La base documentaire de l'IFIP

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Publication Annéetrier par ordre décroissant

Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

https://mra.asm.org/content/ga/7/12/e01027-18.full-text.pdf

2018

Evaluation et maîtrise du risque mycotoxines dans les saucissons secs

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Bastien Frémaux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 49

Les mycotoxines sont des produits du métabolisme de moisissures (champignons filamenteux) souvent isolées de denrées végétales (céréales, épices, fruits, noix), qui peuvent être retrouvées dans des salaisons. Les effets chroniques d’une exposition répétée sont les redoutés en raison des habitudes alimentaires et du pouvoir de rémanence de ces toxines. Ces effets sont variables selon la mycotoxine et la dose ingérée à plus ou moins long terme. Elles peuvent présenter un risque de neurotoxicité, hépatoxicité, cancérogénicité ou néphrotoxicité.

Les mycotoxines sont produites par des moisissures appartenant aux genres Aspergillus, Penicillium et Fusarium.
Les Aspergillus et Penicillium, à spores sèches, composent la fleur de surface du saucisson sec.
Cette fleur complexe d’origine naturelle ou résultante d’un ensemencement externe se développe au séchage et donne au produit une typicité d’arômes et de saveurs. Il est nécessaire d’acquérir des données pour apprécier le risque « mycotoxines » associé à la consommation de saucissons secs.
Le projet Mycocarn répond aux objectifs : (1) caractériser la communauté microbienne (flore fongique) de la fleur de surface de saucissons secs (10 produits dans 9 salaisons), naturellement ensemencée (5) ou volontairement dirigée (5), et faire un état des lieux des teneurs en mycotoxines sur l’enveloppe et à cœur des produits ; (2) Evaluer l’innocuité de souches fongiques isolées de l’enveloppe de ces saucissons secs, vis-à-vis de leur potentiel mycotoxinogènique en conditions in vitro et in situ.
PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 49
2019

Évaluation d’une méthode de quantification des bactéries viables de Listeria après désinfection

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Bastien Frémaux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 47

Le nettoyage et la désinfection (N&D) des installations en agroalimentaire est une procédure fondamentale pour garantir la qualité et la sécurité sanitaire des aliments. La validation de l’efficacité des opérations de N&D repose le plus souvent sur un contrôle visuel de l’état de propreté des surfaces et sur la mise en oeuvre d’analyses microbiologiques classiques basées sur des méthodes culturales.
Il est aujourd’hui connu que certains stress, tels que l’exposition aux désinfectants, peuvent conduire à l’apparition de bactéries viables non cultivables (VNC), non détectées dans les procédures de contrôle actuelles. Leur présence non contrôlée sur les surfaces d’ateliers peut être problématique en cas de transfert à l’aliment en contact, où elles pourront se revivifier et se multiplier.
Ce programme visait (1) au développement et à la mise en oeuvre au laboratoire d’une méthode de PMA-PCRq pour la quantification des formes viables de L. monocytogenes, (2) à évaluer la PMAPCRq pour la quantification des formes viables (dont les non cultivables) de L.
monocytogenes
adhérentes en biofilm sur deux types de surface (acier inoxydable et PET) suite à l’exposition à 3 produits désinfectants largement employés dans l’industrie charcutière et plus généralement dans l’agroalimentaire : un alcalin chloré, une formulation à base d’ammonium quaternaire et de glutaraldéhyde et une formulation à base d’acide peracétique.
PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 47
2019

Evaluation d’un outil moléculaire pour valider les mesures de maîtrise des salmonelles dans la filière

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Sabine Jeuge, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 45

En 2017, Salmonella spp. a été responsable de 30 % des toxi-infections alimentaires collectives selon Santé Publique France.
Peu de données quantitatives sont disponibles aux différents maillons de la filière porcine. La méthode de référence (ISO/TS 6579-2:2012) pour le dénombrement de Salmonella spp. présente l’inconvénient d’être chronophage avec un délai de 5 jours avant obtention du résultats de dénombrement. Les méthodes alternatives sur milieux chromogènes sont utilisables sur certaines matrices pauvres en flore annexe et ne permettent pas une récupération optimale des bactéries présentes mais stressées. Or, le long de la chaîne de l’élevage à la transformation de produit en passant par l’abattage, les bactéries subissent des nombreux stress entrainant des changements physiologiques, et un passage à l’état de bactéries viables mais non cultivables (VNC).
L’objectif de ce projet est, dans un premier temps, la mise au point d’une méthode de dénombrement des salmonelles pour les échantillons d’élevage (fèces) et les carcasses de porc basée sur une PCR TaqMan (qPCR) et avec un traitement par un marqueur de viabilité, le propidium monoazide (PMA) afin d’éliminer l’amplification d’ADN des bactéries mortes des matrices

