La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre croissant

Comportement des Salmonelles dans les salaisons de petit calibre

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Sabine Jeuge, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 52

Les salmonelles constituent le deuxième agent zoonotique en Union Européenne avec un nombre de 99020 cas humains de salmonelloses en 2010 (EFSA, 2012). Récemment, des chercheurs ont estimé qu’il y avait plus de 192 000 cas de salmonelloses chaque année en France. En France, les salmonelles sont à l’origine de pertes économiques importantes : retrait/rappel de produits contaminés, coûts liés aux toxi-infections…
Pour répondre à l’exigence de l’absence de salmonelles dans 25g de produit depuis la mise sur le marché et jusqu’à la fin de la durée de vie (règlement CE 2073/2005), des mesures de maîtrise de ce pathogène sont appliquées sur l’ensemble des maillons de la filière porcine. Cette étude avait comme objectif d’étudier le comportement des salmonelles artificiellement inoculées dans des saucissons secs de petits calibres en cours de procédé d’étuvage-séchage. Différents facteurs ont été étudiés : la concentration en sel, en nitrites/nitrates, ainsi que les différentes formes de produits de snacking pouvant être rencontrées : boulettes/ grelots ou bâtonnets/ stickados/bûchettes. Les résultats de cette étude viennent en complément de l’étude SalmoPrev de 2013, afin d’identifier si le changement de calibre avait une incidence sur l’évolution des salmonelles et l’effet assainissant qui avait été observé sur un calibre moyen (saucisson sec ménage sous chaudins).

PDF icon Sabine Jeuge, Bilan 2019, éditions IFIP, mai 2020, p. 52
2020

Rôles et intérêt des nitrites dans la charcuterie

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Gilles Nassy, Pratiques en nutrition (FRA), 2020, n° 61, janvier-mars, p. 32-37

Utilisé depuis des siècles pour ses vertus conservatrices des viandes, le salpêtre n’est autre que du nitrate de potassium qui se transforme en nitrite, puis en oxyde nitreux dans le milieu réducteur et acide que constitue la viande de porc. Ce dernier se fixe sur les divers constituants de la viande, dont le fer héminique, et joue ainsi un puissant rôle antioxydant. Le nitrite inhibe parallèlement de nombreux micro-organismes. Classé comme conservateur dans la réglementation, il est autorisé par les instances sanitaires et ne présente pas de danger s’il est associé avec l’ascorbate afin d’éviter l’apparition de nitrosamines.

ENG

Roles and relevance of nitrites in the delicatessen industry

Used for centuries for its meat preservation properties, saltpeter is simply potassium nitrate, which is transformed into nitrite and then into nitrous oxide in the reducing and acidic environment of pork. The latter binds to the various constituents of the meat, including haem iron, and thus plays a powerful antioxidant role. At the same time, nitrite inhibits many micro-organisms. Classified as a preservative in the regulations, it is authorised by the health authorities and does not present any danger if it is associated with ascorbate in order to avoid the appearance of nitrosamines.

2020

Development of a quantative PCR method coupled with PMA to quantify viable Salmonella spp. cells in the pork supply chain

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Sabine Jeuge et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne

In 2017, Salmonella spp. was implied in 30% of foodborne diseases in France (SPF, 2019). Few data on the contamination levels of Salmonella spp., are available along the pork supply chain. The protocol of the standard method (ISO/TS 6579-2:2012) is time-consuming and culture-based methods using chromogenic media are less efficient for matrices with high levels of back ground flora, and for recovering stressed cells. Along the food chain, the cells may be impacted by various stresses (e.g. chemical or thermal), which may lead to physiological changes and the emergence of viable but non-culturable cells (VBNCs).

PDF icon Sabine Jeuge et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne
2019

A Salmonella database to monitor and centralize regulatory own-checks results (CE) n° 2073/2005 obtained by slaugterhouse

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Sabine Itié-Hafez (Ministère de l'Agriculture) et Alain Le Roux (Ifip), 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne, poster

Salmonellosis is a major cause of foodborne outbreaks caused by bacteria in Europe. In 2014, the European Commission reinforced the survey of this contaminant in the pig and pork industry by the competent authority. In this context, French General Directorate for Food required a new system to centralize regulatory own-checks results for Salmonella in pig carcasses.

