La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

PDF icon jrp2014-genetique-schwob-poster.pdf
2014

Connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives Françaises

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Poster. La finalité première de l’évaluation génétique est le choix des reproducteurs sur leur potentiel génétique. Cependant, la comparaison des valeurs génétiques des animaux d’élevages différents n’est fiable que si les connexions génétiques sont suffisantes. L’objectif de l’étude est de mesurer le degré de connexion existant entre les élevages de sélection des populations porcines collectives françaises.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-poster.pdf
2014

Polymorphismes du gène RN : effets sur la qualité de la viande

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Poster. Estimer l’effet d’haplotypes du gène RN sur la qualité de la viande dans des populations françaises.

PDF icon jrp2014-genetique-mercat-poster.pdf
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Conséquences d’une sélection sur l’homogénéité du poids des porcelets à la naissance sur la productivité numérique des truies Large White et Landrace Français

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L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt d’intégrer des critères d’homogénéité du poids des porcelets à la naissance dans les objectifs de sélection des lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR) Français pour améliorer la productivité numérique des truies au sevrage. Les paramètres génétiques de six caractéristiques pondérales de la portée ont été estimés à partir des pesées individuelles à la naissance de porcelets issus respectivement de 9925 et 4010 portées de race pure LW et LR. Les variables analysées sont l’écart‐type (ETPN), le coefficient de variation (CVPN) et l’amplitude des poids de naissance intra‐portée, le poids moyen de la portée (PMN), le poids du porcelet le plus lourd (MAX) et le taux de petits porcelets dans la portée. Cette analyse a été complétée par l’étude de quatre variables de productivité numérique des truies à la naissance et au sevrage : le nombre de porcelets nés vivants (NVIV), sevrés de et sevrés par la truie, ainsi que le taux de porcelets sevrés par la truie. Des héritabilités faibles ont été estimées pour les caractères de productivité numérique (≤ 0,10) et de variabilité pondérale (≤ 0,17). Des héritabilités plus élevées ont été estimées pour PMN et MAX (0,32 à 0,37). La modélisation du schéma de sélection de ces populations avec le logiciel ZPlan+ a permis d’évaluer les réponses attendues pour une sélection selon un indice qui intègre NVIV et ETPN ou CVPN. Dans les deux cas, sélectionner sur ETPN et CVPN conduit à homogénéiser le poids des porcelets. Toutefois, le choix du critère de variabilité pondérale influence notablement les réponses observées sur les autres caractéristiques de la portée.

Sélectionner sur ETPN permet d’accroître le progrès génétique sur la prolificité mais réduit le poids moyen des porcelets.

Sélectionner sur CVPN permet de stabiliser le poids des porcelets mais au prix d’un progrès génétique plus faible sur la prolificité.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-1.pdf
2014

Estimation de l'effet de polymorphismes dans le gène RN sur la qualité de la viande

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Poster.

La mutation RN‐ (R200Q) du gène RN (PRKAG3) est connue pour ses effets majeurs sur la qualité de la viande : augmentation du potentiel glycolytique, abaissement du pH ultime de la viande, associés à une baisse de rendement technologique (Milan et al., 2000). D’autres polymorphismes du gène RN sont connus, parmi lesquels ceux décrits par Ciobanu et al. (2001), dont les effets sont plus faibles que RN‐.

L’objectif de cette étude est d’estimer, dans des populations françaises, l’effet d’haplotypes du gène RN, définis avec ces autres polymorphismes, sur la qualité de la viande.

PDF icon Poster de Marie José Mercat et al.
2014

Evaluation de la connexion génétique entre élevages dans les populations porcines collectives françaises

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Poster. 

Le BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) est la méthode statistique de référence utilisée pour l’évaluation génétique des reproducteurs. Il utilise de façon optimale l’information phénotypique et généalogique pour estimer les valeurs génétiques des reproducteurs et les effets d’environnement.

Toutefois, la comparaison des valeurs génétiques entre élevages n’est possible que si les individus contrôlés dans des troupeaux différents sont suffisamment apparentés.

En effet, les individus apparentés établissent des connexions entre élevages qui améliorent l’estimation des effets génétiques et environnementaux. Il est donc important de mesurer la connexion génétique entre élevages.

Différents critères de connexion entre élevages ont été proposés dans la littérature (Laloë et al., 1996).

