La base documentaire de l'IFIP

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Relation entre la production spermatique et le risque d’odeur de mâle entier des descendants de race pure ou croisés

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L’étude porte sur 100 verrats issus de trois variétés de Piétrain codifiées V1 à V3 (74 verrats V1, 10 V2 et 16 V3). Pour chaque verrat, les données de 90 prélèvements de semence réalisés en CIA et des dosages de composés odorants sur en moyenne 15,4 descendants sont disponibles. Les descendants, la moitié de race pure, l’autre moitié de type Piétrain x Large‐White, ont été élevés à l’INRA UETP (Le Rheu) jusqu’à 110 kg. Les risques d’odeur de mâle entier sont  évalués par dosage d’androsténone et de scatol dans le gras prélevé à l’abattoir. Les données de production spermatique sont corrigées pour les effets du site de production, de l’âge et de la fréquence des prélèvements pour estimer une production spermatique moyenne par verrat et par éjaculat. Les risques d’odeur de mâle entier sont globalement faibles dans la population étudiée. Toutes variétés de Piétrain confondues, les verrats avec les plus fortes productions spermatiques ont une proportion plus faible de descendants sans risque d’odeur par rapport aux verrats à faible production spermatique. La production spermatique des pères des descendants à forte teneur en androsténone est en moyenne plus élevée que celle des pères des descendants à faible teneur. Les différences sont plus marquées avec les descendants croisés qu’avec les descendants de race pure. Les conclusions sont similaires avec les pères V1 seuls mais les écarts sont plus faibles et moins significatifs qu’avec le dispositif complet. Les écarts ne sont globalement pas significatifs avec les pères V2 et V3 seuls qui présentent des effectifs plus faibles.

Relationship between sperm production and boar taint risk of purebred or crossbred entire offspring

This study focuses on 100 boars from three Pietrain varieties: 74 V1, 10 V2 and 16 V3. On average, data on 90 ejaculates collected von AI centers and boar taint measurement on 15.4 offspring are available. Offspring, half purebred and half Pietrain x Large‐White type were reared at INRA UETP (Le Rheu, France) up to 110 kg. Boar taint risk is assessed by androstenone and skatole measurements in fat taken at the slaughterhouse. Sperm production data are corrected for the production site, the age and the collection frequency to estimate an average sperm production count per boar and ejaculate. Boar taint odor risk showed to be low on average in the tested population. Considering the three Pietrain varieties altogether, boars with the highest sperm production have a lower proportion of offspring without risk of odor compared to boars with low sperm production. The sperm production of the fathers of pigs with high androstenone content in fat is on average higher than that of the fathers of low androstenone content offspring. Differences are more pronounced on crossbred offspring than on purebred ones. The conclusions are similar with V1 fathers alone but differences are smaller and less significant than with the complete experimental design. The differences are generally not significant with V2 and V3 varieties alone which are in lower numbers.

PDF icon jrp2015-bea-repro-conduite-mercat.pdf
2015

Précision de l’imputation de génotypages haute densité à partir de puces basse densité pour des individus de race pure et croisés Piétrain

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L’objectif de cette étude est d’évaluer la précision d’une méthode d’imputation pour reconstruire les génotypages haute‐densité (HD) d’animaux de race pure et croisés issus de verrats Piétrain à partir de puces basse‐densité (BD). Les données analysées proviennent du projet ANR Utopige et incluent le génotypage sur le panel Illumina PorcineSNP60 de 792 animaux Piétrain et 733 F1 Piétrain x Large White (LW). Les génotypages HD de 491 individus LW et 219 Piétrain, antérieurs au projet Utopige, ont été inclus dans l’analyse. Pour un échantillon de 100 individus Piétrain et 100 F1, des puces BD ont été créées in silico en conservant les génotypes situés tous les 5, 10, 25, 50, 75 et 100 marqueurs de la puce HD. Les génotypes manquants ont été imputés avec le logiciel BEAGLE en considérant l’information HD des autres individus de race pure 1) Piétrain ou 2) Piétrain et LW. Pour les individus Piétrain échantillonnés, 99% des génotypes sont correctement imputés pour les puces BD comportant au moins 10% des marqueurs de la puce HD. Pour les individus croisés, l’imputation s’est révélée peu précise lorsque les génotypages HD des animaux LW ne sont pas inclus dans l’analyse. Lorsque les génotypages HD des deux populations parentales sont pris en compte dans l’analyse, la précision de l’imputation augmente significativement pour les croisés et est comparable à celle des individus Piétrain si la densité des panels BD est suffisante.

