La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Evaluation de l’efficacité de thermomètres pour la mesure de la température de surface des carcasses

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Alain Le Roux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 51

C’est en se basant sur les avis de l’EFSA (European Food Safety Autority) et de l’ANSES (Agence Nationale de Sécurité Sanitaire) que le Règlement (UE) 2017/1981 a été publié le 31 octobre 2017 (JOCE du 1er novembre 2017). Ce règlement modifie l’annexe III du règlement (CE) n°853/2004 concernant les conditions de température pendant le transport de la viande, en introduisant un nouveau critère basé sur la température de surface des carcasses. Désormais, pour transporter les carcasses, les industriels peuvent, par dérogation, déroger au critère des 7°C maximum en tout point.
Le but de l’étude demandée par les industriels de la viande est de caractériser la mesure de température de surface des carcasses de viande en comparant les technologies existantes.
Dans ce but, des tests sur des matrices des espèces bovine et porcine, sur plusieurs carcasses et à différentes températures, ont été réalisés. Nous avons effectué ces tests avec 3 types de thermomètres : de contacts, infrarouges et de pénétration.
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2019

Services aux entreprises à partir de la base de données des autocontrôles réalisés en abattage-découpe

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Alain Le Roux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 52

En 2017, l’IFIP a développé dans le site internet PDC un module qui permet aux entreprises d’abattage-découpe de porcs de saisir les résultats de leurs contrôles concernant les contaminants chimiques (métaux lourds, radionucléides, les résidus médicamenteux), les contaminants microbiologiques et les dangers physiques (corps étrangers).
En 2018, l’interface de PDC a été ouverte aux ruminants.
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2019

Nouvelle version du Guide de Bonnes Pratiques d'Hygiène pour l'abattage et la découpe de porc

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Arnaud Bozec, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 50

L’IFIP en partenariat avec les organisations professionnelles d’abattage et de découpe, ont révisé le GBPH abattage découpe de porcs de manière à ce que les professionnels du secteur disposent d’un guide validé par l’Administration française.

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2019

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44

Les actions de la filière porcine française pour maîtriser le risque de salmonelle sont nombreuses et réparties sur chaque maillon de notre filière. Il n’est pas simple de connaître l’ensemble de ces mesures et d’avoir une idée de la cohérence du dispositif quand on se trouve au sein d’un maillon.
L’Ifip qui bénéficie d’une vue d’ensemble a décrit dans ce programme l’ensemble du dispositif de maîtrise, afin de souligner sa cohérence et sa pertinence. La DGAL et l’ANSES ont également participé à ce travail descriptif.
Outre le partage de la connaissance du dispositif salmonelle français pour tous les opérateurs de la filière, ce travail a également vocation à aider les entreprises exportatrices à expliquer aux services sanitaires étrangers l’architecture et la performance du dispositif français.
Ainsi la description est technique mais aussi pédagogique pour les techniciens comme les commerciaux oeuvrant sur les marchés exports de viandes et de charcuteries.

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2019

Évaluation d’une méthode de quantification des bactéries viables de Listeria après désinfection

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Bastien Frémaux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 47

Le nettoyage et la désinfection (N&D) des installations en agroalimentaire est une procédure fondamentale pour garantir la qualité et la sécurité sanitaire des aliments. La validation de l’efficacité des opérations de N&D repose le plus souvent sur un contrôle visuel de l’état de propreté des surfaces et sur la mise en oeuvre d’analyses microbiologiques classiques basées sur des méthodes culturales.
Il est aujourd’hui connu que certains stress, tels que l’exposition aux désinfectants, peuvent conduire à l’apparition de bactéries viables non cultivables (VNC), non détectées dans les procédures de contrôle actuelles. Leur présence non contrôlée sur les surfaces d’ateliers peut être problématique en cas de transfert à l’aliment en contact, où elles pourront se revivifier et se multiplier.
Ce programme visait (1) au développement et à la mise en oeuvre au laboratoire d’une méthode de PMA-PCRq pour la quantification des formes viables de L. monocytogenes, (2) à évaluer la PMAPCRq pour la quantification des formes viables (dont les non cultivables) de L.
monocytogenes
adhérentes en biofilm sur deux types de surface (acier inoxydable et PET) suite à l’exposition à 3 produits désinfectants largement employés dans l’industrie charcutière et plus généralement dans l’agroalimentaire : un alcalin chloré, une formulation à base d’ammonium quaternaire et de glutaraldéhyde et une formulation à base d’acide peracétique.
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2019