Développé par l’INRA et l’Institut de l’Elevage, le CACO (critère d’admission au rang des troupeaux connectés) est utilisé depuis 2002 dans les populations françaises de bovins allaitants (Fouilloux et al., 2008).

Dans cette étude, la méthode CACO a été appliquée pour évaluer la connexion existant entre les élevages inclus dans les évaluations génétiques des caractères de production des quatre populations porcines collectives françaises : les lignées Large White femelle (LWF) et mâle (LWM), Landrace (LRF) et Piétrain (PPC).

PDF icon Poster de Alban Bouquet
2014

A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

Le métabolome, un moyen pour trouver de nouveaux biomarqueurs ? Des profils métabolomiques pour faire de la prédiction de phénotypes chez le porc en croissance

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Cette étude visait à quantifier le pouvoir prédictif du métabolome sur des phénotypes de production dans la filière porcine. Des données métabolomiques ont été obtenues par Résonance Magnétique Nucléaire à partir d’une prise de sang réalisée pendant la période de croissance de l’animal. Selon le type de phénotype considéré, un spectre métabolomique peut être envisagé comme une source de biomarqueurs intéressants.
Ainsi, le taux de muscle des pièces de la carcasse a pu être correctement prédit à partir des mesures prises sur des prélèvements réalisés à environ 60 kg.

ENG

Metabolomics, a way to find new biomarkers?

This study was aimed at quantifying the predictive power of metabolomic data on production phenotypes in the pig. Metabolomic data
were obtained by Nuclear Magnetic Resonance from one blood sample during the growing period of the animals. Depending on the phenotype, a metabolomic spectrum can be envisioned as a source of suitable biomarkers. In particular, the lean meat percentage was correctly predicted from samples taken at around 60 kg.

2014

Mémento de l'éleveur de porc (Edition 2013)

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Nouvelle version du Mémento de l’éleveur de porcs (7ème Edition) actualisée par les experts de l’Ifip, des nouvelles connaissances acquises ces 10 dernières années. Ouvrage de référence, compilation de connaissances de base, accessible et pédagogique particulièrement adapté aux étudiants (tarif réduit sur demande), apprentis et nouveaux venus du secteur porcin. Indispensable à tous les acteurs et professionnels de l’élevage porcin français. Au sommaire :

95,00 €
2013

Vers une sélection d’animaux encore plus efficaces

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La Consommation Moyenne Journalière Résiduelle, ou CMJR, est un nouveau critère permettant d'identifier des animaux plus économes en aliment. Du point de vue économique, l'Indice de Consommation reste le critère de sélection le plus avantageux.

PDF icon techporc_bouquet_n14_2013.pdf
2013

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Cryobanque nationale et appui aux races locales

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L’IFIP participe au programme de conservation des ressources génétiques par la gestion des animaux vivants et en adhérant au GIS Cryobanque Nationale.

PDF icon bilan_2012web_62.pdf
2013

RN gene polymorphism effects in a family-based scheme in French purebred pig populations

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The study was based on performance recording (with 23 meat quality traits) in progeny testing station of half-sib families composed of 50 offspring (castrates and females) from purbred sires. The aim of this scheme was to estimate, in French purebred pig populations, the effect  of polymorphisms. Data will be presented for 1,740 genotyped anmals belonging to 4 groups of breeds : LW (3 Large-White type populations), LF (French Landrace), D (3 Duroc populations) and CH (4 Chinese-European lines). Eight polymorphisms in RN (PRKG3) gene were analyzed : R200Q, V1991, G52S, K131R, P134L, T30N, V41I, L53P. No polymorphism was found for R200Q and L53P. Six haplotypes were defined with the remaining mutations. Effect of haplotypes was estimated with MIXED procedure (SAS software) with sex and slaughter date as fixed effects, mother and father as random effects and carcass weight as covariate. Most significant results were observed for pHSM (semi-membraneous pH 24 h post mortem) and MQI (Meat Quality Index combining pHSM, Minolta L* and water holding capacity both on gluteus superficialis) in LW, LF, and D, for drip loss in LW and LF and for color traits (Minolta L*, a*, b*) in LW, LF and CH. Results will be illustrated focusing on 2 meat quality traits (MQI, and drip loss) and 2 haplotypes. Haplotypic frequencies estimated on parents are 26% and 10% in LW, 64% and 20% in LF, 40% and 47% in D and 12% and 21% in CH for haplotype 1 and 2 respectively. haplotype 1 is favorable for the 2 considered traits. Regarding combinations of haplotypes, 11 is significantly better than 16 in LW, LF and D and even more than 66 in D. Estimated effects between 11 and 16 are between 0.2 and 0.8 phenotpic standard deviation; the highest being observed in LW. In D, differences between 11 and 66 animals are estimated to be 0.9 phenotypic standard deviation for MQI.