PDF icon Sabine Jeuge, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 45
2019

Impact des biocides sur l’écologie microbienne et la résistance aux antibiotiques dans les abattoirs

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Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 48

En 2017 en Europe, Salmonella est la deuxième cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme avec 91,662 cas confirmés (Efsa, 2017). Cette bactérie peut être résistante à de nombreux antibiotiques et conduire à des échecs thérapeutiques.
Pour garantir la sécurité des denrées alimentaires, des produits désinfectants (biocides) sont utilisés tout au long de la chaine alimentaire. Néanmoins, différentes études montrent que, dans des essais de laboratoire en présence de concentrations sub-létales de biocides, les bactéries sont capables de s’adapter et de développer une résistance croisée à certains antibiotiques. Ce projet visait à (1) obtenir une image des populations bactériennes présentes et de la prévalence de certains pathogènes d’intérêt pour la filière (Salmonella et Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM)) dans un abattoir de porcs ainsi que les niveaux de résistance aux antibiotiques et aux biocides (2) évaluer l’effet des traitements de nettoyage désinfection appliqués sur le terrain sur la structure des communautés bactériennes indigènes et la modulation de la résistance aux biocides et aux antibiotiques de bactéries pathogènes de Salmonella et de SARM.
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2019

Diversité génétique des souches de Listeria isolées dans la filière porcine en France

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Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 46

Listeria monocytogenes (Lm) est une bactérie responsable d’une zoonose rare mais grave appelée listériose qui cause 300 à 400 infections par an en France et s’avère mortelle dans 20 à 30% des cas. Elle touche principalement les personnes immunitairement affaiblies. La gravité de l’infection dépend de la dose et de la virulence du groupe génétique de la souche ingérée.
La contamination des aliments peut survenir à partir de matières premières animales ou végétales mais plus particulièrement à partir de l’environnement des sites de production dans lequel les souches de Lm sont capables de survivre, de persister et de s’implanter. La technique MLST (Multi Locus Sequence Typing) est devenue la méthode standardisée au niveau international pour analyser la structure génétique des populations de Lm. Fondée sur le polymorphisme de séquence de 7 gènes de ménage, cette méthode permet l’attribution d’un «complexe clonal» (CC) à une souche. En France, les CC1, CC2, CC4, CC6 sont décrits comme hyper virulents et fréquemment isolés de cas cliniques.
Les CC9 et CC121 sont quant à eux isolés plus fréquemment d’aliments que de cas cliniques. Les CC9 et CC121 sont prévalents dans tous les compartiments de production alimentaire.
Entre 2015 et 2017, l’Ifip en partenariat avec l’Anses de Maisons-Alfort ont mené une étude qui visait à obtenir une meilleure connaissance de la diversité des souches de Listeria monocytogenes (Lm) afin de mieux caractériser la manière dont elle circule dans la filière porcine.
PDF icon Carole Feurer, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 46
2019

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44

Les actions de la filière porcine française pour maîtriser le risque de salmonelle sont nombreuses et réparties sur chaque maillon de notre filière. Il n’est pas simple de connaître l’ensemble de ces mesures et d’avoir une idée de la cohérence du dispositif quand on se trouve au sein d’un maillon.
L’Ifip qui bénéficie d’une vue d’ensemble a décrit dans ce programme l’ensemble du dispositif de maîtrise, afin de souligner sa cohérence et sa pertinence. La DGAL et l’ANSES ont également participé à ce travail descriptif.
Outre le partage de la connaissance du dispositif salmonelle français pour tous les opérateurs de la filière, ce travail a également vocation à aider les entreprises exportatrices à expliquer aux services sanitaires étrangers l’architecture et la performance du dispositif français.
Ainsi la description est technique mais aussi pédagogique pour les techniciens comme les commerciaux oeuvrant sur les marchés exports de viandes et de charcuteries.