Evaluation d’un outil moléculaire pour valider les mesures de maîtrise des salmonelles dans la filière

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Sabine Jeuge, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 45

En 2017, Salmonella spp. a été responsable de 30 % des toxi-infections alimentaires collectives selon Santé Publique France.
Peu de données quantitatives sont disponibles aux différents maillons de la filière porcine. La méthode de référence (ISO/TS 6579-2:2012) pour le dénombrement de Salmonella spp. présente l’inconvénient d’être chronophage avec un délai de 5 jours avant obtention du résultats de dénombrement. Les méthodes alternatives sur milieux chromogènes sont utilisables sur certaines matrices pauvres en flore annexe et ne permettent pas une récupération optimale des bactéries présentes mais stressées. Or, le long de la chaîne de l’élevage à la transformation de produit en passant par l’abattage, les bactéries subissent des nombreux stress entrainant des changements physiologiques, et un passage à l’état de bactéries viables mais non cultivables (VNC).
L’objectif de ce projet est, dans un premier temps, la mise au point d’une méthode de dénombrement des salmonelles pour les échantillons d’élevage (fèces) et les carcasses de porc basée sur une PCR TaqMan (qPCR) et avec un traitement par un marqueur de viabilité, le propidium monoazide (PMA) afin d’éliminer l’amplification d’ADN des bactéries mortes des matrices

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2019

Diversité génétique des souches de Listeria isolées dans la filière porcine en France

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Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 46

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie responsable d’une zoonose rare mais grave appelée listériose qui cause 300 à 400 infections par an en France et s’avère mortelle dans 20 à 30% des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. La gravité de l’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée.
La contamination des aliments peut survenir à partir de matières premières animales ou végétales mais plus particulièrement à partir de l’environnement des sites de production dans lequel les souches de Lm sont capables de survivre, de persister et de s’implanter. La technique MLST (Multi Locus Sequence Typing) est devenue la méthode standardisée au niveau international pour analyser la structure génétique des populations de Lm. Fondée sur le polymorphisme de séquence de 7 gènes de ménage, cette méthode permet l’attribution d’un «complexe clonal» (CC) à une souche. En France, les CC1, CC2, CC4, CC6 sont décrits comme hyper virulents et fréquemment isolés de cas cliniques.
Les CC9 et CC121 sont quant à eux isolés plus fréquemment d’aliments que de cas cliniques. Les CC9 et CC121 sont prévalents dans tous les compartiments de production alimentaire.
Entre 2015 et 2017, l’Ifip en partenariat avec l’Anses de Maisons-Alfort ont mené une étude qui visait à obtenir une meilleure connaissance de la diversité des souches de Listeria monocytogenes (Lm) afin de mieux caractériser la manière dont elle circule dans la filière porcine.
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2019

Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

https://mra.asm.org/content/ga/7/12/e01027-18.full-text.pdf

2018

Plus de flexibilité pour les transformateurs à la ferme

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Arnaud Bozec, Réussir Porc  - Tech Porc (FRA), 2018, n°263, novembre, p.14

La réglementation sanitaire pour les ateliers de transformation à la ferme va évoluer fin 2018...

