La base documentaire de l'IFIP

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Digestive efficiency is a heritable trait to further improve feed efficiency in pigs

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Vanille Déru (INRA/ France Génétique Porc) et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 415

The use of diets with dietary fibres from alternative feedstuffs less digestible for pigs is a solution considered to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative diet with fibres on individual digestive efficiency coefficients, and to estimate their heritabilities and genetic correlations with other production traits. A total of 480 Large White pigs were fed a high fibre diet (FD) and 547 of their sibs were fed a conventional diet (CO). For each animal, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrophotometry.

Individual daily feed intake (DFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR) were recorded as well as lean mean percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits. The FD pigs had significantly lower DC than CO pigs (-5 to 6 points). The DC were moderately to highly heritable, with heritabilities ranging from 0.41±0.14 to 0.50±0.15 in CO, and from 0.62±0.17 to 0.70±0.17 in FD. Genetic correlations between DC and ADG (from -0.65 to -0.52), FCR (from -0.75 to -0.33), and DFI (from -0.83 to -0.57) were high and negative in both diets. The DC were slightly unfavourably correlated with CY (from -0.24 to -0.11) and favourably correlated with LMP (from 0.03 to 0.29). Genetic correlations were generally unfavourable with meat quality traits (from -0.75 to 0.09). Genetic correlations of DC between diets were close to 1, so no interaction between feed and genetics could be evidenced for these traits. To conclude, DC measured in farm conditions are interesting criteria for selection to account for animal digestive capacity, due to moderate to high heritabilities and high genetic correlations with FCR.

However, according to these first results, it would have to be selected together with carcass yield and meat quality to avoid adverse genetic trends on the latter traits.

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2019

Use of mate allocation in pig crossbreeding schemes: a simulation study

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González-Diéguez D et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 287

One of the main goals in a crossbreeding scheme is to improve the performance of crossbred population by exploiting heterosis and breed complementarity. Dominance is one of the likely genetic bases of heterosis and, nowadays, estimating dominance effects in genetic evaluations has become feasible in a genomic selection context. Mate allocation strategies that account for inbreeding and/or dominance can be of interest for maximizing the crossbred performance. The objective of this study was to simulate scenarios including or not mate allocation strategies in two-breed pig crossbreeding schemes. The different crossbreeding scenarios have been compared in terms of genetic gain (within-breed) and total genetic value in crossbred populations. The benchmark scenario is a crossbreeding scheme where within-line selection is performed on purebred genomic estimated breeding values and crossbreds come from random matings of the best purebreds. The other subsequent scenarios are conceived to evaluate the potential benefits of accounting for inbreeding, dominance and crossbred performances in the genetic evaluation model. Genomic mate allocation is a promising strategy to improve the crossbred performance.

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2019
Couverture du Porc par les chiffres

Le porc par les chiffres 2019-2020

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Les chiffres clés les plus récents des filières porcines dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel...) et de la filière porcine en France ; les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous !

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques. 

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande : ifip@ifip.asso.fr

Edition IFIP, 39 pages, 16 X 24

25,00 €
2019

Dissecting total genetic variance into additive and dominance components of purebred and crossbred pig traits

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Llibertat Tusell et al., Animal, 23 mai 2019, 11 pages

