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Towards the quantitative characterisation of piglets’ robustness to weaning: A modelling approach

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M Revilla et al., Animal, 2019, volume 16, mai, 11 pages

Weaning is a critical transition phase in swine production in which piglets must cope with different stressors that may affect their health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises both economic and public health concerns such as the appearance of antimicrobial-resistant microbes. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animals’ capacity to endure the challenges associated with weaning. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. A total of 325 Large White pigs weaned at 28 days of age were monitored and further housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning, and blood was sampled at weaning and 1 week later for collecting haematological data. A dynamic model was constructed based on the Gompertz–Makeham law to describe live weight trajectories during the first 75 days after weaning, following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). Model calibration was performed for each animal. Our results show that the transition time between the two time windows, as well as the weight trajectories are characteristic for each individual. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation, with an average coefficient of determination of 0.99, and a concordance correlation coefficient of 0.99. The utility of the model is that it provides biologically meaningful parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. Our rationale is that the dynamics of weight inform on the capability of the animal to cope with the weaning disturbance. Indeed, there were significant correlations between model parameters and individual diarrhoea scores and haematological traits. Overall, the parameters of our model can be useful for constructing weaning robustness indexes by using exclusively the growth curves. We foresee that this modelling approach will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.

https://www.cambridge.org/core/services/aop-cambridge-core/content/view/18FBD3614BA779E09D061744323CF5DD/S1751731119000843a.pdf/towards_the_quantitative_characterisation_of_piglets_robustness_to_weaning_a_modelling_approach.pdf

2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

PDF icon Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87
2019

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
PDF icon Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85
2019

Sélectionner sur l’adiposité pour améliorer la qualité

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Sandrine Schwob et al., Réussir Porc / Tech Porc (FRA), 2019, n° 268, mai, p. 44-46

L’Ifip et l’Inra mettent l’accent sur les atouts des tissus adipeux et définissent les nouveaux enjeux en termes de stratégie de sélection porcine.

PDF icon Sandrine Schwob et al., Réussir Porc / Tech Porc (FRA), 2019, n° 268, mai, p. 44-46
2019

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

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Raphaël Boré et al., Canadian Journal of Animal Science, volume 98, n° 4, décembre, p. 809-817

Combiner des populations de référence provenant de différents pays ou de différentes races peut être un moyen abordable d’agrandissement de la taille de la population de référence pour les prédictions génomiques. Par conséquent, les principaux objectifs de cette étude sont d’évaluer la diversité génomique entre et au sein des deux races porcines françaises et canadiennes (Landrace et Yorkshire) ainsi que l’apparentement des populations afin d’évaluer la faisabilité de combiner les populations de référence des deux pays en une population de référence commune pour la sélection génomique porcine. Un total de 14,756 animaux ont été génotypés sur deux puces à ADN commerciales (~ 65K SNPs). L’analyse en composantes principales discrimine clairement les deux races Landrace et Yorkshire, et dans une moindre mesure les populations de chacun des deux pays. Le déséquilibre de liaison (LD) entre les SNPs adjacents est similaire dans les populations Yorkshire. En revanche, les niveaux de LD sont légèrement différents pour les populations Landrace. La persistance de phase gamétique entre les populations Yorkshire est très élevée (0.96 à une distance de 0.05 Mb) et élevée entre les populations Landrace (0.88 à une distance de 0.05 Mb). Ces persistances de phase gamétique élevées suggèrent que les lignées maternelles canadiennes et françaises sont génétiquement proches les unes des autres. Ces résultats sont prometteurs et indiquent que la précision des valeurs génomiques estimées pourrait augmenter avec une population de référence commune entre le Canada et la France.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines

Combining reference populations from different countries and breeds could be an affordable way to enlarge the size of the reference populations for genomic prediction of breeding values. Therefore, the main objectives of this study were to assess the genetic diversity within and between two Canadian and French pig breeds (Landrace and Yorkshire) and the genomic relatedness among populations in order to evaluate the feasibility of an across-country reference population for pig genomic selection. A total of 14,756 pigs were genotyped on two SNP chip panels (~65K SNPs). A principal component analysis clearly discriminated Landrace and Yorkshire breeds, and also, but to a lesser extent, the Canadian and French purebred pigs of each breed. Linkage disequilibrium (LD) between adjacent SNPs was similar within Yorkshire populations. However, levels of LD were slightly different for Landrace populations. The consistency of gametic phase was very high between Yorkshire populations (0.96 at 0.05 Mb) and high for Landrace (0.88 at 0.05 Mb). Based on consistency of gametic phase, Canadian and French pig maternal lines are genetically close to each other.
These results are promising, as they indicate that the accuracy of estimated genomic breeding values may increase by combining reference populations from the two countries.