Imputation accuracy of high density genotypings using low density panels in purebred and twoway crossbred Pietrain pigs

The aim of this study was to assess the accuracy of imputation techniques to reconstruct high density (HD) genotyping using low density (LD) marker panels for purebred and crossbred pigs sired by Pietrain boars. Analysed data were collected in the Utopige project and included HD genotypings on the Illumina PorcineSNP60 beadchip for 792 purebred Pietrain animals and 733 Pietrain x Large White (LW) crossbreds. Genotypic data of 491 LW and 219 Pietrain older individuals were also taken into account. Low density panels were designed in silico from HD genotypic data for a sample of 100 purebred and 100 crossbred animals. To create these panels, 1 genotype was kept every 5, 10, 25, 50, 75 and 100 markers; all other marker data were removed. Discarded genotypes were imputed with the Beagle software using HD genotypic information from other 1) purebred Pietrain and 2) Pietrain and LW individuals. For the sample of purebred Pietrain, 99% of missing genotypes on the LD panel were correctly imputed when at least 10% of marker data were kept on the LD chip. For crossbreds, HD genotypings were imputed with low accuracy when HD genotypings of LW animals were not included in the reference population. When HD genotypings of both parental populations were included in the analysis, the accuracy of imputation significantly increased for crossbreds and was similar to the one achieved for purebred animals when LD panels considered for genotyping were sufficiently dense.

PDF icon jrp2015-genetique-bouquet.pdf
2015

Nouveaux objectifs de sélection des lignées femelles

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Les objectifs de sélection des lignées collectives Large-White femelle et Landrace ont été récemment réactualisés par France Génétique Porc. Ils répondent aux objectifs fixés par les éleveurs et la filière et intègrent de nouveaux caractères de qualités maternelles.

PDF icon techporc_bidanel_n21_2015.pdf
2015

De nouveaux objectifs de sélection en lignée collective Piétrain

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Les objectifs de sélection de la lignée collective Piétrain ont été récemment réactualisés. Ils intègrent désormais de nouveaux caractères, notamment pour affiner le travail de sélection sur les aspects de qualité de viande.

PDF icon techporc_bouquet_n17_2014.pdf
2014

Outils de suivi de l'efficacité des schémas de sélection

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Fiche n° 46 : Progrès génétiques

Les étapes de sélection mises en place dans les schémas de sélection ont pour but de faire progresser le niveau génétique des populations sur un ensemble de caractères d'intérêt économique.

L'efficacité des étapes de sélection est évaluée à l'aune de modélisation des schémas de sélection qui permettent de prédire le progrès génétique attendu sur un ensemble de caractères.

Le progrès génétique attendu doit se traduire aussi par l'augmentation des performances des animaux sur les dits caractères.

Il est donc important de disposer d'outils pour s'assurer de la cohérence entre le progrès génétique espéré, prédit à l'aide du modèle, et le progrès génétique réalisé.

L'objectif de cette action était d'identifier ou de concevoir des outils pertinents pour réaliser ce travail de modélisation et de suivi des schémas de sélection.