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2019

Impact of cleaning and disinfection procedures on microbial ecology and Salmonella antimicrobial resistance in a pig slaughterhouse

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Arnaud Bridier (Anses) et al., Scientific Reports, 2019, volume 9, n° 1, 10 septembre, 13 pages

To guarantee food safety, a better deciphering of ecology and adaptation strategies of bacterial pathogens such as Salmonella in food environments is crucial. The role of food processing conditions such as cleaning and disinfection procedures on antimicrobial resistance emergence should especially be investigated. In this work, the prevalence and antimicrobial resistance of Salmonella and the microbial ecology of associated surfaces communities were investigated in a pig slaughterhouse before and after cleaning and disinfection procedures. Salmonella were detected in 67% of samples and isolates characterization revealed the presence of 15 PFGE-patterns belonging to five serotypes: S.4,5,12:i:-, Rissen, Typhimurium, Infantis and Derby. Resistance to ampicillin, sulfamethoxazole, tetracycline and/or chloramphenicol was detected depending on serotypes. 16S rRNA-based bacterial diversity analyses showed that Salmonella surface associated communities were highly dominated by the Moraxellaceae family with a clear site-specific composition suggesting a persistent colonization of the pig slaughterhouse. Cleaning and disinfection procedures did not lead to a modification of Salmonella susceptibility to antimicrobials in this short-term study but they tended to significantly reduce bacterial diversity and favored some genera such as Rothia and Psychrobacter. Such data participate to the construction of a comprehensive view of Salmonella ecology and antimicrobial resistance emergence in food environments in relation with cleaning and disinfection procedures.

source : https://www.nature.com/articles/s41598-019-49464-8.pdf

2019

Developpement of a quantiative PCR method coupled with PMA to quantify viable Salmonella spp. cells in the pork supply chain

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Sabine Jeuge et al., 13th Safepork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne, poster

In 2017, Salmonella spp. was implied in 30% of foodborne diseases in France (SPF, 2019). Few data on the contamination levels of Salmonella spp. are available along the pork supply chain. The protocol of the standard method (ISO/TS 6579-2:2012) methods using chromogenic  media are less efficient for matrices with high levels of background flora, and for recovering stressed cells. Along the food chain, the cells may be impacted by various stresses (e.g. chemical or thermal), which may lead to physiologial changes and the emergence of viable but non-culturable cells (VBNCs).

PDF icon Sabine Jeuge et al., 13th Safepork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne, poster
2019

Ecology of Salmonella and antimicrobial resistance in a pig slaughterbouse

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Arnaud Bridier (Anses) et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne, poster

Salmonella: a public health issue
• 1st pathogen in terms of deaths related to contaminated food in France
• > 90 000 salmonellosis per year in Europe
• Multi resistance to antibiotics in the food chain
• Role of cleaning and disinfection (C&D) procedures in the selection of antibiotics resistant bacteria ?

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2019

Guide de Bonnes Pratiques de biosécurité pour le transport des porcs

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Isabelle Corrégé, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p

PDF icon Isabelle Corrégé, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 104
2019

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44

Les actions de la filière porcine française pour maîtriser le risque de salmonelle sont nombreuses et réparties sur chaque maillon de notre filière. Il n’est pas simple de connaître l’ensemble de ces mesures et d’avoir une idée de la cohérence du dispositif quand on se trouve au sein d’un maillon.
L’Ifip qui bénéficie d’une vue d’ensemble a décrit dans ce programme l’ensemble du dispositif de maîtrise, afin de souligner sa cohérence et sa pertinence. La DGAL et l’ANSES ont également participé à ce travail descriptif.
Outre le partage de la connaissance du dispositif salmonelle français pour tous les opérateurs de la filière, ce travail a également vocation à aider les entreprises exportatrices à expliquer aux services sanitaires étrangers l’architecture et la performance du dispositif français.
Ainsi la description est technique mais aussi pédagogique pour les techniciens comme les commerciaux oeuvrant sur les marchés exports de viandes et de charcuteries.

PDF icon Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44
2019

Evaluation d’un outil moléculaire pour valider les mesures de maîtrise des salmonelles dans la filière

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Sabine Jeuge, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 45

En 2017, Salmonella spp. a été responsable de 30 % des toxi-infections alimentaires collectives selon Santé Publique France.
Peu de données quantitatives sont disponibles aux différents maillons de la filière porcine. La méthode de référence (ISO/TS 6579-2:2012) pour le dénombrement de Salmonella spp. présente l’inconvénient d’être chronophage avec un délai de 5 jours avant obtention du résultats de dénombrement. Les méthodes alternatives sur milieux chromogènes sont utilisables sur certaines matrices pauvres en flore annexe et ne permettent pas une récupération optimale des bactéries présentes mais stressées. Or, le long de la chaîne de l’élevage à la transformation de produit en passant par l’abattage, les bactéries subissent des nombreux stress entrainant des changements physiologiques, et un passage à l’état de bactéries viables mais non cultivables (VNC).
L’objectif de ce projet est, dans un premier temps, la mise au point d’une méthode de dénombrement des salmonelles pour les échantillons d’élevage (fèces) et les carcasses de porc basée sur une PCR TaqMan (qPCR) et avec un traitement par un marqueur de viabilité, le propidium monoazide (PMA) afin d’éliminer l’amplification d’ADN des bactéries mortes des matrices

