La base documentaire de l'IFIP

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A genome-wide association study of production traits in a commercial population of Large White pigs: evidence of haplotypes affecting meat quality

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Background
Numerous quantitative trait loci (QTL) have been detected in pigs over the past 20?years using microsatellite markers. However, due to the low density of these markers, the accuracy of QTL location has generally been poor. Since 2009, the dense genome coverage provided by the Illumina PorcineSNP60 BeadChip has made it possible to more accurately map QTL using genome-wide association studies (GWAS). Our objective was to perform high-density GWAS in order to identify genomic regions and corresponding haplotypes associated with production traits in a French Large White population of pigs.

Methods
Animals (385 Large White pigs from 106 sires) were genotyped using the PorcineSNP60 BeadChip and evaluated for 19 traits related to feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64 432 SNPs on the chip, 44 412 were used for GWAS with an animal mixed model that included a regression coefficient for the tested SNPs and a genomic kinship matrix. SNP haplotype effects in QTL regions were then tested for association with phenotypes following phase reconstruction based on the Sscrofa10.2 pig genome assembly.

Results
Twenty-three QTL regions were identified on autosomes and their effects ranged from 0.25 to 0.75 phenotypic standard deviation units for feed intake and feed efficiency (four QTL), carcass (12 QTL) and meat quality traits (seven QTL). The 10 most significant QTL regions had effects on carcass (chromosomes 7, 10, 16, 17 and 18) and meat quality traits (two regions on chromosome 1 and one region on chromosomes 8, 9 and 13). Thirteen of the 23 QTL regions had not been previously described. A haplotype block of 183?kb on chromosome 1 (six SNPs) was identified and displayed three distinct haplotypes with significant (0.0001?<?P?<?0.03) associations with all evaluated meat quality traits.

Conclusions
GWAS analyses with the PorcineSNP60 BeadChip enabled the detection of 23 QTL regions that affect feed consumption, carcass and meat quality traits in a LW population, of which 13 were novel QTL. The proportionally larger number of QTL found for meat quality traits suggests a specific opportunity for improving these traits in the pig by genomic selection.

2014

Mise en évidence de régions QTL sélectionnées dans une lignée synthétique sino-européenne

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Afin d'améliorer les qualités maternelles des truies, des lignées composites sino-européennes ont été développées en France par différentes organisations de sélection porcine (OSP) afin de tirer parti des bonnes performances des truies Meishan (MS) pour les caractéristiques de reproduction (prolificité, aptitudes maternelles) (Bidanel et al., 1991).

Néanmoins, les faibles performances de production de la race MS nécessitent la mise en place de stratégies de sélection afin d'aboutir à une combinaison des avantages respectifs des différentes races utilisées.

Poster.

L'OSP ADN a ainsi développé à partir de 2001 une lignée composite 1/4 MS, la Duochan, obtenue par croisement de truies Large White (LW) et de verrats F1 (Landrace (LF) x MS) issus de 28 truies MS.

Si, dans un premier temps, la Duochan a été sélectionnée sur la base d’un indice sur performances, l'objectif d'ADN est à terme de pouvoir mettre en place une sélection assistée par marqueurs (SAM).

L'objectif de l'étude présentée ici est d'identifier les régions du génome influençant les caractères de production et de reproduction pris en compte dans l'indice de sélection afin de définir à terme un jeu de marqueurs moléculaires permettant la sélection de ces QTL.

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2013

Détection de QTL avec la puce PorcineSNP60 pour les indicateurs de la qualité technologique de la viande dans une population Large White

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De nombreux locus à effets quantitatifs (QTL) ont été détectés à l’aide de marqueurs microsatellites chez le porc

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2012

Fine mapping of production and meat quality QTL in Large White pigs using the PorcineSNP60 Beadchip

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About 500 Large White pigs (106 sire families) were genotyped using the PorcineSNP60 Beadchip and controlled for feed intake, growth, carcass composition and meat quality. Of the 64,432 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) of the chip, 44,412 passed the quality control and were thus used for genome-wide association analyses (GWAS) with the FASTA method (individual effects of SNP and polygenic effect are estimated jointly). A total of 45 regions with significant effects (P<10-4) have been identified for SNP distributed on all chromosomes (SSC) except on SSC5 and SSC12.

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2012

Cartographie fine de régions QTL à l'aide de la puce Porcine SNP60 pour l'ingestion, la croissance, la composition de la carcasse et la qualité de la viande en race Large White

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Près de 500 porcs Large White (106 familles de pères) ont été génotypés pour la puce PorcineSNP60 et contrôlés pour 21 caractères d’ingestion, de croissance, de composition de carcasse et de qualité de la viande. Sur les 64432 marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) de la puce, 44412 ont passé le contrôle qualité et ont donc été utilisés pour des analyses d’association avec la méthode FASTA (estimation conjointe des effets individuels des SNP et de l’effet polygénique).