The partition of the total genetic variance into its additive and non-additive components can differ from trait to trait, and between purebred and crossbred populations. A quantification of these genetic variance components will determine the extent to which it would be of interest to account for dominance in genomic evaluations or to establish mate allocation strategies along different populations and traits. This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain × Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into six groups of traits: growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behaviour, boar taint and puberty. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models, including additive and dominance genotypic effects, and a genomic inbreeding covariate allowed to retrieve the additive and dominance single nucleotide polymorphism variances for purebred and crossbred performances. These estimated variances were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Estimates of the Piétrain and Large White allelic contributions to the crossbred variance were of about the same magnitude in all the traits. Estimates of additive genetic variances were similar regardless of the inclusion of dominance. Some traits showed relevant amount of dominance genetic variance with respect to phenotypic variance in both populations (i.e. growth rate 8%, feed conversion ratio 9% to 12%, backfat thickness 14% to 12%, purebreds-crossbreds). Other traits showed higher amount in crossbreds (i.e. ham cut 8% to 13%, loin 7% to 16%, pH semimembranosus 13% to 18%, pH longissimus dorsi 9% to 14%, androstenone 5% to 13% and estradiol 6% to 11%, purebreds-crossbreds). It was not encountered a clear common pattern of dominance expression between groups of analysed traits and between populations. These estimates give initial hints regarding which traits could benefit from accounting for dominance for example to improve genomic estimated breeding value accuracy in genetic evaluations or to boost the total genetic value of progeny by means of assortative mating.

https://www.feed-a-gene.eu/sites/default/files/documents/tusell_2019_JAS_dissecting_total_genetic_variance_into_additive_and_dominance_components_of_purebred_and_crossbred_pig_traits.pdf

2019

Santé des animaux : les limites de la sélection génétique face aux maladies

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Marie-José Mercat, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2019, n° 270, juillet-août, p. 44-45

Des leviers génétiques existent pour sélectionner des animaux résistants à certains variants d’agents infectieux comme E. coli.

Mais une résistance globale aux maladies, ou simplement à tous les variants d’E. coli, semble illusoire.

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2019

Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

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2019

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
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2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

PDF icon Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87
2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection en race pure de caractères de reproduction de la lignée maternelle Large White

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 309-314, par Raphaël Boré et al.

L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt des performances de reproduction de truies croisées Large White x Landrace pour l’évaluation génomique de la lignée maternelle Large White Français (LW). Les performances de 24 771 truies croisées (103 305 portées) ayant eu une carrière dans un élevage de production entre 2007 et 2017 ont été analysées conjointement avec les performances de 24 377 femelles LW de race pure utilisées sur la même période (69 415 portées). Deux caractères ont été considérés : le nombre de porcelets nés vivants (NbNv) et le nombre de mort-nés (NbMn). Les performances exprimées en race pure et en croisement ont été analysées comme deux caractères différents génétiquement corrélés. Les composantes de la variance de chaque caractère ont été estimées par Gibbs Sampling en remontant cinq générations de pedigree pour construire les matrices de parenté et en intégrant l’information génomique de 1 439 reproducteurs LW. Pour les deux caractères les héritabilités estimées sont faibles en race pure (h²NbNv=0,12 ± 0,01 et h²NbMn=0,11 ±0,01%-) et en croisement (h²NbNv=0,07 ± 0,01 et h²NbMn=0,06 ± 0,01). Des corrélations génétiques élevées (rg > 0,90) ont été estimées entre la performance exprimée en race pure et en croisement. Ce résultat confirme que le progrès génétique cumulé dans le schéma de sélection de race pure est pour l’essentiel transféré à la truie croisée sur les critères de reproduction. Une étude de validation croisée suggère que l’intégration de cet échantillon de performances en croisement dans l’évaluation génomique de race pure permettrait d’obtenir un gain de fiabilité (CD) modéré des index génomiques des candidats à la sélection. Ce gain de CD d’environ 2 points de pourcentage correspondrait à une augmentation de 10% de la fiabilité actuelle des index.