https://www.nrcresearchpress.com/doi/pdf/10.1139/cjas-2017-0103

2018

Les verrats terminaux Piétrain toujours premiers

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Claire Hassenfratz, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n° 263, novembre, p. 42-43

Les verrats terminaux de variétés piétrain sont plébiscités depuis les années 2000 par les éleveurs producteurs français. 2017 n’échappe pas à la règle.

PDF icon Claire Hassenfratz, Réussir Pprc -Tech Porc (FRA), 2018, n° 263, novembre, p. 42-43
2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc

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Visuels d'intervention présentés par Antoine Vautier, à la 7ème journée de restitution des programmes de R&D financés par le Casdar "Innovation et partenariat" et "Recherche finalisée et innovation", le 17 janvier 2018, Paris

PDF icon visuels de Antoine Vautier, journée CASDAR du 17 janvier 2018, Paris
2018

Towards the quantitative characterization of piglet robustness to weaning: A modelling approach

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M. Revilla et al., 69th Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Weaning is a critical phase in swine production conditions because piglets cope with different stressors that impact its health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises economic and public health concerns such as the growing number of antimicrobial-resistant agents. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animal resilience to weaning. This task is hampered by the multiple-component nature of robustness. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. We monitored 414 Large White pigs housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning. We constructed a dynamic model based on the Gompertz-Makeham law to describe live weight during the first 75 days after weaning following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). The transition time between the two windows is individual specific as well as model calibration, performed for each animal. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation. The power of the model is that it provides biological parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. We are currently investigating how to combine these proxy parameters to provide a robustness/resilience index to weaning. Next step is to correlate this index with individual diarrhoea scores and other health status measurements such as blood biomarkers and faecal microbiota diversity.
We foresee that this study will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.

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2018

Genetic determinism of boar taint and relationship with meat traits

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Claire Dugué et al., 69h Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Entire male meat can have a major quality defect called boar taint, partly due to the presence of androstenone in fat.
This study evaluates the feasibility of a selection to directly decrease back fat androstenone level or indirectly by a selection on the plasma estradiol level and estimate the consequences on meat traits in purebred or crossbred pigs.
Pure Pietrain (P) and Pietrain Large White crossbred pigs (X) were measured for hormone levels: estradiol (Est) and testosterone (Tes), growth traits: average daily gain, feed conversion ratio (FCR), average daily feed intake (ADFI), carcass composition: carcass yield (CY), lean percentage (L%) and quality traits: pH in Ld and ham, drip loss, intramuscular fat and back fat androstenone level (Andr). The number of skin lesions (SL) was measured at three stages. Carcass additional measures were obtained by computerized tomography: loin eye area (LEA) and density, femur density, ham muscle/bone length ratio (HFR). The number of measured animals varied from 553 to 712 for P and from 556 to 736 and for X. Heritabilities were of medium values for estradiol level and high values for androstenone level. A selection to decrease P Andr level would increase HFR and pH in ham and decrease FCR and Tes in P pigs. On X it would increase CY, LEA, L% and HFR and decrease SL at fattening entrance, FCR, drip loss, ADFI and femur density. A selection to decrease P Est level would decrease Andr, FCR, ADFI and Tes in P pigs and Andr, SL at fattening entrance and Tes in X pigs. Heritabilities and genetic correlations indicate that a selection to decrease estradiol level would have overall favourable effects on meat traits. The authors are extremely grateful to the UEPR personnel, PEGASE technicians and IRSTEA. This study has been granted by ANR (ANR-10-GENOM_BTV-015, ANR-15-CE20-0008), Alliance R&D, InaPorc and FranceAgrimer.