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2018

Population genetic structure of Listeria monocytogenes strains isolated from the pig and pork meat production chain in France

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Benjamin Félix (Anses) et al., Food Micro, 3-6 septembre 2018, Berlin, Allemagne

Listeria monocytogenes is an ubiquitous pathogenic bacterium, transmissible to humans through the consumption of contaminated food. The pork production sector has been hit hard by a series of L. monocytogenes-related food poisoning outbreaks in France. An overview of the diversity of strains circulating at all levels of the pork production chain, from pig farming to finished food products, is needed to identify the contamination routes and improve food safety. Until now, no typing data has been available on strains isolated across the entire pig and pork production chain. 
Here, we analyzed the population genetic structure of 687 L. monocytogenes strains isolated over the last 20 years in virtually all the French départements from three compartments of this production sector: pig farming (PF), the food processing environment (FPE) and finished food products (FFP). The genetic structure was described based on MLST clonal complexes (CCs). The CCs were obtained by mapping the PFGE profiles of the strains. The distribution of CCs was compared firstly between the three compartments and then with CCs obtained from 1106 strains isolated from other food production sectors in France. 
The predominant CCs of pig and pork strains were not equally distributed among the three compartments: the CC37, CC59 and CC77 strains, rarely found in FPE and FFP, were prevalent in PF. The two most prevalent CCs in the FPE and FFP compartments, CC9 and CC121, were rarely or never detected in PF. No CC was exclusively associated with the pork sector. Three CCs (CC5, CC6, CC2) were considered ubiquitous, because they were observed in comparable proportions in all food production sectors. The two most prevalent CCs in all sectors were CC9 and CC121, but their distribution was disparate. CC9 was associated with meat products and food products combining several food categories, whereas CC121 was not associated with any given sector. Based on these results, CC121 is likely able to colonize a larger diversity of food products than CC9. Both CCs being associated with the food production suggests, that certain processing steps, such as slaughtering or stabilization treatments, favor their settlement and the recontamination of the food produced.

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2018

Ecology of Salmonella and antimicrobial resistance in a pig slaughterhouse

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Arnaud Bridier et al., Food Micro, 3-6 septembre 2018, Berlin, Allemagne et I3S, 24-26 septembre 2018, Saint-Malo, France

Salmonella is a bacterial pathogen responsible for a large number of food associated infections. In order to guarantee food safety, a better understanding of Salmonella ecology and adaptation strategies on the food production chain constitutes a prerequisite. In a One Health perspective, data on Salmonella antibiotic resistance in food environments are also crucial to decipher transmission routes of resistant foodborne pathogens as well as resistance genetic determinants involved, and the role of process and selection pressures underwent in food industries (as cleaning and disinfection) in bacterial adaptation and antimicrobial resistance emergence.
Using a pig slaughterhouse as a model food environment, occurrence of Salmonella was investigated at six different areas along the slaughter chain and through 4 sampling campaign, each time before and after cleaning and disinfection procedures (a total of 48 surface samples). Characterization of isolated Salmonella strains using serotyping and pulsotyping enabled to identify and trace persistent strains in the slaughterhouse. Minimal inhibiting concentrations (MIC) were also determined for various relevant antibiotics and for biocides used in the slaughterhouse. In addition, associated indigenous bacterial communities were characterized using 16S rRNA amplicon sequencing. 
Results revealed the presence of Salmonella at all sampling area. Five serotypes were identified: S.4,5,12:i:- (50%), Rissen (16%), Typhimurium (16%), Infantis (10%) and Derby (8%). Strains were found at different dates and potentially at the same sampling area suggesting they persist in the slaughterhouse despite of the cleaning and disinfection procedures. Approximately 70% of isolated Salmonella strains exhibit resistance to ampicillin and sulfamethoxazole, 80% to tetracycline and 10% to chloramphenicol. There was no evolution of CMI comparing strains before and after cleaning and disinfection procedures concerning both biocides and antibiotics. Bacterial diversity analyses showed that populations in slaughterhouse were highly dominated by &a1;-proteobacteria and especially by the Moraxellaceae family (genus Psychrobacter, Moraxella, Enhydrobacter and Acinetobacter) at the different sampling areas. Population compositions were overall stable in time at a given sampling area suggesting that the surface populations are resident populations within the slaughterhouse, rather than populations introduced each week by the new swine bands. Cleaning and disinfection procedures tend to reduce bacterial diversity by eliminating the minority species but did not greatly impact the composition of bacterial communities with regards to the dominant species.
Together, such data participate to the construction of a comprehensive view of Salmonella ecology in food environments integrating associated resident microbial flora and the distribution of antimicrobial resistance in relation to processing conditions.