PDF icon g2jrp44.pdf
2012

DéLiSus : variabilité haplotypique et phénotypage haut-débit chez le porc

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Le projet DéLiSus est un projet intégré ayant pour but l'étude de la variabilité haplotypique du génome porcin à haute densité (puce SNP 60k). Les principales races francaises, et les races synthétiques dérivées détenues par les sélectionneurs de BIOPORC sont étudiées. Les animaux des races principales sont phénotypés au sein de la station de contrôle du Rheu. Outre les paramètres zootechniques détaillés et une analyse metabolomique du sérum, une mesure de paramètres de la réponse immune est réalisée sur certains animaux.
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2010

Effects of 6 QTL regions on growth carcass composition and meat quality traits in 65 pig sire families

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2010

BIOMARK : Une évaluation minutieuse de plusieurs QTL en ségrégation dans les lignées commerciales françaises en vue de leur cartographie fine et de la mise en place d'une sélection assistée par marqueur

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Des très nombreux QTL ont été détectés influençant pratiquement tous les caractères pour lesquels des QTL ont été recherchés (Bidanel et Rothschild, 2002). La plupart du temps, ces études ont été réalisées sur des animaux F2 issus du croisement entre animaux de races différentes voire très différentes afin de maximiser la probabilité d’identifier de tels QTL. Pour les QTL les plus importants, il convient ensuite de les cartographier précisément afin de chercher à identifier le gène responsable des effets observés, et de pouvoir sélectionner les animaux porteurs des allèles favorables.
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2009

Cartographie fine de QTL porcins : projet Biomark. BIOMARK : Une évaluation minutieuse de plusieurs QTL en ségrégation dans les lignées commerciales françaises en vue de leur cartographie fine et de la mise en place d'une sélection assistée par marqueur

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Des très nombreux QTL ont été détectés influençant pratiquement tous les caractères pour lesquels des QTL ont été recherchés (Bidanel et Rothschild, 2002). La plupart du temps, ces études ont été réalisées sur des animaux F2 issus du croisement entre animaux de races différentes voire très différentes afin de maximiser la probabilité d’identifier de tels QTL. Pour les QTL les plus importants, il convient ensuite de les cartographier précisément afin de chercher à identifier le gène responsable des effets observés, et de pouvoir sélectionner les animaux porteurs des allèles favorables.
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2008

Effects of six QTL regions on growth, carcass composition and meat quality traits in French commercial pig populations: first results of the BIOMARK project.<br /><br /><br /><br /><br />Estimation des effets de six QTL affectant les caractères de production dans des populations porcines commerciales : premiers résultats du projet BIOMARK.

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Poster. The effects of six QTL regions located on pig chromosomes 1 (two regions), 2, 4, 6 and 7 on 30 growth, carcass composition and meat quality traits were investigated in a set of 16 large (50 to 150 offspring) sire families issued from different French commercial populations. Sires and their progeny were genotyped for 2 or 3 microsatellite markers per QTL region (16 markers in total).
PDF icon Effects of six QTL regions on growth, carcass composition and meat quality traits in French commercial pig populations: first results of the BIOMARK project.<br /><br /><br /><br /><br />Estimation des effets de six QTL affectant les caractères de production dans des populations porcines commerciales : premiers résultats du projet BIOMARK.
2008

Estimation des effets de six QTL affectant les caractères de production dans des populations porcines commerciales françaises : premiers résultats du projet BIOMARK

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Poster. The effects of six QTL regions located on pig chromosomes 1 (two regions), 2, 4, 6 and 7 on 30 growth, carcass composition and meat quality traits were investigated in a set of 16 large (50 to 150 offspring) sire families issued from different French commercial populations. Sires and their progeny were genotyped for 2 or 3 microsatellite markers per QTL region (16 markers in total).
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2008

Recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction dans les populations porcines Large White et Landrace Français à l'aide d'un dispositif grand-parental

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Une recherche de QTL pour des caractères de production et de reproduction a été réalisée sur l’ensemble du génome dans les populations porcines collectives Large White et Landrace Français. Cette étude s’appuyait sur un dispositif grand parental incluant 239 individus génotypés (166 mâles et 73 femelles), répartis dans 8 familles de demi-frères et demi-soeurs de père (5 familles Large White et 3 familles Landrace Français) identifiées grâce à la base de données
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2007

Diversité génétique des populations porcines françaises dans les régions chromosomiques soumises à la sélection : projet DIVQTL

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Le projet DIVQTL avait pour but d'analyser la diversité génétique de la quasi-totalité des populations porcines françaises présente au sein de 8 régions du génome contenant des QTL ou des gènes majeurs. Une première phase a été réalisée sur 1 000 animaux avec 10 marqueurs microsatellites, suivie d'une deuxième phase où une sélection de 300 individus représentatifs des différentes races a été analysée sur 27 microsatellites complémentaires ainsi qu'un premier jeu de 29 SNP.
2006