PDF icon eaap_mercat.pdf
2013

RN gene polymorphism effects in a family-based scheme in French purebred pig populations

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The study was based on performance recording (with 23 meat quality traits) in progeny testing station of half-sib families composed of 50 offspring (castrates and females) from purbred sires. The aim of this scheme was to estimate, in French purebred pig populations, the effect  of polymorphisms. Data will be presented for 1,740 genotyped anmals belonging to 4 groups of breeds : LW (3 Large-White type populations), LF (French Landrace), D (3 Duroc populations) and CH (4 Chinese-European lines). Eight polymorphisms in RN (PRKG3) gene were analyzed : R200Q, V1991, G52S, K131R, P134L, T30N, V41I, L53P. No polymorphism was found for R200Q and L53P. Six haplotypes were defined with the remaining mutations. Effect of haplotypes was estimated with MIXED procedure (SAS software) with sex and slaughter date as fixed effects, mother and father as random effects and carcass weight as covariate. Most significant results were observed for pHSM (semi-membraneous pH 24 h post mortem) and MQI (Meat Quality Index combining pHSM, Minolta L* and water holding capacity both on gluteus superficialis) in LW, LF, and D, for drip loss in LW and LF and for color traits (Minolta L*, a*, b*) in LW, LF and CH. Results will be illustrated focusing on 2 meat quality traits (MQI, and drip loss) and 2 haplotypes. Haplotypic frequencies estimated on parents are 26% and 10% in LW, 64% and 20% in LF, 40% and 47% in D and 12% and 21% in CH for haplotype 1 and 2 respectively. haplotype 1 is favorable for the 2 considered traits. Regarding combinations of haplotypes, 11 is significantly better than 16 in LW, LF and D and even more than 66 in D. Estimated effects between 11 and 16 are between 0.2 and 0.8 phenotpic standard deviation; the highest being observed in LW. In D, differences between 11 and 66 animals are estimated to be 0.9 phenotypic standard deviation for MQI.

PDF icon eaap_mercat.pdf
2013

Genetics of residual feed intake in growing pigs : Relationships with production traits, and nitrogen and phosphorus excretion traits

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Residual feed intake (RFI) is defined as the difference between the observed ADFI and the ADFI predicted from production and maintenance requirements. The objectives of this study were to evaluate RFI as a selection criterion to improve feed efficiency and its potential to reduce N and P excretion in 4 pig breeds. Data were collected between 2000 and 2009 in French central test stations for 2 dam breeds [French Landrace (LR) and Large White (LWD)], and 2 sire breeds [Large White (LWS) and Piétrain (PP)]. Numbers of recorded pigs were 6407, 10,694, 2342, and 2448 for the LR, LWD, LWS, and PP breeds, respectively. All PP animals were genotyped for the halothane mutation. This data set was used to calculate RFI equations for each of the 4 breeds, and to estimate genetic parameters for RFI together with growth, carcass, and meat quality traits, and N and P excretion during the test period (35 to 110 kg BW). The RFI explained 20.1% in PP, 26.5% in LWS, 27.6% in LWD, and 29.5% in LR of the phenotypic variability of ADFI. The PP breed differed from the others in this respect, probably due to a lower impact of the variation of body composition on ADFI. Heritability estimates of RFI ranged from 0.21 ± 0.03 (LWD) to 0.33 ± 0.06 (PP) depending on the breed. Heritabilities of N and P excretion traits ranged from 0.29 ± 0.06 to 0.40 ± 0.06. The RFI showed positive genetic correlations with feed conversion ratio (FCR) and excretion traits, these correlations being greater in the sire breeds (from 0.57 to 0.86) than in the dam breeds (from 0.38 to 0.53). Compared with FCR, RFI had weaker genetic correlations with carcass composition, growth rate, and excretion traits. Estimates of genetic correlations between FCR and excretion traits were very close to 1 for all breeds. Finally, excretion traits were, at the genetic level, correlated positively with ADFI, negatively with growth rate and carcass leanness, whereas the halothane n mutation in PP was shown to reduce N and P excretion levels. To conclude, new selection indexes including RFI can be envisaged to efficiently disentangle the responses to selection on growth rate and body composition from those on feed efficiency, with favorable impacts on N and P excretions, particularly in sire pig breeds. However, the switch from FCR to RFI in selection indexes should not resolve the genetic antagonism between feed efficiency and meat quality.

