La base documentaire de l'IFIP

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France Génétique Porc dévoile ses objectifs

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Sélection collective

Les objectifs de sélection des lignées maternelles et paternelles collectives ont été récemment réactualisés. Ont été introduit, côté femelles, : un indice synthétique "Qualités Maternelles" et côté mâles : deux caractères de qualité de viande.

2016

Genetic determinism of boar taint and relationship with meat traits

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Claire Dugué et al., 69h Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Entire male meat can have a major quality defect called boar taint, partly due to the presence of androstenone in fat.
This study evaluates the feasibility of a selection to directly decrease back fat androstenone level or indirectly by a selection on the plasma estradiol level and estimate the consequences on meat traits in purebred or crossbred pigs.
Pure Pietrain (P) and Pietrain Large White crossbred pigs (X) were measured for hormone levels: estradiol (Est) and testosterone (Tes), growth traits: average daily gain, feed conversion ratio (FCR), average daily feed intake (ADFI), carcass composition: carcass yield (CY), lean percentage (L%) and quality traits: pH in Ld and ham, drip loss, intramuscular fat and back fat androstenone level (Andr). The number of skin lesions (SL) was measured at three stages. Carcass additional measures were obtained by computerized tomography: loin eye area (LEA) and density, femur density, ham muscle/bone length ratio (HFR). The number of measured animals varied from 553 to 712 for P and from 556 to 736 and for X. Heritabilities were of medium values for estradiol level and high values for androstenone level. A selection to decrease P Andr level would increase HFR and pH in ham and decrease FCR and Tes in P pigs. On X it would increase CY, LEA, L% and HFR and decrease SL at fattening entrance, FCR, drip loss, ADFI and femur density. A selection to decrease P Est level would decrease Andr, FCR, ADFI and Tes in P pigs and Andr, SL at fattening entrance and Tes in X pigs. Heritabilities and genetic correlations indicate that a selection to decrease estradiol level would have overall favourable effects on meat traits. The authors are extremely grateful to the UEPR personnel, PEGASE technicians and IRSTEA. This study has been granted by ANR (ANR-10-GENOM_BTV-015, ANR-15-CE20-0008), Alliance R&D, InaPorc and FranceAgrimer.

PDF icon Claire Dugué et al., 69h EAAP, Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018
2018

Gestion des flux d’informations génétiques

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Cette action, de type transversal, coordonne la circulation des performances vers les bases de données nationales génétique (BANAPOG) et GTTT via des fichiers normalisés au format XML contenant des Vecteurs Standards d’Information (VSI) ainsi que les règles de gestion associées. Ces fichiers permettent également la diffusion des valeurs génétiques aux utilisateurs, la consolidation des données entre les élevages de sélection et leur structure ou les mouvements des reproducteurs (bordereaux de livraison).
PDF icon Gestion des flux d’informations génétiques
2010

Grâce aux outils connectés, vers un phénotypage fin des porcelets en élevage de sélection

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Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45

Ce n’est un secret pour personne, le poids des animaux est une donnée essentielle pour un éleveur de porc. Pourtant, en maternité, cette mesure à l’échelle de l’animal reste difficile à obtenir en routine. Les organismes de sélection porcine français, l’Ifip et Asserva ont donc développé un automate de pesée individuelle des porcelets sous la mère. En attendant de voir les opportunités qu’offre cette nouvelle technique, voici un aperçu de ses fonctionnalités.

PDF icon Pauline Brenaut, Tech Porc (FRA), 2017, n° 37, septembre-octobre, p. 44-45
2017

Intérêt d'une pesée au sevrage dans le contrôle de performances en ferme

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Les données de contrôle en ferme de porcs issus de 4 662 portées en Large White (LW) et 6 608 portées en Landrace Français (LF) ont permis de calculer les paramètres génétiques de la taille de portée, de l'épaisseur de lard à 100 kg (ELD100), de l'âge à 100 kg (A100) et de divers autres critères de croissance utilisant le poids au sevrage, dont l'âge à 100 kg corrigé pour le poids au sevrage (A100corr) et le GMQ de 8 à 100 kg (GMQ8-100).
1998

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection des lignées de race pure

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Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87

Malgré l’utilisation prépondérante du croisement en production porcine, les outils de sélection n’exploitent que des performances d’animaux de race pure pour réaliser le choix des reproducteurs des lignées parentales. Pourtant, à l’étage de production, certains éleveurs enregistrent en routine les performances de reproduction des truies croisées pour la réalisation d’analyses technico-économiques. Ces données constituent donc un gisement important de nouvelles informations qui pourrait être mis à profit pour augmenter la précision des outils de sélection génomique. L’objectif de cette étude était donc d’évaluer les paramètres génétiques des performances de reproduction des truies croisées et leurs corrélations génétiques avec les caractères exprimés en race pure. Une étude de validation croisée a permis d’estimer le gain de précision des index génomiques obtenu par l’intégration de performances de truies croisées LW x LR dans l’évaluation génomique des critères de reproduction des 2 lignées parentales Landrace et Large White.