PDF icon Claire Dugué et al., 69h EAAP, Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018
2018

Développement de nouveaux outils haut débit pour l’évaluation précoce de la qualité de la viande de porc (QualiPorc)

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Sandrine Schwob et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2018, volume 63, janvier, p. 407-419

Les perspectives en matière d'amélioration génétique de la qualité de viande (QV) reposent sur la mise au point de nouveaux outils haut débit, de prédiction précoce, peu coûteux et non invasifs. Pour cela, de nouvelles méthodes de mesure de QV, s’appuyant sur des technologies émergentes, ont été développées et testées en routine. L’imagerie par résonance magnétique (IRM) permet de quantifier les teneurs en lipides intramusculaires (LIM) et caractériser le persillage dans le muscle Longissimus. La méthode d’analyse d’images a été automatisée pour améliorer les cadences de mesures (400 échantillons scannés par jour) et assurer la traçabilité des données. L’évolution du taux de LIM le long du muscle Longissimus analysée par IRM montre que l’échantillon prélevé au niveau de la 13ème côte est représentatif du taux de LIM moyen de la longe (R²=0.88). La spectroscopie visible et proche infrarouge (NIRS) permet, quant à elle, de prédire les rendements technologiques et les défauts de tranchage. Enfin, les données d’expression génique quantifiées dans le muscle Longissimus ont été exploitées afin d’identifier des biomarqueurs discriminant 3 classes de qualité technologique et sensorielle: à défaut, correct ou extra. Le meilleur modèle pour prédire l’appartenance d’un échantillon à une classe de qualité inclut 12 gènes.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6350/46562/file/Vol63-27-Schwob.pdf

https://www.youtube.com/watch?v=dL7LSo2f_oU

ENG

Development of high throughput methods to predict pork quality at industrial scale

This project aimed at providing new early and non-invasive predictors of pork quality usable in slaughter houses, to orientate use of carcasses and cuts and optimize their economic value. For this purpose, the project included development, testing and validation of various methods under industrial conditions. Magnetic Resonance Imaging (MRI) technology was used to estimate the Longissimus muscle intramuscular fat (IMF) content and marbling. Image analysis method was automated to improve measurement rate (400 samples scanned per day) and ensure data traceability. MRI was also used to study the representativeness of IMF content determined at the 13th rib to assess average IMF of the whole Longissimus muscle. Results showed high repeatability and good predictive ability of Longissimus average IMF content with determination at the 13th rib level (R²=0.88). Near Infrared Spectroscopy (NIRS) was used to estimate cooking and slicing yields and structural defects. NIRS technology could predict slicing losses caused by paste-like and cohesion defects on processed loin slices. Finally, gene expressions quantified on Longissimus muscle were used to discriminate 3 pork quality classes: low, acceptable and extra technological and sensory quality levels. The best model to predict meat quality level of pork loins included expression levels of 12 genes.

https://www6.inra.fr/ciag/content/download/6350/46562/file/Vol63-27-Schwob.pdf

https://www.youtube.com/watch?v=dL7LSo2f_oU

2018

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51

A l’initiative de FG Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la nouvelle station de phénotypage a été bâtie en 2015. La gestion quotidienne de la station a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. Ce projet s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les professionnels de la sélection et la recherche: (1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ; (2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ; (3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection. L’IFIP, en partenariat avec l’INRA, est missionné par le Ministère l’Agriculture pour assurer son encadrement technique. Les informations recueillies sont complémentaires à celles recueillies par les OSP en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande. La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. C’est pourquoi elle est équipée d’une chaîne de distribution d’aliment multiphase permettant d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case d’une part et d’autre part de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Les DAC sont équipés de plateaux de pesée afin de suivre les cinétiques de croissance. Le tomographe à rayon X de l’IFIP pourra être utilisé sur les porcs en cours de contrôle.

La station constitue ainsi un outil de collecte de données à visées génétiques dont les résultats concernent l’ensemble de la filière. Compte tenu de l’intérêt collectif de ce projet, il a reçu le soutien financier des conseils régionaux de Basse Normandie, Bretagne et Pays de la Loire, ainsi que de France Agrimer. Uniquement consacrée au contrôle des collatéraux à des fins d’évaluation et de recueil de références en 2015 et 2016, elle
s’est ouverte à l’expérimentation dès 2017 en participant au projet européen Feeda-Gene qui étudie l’aspect génétique de l’aptitude à digérer l’aliment dans le cadre du Programme de Recherche et Innovation H2020. L’étude Microfeed (financement ANR), qui cherche à déterminer le rôle du microbiote intestinal sur l’efficacité alimentaire et la robustesse des animaux est menée en parallèle sur les mêmes animaux (cf. Valorisation de nouvelles données d’efficacité alimentaire pour la sélection). L’ensemble des données collectées sont sauvegardées dans la base de données nationale génétique et sont accessibles aux équipes de recherche.

