La base documentaire de l'IFIP

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Relations génétiques entre caractères relatifs au développement sexuel, à l’odeur de la viande, à l’état inflammatoire et à l’agressivité chez le porc mâle entier

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Poster.

Les acteurs européens de la filière porcine se sont engagés à arrêter la castration chirurgicale des porcelets mâles d’ici 2018. La castration des mâles est réalisée pour éviter les défauts d’odeur (odeur de verrat) dans la viande. Elle permet également de limiter les problèmes d’agressivité, sources possibles de malêtre et de dégradation des carcasses (lésions). Des liens bidirectionnels ont été mis en évidence entre les hormones sexuelles et l’agressivité (Giersing et al., 2000; Soma et al., 2008), ainsi qu’entre les hormones sexuelles et l’inflammation (Merlot et al., 2013). La sélection génétique est envisagée pour diminuer l’odeur de verrat mais avant de l’appliquer, il est prudent d’évaluer les conséquences sur d’autres caractères comme les fonctions testiculaire et immunitaire, et l’agressivité. L’objectif de cette étude est donc d’estimer les relations génétiques entre les hormones sexuelles, l’odeur de verrat, l’inflammation et les lésions sur la carcasse, indicateurs de l’agressivité.

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2015

Relations génétiques entre caractères relatifs au développement sexuel, à l’odeur de la viande, à l’état inflammatoire et à l’agressivité chez le porc mâle entier

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Poster.

Les acteurs européens de la filière porcine se sont engagés à arrêter la castration chirurgicale des porcelets mâles d’ici 2018. La castration des mâles est réalisée pour éviter les défauts d’odeur (odeur de verrat) dans la viande. Elle permet également de limiter les problèmes d’agressivité, sources possibles de mal‐être et de dégradation des carcasses (lésions). Des liens bidirectionnels ont été mis en évidence entre les hormones sexuelles et l’agressivité (Giersing et al., 2000; Soma et al., 2008), ainsi qu’entre les hormones sexuelles et l’inflammation (Merlot et al., 2013). La sélection génétique est envisagée pour diminuer l’odeur de verrat mais avant de l’appliquer, il est prudent d’évaluer les conséquences sur d’autres caractères comme les fonctions testiculaire et immunitaire, et l’agressivité. L’objectif de cette étude est donc d’estimer les relations génétiques entre les hormones sexuelles, l’odeur de verrat, l’inflammation et les lésions sur la carcasse, indicateurs de l’agressivité.

Genetic relationships between measures of sexual development, boar taint, health and aggressiveness in pigs

Breeding intact boars is a promising alternative to the surgical castration of piglets. Genetic selection should make it possible to solve problems due to boar taint and aggressiveness. About 1600 Pietrain type (purebred) or Pietrain x Large White type (crossbred) boars were raised in a testing station. Blood samples were collected for measuring two sex hormones (testosterone, estradiol), and indicators of the inflammatory status (C‐reactive protein: CRP, Pig Major Acute‐Phase Protein: pigMAP, blood formula). Animals were slaughtered nine days later, measured for boar taint compounds (androstenone, skatole) and skin lesions on carcass, an indicator of aggressiveness. For both genetic types, heritability was moderate for sex hormones (from 0.17 to 0.29) and skatole (purebred: 0.24, crossbred: 0.37), and high for androstenone (0.63 and 0.70). Genetic correlations between sex hormones and boar taint compounds were moderate to high (from 0.31 to 0.95). Heritability was moderate for CRP (0.24 and 0.46) and very low for pigMAP (0.06 and 0.05). Numbers of leucocytes had moderate to high heritabilities according to the genetic type (0.21 and 0.52). Heritability of skin lesions was moderate for both genetic types (0.31). Genetic correlations were negative between sex hormones and inflammatory measures (from ‐0.46 to ‐0.05), positive between testosterone and number of lesions (0.43 and 0.53), and low between androstenone and lesions (‐0.06 and ‐0.17). Therefore, it would be possible to select boars on their concentration in plasma sex hormones to decrease boar taint and aggressiveness, without important consequences on the inflammatory system.