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2018

Population Genetic Structure of Listeria monocytogenes Strains Isolated From the Pig and Pork Production Chain in France

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Benjamin Félix (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, n° 9, 6 avril, 11 pages

Listeria monocytogenes is an ubiquitous pathogenic bacterium, transmissible to humans through the consumption of contaminated food. The pork production sector has been hit hard by a series of L. monocytogenes-related food poisoning outbreaks in France. An overview of the diversity of strains circulating at all levels of the pork production chain, from pig farming (PF) to finished food products (FFP), is needed to identify the contamination routes and improve food safety. Until now, no typing data has been available on strains isolated across the entire pig and pork production chain. Here, we analyzed the population genetic structure of 687 L. monocytogenes strains isolated over the last 20 years in virtually all the French départements from three compartments of this production sector: PF, the food processing environment (FPE), and FFP. The genetic structure was described based on Multilocus sequence typing (MLST) clonal complexes (CCs). The CCs were obtained by mapping the PFGE profiles of the strains. The distribution of CCs was compared firstly between the three compartments and then with CCs obtained from 1106 strains isolated from other food production sectors in France. The predominant CCs of pig and pork strains were not equally distributed among the three compartments: the CC37, CC59, and CC77 strains, rarely found in FPE and FFP, were prevalent in PF. The two most prevalent CCs in the FPE and FFP compartments, CC9 and CC121, were rarely or never detected in PF. No CC was exclusively associated with the pork sector. Three CCs (CC5, CC6, and CC2) were considered ubiquitous, because they were observed in comparable proportions in all food production sectors. The two most prevalent CCs in all sectors were CC9 and CC121, but their distribution was disparate. CC9 was associated with meat products and food products combining several food categories, whereas CC121 was not associated with any given sector. Based on these results, CC121 is likely able to colonize a larger diversity of food products than CC9. Both CCs being associated with the food production suggests, that certain processing steps, such as slaughtering or stabilization treatments, favor their settlement and the recontamination of the food produced. 

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.00684/pdf

2018

Selection procedure of bioprotective cultures for their combined use with High Pressure Processing to control spore-forming bacteria in cooked ham.

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Mihanta Ramaroson et al., International journal of food microbiology, 2018, voluime 276, 2 juillet, p. 28-38

High Pressure Processing (HPP) and biopreservation can contribute to food safety by inactivation of bacterial contaminants. However these treatments are inefficient against bacterial endospores. Moreover, HPP can induce spore germination. The objective of this study was to select lactic acid bacteria strains to be used as bioprotective cultures, to control vegetative cells of spore-forming bacteria in ham after application of HPP. A collection of 63 strains of various origins was screened for their antagonistic activity against spore-forming Bacillus and Clostridium species and their ability to resist to HPP. Some safety requirements should also be considered prior to their introduction into the food chain. Hence, the selection steps included the assessment of biogenic amine production and antibiotic resistance. No strain produced histamine above the threshold detection level of 50 ppm. From the assessment of antibiotic resistance against nine antibiotics, 14 susceptible strains were kept. Antagonistic action of the 14 strains was then assessed by the well diffusion method against pathogenic or spoilage spore-forming species as Bacillus cereusClostridium sp. like botulinum, Clostridium frigidicarnis, and Clostridium algidicarnis. One Lactobacillus curvatus strain and one Lactococcus lactis strain were ultimately selected for their widest inhibitory spectrum and their potential production of bacteriocin. A Lactobacillus plantarum strain was included as control. Their resistance to HPP and ability to regrow during chilled storage was then assessed in model ham liquid medium. Treatments of pressure intensities of 400, 500, and 600 MPa, and durations of 1, 3, 6, and 10 min were applied. After treatment, cultures were incubated at 8 °C during 30 days. Inactivation curves were then fitted by using a reparameterized Weibull model whereas growth curves were modelled with a logistic model. Although the two Lactobacillus strains were more resistant than L. lactis to HPP, the latter was the only strain able to regrow following HPP. The absence of biogenic amine production of this strain after growth on diced cube cooked ham was also shown. In conclusion this L. lactis strain could be selected as representing the best candidate for a promising preservative treatment combining biopreservation and HPP to control spore-forming bacteria in cooked ham.

