La base documentaire de l'IFIP

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Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

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Raphaël Boré et al., Canadian Journal of Animal Science, volume 98, n° 4, décembre, p. 809-817

Combiner des populations de référence provenant de différents pays ou de différentes races peut être un moyen abordable d’agrandissement de la taille de la population de référence pour les prédictions génomiques. Par conséquent, les principaux objectifs de cette étude sont d’évaluer la diversité génomique entre et au sein des deux races porcines françaises et canadiennes (Landrace et Yorkshire) ainsi que l’apparentement des populations afin d’évaluer la faisabilité de combiner les populations de référence des deux pays en une population de référence commune pour la sélection génomique porcine. Un total de 14,756 animaux ont été génotypés sur deux puces à ADN commerciales (~ 65K SNPs). L’analyse en composantes principales discrimine clairement les deux races Landrace et Yorkshire, et dans une moindre mesure les populations de chacun des deux pays. Le déséquilibre de liaison (LD) entre les SNPs adjacents est similaire dans les populations Yorkshire. En revanche, les niveaux de LD sont légèrement différents pour les populations Landrace. La persistance de phase gamétique entre les populations Yorkshire est très élevée (0.96 à une distance de 0.05 Mb) et élevée entre les populations Landrace (0.88 à une distance de 0.05 Mb). Ces persistances de phase gamétique élevées suggèrent que les lignées maternelles canadiennes et françaises sont génétiquement proches les unes des autres. Ces résultats sont prometteurs et indiquent que la précision des valeurs génomiques estimées pourrait augmenter avec une population de référence commune entre le Canada et la France.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

Combining reference populations from different countries and breeds could be an affordable way to enlarge the size of the reference populations for genomic prediction of breeding values. Therefore, the main objectives of this study were to assess the genetic diversity within and between two Canadian and French pig breeds (Landrace and Yorkshire) and the genomic relatedness among populations in order to evaluate the feasibility of an across-country reference population for pig genomic selection. A total of 14,756 pigs were genotyped on two SNP chip panels (~65K SNPs). A principal component analysis clearly discriminated Landrace and Yorkshire breeds, and also, but to a lesser extent, the Canadian and French purebred pigs of each breed. Linkage disequilibrium (LD) between adjacent SNPs was similar within Yorkshire populations. However, levels of LD were slightly different for Landrace populations. The consistency of gametic phase was very high between Yorkshire populations (0.96 at 0.05 Mb) and high for Landrace (0.88 at 0.05 Mb). Based on consistency of gametic phase, Canadian and French pig maternal lines are genetically close to each other.
These results are promising, as they indicate that the accuracy of estimated genomic breeding values may increase by combining reference populations from the two countries.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

2018

Collecter et consulter les données de l’élevage par la voix

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Alexia Aubry, Réussir Porc-Tech Porc, 2018, n° 261, septembre, p. 62-63

Un nouveau dispositif de collecte et de consultation des données de gestion technique des troupeaux de truies (GTTT), qui associe reconnaissance vocale et identification automatique, est en test à l’Ifip.

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2018

Smartpharm automatise les des traitements sanitaires

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Michel Marcon, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 258, mai, p. 20-21

L’Ifip développe avec Asserva une application pour identifier les médicaments par la lecture de QR code ou de code-barre et affecter ensuite un traitement adapté à la salle, la case ou l’animal porteur d’une puce RFID.

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2018

Building and evaluation of SNPs panels for parentage tests issue in swine

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G Even et al., World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Auckland, Nouvelle Zélande, 11-16 février 2018, posters

Three SNPs panels have been defined for parentage testing in swine containing 100, 200 and 329 SNPs, respectively. Markers have been chosen from the Illumina 60K version 2 chip based on Minor Allele Frequencies (MAF) estimated on twelve breeds used in France. A validation test has been performed confronting products genotypes with those of their right parents or those of animals related or unrelated to their right parents.

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2018

Estimación de la varianza aditiva y dominante en caracteres de cerdo medidos en población pura y cruzada usando G-GIBBS

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L. Tusell et al., XVII Jornadas sobre producción animal, AIDA-ITEA, Zaragoza, Espagne, 30-31 mai 2017, p. 450-452

La expresión fenotípica de ciertos caracteres de interés en producción puede estar influenciada por efectos genéticos no aditivos tales como la dominancia, responsable, en parte, de la heterosis existente dentro de línea y en cruzamiento. Incluir la dominancia en las evaluaciones genómicas de estos caracteres podría conllevar a un aumento en la precisión de la estima de los valores de cría a la vez que dar una idea del interés en utilizar informaciones de individuos cruzados para evaluar las líneas puras por su aptitud al cruzamiento. Este estudio tiene por objetivo estimar las contribuciones genéticas aditivas y de dominancia a la varianza fenotípica total de diversos caracteres de crecimiento y eficiencia alimentaria, composición de la canal, calidad de carne, comportamiento e indicadores de olor y madurez sexual medidos en cerdo de raza pura y en cruce.