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2015

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

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2015

Analyse de la variabilité génétique des 6 races locales porcines / Analysis of genetic variability in 6 regional-heritage pig breeds

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Les Cahiers de l'IFIP, 2(1), 19-25 - La revue R&D de la filière porcine française

L’analyse de la variabilité génétique des six races locales de porcs, réalisée à partir des informations généalogiques disponibles, a été étudiée selon deux approches : estimation de la consanguinité et des probabilités d’origine des gènes. Pour ces populations fermées, l’augmentation de la consanguinité est inéluctable. La consanguinité moyenne des races locales est comprise entre 10,2 % pour le Blanc de l’Ouest et 21,8 % pour le Bayeux. Les coefficients de consanguinité observés mettent en avant une gestion efficace des accouplements sur les 10 dernières années. L’analyse des probabilités d’origine des gènes montre une relative stabilité de la variabilité génétique des races Basque, Bayeux et Limousin entre 2000 et 2013. Le porc Gascon a perdu un peu de diversité génétique entre 2000 et 2010 mais s’est stabilisé depuis. Pour le Blanc de l’Ouest, les chiffres de 2013 sont inquiétants, cependant la diminution de la taille de la population de référence et le faible nombre de portées peuvent expliquer ces résultats ; un nouveau bilan en 2015 s’impose. Les résultats pour la race Nustrale sont à considérer avec précaution car, dans cette race, une large partie des naissances n’est pas enregistrée dans la base de données. La réalisation régulière de ce type de bilan permet de limiter les dérives.

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2015

Nouveaux objectifs de sélection des lignées femelles

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Les objectifs de sélection des lignées collectives Large-White femelle et Landrace ont été récemment réactualisés par France Génétique Porc. Ils répondent aux objectifs fixés par les éleveurs et la filière et intègrent de nouveaux caractères de qualités maternelles.

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2015

Races locales : la progression des effectifs est conditionnée par la valorisation

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Les six races locales porcines françaises, regroupées dans le programme de conservation au début des années 1980, sont aujourd’hui reconnues en tant que races à part entière.
Certaines d’entre elles se sont engagées dans des démarches d’Appellation d’Origine Protégée leur permettant de mettre en avant un savoir faire lié au territoire.

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2014

L’Ecusson Noir, un exemple de mise en place d’une filière en race locale

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De type Ibérique, le porc Cul Noir Limousin est originaire de l’ouest du Massif Central et connu depuis le 16ème siècle. Désormais, il est élevé en région Limousin et sur deux départements limitrophes : la Dordogne et la Charente. Un collectif se construit actuellement pour mettre en place une filière de commercialisation.

PDF icon techporc_lenoirb_n20_2014.pdf
2014

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal cross model

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Poster.

In a terminal cross, individuals from purebred parental lines are selected to produce crossbred individuals. Up to now, the inclusion of crossbred information for selecting parental lines has not led to a clear advantage compared to within line selection. Can this scenario change with the use of genomic information?

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2014

Phenotypic and genetic relationships between growth and feed intake curves and feed efficiency and amino acid requirements in the growing pig

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Improvement of feed efficiency in pigs has been achieved essentially by increasing lean growth rate, which resulted in lower feed intake (FI). The objective was to evaluate the impact of strategies for improving feed efficiency on the dynamics of FI and growth in growing pigs to revisit nutrient recommendations and strategies for feed efficiency improvement. In 2010, three BWs, at 35 ± 2, 63 ± 9 and 107 ± 7 kg, and daily FI during this period were recorded in three French test stations on 379 Large White and 327 French Landrace from maternal pig populations and 215 Large White from a sire population. Individual growth and FI model parameters were obtained with the InraPorc® software and individual nutrient requirements were computed. The model parameters were explored according to feed efficiency as measured by residual feed intake (RFI) or feed conversion ratio (FCR).

Animals were separated in groups of better feed efficiency (RFI− or FCR− ), medium feed efficiency and poor feed efficiency.

