La base documentaire de l'IFIP

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15 ans d'IA en sélection, quels résultats ?

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Le contrôle des produits terminaux a pour but de fournir des références officielles sur

les performances de croissance, de carcasse et de qualité de la viande des produits terminaux issus de différentes combinaisons

de types génétiques de truies et de verrats parentaux, produits par les Organisations de Sélection Porcine agréées.
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2001

Amélioration génétique des qualités maternelles

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L’accroissement de la prolificité des truies constaté depuis 30 ans a permis d’augmenter le nombre de porcelets par portée.

En contrepartie, la survie des porcelets en allaitement n’a pas été améliorée et la compétition alimentaire au sein de la portée s’est accrue.

Les lignées femelles doivent prendre en compte dans leurs objectifs de sélection, non seulement la prolificité, mais également la capacité des animaux à tous se développer de manière homogène et efficiente.
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2011

Analyse de la diversité de quelques races et lignées porcines françaises à l'aide de marqueurs génétiques dans le cadre d'un vaste projet européen

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Un échantillon de seize races (et lignées) porcines françaises a été étudié dans le cadre d’un projet européen de diversité génétique financé par l’Union Européenne et portant sur soixante-dix races, avec examen individuel à raison de cinquante individus par race environ. Les races françaises se répartissaient en cinq races locales, quatre variétés des grandes races Large White, Landrace et Piétrain, et enfin sept lignées commerciales de race pure ou synthétiques.
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2004

Animation technique auprès de l’Agence de Sélection Porcine

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Fiche n° 064 : animation de réseaux partenariaux

L’Agence de la Sélection Porcine (ASP), organe de représentation des professionnels de la génétique, est amenée à traiter des dossiers techniques à la demande de ses adhérents ou du Ministère chargé de l’Agriculture. Depuis 2005, au sein d’une convention de partenariat, l’ASP confie l’animation et/ou la maîtrise d’oeuvre de ses travaux à l’IFIP. La Direction Générale de la performance économique et environnementale des entreprises (DGPE) confie à l’ASP l’expertise des agréments zootechniques des Organismes de Sélection Porcine (OSP) : conformité aux exigences réglementaires, suivi de l’activité des OSP et centres de collecte de sperme (CIA) ; mise à disposition des utilisateurs de références. En parallèle, la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL) confie à l’ASP un suivi de l’encadrement sanitaire des élevages de sélection et multiplication.

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2016

Appui aux organismes de sélection

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L’IFIP est financé par le Ministère de l’Agriculture pour fournir un encadrement technique aux Organismes de Sélection Porcine (OSP).

Cet appui se traduit notamment pour les OSP membres du dispositif collectif d’amélioration génétique, par l’animation des Livres Généalogiques Porcins Collectifs (LGPC) auxquels adhèrent les Organismes de Sélection ADN, Gène +, Nucléus, Bretagne Porc Sélection, France Sélection, CPPR.
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2011

Appui aux organismes de sélection et aux centres d’insémination artificielle

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L’IFIP est financé par le Ministère de l’Agriculture pour fournir un encadrement technique aux Organismes de Sélection Porcine (OSP) et aux Centres d’Insémination Artificielle.

Cet appui se traduit notamment pour les OSP membres du dispositif collectif d’amélioration génétique, par l’animation des Livres Généalogiques Porcins Collectifs auxquels adhèrent les Organismes de Sélection ADN, Gène +, Nucléus, Bretagne Porc Sélection, France Sélection, CPPR.
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2010

Calcul des valeurs génétiques des populations porcines

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Fiche n° 057 : réduction des coûts d'élevage

La sélection génétique a pour but d’améliorer le niveau de performances moyennes des populations porcines sur des caractères d’intérêt économique.
Le travail de sélection consiste à repérer les meilleurs individus d’une génération qui seront gardés comme reproducteurs. Pour cela, des modèles statistiques prédisent la valeur génétique (VG) des candidats à la sélection à partir de leurs performances propres et de celles de leurs apparentés et contemporains.
Chaque semaine, 6 populations porcines (4 collectives : Large White lignée Femelle, Landrace, Piétrain et Large White lignée Mâle, et 2 autonomes :
Duroc ADN et Piétrain Horizon+) sont évaluées et les Valeurs Génétiques sont transmises aux sélectionneurs, organismes de sélection porcine (OSP), groupements d’éleveurs et centres d’insémination artificielle (CIA).

