La base documentaire de l'IFIP

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Voyage d'étude ITP et LGPC au Danemark

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Les Livres Généalogiques Porcins Collectifs et l’Institut Technique du Porc ont organisé, en décembre dernier, un voyage d’étude au Danemark auquel ont participé différents représentants des Organisations de Sélection Porcine et des ingénieurs de l’ITP. Ce groupe de dix personnes, férues de génétique porcine, ont pu ainsi avoir en l’espace de quelques jours un aperçu de l’organisation de l’amélioration génétique porcine au Danemark. Les similitudes entre les dispositifs collectifs français et danois de sélection porcine ont conduit à de tels échanges à plusieurs reprises depuis 1990.
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1999

Verrats Piétrain ou Large-White*Piétrain : comparaison des performances de croissance, carcasse et qualité de viande de porcs charcutiers soumis à diverses durées de jeûne

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Cette étude a mis en évidence la grande proximité des deux types génétiques pour la croissance et l’efficacité alimentaire. Elle a confirmé l’avantage significatif des animaux issus de verrats Piétrain au niveau de la qualité de carcasse. Elle a permis de montrer que les deux types génétiques sont également très proches pour la qualité de viande. Les résultats obtenus au cours de la transformation des jambons devraient lever les doutes des opérateurs de l’aval de la filière, cars ils démontrent l’avantage des issus de verrats Piétrain sur le rendement final de fabrication.
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2003

Use of mate allocation in pig crossbreeding schemes: a simulation study

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González-Diéguez D et al., 70th Annual meeting of the European Federation of Animal science (EAAP), 26-30 août 2019, Ghent, Belgique, p. 287

One of the main goals in a crossbreeding scheme is to improve the performance of crossbred population by exploiting heterosis and breed complementarity. Dominance is one of the likely genetic bases of heterosis and, nowadays, estimating dominance effects in genetic evaluations has become feasible in a genomic selection context. Mate allocation strategies that account for inbreeding and/or dominance can be of interest for maximizing the crossbred performance. The objective of this study was to simulate scenarios including or not mate allocation strategies in two-breed pig crossbreeding schemes. The different crossbreeding scenarios have been compared in terms of genetic gain (within-breed) and total genetic value in crossbred populations. The benchmark scenario is a crossbreeding scheme where within-line selection is performed on purebred genomic estimated breeding values and crossbreds come from random matings of the best purebreds. The other subsequent scenarios are conceived to evaluate the potential benefits of accounting for inbreeding, dominance and crossbred performances in the genetic evaluation model. Genomic mate allocation is a promising strategy to improve the crossbred performance.

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2019

Une base de données phénotypiques : un prérequis pour la mise en place de programmes de sélection des races locales

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Poster présenté par Marie-José Mercat et al., aux 51es Journées de la Recherche Porcine, 5 et 6 février 2019

Peu de races locales porcines disposent de programmes de sélection.Si les généalogies sont disponibles, les phénotypes font souvent défaut pour définir un objectif de sélection. Dans le cadre du programme européen TREASURE, une base de données et un site web ont été développés afin de promouvoir la collecte et l’enregistrement de phénotypes, prérequis pour la mise en place de programmes de sélection (Figure1).

PDF icon Marie-José Mercat et al., 51e JRP, 5 et 6 février 2019, poster
2019

Towards the quantitative characterization of piglet robustness to weaning: A modelling approach

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M. Revilla et al., 69th Annual meeting of the european federation of animal science (EAAP), Dubrovnik, Croatie, 27-31 août 2018 

Weaning is a critical phase in swine production conditions because piglets cope with different stressors that impact its health. During this period, the prophylactic use of antibiotics is still frequent to limit piglet morbidity, which raises economic and public health concerns such as the growing number of antimicrobial-resistant agents. With the interest of developing tools for assisting health and management decisions around weaning, it is key to provide robustness indexes that inform on the animal resilience to weaning. This task is hampered by the multiple-component nature of robustness. This work aimed at developing a modelling approach for facilitating the quantification of piglet resilience to weaning. We monitored 414 Large White pigs housed and fed conventionally during the post-weaning period without antibiotic administration. Body weight and diarrhoea scores were recorded before and after weaning. We constructed a dynamic model based on the Gompertz-Makeham law to describe live weight during the first 75 days after weaning following the rationale that the animal response is partitioned in two time windows (a perturbation and a recovery window). The transition time between the two windows is individual specific as well as model calibration, performed for each animal. The model captured the weight dynamics of animals at different degrees of perturbation. The power of the model is that it provides biological parameters that inform on the amplitude and length of perturbation, and the rate of animal recovery. We are currently investigating how to combine these proxy parameters to provide a robustness/resilience index to weaning. Next step is to correlate this index with individual diarrhoea scores and other health status measurements such as blood biomarkers and faecal microbiota diversity.
We foresee that this study will provide a step forward in the quantitative characterisation of robustness.