PDF icon Claire Hassenfratz, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 51, fiche n° 22
2018

Valorisation de nouvelles données d’effi cacité alimentaire pour la sélection

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Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46

L’efficacité alimentaire est un critère de sélection important pour la filière porcine. Depuis 2014, des investissements conséquents ont été réalisés par les entreprises de sélection françaises pour étendre la capacité de phénotypage des animaux sur ce critère grâce à l’installation de DAC en élevage. Le contrôle de candidats à la sélection sur l’efficacité alimentaire a pour but d’augmenter la précision de la sélection des futurs reproducteurs et donc le progrès génétique réalisé.
En parallèle, plusieurs programmes de recherche ont été mis en place sur cette thématique à la station de phénotypage FG Porc du Rheu (35). L’objectif de ces projets est d’acquérir des données sur de nouveaux caractères d’efficacité alimentaire mais aussi de mieux caractériser les interactions entre le type d’aliments et le travail de sélection.

PDF icon Alban Bouquet, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 46, fiche n° 18
2018

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP.

La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

PDF icon Joël Bidanel, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 50, fiche n° 21
2018

Production de viande persillée à partir de porcs Duroc sélectionnés

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Poster présenté par Didier Gaudré et al., aux 50es Journées de la Recherche Porcine, 2018, 6 et 7 février 2018, Paris

La fréquence des viandes persillées est assez faible en France. Selon une estimation réalisée par l’Ifip en 2015, 96 % des longes produites ne figurent pas dans cette catégorie (note de persillé inférieure à 3 sur une échelle de notation NPPC de 1 à 6). Le fait que l’essentiel des doses d’insémination artificielle commercialisées en France provienne de verrats Piétrain explique en partie ce constat. La faisabilité de la mise en œuvre d’une sélection de verrats Duroc à partir de mesures réalisées à l’aide d’une sonde à ultrasons estimant le persillé sur des animaux vivants au poids de 100 kg est étudiée.

PDF icon Poster de Didier Gaudré et al., 50es JRP, 6 et 7 février 2018, Paris
2018

Cinquante années d’amélioration génétique du porc en France : bilan et perspectives

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50es Journées de la Recherche Porcine, 6 et 7 février 2018, Paris, p. 61-74, par Jean-Pierre Bidanel (INRA) et al.

Cette synthèse fait le point sur les principales évolutions de l’amélioration génétique du porc en France depuis la loi sur l’élevage de 1966. Elle évoque rapidement les 20 premières années, qui ont fait l’objet d’une synthèse en 1986, puis décrit plus en détail les évolutions ultérieures, notamment l’arrêté de mars 1994 et ses conséquences organisationnelles. Les objectifs de sélection, initialement limités aux caractères de production, se sont complexifiés avec la prise en compte de la qualité de la viande, puis de la prolificité et enfin des aptitudes maternelles des truies. En termes d’outils, la mise en place d’une évaluation génétique basée sur la méthodologie du BLUP - modèle animal au milieu des années 1990 et le développement de l’insémination artificielle ont profondément changé le travail des sélectionneurs. Une nouvelle évolution majeure, la sélection génomique, est actuellement en cours de mise en place. La sélection a conduit à des améliorations importantes des performances pour les principaux caractères de l’objectif de sélection depuis 1970 : plus de 200 g de gain moyen quotidien, - 0,5 point d’indice de consommation, plus de 12 points de taux de viande maigre dans la carcasse, jusqu’à près de six porcelets nés vifs par portée supplémentaires. Ces évolutions favorables ont réduit l’empreinte environnementale de la production, mais ont également eu des effets défavorables : une augmentation de la mortalité des porcelets avant sevrage et une plus grande hétérogénéité des performances. Les enjeux pour l’avenir en termes d’objectifs d’amélioration génétique (prise en compte de caractères liés au bien-être, à la robustesse et à l’adaptation, …), de méthodes et d’outils (sélection génomique, phénotypage fin, modifications ciblées du génome) sont ensuite discutés.