PDF icon Sabine Jeuge, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 45
2019

Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

https://mra.asm.org/content/ga/7/12/e01027-18.full-text.pdf

2018

Guide de bonnes pratiques de biosécurité pour le transport

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Isabelle Corrégé, Porc Mag (FRA), 2018, n° 534, septembre, p. 63

La première version du guide de bonnes pratiques de biosécurité pour le transport des porcs est maintenant disponible.

2018

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Le présent dossier décrit chaque pièce du dispositif français de maîtrise du danger Salmonella et la cohérence de son fonctionnement. Il présente les résultats de prévalence des salmonelles recueillis depuis 20 ans afin d’illustrer son efficacité et démontrer les garanties qu’il offre au consommateur et aux clients étrangers.
Ce dossier à la fois technique et communicant a vocation à aider les professionnels à démonter l’efficacité de l’ensemble de leurs actions auprès des parties prenantes et des clients export.

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2018

Ecology of Salmonella and antimicrobial resistance in a pig slaughterhouse

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Arnaud Bridier et al., Food Micro, 3-6 septembre 2018, Berlin, Allemagne et I3S, 24-26 septembre 2018, Saint-Malo, France

Salmonella is a bacterial pathogen responsible for a large number of food associated infections. In order to guarantee food safety, a better understanding of Salmonella ecology and adaptation strategies on the food production chain constitutes a prerequisite. In a One Health perspective, data on Salmonella antibiotic resistance in food environments are also crucial to decipher transmission routes of resistant foodborne pathogens as well as resistance genetic determinants involved, and the role of process and selection pressures underwent in food industries (as cleaning and disinfection) in bacterial adaptation and antimicrobial resistance emergence.
Using a pig slaughterhouse as a model food environment, occurrence of Salmonella was investigated at six different areas along the slaughter chain and through 4 sampling campaign, each time before and after cleaning and disinfection procedures (a total of 48 surface samples). Characterization of isolated Salmonella strains using serotyping and pulsotyping enabled to identify and trace persistent strains in the slaughterhouse. Minimal inhibiting concentrations (MIC) were also determined for various relevant antibiotics and for biocides used in the slaughterhouse. In addition, associated indigenous bacterial communities were characterized using 16S rRNA amplicon sequencing. 
Results revealed the presence of Salmonella at all sampling area. Five serotypes were identified: S.4,5,12:i:- (50%), Rissen (16%), Typhimurium (16%), Infantis (10%) and Derby (8%). Strains were found at different dates and potentially at the same sampling area suggesting they persist in the slaughterhouse despite of the cleaning and disinfection procedures. Approximately 70% of isolated Salmonella strains exhibit resistance to ampicillin and sulfamethoxazole, 80% to tetracycline and 10% to chloramphenicol. There was no evolution of CMI comparing strains before and after cleaning and disinfection procedures concerning both biocides and antibiotics. Bacterial diversity analyses showed that populations in slaughterhouse were highly dominated by &a1;-proteobacteria and especially by the Moraxellaceae family (genus Psychrobacter, Moraxella, Enhydrobacter and Acinetobacter) at the different sampling areas. Population compositions were overall stable in time at a given sampling area suggesting that the surface populations are resident populations within the slaughterhouse, rather than populations introduced each week by the new swine bands. Cleaning and disinfection procedures tend to reduce bacterial diversity by eliminating the minority species but did not greatly impact the composition of bacterial communities with regards to the dominant species.
Together, such data participate to the construction of a comprehensive view of Salmonella ecology in food environments integrating associated resident microbial flora and the distribution of antimicrobial resistance in relation to processing conditions.