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2018

Suivi et animation des schémas de sélection

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Fiche n° 058 : progrès génétiques

La gestion d’un schéma de sélection suppose une prise de décisions au quotidien. Ces décisions peuvent être de nature stratégique : pour définir un objectif de sélection, raisonner un investissement, etc…, ou opérationnelle pour le choix des reproducteurs et la réalisation des accouplements par exemple.
Il est donc important de fournir aux entreprises de sélection des outils pour faciliter et fiabiliser les prises de décision.
De tels outils sont actuellement développés par l’IFIP pour optimiser le progrès génétique réalisé dans les schémas des lignées porcines inscrites aux livres généalogiques porcins collectifs (LGPC).
Les outils mis en place en 2013-2014 ont permis de définir de nouveaux objectifs de sélection pour les lignées porcines des LGPC et de réaliser un suivi fin de l’efficacité des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2014_058.pdf
2015

Station de sélection porcine : de meilleures performances avec une entrée à 10-14 jours d'âge

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2001

Sélection et production porcine

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2011

Sélection de truies d'hyperqualités

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Initié en 1975, le programme "hyper" a permis de gains considérables de la prolificité des races Large White lignée femelle et Landrace français. La collecte des poids des porcelets à la naissance généralisée dans les élevages de sélection permet de progresser sur l'homogénéité des porcelets à la naissance et de sélectionner sru la production laitière des truies. L'ère des truies d'hyperqualités est née.

PDF icon techporc_do_delaunay_n9_2013.pdf
2013

Sélection collective : bilan des performances pour l'année 1998

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Les trois Populations Animales Sélectionnées (P.A.S.) collectives (Large White, Landrace Français et Piétrain) représentent plus des deux tiers des truies en sélection en France. Depuis 1995, les effectifs de contrôle en ferme sont relativement stables si l’on excepte une réduction de la

base de sélection Piétrain liée à une chute du nombre de sélectionneurs. L’amélioration des performances mesurées en ferme et en station se poursuit à un rythme constant, notamment sur la croissance et la prolificité.
PDF icon Sélection collective : bilan des performances pour l'année 1998
1999

Santé des animaux : les limites de la sélection génétique face aux maladies

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Marie-José Mercat, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2019, n° 270, juillet-août, p. 44-45

Des leviers génétiques existent pour sélectionner des animaux résistants à certains variants d’agents infectieux comme E. coli.

Mais une résistance globale aux maladies, ou simplement à tous les variants d’E. coli, semble illusoire.

PDF icon Marie-José Mercat, Réussir Porc/ Tech Porc (FRA), 2019, n° 270, juillet-août, p. 44-45
2019

Relation entre la production spermatique et le risque d’odeur de mâle entier des descendants de race pure ou croisés

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L’étude porte sur 100 verrats issus de trois variétés de Piétrain codifiées V1 à V3 (74 verrats V1, 10 V2 et 16 V3). Pour chaque verrat, les données de 90 prélèvements de semence réalisés en CIA et des dosages de composés odorants sur en moyenne 15,4 descendants sont disponibles. Les descendants, la moitié de race pure, l’autre moitié de type Piétrain x Large‐White, ont été élevés à l’INRA UETP (Le Rheu) jusqu’à 110 kg. Les risques d’odeur de mâle entier sont  évalués par dosage d’androsténone et de scatol dans le gras prélevé à l’abattoir. Les données de production spermatique sont corrigées pour les effets du site de production, de l’âge et de la fréquence des prélèvements pour estimer une production spermatique moyenne par verrat et par éjaculat. Les risques d’odeur de mâle entier sont globalement faibles dans la population étudiée. Toutes variétés de Piétrain confondues, les verrats avec les plus fortes productions spermatiques ont une proportion plus faible de descendants sans risque d’odeur par rapport aux verrats à faible production spermatique. La production spermatique des pères des descendants à forte teneur en androsténone est en moyenne plus élevée que celle des pères des descendants à faible teneur. Les différences sont plus marquées avec les descendants croisés qu’avec les descendants de race pure. Les conclusions sont similaires avec les pères V1 seuls mais les écarts sont plus faibles et moins significatifs qu’avec le dispositif complet. Les écarts ne sont globalement pas significatifs avec les pères V2 et V3 seuls qui présentent des effectifs plus faibles.

