La base documentaire de l'IFIP

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15 ans d'IA en sélection, quels résultats ?

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Le contrôle des produits terminaux a pour but de fournir des références officielles sur

les performances de croissance, de carcasse et de qualité de la viande des produits terminaux issus de différentes combinaisons

de types génétiques de truies et de verrats parentaux, produits par les Organisations de Sélection Porcine agréées.
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2001

29e test des terminaux

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Le 29e test met en évidence des différences significatives pour les indices économiques de croissance, de carcasse et de qualité de viande.
2009

A comparison of vitality and growth performance before weaning of crossbred piglets obtained from Piétrain or crossbred Large White x Piétrain boars and Large White x Landrace sows

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PDF icon A comparison of vitality and growth performance before weaning of crossbred piglets obtained from Piétrain or crossbred Large White x Piétrain boars and Large White x Landrace sows
2007

A genetic and functional analysis of innate and adaptive immunity in pigs

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PDF icon A genetic and functional analysis of innate and adaptive immunity in pigs
2010

A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Acceptabilité par le consommateur du jambon sec de mâles entiers : rendement de séchage, qualité des gras et composés odorants

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Cette étude estime les conséquences pour la filière porcine de la transformation de jambons secs de + de 7 mois issus de mâles entiers caractérisés sur leurs niveaux en androsténone et scatol par rapport à des mâles castrés et femelles.

Le rendement de séchage final du lot de mâles entiers est inférieur de 3.3 points par rapport au lot de mâles castrés et inférieur de 2.2 points par rapport au lot femelles.

Les dégustations n’ont pas mis en évidence de différences de risque d’odeur.
PDF icon tp5chevillon10.pdf
2010

Accuracy of genomic selection to improve litter traits in the French Landrace pig population

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Poster.

• To assess gains in accuracy due to integration of genomic information in genomic evaluations of pigs,
• Focus on litter traits and on the French Landrace dam line.

PDF icon poster ifip de Alain Bouquet et al., 67th EAAP Meeting, 29/08-02/09/2016, Belfast, Irlande, Royaume-Uni, session 67, poster 23
2016

Actualités québécoises en santé animale

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Les journées scientifiques de l'Institut National de la Santé Animale du Québec ont permis de cerner les centres d'intérêts canadiens en matière de santé animale. Les grandes préoccupations sont les systèmes de surveillance de la santé des animaux, la surveillance de l'antibiorésistance et la traçabilité. La réglementation sur le transport des animaux est également en cours de modification.
PDF icon Actualités québécoises en santé animale
2008

Adapter les structures d'élevages pour permettre l'expression du potentiel technique et génétique

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2005

Additive and dominance genomic parameters for backfat thickness in purebred and crossbred pigs

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Mohammadpanah M (Shahid Bahonar University of Kerman, Iran) et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 291, poster

In pig crossbreeding programs, genetic evaluation has been based predominantly on purebred data accounting only for additive genetic effects, whereas improving crossbred performance is the ultimate goal. Theoretically, a combined crossbred and purebred selection method is advised if genetic correlation between purebred and crossbred populations differ from unity. If dominance effects are large enough, assortative mating strategies can enhance the total genetic values of the offspring. Hence, estimates of genetic parameters for purebreds and crossbreds are needed to assess the best selection crossbreeding scheme strategies. In this study, additive and dominance genetic variance components and additive and dominance genotypic correlations between a Piétrain and a Piétrain × Large White populations were estimated for backfat thickness (BFT). A total of 607 purebreds and 620 crossbred BFT records were analysed with a genotypic bivariate model that included hot carcass weight and inbreeding coefficient as covariates, an additive and a dominance genotypic effects, and a pen nested within batch random effect. Genetic parameters were estimated with EM-REML plus an additional iteration of AIREML to obtain the asymptotic standard deviations of the estimates. The additive genotypic correlation between purebreds and crossbreds was high, 0.82, indicating that the genetic progress attained in the purebreds can mostly be transferred to the crossbreds. Dominance genetic variance represented about 10% of the BFT phenotypic variance in both populations, suggesting that assortative matings could slightly enhance both purebred and crossbred performances. However, the underlying genetic mechanisms responsible for the dominance effects could differ between populations since dominance genotypic correlation was 0.49.