Second, genetic relationships between feed efficiency and model parameters were estimated. Despite similar average daily gains (ADG) during the test for all RFI groups, RFI− pigs had a lower initial growth rate and a higher final growth rate compared with other pigs. The same initial growth rate was found for all FCR groups, but FCR− pigs had significantly higher final growth rates than other pigs, resulting in significantly different ADG. Dynamic of FI also differed between RFI or FCR groups. The calculated digestible lysine requirements, expressed in g/MJ net energy (NE), showed the same trends for RFI or FCR groups: the average requirements for the 25% most efficient animals were 13% higher than that of the 25% least efficient animals during the whole test, reaching 0.90 to 0.95 g/MJ NE at the beginning of the test, which is slightly greater than usual feed recommendations for growing pigs. Model parameters were moderately heritable (0.30 ± 0.13 to 0.56 ± 0.13), except for the precocity of growth (0.06 ± 0.08). The parameter representing the quantity of feed at 50 kg BW showed a relatively high genetic correlation with RFI (0.49 ± 0.14), and average protein deposition between 35 and 110 kg had the highest correlation with FCR (−0.76 ± 0.08).

Thus, growth and FI dynamics may be envisaged as breeding tools to improve feed efficiency. Furthermore, improvement of feed efficiency should be envisaged jointly with new feeding strategies.

2014

Agressivité entre mâles entiers : une composante génétique indéniable

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L’élevage de mâles entiers peut engendrer des blessures liées aux bagarres entre animaux, avec des différences de comportement selon le type génétique. Le comptage des lésions corporelles est un indicateur de l’agressivité des animaux. Le nombre de lésions comptabilisées est un caractère héritable.

PDF icon techporc_mercat_n18_2014.pdf
2014

Genetic relationships between measures of sexual development, boar taint, health, and aggressiveness in pigs

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The aim of the study was to estimate genetic relations between sexual development, boar taint, health and aggressiveness. About 1600 Pietrain type (purebred) or Pietrain x Large White type (crossbred) boars were raised in a testing station. Blood samples were collected at about 105 kg liveweight for measuring two sex hormones and two Acute-Phase Proteins (APPs). Animals were slaughtered one week later, measured for boar taint compounds and skin lesions on carcass (LSC), an indicator of aggressiveness.
Heritability was moderate for the C-reactive protein (h²=0.24 and h²=0.45, respectively for purebred and crossbred), whereas it was low for the major pig APP (h²=0.06 and h²=0.05). Heritability of LSC was moderate for both types (h²=0.31). High genetic  correlations between androstenone and estradiol (around 0.85 for both types) and moderate genetic correlations between LSC and testosterone (around 0.45 for both types) were estimated.

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2014

Surveillance des maladies non réglementées : la génétique française franchit une nouvelle étape

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Depuis une vingtaine d’années, les Organismes de la Sélection Porcine et les Centres d’Insémination Artificielle surveillent les maladies non réglementées d’importance majeure, comme le SDRP ou la pleuropneumonie. Sous l’égide de l’Ifip-Institut du porc et de l’Agence de Sélection Porcine, ils ont décidé de standardiser les protocoles de contrôle et de les fédérer dans une charte d’engagement volontaire, la charte EQS.

PDF icon techporc_correge_n17_2014.pdf
2014

Gut microbiota composition in swine: genetic parameters and links with immunity traits

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Poster.