 
2018

Prévalence des Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM) sur carcasses de porc en abattoirs

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Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83

En France en 2015, l’agent responsable de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) le plus fréquemment suspecté ou avéré était l’entérotoxine staphylococcique (33% des 1 390 foyers de TIAC) (InVS, 2015).
Staphylococcus aureus appartient au groupe des staphylocoques à coagulase positive (SCP), pathogènes pour l’Homme. S. aureus est un germe commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et de la plupart des animaux.
Staphylococcus aureus peut être considéré comme un agent zoonotique, cependant les souches isolées lors d’intoxinations ont très majoritairement une origine humaine (contamination de l’aliment par l’homme au cours du procédé ou lors de sa préparation avant consommation) (Anses, 2011). Le rôle pathogène de S. aureus est lié à la production d’entérotoxines (ES) staphylococciques. Vingt-six ES (SEA à SEY) ont été décrites et sont toutes hautement toxiques.
Il existe un Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), ce variant est pratiquement résistant à toutes les bétalactamines.
En France, les résultats des différentes enquêtes disponibles montrent que les porcs sont d’importants réservoirs de souches de SARM.
En 2014, une étude menée par l’Ifip a montré que dans un abattoir, sur 189 carcasses prélevées par chiffonnage d’une demi-carcasse (1 m²) avant entrée en découpe, réparties sur 10 journées d’abattage, les staphylocoques à coagulase positive (SCP) étaient dénombrés sur 43,4% [36,5 - 50,5] des carcasses, avec des nombres très faibles compris entre 0,01 et 2 UFC/cm2. Cependant, les souches isolées n’ont pas été caractérisées pour leur appartenance à l’espèce S. aureus ni leur capacité de production d’entérotoxines.
Les SARM étaient quant à eux isolés sur 87,3% [82 - 91,5] des carcasses. La très forte fréquence de SCP et de SARM observée sur carcasse dans cet abattoir nous a amené à nous interroger sur l’origine de cette contamination : liée à un portage cutané ou à des contaminations croisées localisées lors de la manipulation des têtes en sortie de réfrigération.
Ces résultats préliminaires nécessitaient d’être confirmés dans un plus grand nombre d’abattoirs.
Ainsi ce projet visait à déterminer le taux de prévalence de SCP et SARM sur carcasses en fin de chaîne d’abattage, avant réfrigération dans 4 abattoirs afin de consolider les résultats obtenus dans un seul abattoir.
Il visait également à caractériser les souches de SCP isolées pour : (1) leur appartenance à l’espèce S. aureus et (2) leur capacité de production d’entérotoxines, afin de confirmer le risque d’intoxination lié à la présence de Staphylococcus aureus d’origine porcine.

