La base documentaire de l'IFIP

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Optiviande - Prédiction de la qualité technologique de la viande de poulet : apport de nouvelles approches de phénotypage et des analyses biologiques et génomiques à haut-débit

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M. Bourin et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2019, volume 71, février, p. 323-337

Même si la viande est de plus en plus consommée sous forme élaborée, les consommateurs sont sensibles à la naturalité des produits. Cette tendance est largement prise en compte par les industriels de l’agroalimentaire qui cherchent à limiter l’ajout d’additifs (exhausteurs de goût ou agents texturants) ou de conservateurs (en particulier le sel). Ceci montre l’importance de maîtriser dès l’amont la qualité de la matière première destinée aux produits élaborés. Cette problématique touche particulièrement la viande de poulet, majoritairement consommée sous forme découpée ou transformée mais dont la qualité technologique est très variable. L’objectif du projet CASDAR OPTIVIANDE était de développer de nouveaux outils de phénotypage ainsi que des marqueurs biologiques ou génétiques pouvant être utilisés à des fins de sélection ou d’évaluation de l’impact des facteurs d’élevage. Les approches mises en œuvre concernaient l’utilisation de la spectrométrie dans le proche infrarouge (SPIR) ainsi que des analyses biologiques et génomiques à haut-débit. L’étude s’est appuyée sur un modèle animal original constitué de deux lignées de poulet sélectionnées de manière divergente sur le pH ultime du filet et dont les caractéristiques technologiques et sensorielles de la viande sont très différentes. La spectrométrie dans le proche infrarouge est rapide à mettre en œuvre et permet de prédire plusieurs critères de qualité technologique tel que le pH ultime, les pertes d’eau lors du stockage et la dureté après cuisson. Les analyses transcriptomique et métabolomique ont permis le développement de premiers modèles de prédiction basés sur un nombre restreint de métabolites (sanguins et musculaires) ou de transcrits musculaires. Au niveau génétique, les analyses ont permis d’identifier les principales régions contrôlant le pH ultime du filet et révéler plusieurs gènes d’intérêt. En conclusion, le projet a conduit à des avancées significatives pour la compréhension des mécanismes génétiques et physiologiques impliqués dans la mise en place des défauts de qualité chez le poulet. Il ouvre des perspectives d’application grâce au développement d’outils de prédiction et d’aide à la sélection dont la généricité devra être validée sur d’autres populations et en conditions de production. 

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6606/48428/file/Vol71-22-Bourin%20et%20al.pdf

ENG 

Predicting the technological quality of chicken meat : new approaches of phenotyping and high-throughput biological and genomic analyzes 

Even though meat is increasingly consumed in elaborated form, consumers are sensitive to naturality of the products. This trend is largely taken into account by agribusiness company seeking to reduce additives (flavor enhancers or texturizing agents) or preservatives (in particular salt). This shows the importance of upstream control of quality of the raw material for elaborated products. This issue particularly affects chicken meat, mostly consumed in cut or processed but whose technological quality is highly variable. The objective of the CASDAR OPTIVIANDE project was to develop new phenotyping tools and biological or genetic markers that could be used for selection or evaluation of the impact of breeding factors. The approaches implemented concerned the use of near-infrared spectrometry (NIRS) as well as high-throughput biological and genomic analyzes. The study was based on an original animal model composed of two chicken lines selected in a divergent manner on the ultimate pH of the filet and whose technological and sensory characteristics of meat were very different. Near-infrared spectrometry is fast to implement and makes it possible to predict several technological quality criteria such as ultimate pH, water loss during storage and hardness after cooking. Transcriptomic and metabolomics analyzes made it possible to develop first prediction models based on a limited number of metabolites (blood and muscle) or muscle transcripts. At the genetic level, analyzes made possible to identify the main regions controlling the ultimate pH of the filet and revealed several genes of interest. In conclusion, the project led to significant advances in understanding the genetic and physiological mechanisms involved in the establishment of quality defects in chicken. It opens perspectives of application thanks to the development of prediction tools for selection whose genericity will have to be validated on other populations and in conditions of production. 

