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Polyphyletic nature of Salmonella enterica serotype Derby and lineage-specific host-association revealed by genome-wide analysi

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Yann Sévellec (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, 17 mai, 13 pages

In France, Salmonella Derby is one of the most prevalent serotypes in pork and poultry meat. Since 2006, it has ranked among the 10 most frequent Salmonella serotypes isolated in humans. In previous publications, Salmonella Derby isolates have been characterized by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and antimicrobial resistance (AMR) profiles revealing the existence of different pulsotypes and AMR phenotypic groups. However, these results suffer from the low discriminatory power of these typing methods. In the present study, we built a collection of 140 strains of S. Derby collected in France from 2014 to 2015 representative of the pork and poultry food sectors. The whole collection was characterized using whole genome sequencing (WGS), providing a significant contribution to the knowledge of this underrepresented serotype, with few genomes available in public databases. The genetic diversity of the S.Derby strains was analyzed by single-nucleotide polymorphism (SNP). We also investigated AMR by both genome and phenotype, the main Salmonella pathogenicity island (SPI) and the fimH gene sequences. Our results show that this S. Derby collection is spread across four different lineages genetically distant by an average of 15k SNPs. These lineages correspond to four multilocus sequence typing (MLST) types (ST39, ST40, ST71, and ST682), which were found to be associated with specific animal hosts: pork and poultry. While the ST71 and ST682 strains are pansusceptible, ST40 isolates are characterized by the multidrug resistant profile STR-SSS-TET. Considering virulence determinants, only ST39 and ST40 present the SPI-23, which has previously been associated with pork enterocyte invasion. Furthermore, the pork ST682 isolates were found to carry mutations in the fimH sequence that could participate in the host tropism of this group. Our phylogenetic analysis demonstrates the polyphyletic nature of the Salmonella serotype Derby and provides an opportunity to identify genetic factors associated with host adaptation and markers for the monitoring of these different lineages within the corresponding animal sectors. The recognition of these four lineages is of primary importance for epidemiological surveillance throughout the food production chains and constitutes the first step toward refining monitoring and preventing dispersal of this pathogen.


Grandes tendances du commerce de volaille et du porc dans le monde. Situation et perspectives

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visuels d'intervention présentés par Jan-Peter Van Ferneij aux 17es Journées d'étude des Productions porcines et avicoles, le 22 novembre 2017, Namur, Belgique

PDF icon Jan-Peter Van Ferneij, 17es JPPA, 22 novembre 2017, Namur, Belgique
Evolution du muscle post mortem et qualité d’une viande (mise à jour 2018 du Mémento viandes et charcuteries)

Evolution du muscle post mortem et qualité d’une viande (mise à jour 2018 du Mémento viandes et charcuteries)

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Après la mort de l’animal, les mécanismes de conservation de l’homéostasie continuent de fonctionner alors que le métabolisme musculaire est profondément remanié en raison de l’arrêt de la circulation sanguine. Ces modifications initient le processus de conversion du muscle en viande où le tissu musculaire sera le siège de nombreuses évolutions biologiques déterminantes pour l’obtention d’une viande de qualité, tant pour sa consommation en frais que pour sa transformation. Cette synthèse du Mémento Viandes et Charcuteries décrit comment la composition biochimique de la viande, ses attributs sensoriels et technologiques sont influencés par son évolution post mortem.

Synthèse illustrée de 11 pages tirée du Mémento viandes et charcuteries, disponible immédiatement en téléchargement.

35,00 €

Consumer acceptance of minced meat patties from boars in four European countries

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Aluwé et al., Meat Science, 2018, vol. 137, mars, p. 235-243

A consumer study was performed in four EU countries to further clarify the acceptability of meat with boar taint. In Denmark, France, Italy and Poland, a total of 476 female consumers evaluated 8 meat patties from boars with varying levels of skatole (0.10–0.40 μg/g fat tissue) and androstenone (0.47–2.00  μg/g fat tissue), in a pair-wise comparison with patties from castrates. Boar meat patties were always less preferred than the castrate meat patties, regardless of the level of androstenone and skatole. Acceptability of the boar meat patties decreased with increasing skatole level. In samples with low skatole levels, higher levels of androstenone also reduced acceptability among androstenone sensitive consumers. No clear threshold levels for androstenone and skatole could be identified. Maps presenting the reduction in preference due to increasing levels of skatole and androstenone, and corrected for the general acceptance of the meat product were developed, taking into account androstenone sensitivity. Further work is needed, covering the whole range of androstenone and skatole levels found in entire male pigs and for a wider set of meat products.