Interest of crossbred sow performance for the selection of reproduction traits in the purebred Large White maternal line

The objective of this study was to evaluate benefits of use of Large White x Landrace sow reproduction performance for genomic evaluation of the French Large White (LW) dam line. The performances of 24 771 crossbred sows (103 305 litters) used on production farms from 2007-2017 were analysed along with those of 24 377 purebred LW sows used during the same period (69 415 litters). Two traits were considered: the number of live born piglets (NbNv) and the number of stillbirths (NbMn). The purebred and crossbred performances were analysed as two different traits that are genetically correlated. Variance components were estimated for each breed by Gibbs Sampling using five generations of pedigree to construct relationship matrices and integrate the genomic information of 1 439 LW breeding animals. Estimated heritabilities were low for purebred (h²NbNv= 0.12 ± 0.01 and h²NbMn=0.11 ± 0.01) and crossbred performances (h²NbNv= 0.07 ± 0.01 and h²NbMn=0.06 ± 0.01). For both traits, high genetic correlations (rg > 0.90) were estimated between purebred and crossbred performances. This result confirms that most of the genetic progress cumulated in purebred parental lines should be transferred to the crossbred sows. A cross-validation study suggested that integration of crossbred performances into the purebred genomic evaluation could provide a slight increase in reliability of the genomic indices for selection candidates. This increase in index reliability of approximately 2 points of percentage would correspond to a 10% increase compared to the current reliability of the indices.

2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

Genetic determinism of boar taint and relationship with meat traits

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Claire Dugué et al., 69h Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Entire male meat can have a major quality defect called boar taint, partly due to the presence of androstenone in fat.
This study evaluates the feasibility of a selection to directly decrease back fat androstenone level or indirectly by a selection on the plasma estradiol level and estimate the consequences on meat traits in purebred or crossbred pigs.
Pure Pietrain (P) and Pietrain Large White crossbred pigs (X) were measured for hormone levels: estradiol (Est) and testosterone (Tes), growth traits: average daily gain, feed conversion ratio (FCR), average daily feed intake (ADFI), carcass composition: carcass yield (CY), lean percentage (L%) and quality traits: pH in Ld and ham, drip loss, intramuscular fat and back fat androstenone level (Andr). The number of skin lesions (SL) was measured at three stages. Carcass additional measures were obtained by computerized tomography: loin eye area (LEA) and density, femur density, ham muscle/bone length ratio (HFR). The number of measured animals varied from 553 to 712 for P and from 556 to 736 and for X. Heritabilities were of medium values for estradiol level and high values for androstenone level. A selection to decrease P Andr level would increase HFR and pH in ham and decrease FCR and Tes in P pigs. On X it would increase CY, LEA, L% and HFR and decrease SL at fattening entrance, FCR, drip loss, ADFI and femur density. A selection to decrease P Est level would decrease Andr, FCR, ADFI and Tes in P pigs and Andr, SL at fattening entrance and Tes in X pigs. Heritabilities and genetic correlations indicate that a selection to decrease estradiol level would have overall favourable effects on meat traits. The authors are extremely grateful to the UEPR personnel, PEGASE technicians and IRSTEA. This study has been granted by ANR (ANR-10-GENOM_BTV-015, ANR-15-CE20-0008), Alliance R&D, InaPorc and FranceAgrimer.

PDF icon Claire Dugué et al., 69h EAAP, Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018
2018

Towards the quantitative characterization of piglet robustness to weaning: A modelling approach

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M. Revilla et al., 69th Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Weaning is a critical phase in swine production conditions because piglets cope with different stressors that impact its health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises economic and public health concerns such as the growing number of antimicrobial-resistant agents. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animal resilience to weaning. This task is hampered by the multiple-component nature of robustness. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. We monitored 414 Large White pigs housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning. We constructed a dynamic model based on the Gompertz-Makeham law to describe live weight during the first 75 days after weaning following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). The transition time between the two windows is individual specific as well as model calibration, performed for each animal. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation. The power of the model is that it provides biological parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. We are currently investigating how to combine these proxy parameters to provide a robustness/resilience index to weaning. Next step is to correlate this index with individual diarrhoea scores and other health status measurements such as blood biomarkers and faecal microbiota diversity.
We foresee that this study will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.