PDF icon Alban Bouquet, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 87
2019

Intérêt des performances de truies croisées pour la sélection en race pure de caractères de reproduction de la lignée maternelle Large White

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51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 309-314, par Raphaël Boré et al.

L’objectif de cette étude est d’évaluer l’intérêt des performances de reproduction de truies croisées Large White x Landrace pour l’évaluation génomique de la lignée maternelle Large White Français (LW). Les performances de 24 771 truies croisées (103 305 portées) ayant eu une carrière dans un élevage de production entre 2007 et 2017 ont été analysées conjointement avec les performances de 24 377 femelles LW de race pure utilisées sur la même période (69 415 portées). Deux caractères ont été considérés : le nombre de porcelets nés vivants (NbNv) et le nombre de mort-nés (NbMn). Les performances exprimées en race pure et en croisement ont été analysées comme deux caractères différents génétiquement corrélés. Les composantes de la variance de chaque caractère ont été estimées par Gibbs Sampling en remontant cinq générations de pedigree pour construire les matrices de parenté et en intégrant l’information génomique de 1 439 reproducteurs LW. Pour les deux caractères les héritabilités estimées sont faibles en race pure (h²NbNv=0,12 ± 0,01 et h²NbMn=0,11 ±0,01%-) et en croisement (h²NbNv=0,07 ± 0,01 et h²NbMn=0,06 ± 0,01). Des corrélations génétiques élevées (rg > 0,90) ont été estimées entre la performance exprimée en race pure et en croisement. Ce résultat confirme que le progrès génétique cumulé dans le schéma de sélection de race pure est pour l’essentiel transféré à la truie croisée sur les critères de reproduction. Une étude de validation croisée suggère que l’intégration de cet échantillon de performances en croisement dans l’évaluation génomique de race pure permettrait d’obtenir un gain de fiabilité (CD) modéré des index génomiques des candidats à la sélection. Ce gain de CD d’environ 2 points de pourcentage correspondrait à une augmentation de 10% de la fiabilité actuelle des index.

Interest of crossbred sow performance for the selection of reproduction traits in the purebred Large White maternal line

The objective of this study was to evaluate benefits of use of Large White x Landrace sow reproduction performance for genomic evaluation of the French Large White (LW) dam line. The performances of 24 771 crossbred sows (103 305 litters) used on production farms from 2007-2017 were analysed along with those of 24 377 purebred LW sows used during the same period (69 415 litters). Two traits were considered: the number of live born piglets (NbNv) and the number of stillbirths (NbMn). The purebred and crossbred performances were analysed as two different traits that are genetically correlated. Variance components were estimated for each breed by Gibbs Sampling using five generations of pedigree to construct relationship matrices and integrate the genomic information of 1 439 LW breeding animals. Estimated heritabilities were low for purebred (h²NbNv= 0.12 ± 0.01 and h²NbMn=0.11 ± 0.01) and crossbred performances (h²NbNv= 0.07 ± 0.01 and h²NbMn=0.06 ± 0.01). For both traits, high genetic correlations (rg > 0.90) were estimated between purebred and crossbred performances. This result confirms that most of the genetic progress cumulated in purebred parental lines should be transferred to the crossbred sows. A cross-validation study suggested that integration of crossbred performances into the purebred genomic evaluation could provide a slight increase in reliability of the genomic indices for selection candidates. This increase in index reliability of approximately 2 points of percentage would correspond to a 10% increase compared to the current reliability of the indices.

PDF icon Raphaël Boré et al., 51es JRP, 5 et 6 février 2019, Paris, p. 309-314
2019
Couverture du Porc par les chiffres

Le porc par les chiffres 2019-2020

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Les chiffres clés les plus récents des filières porcines dans le monde et l’UE (production, consommation, cheptel...) et de la filière porcine en France ; les données utiles pour se repérer tout au long de l’année et à avoir toujours sous la main : un outil indispensable à tous !

  • les échanges (import/export),
  • les élevages de porcs (cheptel/régions, commerce et signes de qualité),
  • les coûts des bâtiments, le secteur de l’aliment pour porc,
  • la sélection (truies, insémination, évolutions génétiques),
  • l’abattage (entreprises, classement des carcasses, paiement au TMP),
  • le secteur de la charcuterie (entreprises et produits),
  • la consommation des viandes et la distribution des produits du porc

sous forme de tableaux, cartes, graphiques. 