PDF icon Gilles Nassy, bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 44
2019

Influence of reduced levels or suppression of sodium nitrite on the growth of psychrotrophic Clostridium botulinum group II type B in cooked ham and frankfurters

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Sarah Lebrun (Université  de Liège) et al., 65th International Congress of Meat Science and Technology (ICOMST), 4-9 août 2019, Potsdam/Berlin, Allemagne, poster, p. 28

Sodium nitrite (NaNO2) is commonly used in meat products manufacturing for its antimicrobial effect on Clostridium botulinum, responsible of botulism (a deadly paralytic disease) by production of neurotoxins. Its use can nevertheless be associated with nitrosamines production, which are considered as carcinogenic substances (EFSA, The EFSA Journal, 2013, 14: 1-31). The objective of the present study was to compare the growth and toxinogenesis of psychrotrophic C. botulinum Group II (non-proteolytic) type B in cooked ham and in frankfurters in function of the NaNO2 incorporation rate (0, 30, 60 and 80 mg/kg) in order to evaluate the risk associated with this pathogen in two common cooked meat products.

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2019

Ecology of Salmonella and antimicrobial resistance in a pig slaughterbouse

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Arnaud Bridier (Anses) et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne

Salmonella: a public health issue
• 1st pathogen in terms of deaths related to contaminated food in France
• > 90 000 salmonellosis per year in Europe
• Multi resistance to antibiotics in the food chain
• Role of cleaning and disinfection (C&D) procedures in the selection of antibiotics resistant bacteria ?

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2019

Impact of cleaning and disinfection procedures on microbial ecology and Salmonella antimicrobial resistance in a pig slaughterhouse

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Arnaud Bridier (Anses) et al., Scientific Reports, 2019, volume 9, n° 1, 10 septembre, 13 pages

To guarantee food safety, a better deciphering of ecology and adaptation strategies of bacterial pathogens such as Salmonella in food environments is crucial. The role of food processing conditions such as cleaning and disinfection procedures on antimicrobial resistance emergence should especially be investigated. In this work, the prevalence and antimicrobial resistance of Salmonella and the microbial ecology of associated surfaces communities were investigated in a pig slaughterhouse before and after cleaning and disinfection procedures. Salmonella were detected in 67% of samples and isolates characterization revealed the presence of 15 PFGE-patterns belonging to five serotypes: S.4,5,12:i:-, Rissen, Typhimurium, Infantis and Derby. Resistance to ampicillin, sulfamethoxazole, tetracycline and/or chloramphenicol was detected depending on serotypes. 16S rRNA-based bacterial diversity analyses showed that Salmonella surface associated communities were highly dominated by the Moraxellaceae family with a clear site-specific composition suggesting a persistent colonization of the pig slaughterhouse. Cleaning and disinfection procedures did not lead to a modification of Salmonella susceptibility to antimicrobials in this short-term study but they tended to significantly reduce bacterial diversity and favored some genera such as Rothia and Psychrobacter. Such data participate to the construction of a comprehensive view of Salmonella ecology and antimicrobial resistance emergence in food environments in relation with cleaning and disinfection procedures.

https://www.nature.com/articles/s41598-019-49464-8.pdf

2019

A Salmonella database to monitor and centralize regulatory own-checks results (CE) n° 2073/2005 obtained by slaugterhouse

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Sabine Itié-Hafez (Ministère de l'Agriculture) et Alain Le Roux (Ifip), 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne, poster

Salmonellosis is a major cause of foodborne outbreaks caused by bacteria in Europe. In 2014, the European Commission reinforced the survey of this contaminant in the pig and pork industry by the competent authority. In this context, French General Directorate for Food required a new system to centralize regulatory own-checks results for Salmonella in pig carcasses.

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2019

Development of a quantative PCR method coupled with PMA to quantify viable Salmonella spp. cells in the pork supply chain

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Sabine Jeuge et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne

In 2017, Salmonella spp. was implied in 30% of foodborne diseases in France (SPF, 2019). Few data on the contamination levels of Salmonella spp., are available along the pork supply chain. The protocol of the standard method (ISO/TS 6579-2:2012) is time-consuming and culture-based methods using chromogenic media are less efficient for matrices with high levels of back ground flora, and for recovering stressed cells. Along the food chain, the cells may be impacted by various stresses (e.g. chemical or thermal), which may lead to physiological changes and the emergence of viable but non-culturable cells (VBNCs).