PDF icon Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83, fiche n° 45
2018

Validation de l’utilisation des éponges sur carcasses pour vérifi er le respect des critères d’hygiène des procédés et le pilotage de l’hygiène

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Alain Le Roux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 85

De nombreuses études ont été publiées ces dernières décennies sur la comparaison des méthodes destructives et non destructives pour l’analyse de la contamination microbiologique de surface des carcasses. Le Règlement Européen 2073/2005 impose aux opérateurs de respecter les critères d’hygiène des procédés, définis pour les carcasses de bovins (BV), d’ovins (OV) et de porcins (PC) en termes de log moyen quotidien (LMQ) de nombre de colonies aérobies (FAM) et d’entérobactéries (ENT), calculé sur 5 carcasses prélevées le même jour. Bien que ces limites réglementaires
s’appliquent uniquement aux carcasses prélevées par excision, d’autres méthodes de prélèvement peuvent être utilisées s’il est démontré, à la satisfaction de l’autorité compétente, qu’elles fournissent des garanties au moins équivalentes. En France, depuis 20 ans, la méthode de prélèvement par excision est la méthode de référence. Les entreprises des filières viandes s’interrogent sur l’utilisation de cette méthode non destructive pour réaliser également les dénombrements de FAM et ENT. Cette étude a ainsi été conçue pour pouvoir évaluer sur carcasses de bovins, ovins et porcins, l’impact de la méthode par éponge sur le calcul des critères d’hygiène des procédés réglementaires, comparativement à la méthode de référence par excision.

PDF icon Alain Le Roux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 85, fiche n° 47
2018

Impact de sel nitrité ou de bouillon de nitrate fermenté sur la croissance de germes dans le jambon cuit

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78

Le nitrite en tant qu’additif, contribue à la sécurité microbiologique, à la saveur, la couleur et à la stabilité antioxydative des produits à base de viande. Pour certaines charcuteries vulnérables sur le plan microbiologique comme le jambon cuit, son utilisation combinée à celle du sel (chlorure de sodium, NaCl) permet de garantir un niveau de sécurité suffisant, notamment vis-à-vis de C. botulinum. Deux procédés sont aujourd’hui employés pour incorporer du nitrite dans le jambon cuit. Il peut être introduit directement dans la saumure sous forme de sel nitrité (sel ordinaire + nitrite de sodium NaNO2, E250 ou de potassium KNO2, E249) ou généré en cours de procédé à partir de nitrate d’un bouillon de légumes fermenté par une flore technologique inoculée volontairement.
Cette étude visait à caractériser les fonctionnalités de conservation et sensorielle du nitrite d’origine fermentaire en comparaison au sel nitrité. Pour cela, différentes teneurs en nitrite et en NaCl ont été combinées, et leurs impacts étudiés vis-à-vis du devenir de germes d’intérêt (pathogène ou d’altération) durant la fabrication et la conservation du jambon cuit. Une analyse sensorielle des jambons issus des différentes formulations a en parallèle été réalisée par un panel d’experts IFIP.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78, fiche n° 41
2018

Développement d’une méthode alternative de quantifi cation de Pseudomonas par PCR quantitative dans les produits carnés

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40

Les Pseudomonas sont les principales bactéries psychrotrophes retrouvées sur les carcasses après refroidissement. La réfrigération permet leur multiplication et la production d’enzymes protéolytiques et lipolytiques responsables d’altérations (rancissement, putréfaction). Pseudomonas est principalement utilisée comme indicateur d’altération des viandes fraîches ou d’un défaut de conditionnement.
La FCD impose des critères microbiologiques relatifs aux Pseudomonas pour certains produits à la distribution, dont les pièces de découpe réfrigérées porcines, les viandes piécées de porc ou les saucisses à cuire. La méthode de référence NF EN ISO 13720 relative au dénombrement de Pseudomonas dans les viandes et produits à base de viande repose sur l’utilisation de la gélose sélective CFC (cétrimide, fucidine, céphaloridine). Sa sélectivité est toutefois controversée ; des essais antérieurs réalisés par l’IFIP ayant montré que jusqu’à 40% des colonies caractéristiques isolées sur CFC sont en fait des entérobactéries, surévaluant ainsi la concentration réelle de Pseudomonas dans les produits analysés. Cette étude visait à développer une méthode de dénombrement des Pseudomonas, alternative à la norme NF EN ISO 13720 par PCR quantitative, afin de proposer aux professionnels une méthode plus robuste. Ses performances ont été confrontées à celles de la norme NF EN ISO 13720 et celles de la méthode RHAPSODY Agar® validée en 2015 par l’AFNOR (validation NF) pour le dénombrement des Pseudomonas dans les produits carnés et les produits laitiers.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40, fiche n° 12
2018

