La base documentaire de l'IFIP

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Gut microbiota composition in swine: genetic parameters and links with immunity traits

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Poster.

The intestinal microbiome plays a major role in host's physiology and homeostasis. It participates in the immunological barrier against infections, helps to develop and mature the immune system, and contributes to extract nutrients and energy from food. Despite large scale studies in human, little is known on gut microbiota composition and potential associations with individual traits in livestock species. The objective of this study was to estimate the genetic parameters of the gut microbiota composition and analyze its links with immunity traits in French Large White pigs. A cohort of 60 days old piglets was assessed for fecal microbiota composition by pyrosequencing the 16S rRNA gene. First results on 299 piglets showed a predominance of Prevotella followed by Oscillibacter, Dialister, Roseburia and Treponema. Among a set of 63 genera, 7 had low (0.1<h2<0.2), 15 medium (0.2<h2<0.4) and 8 high (h2>0.4) heritabilities for abundance variations. At the genetic level, the relative abundance of Prevotella, Oribacterium, Selenomonas, Dialister and Megasphaera were found positively correlated with each other and tended to be negatively correlated to other genera. Finally, regularized canonical correlations (rCCA) and sparse Partial Least Squares (sPLS) analyzes highlighted both positive and negative correlations between various immunity traits (e.g. monocytes, eosinophils, platelets) and genera such as Prevotella, Roseburia and Dialister. In this report we demonstrate for the first time that the gut microbiota composition in swine is influenced by the genetics of the host. In addition, we have found covariations between microbiota composition and immunity traits. These results pave the way for studying the microbiota as a new component of phenotype construction in pigs. Microbiota parameters together with zootechnical and immunity traits will help to better decipher the driving forces that shape animal performances and robustness.

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2014

Conséquences d’une sélection sur l’homogénéité du poids des porcelets à la naissance sur la productivité numérique des truies Large White et Landrace Français

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L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt d’intégrer des critères d’homogénéité du poids des porcelets à la naissance dans les objectifs de sélection des lignées maternelles Large White (LW) et Landrace (LR) Français pour améliorer la productivité numérique des truies au sevrage. Les paramètres génétiques de six caractéristiques pondérales de la portée ont été estimés à partir des pesées individuelles à la naissance de porcelets issus respectivement de 9925 et 4010 portées de race pure LW et LR. Les variables analysées sont l’écart‐type (ETPN), le coefficient de variation (CVPN) et l’amplitude des poids de naissance intra‐portée, le poids moyen de la portée (PMN), le poids du porcelet le plus lourd (MAX) et le taux de petits porcelets dans la portée. Cette analyse a été complétée par l’étude de quatre variables de productivité numérique des truies à la naissance et au sevrage : le nombre de porcelets nés vivants (NVIV), sevrés de et sevrés par la truie, ainsi que le taux de porcelets sevrés par la truie. Des héritabilités faibles ont été estimées pour les caractères de productivité numérique (≤ 0,10) et de variabilité pondérale (≤ 0,17). Des héritabilités plus élevées ont été estimées pour PMN et MAX (0,32 à 0,37). La modélisation du schéma de sélection de ces populations avec le logiciel ZPlan+ a permis d’évaluer les réponses attendues pour une sélection selon un indice qui intègre NVIV et ETPN ou CVPN. Dans les deux cas, sélectionner sur ETPN et CVPN conduit à homogénéiser le poids des porcelets. Toutefois, le choix du critère de variabilité pondérale influence notablement les réponses observées sur les autres caractéristiques de la portée.

Sélectionner sur ETPN permet d’accroître le progrès génétique sur la prolificité mais réduit le poids moyen des porcelets.

Sélectionner sur CVPN permet de stabiliser le poids des porcelets mais au prix d’un progrès génétique plus faible sur la prolificité.

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2014

A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 57 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 57

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 55 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 55

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 60 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 60

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 53 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 53

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 58 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 58

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 56 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 56

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 65 : Large White (Lignée mâle) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 65

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 54 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 54

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 59 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des femelles

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FICHE N° 59

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 29 : Large White lignée mâle profil des mâles castrés

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FICHE N° 29

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
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Profil nutritionnel Inraporc n° 11 : LARGE WHITE (lignée femelle collective) profil des mâles castrés

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FICHE N° 11

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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2013

Profil nutritionnel Inraporc n° 15 : Large White (lignée mâle) profil des femelles

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FICHE N° 15

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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Profil nutritionnel Inraporc n° 8 : LARGE WHITE (lignée femelle collective) profil des mâles castrés

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FICHE N° 8

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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Profil nutritionnel Inraporc n° 37 : (LWxLD) x P76 Profil des femelles

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FICHE N° 37

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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Profil nutritionnel Inraporc n° 52 : (LWxLD) x (LWxPP) Profil des mâles castrés

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FICHE N° 52

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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Profil nutritionnel Inraporc n° 35 : (LWxLD) x PP Profil des femelles

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FICHE N° 35

Fiches « Profils nutritionnels » selon la population génétique.
Le logiciel InraPorc estime les besoins nutritionnels des porcs à partir de la connaissance de leur évolution du poids en fonction de l’âge et de la consommation d’aliment.
Dans le contexte français de production porcine, il existe un grand nombre de croisements génétiques utilisés en élevage.
Cette multiplicité des types de croisement est associée à des profils de croissance et de consommation eux aussi très divers. L’IFIP a mis en place dans la station de Romillé, un programme de caractérisation des profils de porcs obtenus à partir de truies LWxLD et de différents types de verrats. Ce travail inclut l’analyse des données acquises dans les stations de testage du Rheu et Mauron à partir d’animaux de race pure.
Une fois ces profils caractérisés, le logiciel InraPorc est utilisé pour déterminer les besoins moyens de ces différentes populations. Les résultats moyens obtenus pour chaque population de porcs sont diffusés sous forme de fiches.

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