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2018

Grâce aux outils connectés, vers un phénotypage fin des porcelets en élevage de sélection

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Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45

Ce n’est un secret pour personne, le poids des animaux est une donnée essentielle pour un éleveur de porc. Pourtant, en maternité, cette mesure à l’échelle de l’animal reste difficile à obtenir en routine. Les organismes de sélection porcine français, l’Ifip et Asserva ont donc développé un automate de pesée individuelle des porcelets sous la mère. En attendant de voir les opportunités qu’offre cette nouvelle technique, voici un aperçu de ses fonctionnalités.

PDF icon Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45
2017

Quelles génétiques dans les élevages porcins français ?

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Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37

Les tendances dans le choix des reproducteurs évoluent constamment. Désormais les croisements de cochettes parentales se concentrent en deux types, alors qu’en parallèle les alternatives au Piétrain en verrat terminal augmentent.

PDF icon Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37
2017

Etude génétique de nouveaux critères d’aptitudes maternelles

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Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 67

Dans un contexte d’augmentation de la productivité numérique, la sélection de truies plus maternelles et autonomes est souhaitable pour améliorer le taux de survie des porcelets en maternité.

Néanmoins, les qualités maternelles sont un caractère complexe.

Elles regroupent des aptitudes différentes qui influencent la survie du jeune dans les premiers jours de vie : facilité de mise bas, comportement de la truie, qualité de la montée de lait, production de lait, etc.

La vitesse de croissance des porcelets sous la mère et leur homogénéité au sevrage peut être interprétée comme une mesure indirecte des aptitudes laitières de la truie.

L’analyse de pesées à 21 jours collectées par les OSP du collectif FG Porc visait donc à identifier l’intérêt de ces nouveaux phénotypes pour la sélection des truies sur leurs aptitudes maternelles et en particulier leurs aptitudes à l’allaitement.

PDF icon Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, mai 2017, p. 67, fiche n° 31
2017

Animation technique auprès de l’Agence de Sélection Porcine

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Fiche n° 064 : animation de réseaux partenariaux

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références. En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

PDF icon fiche_bilan2015_064.pdf
2016

Calcul des valeurs génétiques des populations porcines

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Fiche n° 057 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, 6 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 2 autonomes :
Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont évaluées et les Valeurs Génétiques sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination artificielle (CIA).

PDF icon fiche_bilan2015_057.pdf
2016

France Génétique Porc dévoile ses objectifs

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Sélection collective

Les objectifs de sélection des lignées maternelles et paternelles collectives ont été récemment réactualisés. Ont été introduit, côté femelles, : un indice synthétique "Qualités Maternelles" et côté mâles : deux caractères de qualité de viande.

2016

Les objectifs de sélection : un processus collectif

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Les résultats du travail de sélection :
- Elevages de sélection : Gain génétique sur les caractères sélectionnés
- Elevages de production : Gain économique sur les caractères d’intérêt
La sélection génétique est source de progrès pour les caractères d’intérêt pour la filière !
-> Nécessité de dialoguer entre tous les acteurs de la filière pour exprimer les besoins et objectiver les critères de mesures
-> Processus d’amélioration continue demandant une vision à long terme...

PDF icon intervention de Sandrine Schwob Space 2015
2015

Suivi et animation des schémas de sélection

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Fiche n° 058 : progrès génétiques

La gestion d’un schéma de sélection suppose une prise de décisions au quotidien. Ces décisions peuvent être de nature stratégique : pour définir un objectif de sélection, raisonner un investissement, etc…, ou opérationnelle pour le choix des reproducteurs et la réalisation des accouplements par exemple.
Il est donc important de fournir aux entreprises de sélection des outils pour faciliter et fiabiliser les prises de décision.
De tels outils sont actuellement développés par l’IFIP pour optimiser le progrès génétique réalisé dans les schémas des lignées porcines inscrites aux livres généalogiques porcins collectifs (LGPC).
Les outils mis en place en 2013-2014 ont permis de définir de nouveaux objectifs de sélection pour les lignées porcines des LGPC et de réaliser un suivi fin de l’efficacité des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2014_058.pdf
2015

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