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2016

Circulation de l’information génétique

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La gestion de l’information génétique est un outil majeur pour l’amélioration génétique des populations.

La collecte des performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances enrichit la base de données nationale génétique (BANAPOG).

Ces informations sont exploitées par l’évaluation génétique des populations ; les valeurs génétiques estimées qui en découlent sont retournées aux apporteurs afin de fournir des indicateurs pour le devenir

des animaux.
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2011

De nouveaux objectifs de sélection en lignée collective Piétrain

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Les objectifs de sélection de la lignée collective Piétrain ont été récemment réactualisés. Ils intègrent désormais de nouveaux caractères, notamment pour affiner le travail de sélection sur les aspects de qualité de viande.

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2014

Digestive efficiency is a heritable trait to further improve feed efficiency in pigs

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Vanille Déru (INRA/ France Génétique Porc) et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 415

The use of diets with dietary fibres from alternative feedstuffs less digestible for pigs is a solution considered to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative diet with fibres on individual digestive efficiency coefficients, and to estimate their heritabilities and genetic correlations with other production traits. A total of 480 Large White pigs were fed a high fibre diet (FD) and 547 of their sibs were fed a conventional diet (CO). For each animal, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrophotometry.

Individual daily feed intake (DFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR) were recorded as well as lean mean percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits. The FD pigs had significantly lower DC than CO pigs (-5 to 6 points). The DC were moderately to highly heritable, with heritabilities ranging from 0.41±0.14 to 0.50±0.15 in CO, and from 0.62±0.17 to 0.70±0.17 in FD. Genetic correlations between DC and ADG (from -0.65 to -0.52), FCR (from -0.75 to -0.33), and DFI (from -0.83 to -0.57) were high and negative in both diets. The DC were slightly unfavourably correlated with CY (from -0.24 to -0.11) and favourably correlated with LMP (from 0.03 to 0.29). Genetic correlations were generally unfavourable with meat quality traits (from -0.75 to 0.09). Genetic correlations of DC between diets were close to 1, so no interaction between feed and genetics could be evidenced for these traits. To conclude, DC measured in farm conditions are interesting criteria for selection to account for animal digestive capacity, due to moderate to high heritabilities and high genetic correlations with FCR.

However, according to these first results, it would have to be selected together with carcass yield and meat quality to avoid adverse genetic trends on the latter traits.

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2019

Dissecting total genetic variance into additive and dominance components of purebred and crossbred pig traits

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Llibertat Tusell et al., Animal, 23 mai 2019, 11 pages

The partition of the total genetic variance into its additive and non-additive components can differ from trait to trait, and between purebred and crossbred populations. A quantification of these genetic variance components will determine the extent to which it would be of interest to account for dominance in genomic evaluations or to establish mate allocation strategies along different populations and traits. This study aims at assessing the contribution of the additive and dominance genomic variances to the phenotype expression of several purebred Piétrain and crossbred (Piétrain × Large White) pig performances. A total of 636 purebred and 720 crossbred male piglets were phenotyped for 22 traits that can be classified into six groups of traits: growth rate and feed efficiency, carcass composition, meat quality, behaviour, boar taint and puberty. Additive and dominance variances estimated in univariate genotypic models, including additive and dominance genotypic effects, and a genomic inbreeding covariate allowed to retrieve the additive and dominance single nucleotide polymorphism variances for purebred and crossbred performances. These estimated variances were used, together with the allelic frequencies of the parental populations, to obtain additive and dominance variances in terms of genetic breeding values and dominance deviations. Estimates of the Piétrain and Large White allelic contributions to the crossbred variance were of about the same magnitude in all the traits. Estimates of additive genetic variances were similar regardless of the inclusion of dominance. Some traits showed relevant amount of dominance genetic variance with respect to phenotypic variance in both populations (i.e. growth rate 8%, feed conversion ratio 9% to 12%, backfat thickness 14% to 12%, purebreds-crossbreds). Other traits showed higher amount in crossbreds (i.e. ham cut 8% to 13%, loin 7% to 16%, pH semimembranosus 13% to 18%, pH longissimus dorsi 9% to 14%, androstenone 5% to 13% and estradiol 6% to 11%, purebreds-crossbreds). It was not encountered a clear common pattern of dominance expression between groups of analysed traits and between populations. These estimates give initial hints regarding which traits could benefit from accounting for dominance for example to improve genomic estimated breeding value accuracy in genetic evaluations or to boost the total genetic value of progeny by means of assortative mating.