PDF icon fiche_bilan2013_46.pdf
2014

Evaluations du système d'information génétique

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Fiche n° 47 : Progrès génétiques

La circulation de l’information est une composante importante dans l’efficacité des programmes  de sélection. Les performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances sont chargées en continu dans la base de données nationale génétique (BANAPOG). Chaque semaine, elles servent à l’estimation de valeurs génétiques actualisées des animaux qui sont transmises aux éleveurs sélectionneurs afin de les aider pour le renouvellement des animaux. Les échanges entre les logiciels de terrain ayant un module génétique et la base de données nationale se fait sous forme d’un fichier normalisé au format XML. Ce vecteur informatique sert également à la gestion des mouvements d’animaux, du catalogue des verrats d’IA et a la diffusion des valeurs génétiques.

Les évolutions apportées dans le système d’informations sont centralisées et coordonnées par l’IFIP qui assure également la maitrise d’ouvrage pour la base de données nationale génétique BANAPOG ainsi que différentes applications en étroite relation avec celle-ci, à savoir :

DeltaG : logiciel de gestion génétique utilise dans les élevages de sélection et quelques élevages de multiplication mâle ;

Porcia : base de données des verrats en CIA qui sert de support a la diffusion du catalogue des verrats aux acteurs génétiques (CIA, OSP, sélectionneurs, multiplicateurs) avec possibilité de la fournir également à des producteurs. L’application de gestion des verrats d’IA est utilisée maintenant par la plupart des Organisations de Sélection ayant une activité sur le territoire;

Porsta : logiciel de collecte des performances mesurées sur les animaux élevés dans les stations de contrôle des performances;

• L’application de concentration/diffusion qui, d’une part, récupère et vérifie la structure des fichiers apportes par les éleveurs et les structures contenant les performances zootechniques et génétiques et, d’autre part, génère et distribue les fichiers de valeurs génétiques et/ou le catalogue des verrats d’IA aux utilisateurs.

Les développements informatiques pour l’année 2013 ont permis l’amélioration du circuit général de l’information ainsi que l’ajout de nouvelles données que ce soit pour l’alimentation de la base nationale Banapog que pour la diffusion de nouveaux caractères génétiques évalués.

L’automatisation des échanges a été également améliorée et l’optimisation et le renouvellement de matériel informatique a permis d’améliorer considérablement les temps d’intégration des données dans la base nationale.

PDF icon fiche_bilan2013_47.pdf
2014

Mesures de protection vis-à-vis de la diarrhée épidémique porcine (DEP) mises en oeuvre par les OSP

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La Diarrhée Epidémique Porcine (DEP) sévit actuellement aux Etats-Unis, au Canada et dans certains pays d’Amérique du Sud et d’Asie. Ce nouveau type de virus DEP n’est actuellement pas présent en France ni en Europe.
Les Organismes de Sélection Porcine (OSP) adhérents à l’ASP conscients du possible risque d’introduction sur notre territoire de ce nouveau type de coronavirus lors de l’importation de reproducteurs ou de semence provenant de pays touchés se sont engagées sur un certain nombre de mesures appropriées de protection.

PDF icon depmars_2015.pdf
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster. L’objectif final de cette étude est de mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal pour une lignée Piétrain autonome appartenant à l’organisme de sélection porcine Horizon+ et valorisée sous un cahier des charges Label Rouge.

Les efforts de sélection sont orientés sur des caractères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse.

L’effet du génotype halothane est pris en compte dans le modèle d’évaluation génétique.

PDF icon jrp2014-genetique-schwob-poster.pdf
2014

Paramètres génétiques et objectif de sélection adapté à la production de porcs Piétrain Label Rouge

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Poster.

La société de génétique Horizon+ a été créée dans le but d’optimiser la production d’un porc Piétrain correspondant au cahier des charges Label Rouge de l’entreprise Vallégrain : porc charcutier ¾ Piétrain engraissé sur paille, nourri à volonté, abattu à 182 jours minimum et présentant un pH ultime (pHu) compris entre 5,7 et 6,2. Après quelques années de sélection massale, les responsables d’Horizon+ souhaitent mettre en place une évaluation génétique de type BLUP modèle animal.