ENG

Genomic estimation of dominance genetic variance in purebred and  crossbred pig performances

This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain x Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behavior, boar taint and puberty groups of traits. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models including additive and dominance genotypic effects allowed us to retrieve the additive and dominance SNP variances. These ones were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Some traits showed relevant amount of dominance genetic  variance in both populations (i.e. backfat thickness, pH) or increased amount in crossbreds (i.e. ham cut, loin and dressing yield) suggesting that accounting for dominance in the models of these traits could lead to an increased GEBV accuracy and that using crossbred information can be beneficial to evaluate purebred candidates to selection for crossbred performance.

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2017

Pedigree and genomic evaluation of pigs using a terminal-cross model

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In crossbreeding schemes, within-line selection of purebreds is performed mainly to improve the performance of crossbred descendants under field conditions. The genetic correlation between purebred and crossbred performance is an important parameter to be assessed because purebred performance can be a poor predictor of the performance of crossbred offspring. With the availability of high-density markers, the feasibility of using crossbred information to evaluate purebred candidates can be reassessed. This study implements and applies a single-step terminal-cross model (GEN) to real data to estimate the genetic parameters of several production and quality traits in pigs.

2016

Développement de la sélection génomique

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Fiche n° 059 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génomique fait l’objet d’un intérêt croissant dans les schémas de sélection porcins.
Malgré un surcoût important par rapport au schéma conventionnel, elle permet de réaliser un choix plus précis des reproducteurs à un âge relativement précoce. Plusieurs actions ont été engagées en 2015 en vue de définir le coût d’opportunité de la sélection génomique pour une utilisation en routine dans les lignées collectives.

PDF icon fiche_bilan2015_059.pdf
2016

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

PDF icon jrp2015-genetique-bouquet.pdf
2015

A genome-wide association study points out the causal implication of SOX9 in the sex-reversal phenotype in XX pigs

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Among farm animals, pigs are known to show XX sex-reversal. In such cases the individuals are genetically female but exhibit a hermaphroditism, or a male phenotype. While the frequency of this congenital disease is quite low (less than 1%), the economic losses are significant for pig breeders. These losses result from sterility, urogenital infections and the carcasses being downgraded because of the risk of boar taint. It has been clearly demonstrated that the SRY gene is not involved in most cases of sex-reversal in pigs, and that autosomal recessive mutations remain to be discovered. A whole-genome scan analysis was performed in the French Large-White population to identify candidate genes: 38 families comprising the two non-affected parents and 1 to 11 sex-reversed full-sib piglets were genotyped with the PorcineSNP60 BeadChip. A Transmission Disequilibrium Test revealed a highly significant candidate region on SSC12 (most significant p-value<4.65.10-10) containing the SOX9 gene. SOX9, one of the master genes involved in testis differentiation, was sequenced together with one of its main regulatory region Tesco.
However, no causal mutations could be identified in either of the two sequenced regions. Further haplotype analyses did not identify a shared homozygous segment between the affected pigs, suggesting either a lack of power due to the SNP properties of the chip, or a second causative locus. Together with information from humans and mice, this study in pigs adds to the field of knowledge, which will lead to characterization of novel molecular mechanisms regulating sexual differentiation and dysregulation in cases of sex reversal. 

2013

Détection de QTL avec la puce PorcineSNP60 pour les indicateurs de la qualité technologique de la viande dans une population Large White

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De nombreux locus à effets quantitatifs (QTL) ont été détectés à l’aide de marqueurs microsatellites chez le porc

PDF icon Détection de QTL avec la puce PorcineSNP60 pour les indicateurs de la qualité technologique de la viande dans une population Large White
2012

Fine mapping of production and meat quality QTL in Large White pigs using the PorcineSNP60 Beadchip

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About 500 Large White pigs (106 sire families) were genotyped using the PorcineSNP60 Beadchip and controlled for feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64,432 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) of the chip, 44,412 passed the quality control and were thus used for genome-wide association analyses (GWAS) with the FASTA method (individual effects of SNP and polygenic effect are estimated jointly). A total of 45 regions with significant effects (P<10-4) have been identified for SNP distributed on all chromosomes (SSC) except on SSC5 and SSC12.

PDF icon Fine mapping of production and meat quality QTL in Large White pigs using the PorcineSNP60 Beadchip
2012

Cartographie fine de régions QTL à l'aide de la puce Porcine SNP60 pour l'ingestion, la croissance, la composition de la carcasse et la qualité de la viande en race Large White

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Près de 500 porcs Large White (106 familles de pères) ont été génotypés pour la puce PorcineSNP60 et contrôlés pour 21 caractères d’ingestion, de croissance, de composition de carcasse et de qualité de la viande. Sur les 64432 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) de la puce, 44412 ont passé le contrôle qualité et ont donc été utilisés pour des analyses d’association avec la méthode FASTA (estimation conjointe des effets individuels des SNP et de l’effet polygénique).

PDF icon g2jrp44.pdf
2012