PDF icon Sabine Jeuge et al., 13e SafePork, 26-29 août 2019, Berlin, Allemagne
2019

Biopréservation et hautes pressions : des outils pour la maîtrise des dangers microbiologiques dans les aliments

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Hélène Simonin ( Univ. Bourgogne Franche-Comté, AgroSup Dijon) et al., IAA, revue des industries agro-alimentaires (FRA), 2019, mai-juin, 6 pages

L’utilisation d’additifs conservateurs est souvent nécessaire pour assurer la sécurité microbiologique des produits carnés réfrigérés faiblement acides. Le projet ANR BLac HP (2014-2019) a étudié une nouvelle stratégie de stabilisation des produits carnés réfrigérés pour assurer le contrôle des flores indésirables à la fois végétatives et sporulées. Grâce à une approche pluridisciplinaire, les travaux ont montré que la combinaison de la biopréservation par des bactéries lactiques et d’un traitement hautes pressions permettait d’assurer la qualité microbiologique de dés de jambon cuits à teneur réduite en nitrite pendant toute leur durée de vie. Le traitement permet de plus une qualité sensorielle optimale sans impact environnemental supplémentaire par rapport au procédé conventionnel. 

source  : http://www.revue-iaa.fr/revues/a-906/

2019

Diversité génétique des souches de Listeria monocytogenes isolées dans la filière porcine en France / Listeria monocytogenes genetic diversity in the pig and pork sector in France

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Les Cahiers de l'IFIP, 6(1), 1-7 - La revue R&D de la filière porcine française

Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène ubiquitaire, transmissible à l’homme via la consommation d’aliments contaminés. Elle peut être isolée d’une grande variété d’aliments, en particulier les aliments à base de viande de porc. Entre 2015 et 2017, l’Ifip et l’unité SEL (Salmonella-Listeria) du Laboratoire de Sécurité des Aliments de l’Anses de Maisons-Alfort ont mené une étude qui visait à obtenir une meilleure connaissance de la diversité des souches de Listeria monocytogenes (Lm) afin de mieux caractériser la manière dont elle circule dans la filière porcine. Vingt-six complexes clonaux (CCs) majeurs ont été identifiés dans la filière porcine. Les CC37, CC77 et CC59 étaient associés au compartiment élevage mais pas aux compartiments environnement de production ni produits finis. Les CC121 et CC9 étaient fortement associés au maillon transformation de la viande de porc. Le CC121 n’a pas été retrouvé parmi les souches isolées du compartiment élevage. Le CC9 était associé aux produits finis, et en particulier la viande de porc non transformée, mais ni à l’élevage, ni à l’environnement de production. Aucun des CCs identifiés dans ce projet n’était spécifique de la filière porcine c’est-à-dire qu’ils étaient également identifiés dans les autres filières de production alimentaire. Les complexes clonaux CC1, CC2, CC6 identifiés en filière porcine ont été décrits comme hyper virulents chez l’homme par Maury et collègues en 2016.

35,00 €
2020

Les bactériophages, un moyen de maîtrise supplémentaire des bactéries indésirables dans les aliments ? / Bacteriophages—ready to join the arsenal of measures for controlling unwanted bacteria in food?

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Les Cahiers de l'IFIP, 6(1), 37-45 - La revue R&D de la filière porcine française

La qualité et la sécurité microbiologique des aliments sont des prérequis indispensables à leur mise sur le marché, et constituent une préoccupation constante des entreprises de l’agroalimentaire. A cette fin, l’utilisation de bactériophages virulents pour le bio-contrôle de bactéries indésirables suscite un intérêt croissant. Ces virus bactériens présentent de nombreux avantages, à savoir leur caractère naturel, leur innocuité vis-à-vis de l’homme (statut GRAS des solutions de phages commerciales), leur spécificité d’hôte, leur remarquable stabilité dans les aliments sans en altérer leurs propriétés organoleptiques. L’efficacité lytique des phages vis-à-vis de leur hôte bactérien dans les aliments a été évaluée au travers de nombreux travaux. Cette efficacité est conditionnée par de multiples facteurs inhérents aux phages et à la bactérie cible, les conditions d’application et les caractéristiques de l’aliment traité. Ce travail de synthèse a été réalisé dans l’optique d’éclairer le lecteur quant au potentiel des bactériophages comme moyen de maîtrise de bactéries pathogènes ou d’altération dans les aliments. Sont exposés dans cette synthèse quelques généralités relatives aux bactériophages, leurs mécanismes d’action et les principaux facteurs pouvant influencer leur efficacité dans les aliments. Le cadre réglementaire actuel est également présenté.

35,00 €
2020

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