2013

Odeur de verrat : trois populations Piétrain utilisées en France à faible risque

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Des porcs mâles entiers de type Piétrain ou croisés Piétrain x Large White présentent un risque limité d’odeur sexuelle. C’est ce que révèle une vaste étude réalisée en station de contrôle. Les animaux de types croisés présentent toutefois des teneurs en androsténone et scatol supérieures aux animaux de race pure.

PDF icon techporc_mercat_n11_2013.pdf
2013

Odeurs de verrat : effets génétiques et non génétiques

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Les filières porcines européennes se sont engagées dans une démarche volontaire d'abandon de la castration chirurgicale des porcelets mâles à l’horizon 2018. L'une des conditions de cet abandon est de résoudre les différents problèmes liés à l'élevage de mâles entiers, et plus particulièrement ceux de qualité de viande. L'une des voies privilégiées est celle de la génétique, notamment la sélection génomique. Une population ressource a donc été mise en œuvre dans des populations françaises de type Piétrain, avec un contrôle des animaux en station de testage. Environ 1000 verrats de type Piétrain ou de type croisé Piétrain x Large White ont été élevés et abattus pour déterminer les caractères de production, de développement sexuel, de composition corporelle et surtout de défaut d'odeur de viande. La concentration en testostérone plasmatique diffère d’un type génétique à l'autre, mais les différences restent globalement faibles. Cette concentration n’est pas affectée par la bande d'élevage, par le poids des animaux ou par leur âge à la mesure. La teneur en androsténone de la bardière n’est pas affectée par l’effet de la bande d’élevage mais varie quasiment du simple au double en moyenne d’un type génétique à l’autre, les teneurs les plus élevées étant observées à la fois dans un des types Piétrain pur et dans un des types croisés. Cette teneur augmente avec le poids d’abattage et la concentration plasmatique en testostérone. L’effet de l’âge à l'abattage dépend du type génétique. La teneur en scatol de la bardière est peu affectée par la concentration en testostérone mais varie d’une bande à l'autre, d’un type génétique à l'autre et diminue avec l'âge à l'abattage.

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2013

Mise en évidence de régions QTL sélectionnées dans une lignée synthétique sino-européenne

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Afin d'améliorer les qualités maternelles des truies, des lignées composites sino-européennes ont été développées en France par différentes organisations de sélection porcine (OSP) afin de tirer parti des bonnes performances des truies Meishan (MS) pour les caractéristiques de reproduction (prolificité, aptitudes maternelles) (Bidanel et al., 1991).

Néanmoins, les faibles performances de production de la race MS nécessitent la mise en place de stratégies de sélection afin d'aboutir à une combinaison des avantages respectifs des différentes races utilisées.

Poster.

L'OSP ADN a ainsi développé à partir de 2001 une lignée composite 1/4 MS, la Duochan, obtenue par croisement de truies Large White (LW) et de verrats F1 (Landrace (LF) x MS) issus de 28 truies MS.

Si, dans un premier temps, la Duochan a été sélectionnée sur la base d’un indice sur performances, l'objectif d'ADN est à terme de pouvoir mettre en place une sélection assistée par marqueurs (SAM).

L'objectif de l'étude présentée ici est d'identifier les régions du génome influençant les caractères de production et de reproduction pris en compte dans l'indice de sélection afin de définir à terme un jeu de marqueurs moléculaires permettant la sélection de ces QTL.

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2013

Mise au point d’un outil de suivi des usages d’antibiotiques dans la filière porcine. Etude des quantités utilisées et des modalités d’administration à partir du panel INAPORC

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L’Interprofession Nationale Porcine INAPORC a mandaté l’Ifip pour mettre en place, avec l’appui technique de l’Anses, un panel d’élevages permettant de mesurer de manière fiable les quantités d’antibiotiques utilisées dans la filière porcine française, de préciser les modalités d’utilisation de ces antibiotiques et de comparer les résultats aux autres données disponibles. Cette étude vise à expliquer la méthodologie employée pour mettre en place cet outil et à présenter les premiers résultats.

PDF icon jrp-2013-sante02.pdf
2013

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