Perspectives 2018 : vers un marché de porc plus tendu

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Michel Rieu et Jan-Peter Van Ferneij, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n°255, janvier, p. 22-23

Le marché du porc s'annonce plus dur en 2018, après deux années dopées par la demande chinoise et les exportations hros UE. Dans les principaux pays de l'UE, on s'attens à des baisses de prix de 5 à 8%.

PDF icon Michel Rieu et Jan-Peter Van Ferneij, Réussir Porc - Tech Porc (FRA), 2018, n°255, janvier, p. 22-23

Braviporc - Retardateurs de flammes bromés dans produits avicoles et porcins : état des lieux, modalités de transfert et facteurs de risques

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Travel et al., Innovations Agronomiques (FRA), 2018, volume 63, janvier, p. 115-137

Les retardateurs de flamme bromés (RFB) sont des additifs destinés à limiter l’inflammabilité de certains matériaux, notamment les polystyrènes (PS). Parmi eux, les polybromodiphényléthers (PBDE) et l’hexabromocyclododécane (HBCD) peuvent s’accumuler dans les tissus animaux. Leur concentration dans les denrées alimentaires d’origine animale (DAOA) est généralement faible, mais elle atteint de l’ordre 100 à 1000 fois la médiane dans certains rares échantillons d’oeuf et de viande de volaille ou de porc. Des prélèvements et des enquêtes de terrain menées dans le cadre du projet BrAviPorc (CASDAR, n°1256) ont permis (1) de confirmer la faible concentration de PBDE et d’HBCD dans les produits avicoles et porcins français, (2) d’établir que les isolants contenant des PS sont des sources d’HBCD en élevage qui, accidentellement ingérés par les animaux, conduisent à des DAOA très contaminées. Pour les trois productions, des expérimentations in vivo montrent que l’α-HBCD s’accumule préférentiellement dans les tissus les plus riches en lipides neutres. Ainsi, la cuisse de poulet est 10 fois plus concentrée en α-HBCD que le filet. Pour la première fois, un modèle mathématique, commun aux trois productions et prenant en compte leurs dynamiques lipidiques respectives, a été calibré. Il pourra être adapté à d’autres polluants lipophiles et apolaires.

Brominated flame retardants in poultry and pig products: current situation, modalities of transfer and risk factors

Brominated flame retardants (BFRs) are synthetic substances primarily used as additive in insulating materials, including polystyrenes (PS). Among them, polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) and hexabromocyclododecane (HBCD) can accumulate in animal tissues. Overall, their concentrations in animal-derived foodstuffs are low, but some rare samples of eggs, poultry meat and pork display concentrations exceeding 100 to 1000 times the median value. Sampling and field surveys carried out within the BrAviPorc project (CASDAR, n° 1256) allowed i) to confirm the low concentration of PBDE and HBCD in French poultry and pork products, ii) to establish that insulating foams containing PS may be sources of HBCD in livestock buildings, which lead to highly contaminated DAOAs if animals accidentally ingest them. In vivo experiments carried out with laying hens, broilers and growing pigs showed that α-HBCD accumulates preferentially in the tissues richest in neutral lipids. Thus, chicken leg is 10 times more concentrated in α-HBCD than breast. For the first time, a mathematical model, common to the three animal models and taking into account their respective lipid dynamics, was calibrated. It can be adapted to other lipophilic and nonpolar pollutants.


Production de porc dans l’UE. Toujours en mouvement

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Baromètre Porc, 2017, n° 481, décembre, synthèse du mois, p. 8, par Jan-Peter Van Ferneij

 Depuis une dizaine d’années, la production porcine de l’Union européenne a légèrement augmenté, de 8 % au total entre 2005 et 2016. Autour de cette moyenne, les différents pays connaissent des évo­lutions diverses et très variables dans le temps. De plus, en raison d’intenses mouvements de jeunes animaux, en particulier dans le nord, on constate des écarts importants de dynamique entre le nombre de porcelets produits et le tonnage de viande sortant des engraissements.