The intestinal microbiome plays a major role in host's physiology and homeostasis. It participates in the immunological barrier against infections, helps to develop and mature the immune system, and contributes to extract nutrients and energy from food. Despite large scale studies in human, little is known on gut microbiota composition and potential associations with individual traits in livestock species. The objective of this study was to estimate the genetic parameters of the gut microbiota composition and analyze its links with immunity traits in French Large White pigs. A cohort of 60 days old piglets was assessed for fecal microbiota composition by pyrosequencing the 16S rRNA gene. First results on 299 piglets showed a predominance of Prevotella followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia and Treponema. Among a set of 63 genera, 7 had low (0.1<h2<0.2), 15 medium (0.2<h2<0.4) and 8 high (h2>0.4) heritabilities for abundance variations. At the genetic level, the relative abundance of Prevotella, Oribacterium, Selenomonas, Dialister and Megasphaera were found positively correlated with each other and tended to be negatively correlated to other genera. Finally, regularized canonical correlations (rCCA) and sparse Partial Least Squares (sPLS) analyzes highlighted both positive and negative correlations between various immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. In this report we demonstrate for the first time that the gut microbiota composition in swine is influenced by the genetics of the host. In addition, we have found covariations between microbiota composition and immunity traits. These results pave the way for studying the microbiota as a new component of phenotype construction in pigs. Microbiota parameters together with zootechnical and immunity traits will help to better decipher the driving forces that shape animal performances and robustness.

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2014

De nouveaux objectifs de sélection en lignée collective Piétrain

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Les objectifs de sélection de la lignée collective Piétrain ont été récemment réactualisés. Ils intègrent désormais de nouveaux caractères, notamment pour affiner le travail de sélection sur les aspects de qualité de viande.

PDF icon techporc_bouquet_n17_2014.pdf
2014

Démarche EQS, engagement qualité sanitaire dans l'offre génétique française

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Fiche n° 71 : Facteurs de productivité en élevage

La majorité des maladies présentes dans les élevages ne sont pas réglementées et ne font donc pas l’objet de mesures obligatoires de surveillance et de déclaration. Aussi, depuis le milieu des années 1990, les OSP et les CIA (Centre d’Insémination Artificielle), en collaboration avec l’IFIP et l’ASP (Agence de Sélection Porcine) ont mené une réflexion sur les maladies hors du champ de la réglementation à contrôler et sur les modalités de leur surveillance. Aujourd’hui, de nouvelles souches de SDRP, bien plus virulentes que les souches actuellement présentes en France, gagnent du terrain y compris dans certains pays européens. Le risque d’introduction de ces souches, par l’importation de reproducteurs ou de semences dont le niveau de contrôle serait insuffisant ne peut pas être occulté.
Pour cette raison, sous l’égide de l’IFIP et de l’ASP, les OSP agréés par le Ministère en charge de l’Agriculture et les CIA qui œuvraient tous individuellement pour une maîtrise du SDRP et selon des modalités de surveillance proches ont décidé de mettre en commun un socle minimum afin de standardiser les protocoles de contrôle et de les fédérer dans une charte d’engagement volontaire, la charte EQS (Engagement Qualité Sanitaire).

PDF icon fiche_bilan2013_71.pdf
2014

Animation technique de l'Agence de la Sélection Porcine

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Fiche n° 51 : Progrès génétiques

L'Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l'Agriculture.

Depuis 2005, au sein d'une convention de partenariat, l'ASP confie l'animation et/ou la maîtrise d'oeuvre de ses travaux à l'IFIP.

La Direction Générale des Politiques Agricole, Agro-alimentaire et des Territoires (DGPAAT) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) :

- conformité aux exigences réglementaires,

- suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ;

- mise à disposition des utilisateurs de références.

En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie a l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

PDF icon fiche_bilan2013_51.pdf
2014

Applications moléculaires et génomiques en sélection porcine

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Fiche n° 49 : Progrès génétiques

Les données moléculaires tiennent une place croissante dans les programmes de sélection animaux. C'est pourquoi l'IFIP assure l'animation de l'association Bioporc dont l'objectif est de conduire des programmes de recherche en génomique qui répondent aux attentes des organisations de sélection porcine (OSP). Les OSP ADN, Choice Genetics France, Gène+ et Nucléus et l'IFIP sont membres de Bioporc.

En particulier, à travers le programme UtOpIGe, l'IFIP, l'INRA et les OSP membres de Bioporc mettent en place les pré-requis indispensables à la mise en œuvre d'une sélection génomique chez le porc.

Bien que l'action soit prioritairement conduite auprès des OSP, le programme UtOpIGe et les projets qui lui sont liés cherchent à répondre à des préoccupations sociétales (odeur de mâles entier) et de l'aval (qualités de viande).