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2018

Audit des aires de lavage des camions de transport d’animaux

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Isabelle Corrégé, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 102

Un nombre très important de camions de porcs vivants circulent sur notre territoire. Or, le transport des porcs vivants est un des principaux risques de transmission de maladies entre pays, régions ou élevages. La situation sanitaire à l’égard de la peste porcine africaine qui s’étend vers l’ouest de l’Europe doit inciter les acteurs à renforcer leur vigilance. Des cas de diarrhée épidémique porcine (DEP) avec des souches hypovirulentes de type INDEL sont aussi décrits dans plusieurs pays européens. Dans le cas de DEP en France en 2014, le camion de transport d’animaux semble responsable de l’introduction du virus sur le territoire.
Un nettoyage-désinfection insuffisant des camions de transport d’animaux joue également un rôle dans la transmission de pathologies non réglementées mais ayant un fort impact économique, comme le SDRP. En France, une partie du territoire et certains élevages sont négatifs SDRP et l’objectif est de maintenir ce statut. Enfin, en matière de santé publique, le nettoyage-désinfection optimisé des camions fait également partie des
 éléments de maîtrise de la contamination des porcs par Salmonella.
Le renforcement des mesures de biosécurité liées aux transports est donc nécessaire pour limiter les risques de propagation de ces maladies.
Une action nationale d’audit des aires de lavage des camions de transport de porcs a été engagée par l’ANSP (Association Nationale Sanitaire Porcine) et confiée à l’Ifip, avec la participation des organisations professionnelles et/ou sanitaires régionales et l’appui financier, en Bretagne, de la DRAAF et de la région.

PDF icon Isabelle Corrégé, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 102, fiche n° 59
2018

Interface Web pour le contrôle des dangers chimiques et physiques dans les viandes porcines : PDC

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Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26

En 2015, financer par l’interprofession porcine INAPORC, l’IFIP a conçu une plateforme Web pour la collecte, l’analyse et la diffusion des résultats des autocontrôles des entreprises, avec la mise au point de quelques outils d’interprétation personnalisée (carte de contrôle, comparaison statistique de prévalence en Salmonelles,…).
Au regard de l’intérêt porté par les entreprises d’abattage-découpe au site : http://pdc.ifip.asso.fr, l’IFIP a développé une interface complémentaire pour la collecte et le traitement des analyses réalisées par les industrielles concernant les dangers chimiques et physiques.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26, fiche n° 1
2018

Polyphyletic nature of Salmonella enterica serotype Derby and lineage-specific host-association revealed by genome-wide analysi

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Yann Sévellec (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, 17 mai, 13 pages

In France, Salmonella Derby is one of the most prevalent serotypes in pork and poultry meat. Since 2006, it has ranked among the 10 most frequent Salmonella serotypes isolated in humans. In previous publications, Salmonella Derby isolates have been characterized by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and antimicrobial resistance (AMR) profiles revealing the existence of different pulsotypes and AMR phenotypic groups. However, these results suffer from the low discriminatory power of these typing methods. In the present study, we built a collection of 140 strains of S. Derby collected in France from 2014 to 2015 representative of the pork and poultry food sectors. The whole collection was characterized using whole genome sequencing (WGS), providing a significant contribution to the knowledge of this underrepresented serotype, with few genomes available in public databases. The genetic diversity of the S.Derby strains was analyzed by single-nucleotide polymorphism (SNP). We also investigated AMR by both genome and phenotype, the main Salmonella pathogenicity island (SPI) and the fimH gene sequences. Our results show that this S. Derby collection is spread across four different lineages genetically distant by an average of 15k SNPs. These lineages correspond to four multilocus sequence typing (MLST) types (ST39, ST40, ST71, and ST682), which were found to be associated with specific animal hosts: pork and poultry. While the ST71 and ST682 strains are pansusceptible, ST40 isolates are characterized by the multidrug resistant profile STR-SSS-TET. Considering virulence determinants, only ST39 and ST40 present the SPI-23, which has previously been associated with pork enterocyte invasion. Furthermore, the pork ST682 isolates were found to carry mutations in the fimH sequence that could participate in the host tropism of this group. Our phylogenetic analysis demonstrates the polyphyletic nature of the Salmonella serotype Derby and provides an opportunity to identify genetic factors associated with host adaptation and markers for the monitoring of these different lineages within the corresponding animal sectors. The recognition of these four lineages is of primary importance for epidemiological surveillance throughout the food production chains and constitutes the first step toward refining monitoring and preventing dispersal of this pathogen.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2018.00891/pdf

2018

Genomic diversity of Salmonella Derby populations from animals to humans: study on source attribution and identification of specific host associations

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Yann Sévellec et al., Congrès international, IAFP, 25-27 avril 2018, Stockholm, Suède, poster

In the European Union (EU), Salmonella enterica subsp. enterica serotype Derby (S. Derby) is the most abundant serotype isolated from pork meat. In France this pathogen is mainly isolated from pork and poultry meat and ranks since 2000 between the 5th and 8th position of the most frequently isolated serotypes in humans. Despite significant threat to human health, few studies have focused on the genetic diversity of this pathogen and all suffer from the low discriminatory power of the sub-typing method used or the lack of strains.