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Détection rapide des odeurs de mâle entier en abattoir

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Laurie Detrimont et al., Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 43-45

Garantir une qualité de viande satisfaisante pour le consommateur est la principale finalité de la filière. Conformément à la déclaration d’intention européenne sur les alternatives à la castration chirurgicale des porcelets, la mise en oeuvre d’une technique de détection des odeurs, industrielle, objective et reconnue, au sein de l’abattoir et d’une gestion efficace des carcasses identifiées comme malodorantes est l’une des conditions sine qua non pour supprimer la castration.

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Abattage-découpe de coches, changements en France et en Europe

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Bérengère Lecuyer, Tech Porc (FRA), 2017, n° 38, novembre-décembre, p. 15-17

Dossier économie : concurrence internationale et marchés

La viande de coche, moins chère que celle de porc charcutier, est recherchée par les transformateurs pour ses qualités organoleptiques et technologiques. La France tend à diminuer ses exportations de coches. Mais l’Allemagne occupe toujours une place centrale dans l’abattage et la découpe des coches en Europe, ce qui donne lieu à des restructurations et partenariats industriels.

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Micropollutants and chemical residues in organic and conventional meat

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Gaud Devilly-Pinel et al., Food Chemistry,, 2017, volume 232, 1er octobre, p. 218-228

The chemical contamination levels of both conventional and organic meats were assessed. The objective was to provide occurrence data in a context of chronic exposure. Environmental contaminants (17 polychlorinated dibenzodioxins/dibenzofurans, 18 polychlorinated biphenyls (PCBs), 3 hexabromocyclododecane (HBCD) isomers, 6 mycotoxins, 6 inorganic compounds) together with chemical residues arising from production inputs (75 antimicrobials, 10 coccidiostats and 121 pesticides) have been selected as relevant compounds. A dedicated sampling strategy, representative of the French production allowed quantification of a large sample set (n = 266) including both conventional (n = 139) and organic (n = 127) raw meat from three animal species (bovine, porcine, poultry). While contamination levels below regulatory limits were measured in all the samples, significant differences were observed between both species and types of farming. Several environmental contaminants (Dioxins, PCBs, HBCD, Zn, Cu, Cd, Pb, As) were measured at significantly higher levels in organic samples.


Accumulation of -hexabromocyclododecane ( -HBCDD) in muscles of fast- and slow-growing broiler

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Catherine Jondreville et al., XVIIth European Symposium on the Quality of Eggs and EGG Products, XXIIIth European Symposium on the Quality of Poultry Meat, 3-5 septembre 2017, Edimbourgh, Ecosse, abstract

Hexabromocyclodecane (HBCDD is a brominated flame retard included in some insulating materials used in livestock buildings, which has been detected in meat. The aim of the current study is to investigate the of this lipohilic contaminant in fast- (FG) and slow-growing (SG) broilers. First, an experiment involving FG and SG broilers exposed to HBCDD through feed during 42 and 82 days, respectiively, showed that breast muscle (BM, Pectoralis major) is similary concentrated in HBCDD in the two strains, while leg muscles (LM, thigh + drumstick including intermusclar fat) was 5 and 10 times more concentrated than BM in FG and SG broilers, respectively. Second, a physiogically based pharmacokinetic model was developed and validated using the previous data.
Different compartments (total and lipid weights) were represented : plasma, liver, BM  and LM, adipose tissue and the rest of the animal. After ingested HBCDD was absorbed and one part was eliminated by hepatic metabolism, it was distributed to tissues by the plasma, through a partition coefficient defined as the ratio between their respective neutral lipid concentrations. The model, calibrated for different strains and sex, will be used to assess the risk of meat contamination by HBCDD in different chicken production systems.

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Compétitivité structurelle des industries de transformation aux Etats-Unis

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Jan-Peter Van Ferneij, colloque : les filières animales aux Etats-Unis dans la perspective d'un accord de libre-échange avec l'UE, 14 janvier 2016, à  Paris, visuels d'intervention

PDF icon Jan-Peter Van Ferneij, colloque : les filières animales aux Etats-Unis, 14 janvier 2016, à Paris

Position IFIP sur les critères microbiologiques applicables aux viandes échangées entre les opérateurs de la filière

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L’IFIP a rassemblé dans ce document un ensemble de données issues de ses connaissances et de son expérience relatives à la qualité microbiologique au sein des maillons abattage, découpe et transformation. 
Ces données sont organisées de façon à aider les entreprises :
- Pour les entreprises d’abattage-découpe : à détecter rapidement d’éventuelles dérives de procédé afin de pouvoir agir rapidement sur les moyens de maîtrise ;
- Pour les entreprises de transformation : à fixer des objectifs adaptés à leurs besoins et à évaluer dans le temps les performances des fournisseurs ;
- Pour les deux maillons: à mesurer avec suffisamment de fiabilité la qualité microbiologique des viandes échangées.
En s’appuyant sur ces critères microbiologiques, méthodes d’analyses, techniques de prélèvement, et règles d’interprétation uniformisés, chaque entreprise peut adapter ses moyens de maitrise et de contrôle à ses objectifs de qualité.