PDF icon fiche_bilan2013_49.pdf
2014

Outils de suivi de l'efficacité des schémas de sélection

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Fiche n° 46 : Progrès génétiques

Les étapes de sélection mises en place dans les schémas de sélection ont pour but de faire progresser le niveau génétique des populations sur un ensemble de caractères d'intérêt économique.

L'efficacité des étapes de sélection est évaluée à l'aune de modélisation des schémas de sélection qui permettent de prédire le progrès génétique attendu sur un ensemble de caractères.

Le progrès génétique attendu doit se traduire aussi par l'augmentation des performances des animaux sur les dits caractères.

Il est donc important de disposer d'outils pour s'assurer de la cohérence entre le progrès génétique espéré, prédit à l'aide du modèle, et le progrès génétique réalisé.

L'objectif de cette action était d'identifier ou de concevoir des outils pertinents pour réaliser ce travail de modélisation et de suivi des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2013_46.pdf
2014

Evaluations génétiques des populations porcines

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Fiche n° 48 : Progrès génétiques

Les meilleurs animaux d'une génération sont sélectionnés parmi les candidats à la sélection pour devenir de futurs reproducteurs.

Le potentiel génétique d'un animal est évalué en considérant ses propres performances ainsi que celles de tous ses contemporains et apparentés.

Chaque semaine, les valeurs génétiques des animaux des populations collectives et de certaines populations autonomes collectives et de certaines populations autonomes sont calculées et transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP) et centres d'insémination artificielle.

PDF icon fiche_bilan2013_48.pdf
2014

Encadrement des stations publiques de contrôle des performances

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Fiche n° 50 : Progrès génétiques

Les stations publiques de contrôle de performances ont pour but d’obtenir des références publiques objectives sur les divers types génétiques tout en garantissant la fiabilité de la collecte des données et la qualité des protocoles mis en œuvre.

L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, a été missionné par le Ministère charge de l’Agriculture pour assurer leur encadrement technique. Les 2 stations, celle d’Agesporc Génétique (Mauron, 56) et l’Unité Expérimentale Testage Porc INRA Le Rheu (35), constituent un outil de collecte de données dont les résultats concernent l’ensemble de la filière.

Les informations recueillies sont complémentaires au contrôle en ferme sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.

Les stations sont également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures.

Les stations publiques sont ouvertes à tous les acteurs de la sélection porcine française.

En 2013, elles ont été utilisées pour 2 finalités :

Contrôle sur des collatéraux a des fins d’évaluation et de recueil de références ; la station de Mauron est dédiée en totalité a ce protocole ;

Projet de recherche UtOpIGe a l’UETP INRA Le Rheu. Il se déroule en 3 phases correspondant chacune à l’entrée en station d’un millier de porcelets mâles entiers obtenus selon 3 protocoles d’échantillonnage successifs soit 16 bandes de contrôle de 192 animaux sur un peu plus de 3 ans (2011-2014). Dans un premier temps, 2 populations de référence ont été constituées : en 2011, des animaux de populations sélectionnées de type Piétrain, puis en 2012 et début 2013, des hybrides issus de truies de type Large White croisées avec les mêmes verrats.

Ensuite en 2013, a été démarrée la constitution d’une population de validation composée d’animaux de type charcutier issus de croisements de truies commerciales (de type Large White x Landrace ou sino-européennes) et de verrats de type Piétrain apparentes a ceux des 2 premières phases.

L’objectif de ce projet est de pouvoir estimer à partir des 2 populations de références les valeurs génomiques des animaux ; la population de validation permettra alors de comparer les valeurs génomiques des verrats pères ainsi estimées aux performances phénotypiques obtenues par leurs descendants.

Des mesures complémentaires ont été ajoutées au protocole classique : notation des griffures et des aplombs, dosages de testostérone, d’androsténone et de scatole et scan complet d’une demi-carcasse.

PDF icon fiche_bilan2013_50.pdf
2014

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