La base documentaire de l'IFIP

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A comparison of vitality and growth performance before weaning of crossbred piglets obtained from Piétrain or crossbred Large White x Piétrain boars and Large White x Landrace sows

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PDF icon A comparison of vitality and growth performance before weaning of crossbred piglets obtained from Piétrain or crossbred Large White x Piétrain boars and Large White x Landrace sows
2007

A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Acides gras alimentaires et TVM. Quel impact sur la qualité de la bardière du porc ?

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L’apport d’acides gras polyinsaturés (AGPI) dans l’alimentation du porc affecte la composition en acides gras et les propriétés technologiques (consistance, oxydabilité) des tissus adipeux. L’objectif de ce travail est de préciser les conséquences de l’apport de quantités croissantes de C18:2 n-6 et de C18:3 n-3 sur la composition lipidique (acides gras, triglycérides) et sur les propriétés physiques (taux de solide, dureté) de la bardière. 210 porcs issus de verrat Large White ont été répartis en quatre lots en fonction du régime alimentaire.
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1999

Analyse de la variabilité génétique de populations porcines espagnoles et françaises à partir de données de contrôle de filiation

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Poster. Cette étude porte sur des populations porcines espagnoles et françaises pour lesquelles un contrôle de filiation est pratiqué de manière systématique sur les verrats. Les objectifs sont : (i) d’étudier les fréquences des 10 marqueurs communs aux analyses espagnoles et françaises dans les différentes populations concernées; (ii) d’appréhender la variabilité génétique intra et inter populations; (iii) de détecter des animaux originaux et (iv) d’assigner un animal à une race, voire à une population.
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2009

Analyse de la variabilité génétique des races porcines collectives et des races locales en conservation à partir de l'information généalogique

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L’analyse généalogique de quatre races porcines en sélection (Large White lignée femelle, Large White lignée mâle, Landrace français et Piétrain) et de cinq races locales en conservation (Basque, Gascon, Blanc de l’Ouest, Limousin et Bayeux) a été réalisée à partir de l’étude des pédigrees.
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2001

Analyse de la variabilité génétique des races porcines Large White, Landrace Français et Piétrain sur la base de l'information généalogique

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Les données généalogiques des races françaises Large White (LW), Landrace Français (LF) et Piétrain (PI), rassemblées entre 1962 et 1996, ont été utilisées pour étudier l'évolution récente de la variabilité génétique de ces trois populations.
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1998

Analyse des paramètres physiologiques et métaboliques associés aux mises bas longues ou difficiles chez la truie

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Les mises bas longues augmentent la mortinatalité et pénalisent la survie ultérieure des porcelets. L’objectif de ce travail est de mieux comprendre les mécanismes des mises bas difficiles chez la truie en étudiant l’évolution de différents paramètres physiométaboliques durant la période péripartum. L’étude, réalisée dans 4 élevages, porte sur 28 mises bas (truies LWxLR nullipares ou primipares) spontanées et non assistées (ni fouilles ni injections).
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2010

Analyse génétique de la productivité numérique et pondérale et de la durée de mise bas de truies Large White et Landrace Français

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Poster. L’amélioration de la survie des porcelets avant sevrage constitue un enjeu majeur pour la filière porcine.

La connaissance des paramètres génétiques est nécessaire pour proposer des objectifs et critères de sélection optimaux.
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2008

Bilan d'activité 1999 des CIA porcins

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PDF icon Bilan d'activité 1999 des CIA porcins
2000

Calcul des valeurs génétiques des populations porcines

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Fiche n° 057 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, 6 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 2 autonomes :
Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont évaluées et les Valeurs Génétiques sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination artificielle (CIA).

PDF icon fiche_bilan2015_057.pdf
2016

Cartographie fine de régions QTL à l'aide de la puce Porcine SNP60 pour l'ingestion, la croissance, la composition de la carcasse et la qualité de la viande en race Large White

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Près de 500 porcs Large White (106 familles de pères) ont été génotypés pour la puce PorcineSNP60 et contrôlés pour 21 caractères d’ingestion, de croissance, de composition de carcasse et de qualité de la viande. Sur les 64432 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) de la puce, 44412 ont passé le contrôle qualité et ont donc été utilisés pour des analyses d’association avec la méthode FASTA (estimation conjointe des effets individuels des SNP et de l’effet polygénique).

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2012

Comment la sélection génétique peut améliorer la survie des porcelets en allaitement ?

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Le défi de la sélection aujourd'hui est d'améliorer la survie des porcelets. Pour ce faire, la connaissance des paramètres génétiques est nécessaire pour proposer des objectifs et critères de sélection optimaux. Cette étude a permis d'obtenir à partir de données récoltées à grande échelle et en conditions d'élevage, des estimations de la variabilité génétique de la survie des porcelets en allaitement. Un effet défavorable de la prolificité sur la mortinatalité a été confirmé. Le taux de survie en allaitement est négativement corrélé avec l'hétérogénéité des poids à la naissance.
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2008

Comparaison au Large White de quatre races locales porcines françaises pour les performances de croissance, de carcasse et de qualité de viande

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Le but de cette étude est de comparer les performances de croissance, carcasse et qualité de la viande de quatre races porcines locales (Gasconne, Basque, Limousine et Blanc de l’Ouest) par rapport à un témoin Large-White. Cette comparaison a été effectuée dans deux conditions d’élevages différentes et pour deux poids d’abattage (100 et 150 kg).