Relationship between sperm production and boar taint risk of purebred or crossbred entire offspring

This study focuses on 100 boars from three Pietrain varieties: 74 V1, 10 V2 and 16 V3. On average, data on 90 ejaculates collected von AI centers and boar taint measurement on 15.4 offspring are available. Offspring, half purebred and half Pietrain x Large‐White type were reared at INRA UETP (Le Rheu, France) up to 110 kg. Boar taint risk is assessed by androstenone and skatole measurements in fat taken at the slaughterhouse. Sperm production data are corrected for the production site, the age and the collection frequency to estimate an average sperm production count per boar and ejaculate. Boar taint odor risk showed to be low on average in the tested population. Considering the three Pietrain varieties altogether, boars with the highest sperm production have a lower proportion of offspring without risk of odor compared to boars with low sperm production. The sperm production of the fathers of pigs with high androstenone content in fat is on average higher than that of the fathers of low androstenone content offspring. Differences are more pronounced on crossbred offspring than on purebred ones. The conclusions are similar with V1 fathers alone but differences are smaller and less significant than with the complete experimental design. The differences are generally not significant with V2 and V3 varieties alone which are in lower numbers.

PDF icon jrp2015-bea-repro-conduite-mercat.pdf
2015

Quelles génétiques dans les élevages porcins français ?

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Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37

Les tendances dans le choix des reproducteurs évoluent constamment. Désormais les croisements de cochettes parentales se concentrent en deux types, alors qu’en parallèle les alternatives au Piétrain en verrat terminal augmentent.

PDF icon Claire Hassenfratz, Tech Porc (FRA), 2017, n° 36, juillet-août, p. 36-37
2017

Prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population Piétrain

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Poster. Dans la population française Piétrain, les animaux sont sélectionnés, d’une part, selon leur génotype au locus Hal de la sensibilité à l’halothane (NN, Nn, ou nn) et, d’autre part, à l’aide d’un indice de sélection classique. Cette stratégie conduit à des résultats vraisemblablement sub‐optimaux.

L’objectif de cette étude, mise en place pour répondre aux attentes des sélectionneurs, est d’évaluer l’intérêt de la prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population française Piétrain.
PDF icon Prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population Piétrain
2010

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

PDF icon jrp2015-genetique-bouquet.pdf
2015

Pesée individuelle des porcelets de la naissance au sevrage

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Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88

De récentes études sur des pesées individuelles  des porcelets au sevrage ont mis en évidence des résultats prometteurs dans la définition de nouveaux critères de sélection. Ces informations collectées à l’échelle du porcelet permettent de mieux appréhender les qualités laitières des truies, les caractéristiques pondérales des portées durant la phase d’allaitement, mais aussi la croissance globale des futurs porcs charcutiers. Malheureusement, la pénibilité de la mesure sur le porcelet limite le nombre de données collectées et leur utilisation en routine dans les schémas de sélection.
Avec le soutien financier de France Génétique Porc et Choice Genetics et en partenariat avec la société Asserva, l’IFIP a travaillé sur la mise au point de 2 prototypes: (1) un caisson de pesée suspendu à positionner devant les abreuvoirs des porcelets dans les cases de maternité et (2) un chariot mobile ergonomique de pesée automatique permettant de récupérer les poids individuels des animaux sans effort.

PDF icon Yvonnick Rousselière, Michel Marcon et Pauline Brenaut, Bilan 2018, éditions IFIP, avril 2019, p. 88
2019

Performances de production (GMQ, IC, carcasse) : toujours plus ?

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Croissance, Indice de Consommation et valeur

de la carcasse sont les trois caractères pris en compte depuis les années 60 par

l’ensemble des programmes de sélection porcine.

Deux priorités parfaitement distinctes : l’abatteur souhaite disposer d’un porc adapté à la demande et l’éleveur, diminuer ses coûts de production.

Cet article a pour objet d’analyser le tournant pris par la sélection porcine au cours des années 90, de répondre aux questions souvent posées : faut-il améliorer le GMQ, quelle TVM produire ? Comment évoluera l’IC ?
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2000

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

PDF icon jrp2014-genetique-schwob-poster.pdf
2014

Outils de suivi de l'efficacité des schémas de sélection

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Fiche n° 46 : Progrès génétiques

Les étapes de sélection mises en place dans les schémas de sélection ont pour but de faire progresser le niveau génétique des populations sur un ensemble de caractères d'intérêt économique.

L'efficacité des étapes de sélection est évaluée à l'aune de modélisation des schémas de sélection qui permettent de prédire le progrès génétique attendu sur un ensemble de caractères.

Le progrès génétique attendu doit se traduire aussi par l'augmentation des performances des animaux sur les dits caractères.

Il est donc important de disposer d'outils pour s'assurer de la cohérence entre le progrès génétique espéré, prédit à l'aide du modèle, et le progrès génétique réalisé.

L'objectif de cette action était d'identifier ou de concevoir des outils pertinents pour réaliser ce travail de modélisation et de suivi des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2013_46.pdf
2014

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