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2019

Adiposité et amélioration génétique chez le porc : état des lieux et nouveaux enjeux pour la qualité des produits

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 327-338, par Sandrine Schwob et al.

L’adiposité des carcasses de porcs abattus en France s’est réduite en moyenne de 45% entre 1977 et 2016. Ce constat est le résultat de 40 années de production d’animaux de plus en plus maigres, initiée dans les années 1950-1960 par la mise en place des grilles de classement commercial des carcasses et de paiement différencié en fonction de leur teneur en tissus maigres, au détriment des tissus gras. Cette évolution a conduit à une standardisation de la production, entraînant des difficultés pour répondre à la demande de certains segments de marché. Toutefois, une nouvelle évolution s’opère depuis quelques années au sein de la filière porcine française, se traduisant par un regain d’intérêt pour le gras et la volonté de s’orienter vers une plus grande diversification des carcasses produites et commercialisées. En effet, les tissus adipeux présentent de nombreux atouts, tant pour la transformation en produits de charcuterie et salaison (gras de couverture), que pour les qualités sensorielles et nutritionnelles des produits (lipides intramusculaires).
Cette synthèse fait le point sur les évolutions de l’amélioration génétique du porc en France en lien avec l’adiposité et la qualité des produits. Après un rappel sur l’intérêt des tissus adipeux pour les qualités des viandes et sur les caractéristiques de ces tissus, les facteurs de variation de l’adiposité et les caractères de quantité de gras pris en compte dans les programmes d’amélioration génétique (méthodes de mesure, paramètres génétiques) sont présentés. Un état des lieux de la variabilité génétique qui demeure au sein des populations porcines françaises (races sélectionnées et races locales) en termes de quantité et de répartition des tissus adipeux est dressé. Ce bilan est nécessaire pour définir les futures stratégies de sélection, afin de mieux répondre aux diverses attentes des industriels et des consommateurs.

Adiposity and genetic improvement in pigs: literature review and new challenges for meat product quality

The adiposity of carcasses of pigs slaughtered in France decreased by 45% on average from 1977 to 2016. This is the result of 40 years of production of increasingly lean animals, initiated from 1950-1960 by setting up commercial grading scales for carcasses and differentiated payment according to lean tissue content, to the detriment of fatty tissues. This evolution led to standardization of production, leading to difficulties in meeting the demand of certain market segments. However, changes have occurred in recent years within the French pork industry, resulting in a renewed interest in fat and the desire to move towards greater diversification of produced and marketed carcasses. Indeed, adipose tissues have many advantages, both for the processing of cured meat products and delicatessen products (fat cover), as well as for sensory and nutritional qualities of products (intramuscular lipids).
This review provides an update on pig genetic improvement in France in relation to adiposity and product quality. After a reminder of the importance of adipose tissues for meat quality and the characteristics of these tissues, factors of variation of adiposity and traits related to the amount of fat considered in breeding programs (measurement methods, genetic parameters) are presented. An inventory of the genetic variability that remains within French pig populations (selected breeds and local breeds) in terms of quantity and distribution of adipose tissues is drawn up. This assessment is necessary to define future selection strategies in order to better meet the various expectations of the pork industry and consumers.

PDF icon Sandrine Schwob et al., 51es JRP, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 327-338
2019

Agressivité entre mâles entiers : une composante génétique indéniable

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L’élevage de mâles entiers peut engendrer des blessures liées aux bagarres entre animaux, avec des différences de comportement selon le type génétique. Le comptage des lésions corporelles est un indicateur de l’agressivité des animaux. Le nombre de lésions comptabilisées est un caractère héritable.