https://www.feed-a-gene.eu/sites/default/files/documents/tusell_2019_JAS_dissecting_total_genetic_variance_into_additive_and_dominance_components_of_purebred_and_crossbred_pig_traits.pdf

2019

Encadrement de la station de phénotypage du Rheu

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Claire Hassenfratz, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 85

A l’initiative de France Génétique Porc, réunissant Axiom, Nucléus et l’IFIP, la station porcine de phénotypage a été bâtie en 2015. Sa gestion quotidienne a été confiée à l’INRA -Unité Expérimentale Porcs de Rennes dans le cadre d’un accord de partenariat public-privé. L’IFIP assure son encadrement technique. Cette installation de phénotypage s’inscrit dans un triple objectif complémentaire entre les acteurs de la sélection porcine française et la recherche :
1) disposer d’un maximum de mesures pertinentes pour les programmes d’amélioration génétique du futur ;
2) pouvoir développer des travaux de recherche appliquée de qualité adaptés aux enjeux de la filière porcine ;
3) assurer la mise en application de phénotypage et des résultats des travaux dans les programmes de sélection.
Les données recueillies dans cette station sont complémentaires à celles recueillies en élevages ou en stations privées sur la croissance, l’efficacité alimentaire, la carcasse et la qualité de viande.
La station est également le lieu privilégié pour tester de nouvelles mesures. Ses équipements permettent d’adapter finement la composition de l’aliment aux besoins des animaux par case et de mettre en place des comparaisons de régimes alimentaires. Ils permettent également de suivre la cinétique de croissance de chaque animal. Le tomographe à rayon X de l’IFIP peut être utilisé sur les porcs en cours de contrôle. La station constitue ainsi un outil de collecte de caractères d’intérêt pour l’ensemble de la filière.
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2019

Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen

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An experimental design aiming at estimating realized genetic trends from 1977 to 1998-2000 in the French Large White (LW) and Landrace (LR) pig populations was conducted by INRA and IFIP-Institut du Porc.
2007

Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen

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An experimental design aiming at analysing the consequences of genetic selection from 1977 to 1998–2000 on the evolution of stress-responsive systems in the French Large White (LW) and Landrace (LR) pig populations was conducted by INRA and IFIP-Institut du Porc. Large White sows were inseminated with semen from LW boars born in 1977 (frozen semen) or in 1998 and their second-generation offspring were station-tested. Landrace sows were inseminated with semen from LR boars born in 1977 (frozen semen) or in 1999 to 2000, and their progeny was station-tested.
2009

Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen

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An experimental design aiming at estimating realized genetic trends from 1977 to 1998-2000 in the French Large White (LW) and Landrace (LR) pig populations was conducted by INRA and IFIP-Institut du Porc.
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2009

Estimation, par utilisation de semence congelée en élevage de sélection, du progrès génétique réalisé entre 1977 et 2000 dans les races Large White et Landrace Français pour les caractères de croissance, de carcasse et de qualité de viande

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Une expérimentation visant à estimer le progrès génétique réalisé entre 1977 et 2000 dans les races Large White (LW) et Landrace Français (LF) a été réalisée dans 12 élevages de sélection. La descendance de 23 verrats LF et 21 verrats LW nés en 1977, dont la semence avait été congelée et conservée à cet effet, a été comparée à des descendants de verrats contemporains.
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2003

Estimation, par utilisation de semence congelée, des évolutions génétiques réalisées entre 1977 et 1998-2000 dans les races Large White et Landrace pour les systèmes neuroendocriniens de réponse au stress

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Une experimentation destinee a estimer les evolutions genetiques realisees entre 1977 et 1998-2000 dans les races Large White (LW) et Landrace (LR) a ete menee par l’INRA et l’IFIP-Institut du Porc. Des truies LW ont ete saillies avec de la semence de verrats LW nes en 1977 (semence congelee) ou en 1998 et les animaux de 2nde generation ont ete controles en station.
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2009

Etude génétique de nouveaux critères d’aptitudes maternelles

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Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 67

Dans un contexte d’augmentation de la productivité numérique, la sélection de truies plus maternelles et autonomes est souhaitable pour améliorer le taux de survie des porcelets en maternité.