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2018

Maîtrise des Salmonelles : gestion précoce des incidents à l’abattoir

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Alain Le Roux, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 59

Selon l’EFSA, l’agence européenne de sécurité des aliments, 10 à 30% des salmonelloses humaines seraient dues à la consommation de viande de porc en Europe (EFSA, 2010b, 2011).

La maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française constitue un enjeu majeur en termes de Santé Publique, mais également pour sa compétitivité économique au niveau européen et international.

L’abattage constitue le maillon principal auquel les salmonelles sont introduites directement ou indirectement sur les carcasses, essentiellement via les matières fécales (EFSA 2010a, 2010b), et de nombreuses études ont été conduites et publiées depuis le début des années 80 pour déterminer l’importance des différentes étapes du procédé d’abattage dans la maîtrise de cette contamination.

Lors du process d’abattage, certaines étapes sensibles (détourage de la rosette, ouverture abdominale, éviscération…) sont susceptibles de transférer des matières fécales sur la carcasse, et des Salmonelles potentiellement présentes dans ces matières fécales.

Les configurations actuelles des chaînes d’abattage et leurs cadences élevées ne permettent généralement pas une gestion suffisamment précoce des carcasses souillées, ce qui favorise les contaminations croisées.

En effet, les carcasses présentant des matières fécales sur des zones étendues (lors d’un incident d’éviscération par exemple) (souillures étendues) ou sur des zones réduites (souillures spot) sont essentiellement traitées en fin de chaine, après la pesée.

Elles ont donc préalablement suivi toutes les étapes du process (bien que certaines opérations ne soient pas réalisées) et potentiellement généré des contaminations croisées avec le matériel, les structures et le personnel.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2016, mai 2017, p. 59, fiche n° 26
2017

Application de la Recherche pour la Maîtrise des Dangers dans les Aliments : UMT Armada

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Carole Feurer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 55-56

Les travaux de l’UMT Armada agréée par la DGER pour une durée de 5 ans se sont clôturés fin 2016.

L’UMT fédérait 3 équipes du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses Maisons-Alfort ainsi que 2 instituts techniques ACTIA (IFIP et ACTALIA). Elle a permis de mettre en commun les expertises et les compétences techniques des partenaires dans un objectif de préservation d’un haut niveau de qualité sanitaire de nos productions nationales, au service de l’ensemble des acteurs publics et privés de la sécurité sanitaire.

3 actions ont été menées dans le cadre de cette UMT : (1) le développement et le transfert de méthodes d’évaluation de la pathogénicité de souches de STEC, (2) le développement et le transfert de connaissances sur le danger lié aux toxines de Bacillus cereus et (3) l’épidémiosurveillance de Salmonella et Listeria monocytogenes.

Les résultats visés pour ce projet autour des 3 actions associées, sont :

- Une expertise (information, sensibilisation, contacts, méthodologie d’observation, alerte) transférable auprès des centres techniques partenaires et de l’Anses.

- Des méthodes et des outils de diagnostic pour les agents d’intérêt sanitaire, directement transférables au bénéfice de l’ensemble des industriels et des réseaux de laboratoires de contrôles officiels.

- Une capacité d’expertise renforcée et de haut niveau au plan national en matière d’évaluation des risques et de surveillance des dispositifs de production.

L’Ifip et l’unité SEL (Salmonella, E. coli, Listeria) de l’Anses étaient impliqués dans l’action 3 qui visait à optimiser la surveillance nationale de Salmonella et de Listeria monocytogenes par la mise en commun des données de typage caractérisant les souches isolées de la chaîne alimentaire et collectées aujourd’hui parallèlement par l’Anses (bases nationales multi-filières) et les instituts techniques via les professionnels (bases spécifiques de filière).

Le premier axe de travail consistait à mettre en place une base de données nationale pour la caractérisation moléculaire de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica, ouverte aux instituts techniques et laboratoires Anses.

L’architecture de ces bases de données a été calquée sur celle établie par l’Anses pour la base de données européenne de typage de Listeria qu’ils pilotent.

Le deuxième axe de travail consistait à évaluer et transférer aux instituts techniques les méthodes moléculaires de caractérisation alternatives (MLVA) à la technique d’électrophorèse en champs pulsés (PFGE), technique de référence au niveau international en épidémiologie pour Salmonella et Listeria monocytogenes.

PDF icon Carole Feurer, Bilan 2016, mai 2017, p. 55-56, fiche n° 23
2017

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