000 heads (Ibérico). Male/female ratio varied greatly with the highest values for the Italian breeds probably due to the different policy of animal recording. Almost all the breeds undergo a conservation program whereas really few are interested by other conservation techniques and for less than five breeds data related to effective number and inbreeding coefficient are easily available. Average values for teat number, litter size and weaned piglets are 12, 8 and 6 respectively with a great potential for their improvement. The depicted scenario is highly diversified and the data collected represent the starting point for the achievement of a collective trademark under the umbrella of the TREASURE project.
 
ESP
 
Este trabajo presenta los resultados de una encuesta de datos demográficos y fenotípicos de 20 razas locales de cerdos en estudio en el proyecto H2020 TREASURE y incluí información de: parámetros demográficos, características morfológicas principales, parámetros reproductivos, informaciones adicionales a nivel de los efectivos (ex. Temperamento, instalaciones, prácticas de cubrición), orígenes y desarrollo de las razas. Casi todas las razas (18 de 20) tienen libro genealógico, aunque su fecha de inicio varía mucho (de 1980 a 2006). El número de hembras reproductoras varía de 24 (Moravka) a más de 200 mil cabezas (Ibérico). La relación macho/hembra varía mucho con los valores más altos verificados en las razas italianas muy probablemente debido a una política diferente relativamente al registro de animales. Casi todas las razas tienen programas de conservación, aunque pocas están interesadas en otras técnicas de conservación y sólo en menos que 5 razas los datos relativos a número de efectivos y de coeficiente de consanguinidad están fácilmente disponibles. Los valores medios para números de pezones, tamaño de camada y lechones destetados son de 12, 8 y 6, respectivamente con un grande potencial para mejora. El escenario descrito es altamente diversificado y esta colecta de datos representa el punto de partida para una marca colectiva debajo del parasol del proyecto TREASURE.
PDF icon Riccardo Bozzi (Université Degli Studi di Firenze (Florence), Italie) et al., Arch. Zootec. PROCEEDINGS IX Simposio Internaciona
2018

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

Consulter le resumé

Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP.

La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

PDF icon Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50, fiche n° 21
2018

Conservation des ressources génétiques : Cryobanque Nationale et appui aux races locales

Consulter le resumé

Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55

Dans le cadre du suivi de la gestion des ressources génétiques, l’IFIP veille à la mise en place et à la réalisation du programme de conservation des 6 races locales porcines : le Porc Pie Noir du Pays Basque, le Porc de Bayeux, le Porc Gascon, le Porc Cul Noir Limousin, le Porc Blanc de l’Ouest et le Porc Nustrale.
Ce programme est axé sur la gestion des animaux vivants mais possède également une orientation ex situ avec l’adhésion au GIS Cryobanque Nationale. Par ailleurs, l’IFIP apporte sa contribution pour évaluer la gestion de la variabilité génétique intra-race des populations et calculer l’augmentation du taux de consanguinité des populations porcines en conservation et en sélection.

L’IFIP anime le Ligéral qui est l’association des livres généalogiques collectifs des races locales de porcs. Le Ligéral est l’organisme de sélection porcine qui a été agréé par le Ministère en charge de l’Agriculture pour tenir les livres généalogiques des six races locales porcines.

PDF icon Herveline Lenoir, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 54-55, fiche n° 25
2018

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

Consulter le resumé

Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51

A l’initiative de FG Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la nouvelle station de phénotypage a été bâtie en 2015. La gestion quotidienne de la station a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. Ce projet s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les professionnels de la sélection et la recherche: (1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; (2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; (3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, est missionné par le Ministère l’Agriculture pour assurer son encadrement technique. Les informations recueillies sont complémentaires à celles recueillies par les OSP en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. C’est pourquoi elle est équipée d’une chaîne de distribution d’aliment multiphase permettant d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case d’une part et d’autre part de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Les DAC sont équipés de plateaux de pesée afin de suivre les cinétiques de croissance. Le tomographe à rayon X de l’IFIP pourra être utilisé sur les porcs en cours de contrôle.

La station constitue ainsi un outil de collecte de données à visées génétiques dont les résultats concernent l’ensemble de la filière. Compte tenu de l’intérêt collectif de ce projet, il a reçu le soutien financier des conseils régionaux de Basse Normandie, Bretagne et Pays de la Loire, ainsi que de France Agrimer. Uniquement consacrée au contrôle des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références en 2015 et 2016, elle
s’est ouverte à l’expérimentation dès 2017 en participant au projet européen Feeda-Gene qui étudie l’aspect génétique de l’aptitude à digérer l’aliment dans le cadre du Programme de Recherche et Innovation H2020. L’étude Microfeed (financement ANR), qui cherche à déterminer le rôle du microbiote intestinal sur l’efficacité alimentaire et la robustesse des animaux est menée en parallèle sur les mêmes animaux (cf. Valorisation de nouvelles données d’efficacité alimentaire pour la sélection). L’ensemble des données collectées sont sauvegardées dans la base de données nationale génétique et sont accessibles aux équipes de recherche.

PDF icon Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51, fiche n° 22
2018

Evaluations génétiques et génomiques des populations porcines

Consulter le resumé

Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brehaut, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 53

Le travail de sélection a pour but d’améliorer le niveau moyen des performances des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique pour l’ensemble de la filière porcine française. Ce travail d’amélioration génétique consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération pour les garder comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains. Chaque semaine, cinq populations porcines (4 collectives : Large White lignée femelle, Landrace français, Piétrain et Large White lignée mâle, et 1 autonome : Duroc Axiom) sont évaluées et les VG sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination animale (CIA).

PDF icon Sandrine Schwob, Alban Bouquet et Pauline Brehaut, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 53, fiche n° 24
2018

Pages