Interface Web pour le contrôle des dangers chimiques et physiques dans les viandes porcines : PDC

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Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26

En 2015, financer par l’interprofession porcine INAPORC, l’IFIP a conçu une plateforme Web pour la collecte, l’analyse et la diffusion des résultats des autocontrôles des entreprises, avec la mise au point de quelques outils d’interprétation personnalisée (carte de contrôle, comparaison statistique de prévalence en Salmonelles,…).
Au regard de l’intérêt porté par les entreprises d’abattage-découpe au site : http://pdc.ifip.asso.fr, l’IFIP a développé une interface complémentaire pour la collecte et le traitement des analyses réalisées par les industrielles concernant les dangers chimiques et physiques.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26, fiche n° 1
2018

Polyphyletic nature of Salmonella enterica serotype Derby and lineage-specific host-association revealed by genome-wide analysi

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Yann Sévellec (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, 17 mai, 13 pages

In France, Salmonella Derby is one of the most prevalent serotypes in pork and poultry meat. Since 2006, it has ranked among the 10 most frequent Salmonella serotypes isolated in humans. In previous publications, Salmonella Derby isolates have been characterized by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and antimicrobial resistance (AMR) profiles revealing the existence of different pulsotypes and AMR phenotypic groups. However, these results suffer from the low discriminatory power of these typing methods. In the present study, we built a collection of 140 strains of S. Derby collected in France from 2014 to 2015 representative of the pork and poultry food sectors. The whole collection was characterized using whole genome sequencing (WGS), providing a significant contribution to the knowledge of this underrepresented serotype, with few genomes available in public databases. The genetic diversity of the S.Derby strains was analyzed by single-nucleotide polymorphism (SNP). We also investigated AMR by both genome and phenotype, the main Salmonella pathogenicity island (SPI) and the fimH gene sequences. Our results show that this S. Derby collection is spread across four different lineages genetically distant by an average of 15k SNPs. These lineages correspond to four multilocus sequence typing (MLST) types (ST39, ST40, ST71, and ST682), which were found to be associated with specific animal hosts: pork and poultry. While the ST71 and ST682 strains are pansusceptible, ST40 isolates are characterized by the multidrug resistant profile STR-SSS-TET. Considering virulence determinants, only ST39 and ST40 present the SPI-23, which has previously been associated with pork enterocyte invasion. Furthermore, the pork ST682 isolates were found to carry mutations in the fimH sequence that could participate in the host tropism of this group. Our phylogenetic analysis demonstrates the polyphyletic nature of the Salmonella serotype Derby and provides an opportunity to identify genetic factors associated with host adaptation and markers for the monitoring of these different lineages within the corresponding animal sectors. The recognition of these four lineages is of primary importance for epidemiological surveillance throughout the food production chains and constitutes the first step toward refining monitoring and preventing dispersal of this pathogen.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.00891/pdf

2018

Population genetic structure of Listeria monocytogenes strains isolated from the pig and pork meat production chain in France

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Benjamin Félix et al., Congrès international, IAFP, 25-27 avril 2018, Stockholm, Suède, poster

Listeria monocytogenes pathogenic bacterium, transmissible through contaminated food consumption. The pork meat sector has been hit hard by L. monocytogenes-related outbreaks in France. Numerous studies have been carried out to investigate the genetic diversity of L. monocytogenes pork strains from food or some food factories but never from the entire production chain.

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2018

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