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Consommation de viande : apports de la sociologie à l’analyse des controverses

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Boutin et al., 16es Journées Sciences du Muscle et Technologies des Viandes, 21-22 novembre 2016, Paris, France, visuel d'intervention

La consommation de viande est l’objet de nombreuses publications dans des journaux scientifiques ou dans les médias généralistes La base de données Europresse recense plus de 2 500 articles sur le sujet sur les deux dernières années en France. Cette dynamique est notamment portée par les questions mises en débat dans l’espace public relatives à la place des produits carnés dans notre régime alimentaire : santé, environnement, bien-être animal.... Dans le cadre du RMT « Economie des filières animales », regroupant les différents instituts techniques animaux et des chercheurs, un travail d’analyse des controverses et des critiques autour de la consommation de viande a été entrepris, avec l’appui de sociologues. Cette contribution a pour objectif de montrer comment la sociologie peut contribuer à éclairer les controverses sur la consommation de viande, par l’analyse des transformations sociales induites par celles-ci, et de présenter quels sont les travaux entrepris par le RMT. Les résultats complèteront des travaux en cours sur les controverses autour de l’élevage (Delanoue et Roguet, 2015).

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La controverse autour de l’élevage en France : définition, description et analyse

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Elsa Delanoue, agrosociologue (Ifip, Idele, Itavi et Université de Rennes), Journées Nationales des Groupements Techniques Vétérinaires, Reims, 17-19 mai 2017, p. 69-72

Depuis quelques années maintenant, l’élevage est la cible de nombreuses critiques émanant de différents acteurs de la société et adressées tant aux filières qu’aux éleveurs, directement interpelés ainsi sur le sens de leur métier. C’est à travers la notion de controverse, en tant que conflit opposant ceux qui remettent en cause l’élevage, ceux qui le défendent et un public jouant le rôle d'arbitre, que sont explicités les enjeux de ces discussions. Quatre thématiques d’incertitudes autour de l’élevage font l’objet de débat : l’impact sur l’environnement, la condition animale, le risque sanitaire et le modèle socioéconomique. À partir du croisement des résultats d’études qualitatives et quantitatives, une typologie des différents profils d’individus vis-à-vis de l’élevage a été construite : 2% de la population partage les points de vue « abolitionnistes », un tiers se positionne comme les « alternatifs », près de la moitié est proche des « progressistes », un peu plus de 10% des « compétiteurs » et environ 10% des citoyens semblent ne pas avoir d’intérêt ou d’avis précis sur l’élevage. 

PDF icon Elsa Delanoue, Journées Nationales des Groupements Techniques Vétérinaires, Reims, 17-19 mai 2017, p. 69-72

Quel dispositif génétique est en place pour améliorer la qualité technologique des viandes porcines?

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Enregistrement de nouveaux critères
Utilisation de nouvelles technologies pour le phénotypage«haut débit»

  • LIM et persillagede la viande par des mesures IRM
  • Rendement techno, défauts de tranches par NIRS

Etude de la déstructuration des jambons

  • Etude en cours sur des porcs charcutiers
  • Phénotypage à venir sur les collatéraux de race pure de la station FGPorc

Utilisation de nouvelles technologies pour la sélection : Génomique

PDF icon Intervention de S Schwob à la journée Quizz qualité des viandes du 17 janvier 2017

Quelles sont les exigences qualitatives propres à la demande française de charcuteries supérieures. Comment le code des usages encadre ces exigences ?

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Une exigence sur la qualité des viandes :
- Des viandes destinées à la transformation
    De haute qualité pour la transformation
    Maigres pour répondre aux attentes consommateurs
- Des viandes fraîches
    Non exsudatives
    Tendres malgré leur faible niveau de lipides intra musculaires

PDF icon intervention de G Nassy à la journée quizz qualité des viandes janvier 2017

Vers un observatoire de la qualité des viandes françaises?