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6606/48428/file/Vol71-22-Bourin%20et%20al.pdf

2019

Genomics to estimate additive and dominance genetic variances in purebred and crossbred pig traits

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L. Tusell et al. 68th Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Tallinn, Estonie, 28 août-01 septembre 2017, poster

ABSTRACT

This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain x Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behavior, boar taint and puberty groups of traits. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models including additive and dominance genotypic effects and a genomic inbreeding covariate allowed us to retrieve the additive and dominance SNP variances for purebred and crossbred performances. These estimated variances were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Estimates of additive genetic variances across traits were consistent with previous results without dominance indicating that additive and dominance genetic effects were non-confounded. Some traits showed relevant amount of dominance genetic variance in both populations (i.e. growth rate 8%, feed conversion ratio 9-12%, backfat thickness 14-12%, lean meat 10-8%, carcass lesions 9%, in purebreds and crossbreds, respectively) or increased amount in crossbreds (i.e. ham cut 8-13%, loin 7-16%, pH semimembranosus 13-18%, pH longissimus dorsi 9-14%, dressing yield 5-15%, androstenone 5-13% and estradiol 6-11%). Results suggest that accounting for dominance in the models of these traits could lead to an increased GEBV accuracy and that using crossbred information can be beneficial to evaluate purebred candidates to selection for crossbred performance. Further research will compare additive and dominance marker effects between crossbred and purebred performances. 

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2017

Estimación de la varianza aditiva y dominante en caracteres de cerdo medidos en población pura y cruzada usando G-GIBBS

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L. Tusell et al., XVII Jornadas sobre producción animal, AIDA-ITEA, Zaragoza, Espagne, 30-31 mai 2017, p. 450-452

La expresión fenotípica de ciertos caracteres de interés en producción puede estar influenciada por efectos genéticos no aditivos tales como la dominancia, responsable, en parte, de la heterosis existente dentro de línea y en cruzamiento. Incluir la dominancia en las evaluaciones genómicas de estos caracteres podría conllevar a un aumento en la precisión de la estima de los valores de cría a la vez que dar una idea del interés en utilizar informaciones de individuos cruzados para evaluar las líneas puras por su aptitud al cruzamiento. Este estudio tiene por objetivo estimar las contribuciones genéticas aditivas y de dominancia a la varianza fenotípica total de diversos caracteres de crecimiento y eficiencia alimentaria, composición de la canal, calidad de carne, comportamiento e indicadores de olor y madurez sexual medidos en cerdo de raza pura y en cruce.

ENG

Genomic estimation of dominance genetic variance in purebred and  crossbred pig performances

This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain x Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behavior, boar taint and puberty groups of traits. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models including additive and dominance genotypic effects allowed us to retrieve the additive and dominance SNP variances. These ones were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Some traits showed relevant amount of dominance genetic  variance in both populations (i.e. backfat thickness, pH) or increased amount in crossbreds (i.e. ham cut, loin and dressing yield) suggesting that accounting for dominance in the models of these traits could lead to an increased GEBV accuracy and that using crossbred information can be beneficial to evaluate purebred candidates to selection for crossbred performance.

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2017

Grâce aux outils connectés, vers un phénotypage fin des porcelets en élevage de sélection

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Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45

Ce n’est un secret pour personne, le poids des animaux est une donnée essentielle pour un éleveur de porc. Pourtant, en maternité, cette mesure à l’échelle de l’animal reste difficile à obtenir en routine. Les organismes de sélection porcine français, l’Ifip et Asserva ont donc développé un automate de pesée individuelle des porcelets sous la mère. En attendant de voir les opportunités qu’offre cette nouvelle technique, voici un aperçu de ses fonctionnalités.

PDF icon Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45
2017

La sélection collective inaugure sa station de phénotypage

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France Génétique Porc, consortium regroupant les organismes de sélection porcine (OSP) ADN, GENE+, NUCLEUS et l’IFIP, et l’INRA ont inauguré la station porcine de phénotypage située au Rheu. La volonté collective des opérateurs économiques et des instituts de recherche dote la filière porcine française d’un outil performant pour répondre aux enjeux de la sélection génomique.

PDF icon le plan de la station porcine de phénotypage du rheu -Inra/ifip, PDF icon dossier de vite de la station porcine de phénotypage du Rheu (ifip/inra)
2015