PDF icon techporc_mercat_n18_2014.pdf
2014

Amélioration génétique des qualités maternelles

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L’accroissement de la prolificité des truies constatée depuis 30 ans a certes permis d’augmenter nombre de porcelets sevrés par portée, mais a également conduit à une dégradation de la survie des porcelets en allaitement et une augmentation de la compétition alimentaire au sein de la portée.

Le projet APTIMAT a pour objectif de :

1) optimiser le travail des sélectionneurs en facilitant les pesées et l’enregistrement des données
PDF icon Amélioration génétique des qualités maternelles
2010

Amélioration génétique des qualités maternelles

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L’accroissement de la prolificité des truies constaté depuis 30 ans a permis d’augmenter le nombre de porcelets par portée.

En contrepartie, la survie des porcelets en allaitement n’a pas été améliorée et la compétition alimentaire au sein de la portée s’est accrue.

Les lignées femelles doivent prendre en compte dans leurs objectifs de sélection, non seulement la prolificité, mais également la capacité des animaux à tous se développer de manière homogène et efficiente.
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2011

Amélioration génétique des qualités maternelles des truies

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Aptitudes maternelles = un caractère complexe :

- Ensemble des caractéristiques qui influencent SURVIE et CROISSANCE de ses

porcelets ;

- Dépendent des gènes de la mère

(effet maternel) et des gènes du porcelet
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2010

An online phenotype database: first step towards breeding programs in local pig breeds

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Marie-José Mercat et al., 69th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018, visuels d'intervention

In order to further allow implementation of breeding programs in local pig breeds, with selection objectives defined for each local breed, we aimed at developing a standardised recording of carcass and meat quality traits. These data have to be connected with herdbooks to estimate genetic parameters of the traits (heritabilities and genetic correlations) which are necessary to define breeding objectives. Today the situation is very different from one local breed to another. No or very few phenotypes are recorded in some of them, while breeding programs already exist for a few breeds. To promote phenotyping, a dedicated database and a website were developed in the frame of the TREASURE project. First, the required variables have been collected for six local breeds: Basque (FR), Bísaro (PT), Crna slavonska (HR), Gascon (FR), Krškopoljski (SI) and Schwäbisch-Hällisches (DE). In total 74 variables have been identified dealing with animal herdbook information (10), rearing and growth (22), carcass (22) and meat quality (20) attributes. The database is compatible with the various identifiers used in the different countries: animal IDs, breed, farm… codifications. Major attention has been paid to the description of measurement methods of traits. Thus, each carcass and meat quality phenotype is associated to a method description representing 35 additional variables. The website can be easily translated into several languages. The website and database are currently on test until the end of the TREASURE project. All the breeds studied in TREASURE are free to use these tools. The database can be duplicated so that each partner can host its own data. Funded by European Union H2020 RIA program (grant agreement no. 634476).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 69th EAAP, Dubrovnik, Croatie, le 27-31 août 2018
2018

Analyse de la diversité de quelques races et lignées porcines françaises à l'aide de marqueurs génétiques dans le cadre d'un vaste projet européen

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Un échantillon de seize races (et lignées) porcines françaises a été étudié dans le cadre d’un projet européen de diversité génétique financé par l’Union Européenne et portant sur soixante-dix races, avec examen individuel à raison de cinquante individus par race environ. Les races françaises se répartissaient en cinq races locales, quatre variétés des grandes races Large White, Landrace et Piétrain, et enfin sept lignées commerciales de race pure ou synthétiques.
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2004

Analyse de la variabilité génétique de populations porcines espagnoles et françaises à partir de données de contrôle de filiation

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Poster. Cette étude porte sur des populations porcines espagnoles et françaises pour lesquelles un contrôle de filiation est pratiqué de manière systématique sur les verrats. Les objectifs sont : (i) d’étudier les fréquences des 10 marqueurs communs aux analyses espagnoles et françaises dans les différentes populations concernées; (ii) d’appréhender la variabilité génétique intra et inter populations; (iii) de détecter des animaux originaux et (iv) d’assigner un animal à une race, voire à une population.
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2009

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

PDF icon version_francaise.pdf, PDF icon english_version.pdf
2015

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