Néanmoins, les qualités maternelles sont un caractère complexe.

Elles regroupent des aptitudes différentes qui influencent la survie du jeune dans les premiers jours de vie : facilité de mise bas, comportement de la truie, qualité de la montée de lait, production de lait, etc.

La vitesse de croissance des porcelets sous la mère et leur homogénéité au sevrage peut être interprétée comme une mesure indirecte des aptitudes laitières de la truie.

L’analyse de pesées à 21 jours collectées par les OSP du collectif FG Porc visait donc à identifier l’intérêt de ces nouveaux phénotypes pour la sélection des truies sur leurs aptitudes maternelles et en particulier leurs aptitudes à l’allaitement.

PDF icon Alban Bouquet et Pauline Brenaut, Bilan 2016, mai 2017, p. 67, fiche n° 31
2017

Evaluations du système d'information génétique

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Fiche n° 47 : Progrès génétiques

La circulation de l’information est une composante importante dans l’efficacité des programmes  de sélection. Les performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances sont chargées en continu dans la base de données nationale génétique (BANAPOG). Chaque semaine, elles servent à l’estimation de valeurs génétiques actualisées des animaux qui sont transmises aux éleveurs sélectionneurs afin de les aider pour le renouvellement des animaux. Les échanges entre les logiciels de terrain ayant un module génétique et la base de données nationale se fait sous forme d’un fichier normalisé au format XML. Ce vecteur informatique sert également à la gestion des mouvements d’animaux, du catalogue des verrats d’IA et a la diffusion des valeurs génétiques.

Les évolutions apportées dans le système d’informations sont centralisées et coordonnées par l’IFIP qui assure également la maitrise d’ouvrage pour la base de données nationale génétique BANAPOG ainsi que différentes applications en étroite relation avec celle-ci, à savoir :

DeltaG : logiciel de gestion génétique utilise dans les élevages de sélection et quelques élevages de multiplication mâle ;

Porcia : base de données des verrats en CIA qui sert de support a la diffusion du catalogue des verrats aux acteurs génétiques (CIA, OSP, sélectionneurs, multiplicateurs) avec possibilité de la fournir également à des producteurs. L’application de gestion des verrats d’IA est utilisée maintenant par la plupart des Organisations de Sélection ayant une activité sur le territoire;

Porsta : logiciel de collecte des performances mesurées sur les animaux élevés dans les stations de contrôle des performances;

• L’application de concentration/diffusion qui, d’une part, récupère et vérifie la structure des fichiers apportes par les éleveurs et les structures contenant les performances zootechniques et génétiques et, d’autre part, génère et distribue les fichiers de valeurs génétiques et/ou le catalogue des verrats d’IA aux utilisateurs.

Les développements informatiques pour l’année 2013 ont permis l’amélioration du circuit général de l’information ainsi que l’ajout de nouvelles données que ce soit pour l’alimentation de la base nationale Banapog que pour la diffusion de nouveaux caractères génétiques évalués.

L’automatisation des échanges a été également améliorée et l’optimisation et le renouvellement de matériel informatique a permis d’améliorer considérablement les temps d’intégration des données dans la base nationale.

PDF icon fiche_bilan2013_47.pdf
2014

Evolution des tétines d'apparence douteuse chez la cochette au cours de sa carrière

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L’objectif de cette étude est d’estimer le risque lié à la commercialisation de cochettes présentant des tétines douteuses.

La notation des tétines a été réalisée sur 252 cochettes à 25 kg, 70 kg, 100 kg et à la

saillie. Parmi celles-ci, 166 primipares ont été suivies au cours de leur première lactation avec notation des tétines à la mise-bas, 7 jours après, 14 jours après et le jour du sevrage. Le stade 25 kg apparaît

beaucoup trop précoce pour juger convenablement les tétines fonctionnelles. En
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2001

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