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Oui, le suivi de la qualité de viande est important pour la filière :

  • Évaluation du progrès / quantification des problèmes
  • Collecte de données pH INAPORC: mise en évidence d’élevages aux résultats différenciés (inférieur vs supérieur)

Etude INAPORC en cours : enquêtes en élevages pour la recherche de facteurs amonts d’influence sur le pH 24

Déficit en données représentatives de qualité de viande : Données IFIP: milieu industriel, mais maitrise préparation à l’abattage

PDF icon intervention de A Vautier à la journée quizz qualité des viandes de janvier 2017

Les enjeux économiquesde la qualité des viandes

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La qualité de la viande, une notion complexe :

  • De nombreuses composantes
  • Diversité de l’offre
  • Diversité de la demande

La qualité, des bénéfices, mais également des coûts : Analyse coût/bénéfice

Les enjeux de l’adaptation qualitative de l’offre à la demande s’apprécient à plusieurs niveaux :

PDF icon intervention de Bérengère Lécuyer à la journée Quizz qualité des viandes en janvier 2017

Points de vue et attentes des consommateurs et citoyens vis-à-vis de l'élevage. Une étude quantative auprès de 2 000 personnes en France

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Anne-Charlotte Dockès (IDELE) et al. , 12es Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, 5-6 avril 2017, p. 225-229

Dans un contexte d’interpellations sociales fortes adressées à l’élevage, le projet de recherche CASDAR ACCEPT (2014- 2017) piloté par l’IFIP, s’est donné pour objectif d’éclairer les acteurs de l’élevage sur la controverse autour de l’élevage, et sur les points de vue et attentes des citoyens français vis-à-vis de l’élevage. A partir des résultats de ces travaux, nous avons construit une étude quantitative auprès du grand public, mobilisant un échantillon de 2 000 personnes statistiquement représentatif de la diversité de la population française, pour quantifier les profils vis-à-vis de l’élevage au sein de la société.
Ces personnes ont été interrogées par un institut de sondage, via une plateforme Internet, sur : leur connaissance et leur évaluation de l’élevage français, leur opinion sur un certain nombre de pratiques contraignantes pour les animaux, les objectifs qu’ils assignent à l’élevage et aux filières d’élevage, les services qu’ils en attendent, leurs habitudes de consommation de produits animaux et les informations dont ils souhaiteraient disposer sur les produits animaux. Les résultats montrent que plus de la moitié des citoyens se déclarent « choqués » voire « très choqués » par des pratiques contraignantes pour les animaux (attache, élevage en cage, etc.), mais communément mises en oeuvre en élevage, et que de l’ordre d’un tiers
d’entre eux déclarent envisager de diminuer ou cesser leur consommation de viande dans les 12 prochains mois. Par ailleurs, l’analyse permet de proposer une typologie quantifiée de la population. 2 % de la population partage les points de vue « abolitionnistes », un quart se positionne comme les « alternatifs », environ la moitié est proche des « progressistes », un peu plus de 10 % des compétiteurs, enfin environ 3 % des citoyens semblent ne pas avoir d’intérêt ou d’avis précis sur l’élevage.


Consumers and citizens’ opinions and expectations about livestock farming. A quantitative survey

Within the ACCEPT project (2014-2017), coordinated by IFIP, we quantified the points of view, representations and expectations of French citizens concerning livestock farming. This work was firstly based on sociological studies and qualitative surveys carried out during the last 10 years by technical and research institutes about controversies concerning livestock farmers and livestock production, through semi-directive interviews with stakeholders from associations or food chain organizations.. These findings allowed us to build a quantitative survey directed to a panel of 2 000 citizens through an Internet platform managed by a polling institute (IFOP). The survey was about their knowledge, interest and view of livestock farming, their opinion about some on-farm practices, their expectations regarding livestock farming and farmers, their consumption of animal products and the information they were seeking about these products. The main findings are presented in this paper. They show that a majority of citizens are “shocked” or “very shocked” by constrictive, but nevertheless usual, practices. About 1/3 of citizens declare that they intend to stop or decrease their meat consumption within the 12 next months.
We also proposed typology of citizens in 5 categories: abolitionists (2%), promoters of alternative systems (1/4), progressists (1/2), competitors (10 %), and finally rather indifferent ones, who represent about 3 % of the population.

PDF icon AC Dockès (IDELE) et al. , 12es Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, 5-6/04/2017, p. 225-229