Après engraissement, un tiers des animaux ont été abattus à 100 kg. Les autres ont été répartis entre deux types de finition - semi-claustration ou extensive - et ont été abattus vers un poids de 150 kg.
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2000

Comparaison de porcs charcutiers NN et Nn pour les performances de croissance, carcasse et qualité de viande, et l'aptitude à produire du jambon cuit

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Une expérimentation à grande échelle a été menée pour étudier l’effet du gène de sensibilité à l’halothane et sa possible interaction avec le type sexuel sur les performances zootechniques des porcs, et leur aptitude à produire du jambon cuit supérieur pré-tranché.
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2000

Conséquences de la non castration des porcs mâles sur les performances de croissance et le comportement : comparaison avec les mâles castrés et les femelles

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Les performances de croissance, de carcasse, l’évolution du comportement et de l‘état général de porcs croisés (Piétrain x Large White) x (Large White x Landrace), mâles castrés ou non et femelles, ont été comparés à partir d'une bande de porcs alimentés à volonté et logés par groupes de huit-neuf individus en post-sevrage et six en engraissement. Les porcs ont tous été abattus le même jour. Entre 28 et 63 jours d'âge (post-sevrage), le type sexuel n'a aucun effet significatif sur les performances.
PDF icon Conséquences de la non castration des porcs mâles sur les performances de croissance et le comportement : comparaison avec les mâles castrés et les femelles
2010

Conséquences du changement de système de classement des porcs à l'abattoir sur l'évaluation génétique des reproducteurs - Estimation des paramètres génétiques des nouveaux caractères de l'objectif de sélection dans les races Large White et Landrace Français

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Les héritabilités de la teneur en viande maigre (TVM) et du rendement de carcasse (RDT2) calculé selon la nouvelle présentation de la carcasse, et leurs corrélations génétiques avec les autres caractères mesurés en station, ont été estimées par la méthode du maximum de vraisemblance restreinte appliquée à un modèle animal multicaractère.

Les autres caractères mesurés en station sont le gain moyen quotidien 35-100 kg (GMQ), l’indice de consommation 35-100kg (IC), le pourcentage de muscle estimé de la carcasse (PM), le rendement de carcasse
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1998

Conséquences d’une sélection sur l’homogénéité du poids des porcelets à la naissance sur la productivité numérique des truies Large White et Landrace Français

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L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt d’intégrer des critères d’homogénéité du poids des porcelets à la naissance dans les objectifs de sélection des lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR) Français pour améliorer la productivité numérique des truies au sevrage. Les paramètres génétiques de six caractéristiques pondérales de la portée ont été estimés à partir des pesées individuelles à la naissance de porcelets issus respectivement de 9925 et 4010 portées de race pure LW et LR. Les variables analysées sont l’écart‐type (ETPN), le coefficient de variation (CVPN) et l’amplitude des poids de naissance intra‐portée, le poids moyen de la portée (PMN), le poids du porcelet le plus lourd (MAX) et le taux de petits porcelets dans la portée. Cette analyse a été complétée par l’étude de quatre variables de productivité numérique des truies à la naissance et au sevrage : le nombre de porcelets nés vivants (NVIV), sevrés de et sevrés par la truie, ainsi que le taux de porcelets sevrés par la truie. Des héritabilités faibles ont été estimées pour les caractères de productivité numérique (≤ 0,10) et de variabilité pondérale (≤ 0,17). Des héritabilités plus élevées ont été estimées pour PMN et MAX (0,32 à 0,37). La modélisation du schéma de sélection de ces populations avec le logiciel ZPlan+ a permis d’évaluer les réponses attendues pour une sélection selon un indice qui intègre NVIV et ETPN ou CVPN. Dans les deux cas, sélectionner sur ETPN et CVPN conduit à homogénéiser le poids des porcelets. Toutefois, le choix du critère de variabilité pondérale influence notablement les réponses observées sur les autres caractéristiques de la portée.

Sélectionner sur ETPN permet d’accroître le progrès génétique sur la prolificité mais réduit le poids moyen des porcelets.

Sélectionner sur CVPN permet de stabiliser le poids des porcelets mais au prix d’un progrès génétique plus faible sur la prolificité.

PDF icon jrp2014-genetique-bouquet-1.pdf
2014

Deciphering the genetic control of innate and adaptive immune responses in pig: a combined genetic and genomic study

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Improving animal robustness and resistance to pathogens by adding health criteria in selection schemes is one of the challenging objectives of the next decade. In order to better understand the genetic control of immunity in French Large White pigs, we have launched a program combining genetic and genomic studies not focussing on any particular pathogen.
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2011

Décryptage du contrôle génétique des réponses immunitaires innées et adaptatives chez le porc Large White : une étude combinant des approches génétiques et fonctionnelles

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Un programme d'analyse fine du contrôle génétique de la réponse immunitaire (RI) combinant des approches génétiques et fonctionnelles a été développé. Plus de 400 animaux de race Large White mesurés pour des caractères de production ont été caractérisés pour un large éventail de paramètres de l'immunité trois semaines après vaccination contre Mycoplasma hyopneumoniae.
PDF icon Décryptage du contrôle génétique des réponses immunitaires innées et adaptatives chez le porc Large White : une étude combinant des approches génétiques et fonctionnelles
2011

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