Un fichier powerpoint contenant les principaux graphiques complète la brochure ; les visuels présentant chaque maillon de la filière peuvent directement servir à la préparation d’interventions techniques. Il vous sera envoyé sur simple demande : ifip@ifip.asso.fr

Edition IFIP, 39 pages, 16 X 24

25,00 €
2019

Les objectifs de sélection : un processus collectif

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Les résultats du travail de sélection :
- Elevages de sélection : Gain génétique sur les caractères sélectionnés
- Elevages de production : Gain économique sur les caractères d’intérêt
La sélection génétique est source de progrès pour les caractères d’intérêt pour la filière !
-> Nécessité de dialoguer entre tous les acteurs de la filière pour exprimer les besoins et objectiver les critères de mesures
-> Processus d’amélioration continue demandant une vision à long terme...

PDF icon intervention de Sandrine Schwob Space 2015
2015

Les Rencontres de l'ITP - Space 2003

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Le SPACE est le rendez-vous annuel des professionnels de la filière porcine. Cette année, l'ITP a profité de cette opportunité pour organiser des "Rencontres". Elles ont vocation à susciter un débat largement ouvert sur une question technique ou économique importante pour la filière porcine.
2003

Lettre de veille Génétique, Reproduction et Sanitaire - juillet 2009

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PDF icon Lettre de veille Génétique, Reproduction et Sanitaire - juillet 2009
2009

Mesures de protection vis-à-vis de la diarrhée épidémique porcine (DEP) mises en oeuvre par les OSP

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La Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) sévit actuellement aux Etats-Unis, au Canada et dans certains pays d’Amérique du Sud et d’Asie. Ce nouveau type de virus DEP n’est actuellement pas présent en France ni en Europe.
Les Organismes de Sélection Porcine (OSP) adhérents à l’ASP conscients du possible risque d’introduction sur notre territoire de ce nouveau type de coronavirus lors de l’importation de reproducteurs ou de semence provenant de pays touchés se sont engagées sur un certain nombre de mesures appropriées de protection.

PDF icon depmars_2015.pdf
2014

Modélisation et optimisation du schéma suisse de sélection porcine. Comparaison du rôle des stations de contrôle de performances en Suisse et en France

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En Suisse, la station de contrôle de performances de Sempach est utilisée pour tester les collatéraux abattus (2 soeurs et 2 frères castrés) des verrats et truies contrôlés en ferme. Les équipements et le statut sanitaire de la station sont compatibles avec un contrôle en station des candidats à la sélection. Un modèle déterministe dynamique a été utilisé pour modéliser le noyau de sélection Large White suisse et prédire son évolution génétique au cours du temps dans le cas où les verrats d’insémination artificielle sont testés en station.
PDF icon Modélisation et optimisation du schéma suisse de sélection porcine. Comparaison du rôle des stations de contrôle de performances en Suisse et en France
1999

Nouveaux objectifs de sélection des lignées femelles

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Les objectifs de sélection des lignées collectives Large-White femelle et Landrace ont été récemment réactualisés par France Génétique Porc. Ils répondent aux objectifs fixés par les éleveurs et la filière et intègrent de nouveaux caractères de qualités maternelles.

PDF icon techporc_bidanel_n21_2015.pdf
2015

Outils de suivi de l'efficacité des schémas de sélection

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Fiche n° 46 : Progrès génétiques

Les étapes de sélection mises en place dans les schémas de sélection ont pour but de faire progresser le niveau génétique des populations sur un ensemble de caractères d'intérêt économique.

L'efficacité des étapes de sélection est évaluée à l'aune de modélisation des schémas de sélection qui permettent de prédire le progrès génétique attendu sur un ensemble de caractères.

Le progrès génétique attendu doit se traduire aussi par l'augmentation des performances des animaux sur les dits caractères.

Il est donc important de disposer d'outils pour s'assurer de la cohérence entre le progrès génétique espéré, prédit à l'aide du modèle, et le progrès génétique réalisé.

L'objectif de cette action était d'identifier ou de concevoir des outils pertinents pour réaliser ce travail de modélisation et de suivi des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2013_46.pdf
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

PDF icon jrp2014-genetique-schwob-poster.pdf
2014

Performances de production (GMQ, IC, carcasse) : toujours plus ?

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Croissance, Indice de Consommation et valeur

de la carcasse sont les trois caractères pris en compte depuis les années 60 par

l’ensemble des programmes de sélection porcine.

Deux priorités parfaitement distinctes : l’abatteur souhaite disposer d’un porc adapté à la demande et l’éleveur, diminuer ses coûts de production.

Cet article a pour objet d’analyser le tournant pris par la sélection porcine au cours des années 90, de répondre aux questions souvent posées : faut-il améliorer le GMQ, quelle TVM produire ? Comment évoluera l’IC ?
PDF icon Performances de production (GMQ, IC, carcasse) : toujours plus ?
2000

Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

PDF icon Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88
2019

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

PDF icon jrp2015-genetique-bouquet.pdf
2015

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