Fifty years of pig breeding in France: outcomes and perspectives

This synthesis reviews the main changes that have occurred in the pig breeding sector in France since the 1966 Breeding Act. It briefly discusses the first 20 years, which were the subject of a review in 1986. It describes subsequent changes in more detail, in particular the March 1994 decree on pig selection and its organisational consequences. Breeding goals, initially limited to production traits, have then integrated meat quality traits, sow prolificacy and maternal abilities. Regarding tools, implementation of genetic evaluation based on the BLUP animal model in the mid-1990s and development of artificial insemination profoundly changed breeders’ work. A new major change, genomic selection, is currently being implemented. Large genetic gains have been obtained since 1970 for the main components of the breeding goal: they have exceeded 200 g/d for on-test average daily gain, -0.5 points for feed conversion ratio and 12 percentage points for carcass lean content, and approached six additional piglets born alive per litter. These gains have reduced environmental impacts of pig production but also had some detrimental effects: an increase in piglet pre-weaning mortality and greater heterogeneity of performances. Issues for future breeding goals (e.g. inclusion of traits related to welfare, robustness and adaptation), methods and tools (e.g. genomic selection, fine phenotyping, genome editing) are then discussed.

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2018

Building and evaluation of SNPs panels for parentage tests issue in swine

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G Even et al., World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Auckland, Nouvelle Zélande, 11-16 février 2018, posters

Three SNPs panels have been defined for parentage testing in swine containing 100, 200 and 329 SNPs, respectively. Markers have been chosen from the Illumina 60K version 2 chip based on Minor Allele Frequencies (MAF) estimated on twelve breeds used in France. A validation test has been performed confronting products genotypes with those of their right parents or those of animals related or unrelated to their right parents.

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2018

Using 1K SNP panel for genomic selection in 3 French pig breeds: Accuracy of Imputation and estimation of genomic breeding values using 1K SNP panel, designed for several breeds in French pig populations

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Céline Carillier-Jacquin (Université de Toulouse, INRA, INPTet ENVT)  et al., World Congress on Genetics Applied to Livestock Production, Auckland, Nouvelle-Zélande, 11–16 février 2018, p. 294-298

The current cost of medium density SNP chips is a limit to the development of genomic selection in pig populations (Badke et al., 2014; Wellmann et al., 2013). To reduce the cost of genotyping, a low density (LD) SNP chip was designed in 2016 and has been used in routine.
This LD panel of around 1100 SNP was optimized for imputation accuracy in the French Landrace (Land) pig population using equally spaced SNP with minor allele frequency (MAF) larger than 0.2. In the present study, we proposed to adapt the panel to two other major French pig breeds i.e. Large White (LW) and Pietrain (PI) lines. Imputation accuracy as well as the impact on genomic estimated breeding value (GEBV) were estimated in the three breeds using this new SNP chip design.

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2018

Quelles génétiques dans les élevages porcins français ?

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Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37

Les tendances dans le choix des reproducteurs évoluent constamment. Désormais les croisements de cochettes parentales se concentrent en deux types, alors qu’en parallèle les alternatives au Piétrain en verrat terminal augmentent.

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2017

Etude génétique de nouveaux critères d’aptitudes maternelles

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Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 67

Dans un contexte d’augmentation de la productivité numérique, la sélection de truies plus maternelles et autonomes est souhaitable pour améliorer le taux de survie des porcelets en maternité.

Néanmoins, les qualités maternelles sont un caractère complexe.

Elles regroupent des aptitudes différentes qui influencent la survie du jeune dans les premiers jours de vie : facilité de mise bas, comportement de la truie, qualité de la montée de lait, production de lait, etc.

La vitesse de croissance des porcelets sous la mère et leur homogénéité au sevrage peut être interprétée comme une mesure indirecte des aptitudes laitières de la truie.

L’analyse de pesées à 21 jours collectées par les OSP du collectif FG Porc visait donc à identifier l’intérêt de ces nouveaux phénotypes pour la sélection des truies sur leurs aptitudes maternelles et en particulier leurs aptitudes à l’allaitement.

PDF icon Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, mai 2017, p. 67, fiche n° 31
2017

Animation technique pour le compte de l’Agence de la Sélection Porcine

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Joël Bidanel, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 109

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture.

Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et la maîtrise d’œuvre de ses travaux à l’IFIP.

La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine

(OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références.

PDF icon Joël Bidanel, Bilan 2016, mai 2017, p. 109, fiche n° 69
2017

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