Ils ont choisi de focaliser leurs efforts de sélection sur descritères de qualité de viande, de croissance et de composition de la carcasse, avec la volonté de prendre en compte l’effet du génotype halothane dans l’évaluation génétique. Le travail réalisé dans cette étude a pour but de proposer aux responsables d’Horizon+ un objectif de sélection conforme à leurs attentes, étape préliminaire indispensable à la mise en place d’une évaluation génétique.

PDF icon Poster de Héloïse Voisin et al.
2014

Sélection de truies d'hyperqualités

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Initié en 1975, le programme "hyper" a permis de gains considérables de la prolificité des races Large White lignée femelle et Landrace français. La collecte des poids des porcelets à la naissance généralisée dans les élevages de sélection permet de progresser sur l'homogénéité des porcelets à la naissance et de sélectionner sru la production laitière des truies. L'ère des truies d'hyperqualités est née.

PDF icon techporc_do_delaunay_n9_2013.pdf
2013

Appui aux organismes de sélection

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L’IFIP est financé par le Ministère de l’Agriculture pour fournir un encadrement technique aux Organismes de Sélection Porcine (OSP).

Cet appui se traduit notamment pour les OSP membres du dispositif collectif d’amélioration génétique, par l’animation des Livres Généalogiques Porcins Collectifs (LGPC) auxquels adhèrent les Organismes de Sélection ADN, Gène +, Nucléus, Bretagne Porc Sélection, France Sélection, CPPR.
PDF icon Appui aux organismes de sélection
2011

Circulation de l’information génétique

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La gestion de l’information génétique est un outil majeur pour l’amélioration génétique des populations.

La collecte des performances mesurées dans les élevages ou dans les stations de contrôle de performances enrichit la base de données nationale génétique (BANAPOG).

Ces informations sont exploitées par l’évaluation génétique des populations ; les valeurs génétiques estimées qui en découlent sont retournées aux apporteurs afin de fournir des indicateurs pour le devenir

des animaux.
PDF icon Circulation de l’information génétique
2011

Amélioration génétique des qualités maternelles

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L’accroissement de la prolificité des truies constaté depuis 30 ans a permis d’augmenter le nombre de porcelets par portée.

En contrepartie, la survie des porcelets en allaitement n’a pas été améliorée et la compétition alimentaire au sein de la portée s’est accrue.

Les lignées femelles doivent prendre en compte dans leurs objectifs de sélection, non seulement la prolificité, mais également la capacité des animaux à tous se développer de manière homogène et efficiente.
PDF icon Amélioration génétique des qualités maternelles
2011

Sélection et production porcine

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2011

Appui aux organismes de sélection et aux centres d’insémination artificielle

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L’IFIP est financé par le Ministère de l’Agriculture pour fournir un encadrement technique aux Organismes de Sélection Porcine (OSP) et aux Centres d’Insémination Artificielle.

Cet appui se traduit notamment pour les OSP membres du dispositif collectif d’amélioration génétique, par l’animation des Livres Généalogiques Porcins Collectifs auxquels adhèrent les Organismes de Sélection ADN, Gène +, Nucléus, Bretagne Porc Sélection, France Sélection, CPPR.
PDF icon Appui aux organismes de sélection et aux centres d’insémination artificielle
2010

Refonte de la base nationale génétique Banapog

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Outil indispensable pour l’évaluation génétique et support d’études pour la recherche de nouveaux caractères à sélectionner, la base nationale génétique BANAPOG est le centre névralgique des données génétiques.

Initiée en 2006, la base génétique a été mise en production en novembre 2010.
PDF icon Refonte de la base nationale génétique Banapog
2010

Gestion des flux d’informations génétiques

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Cette action, de type transversal, coordonne la circulation des performances vers les bases de données nationales génétique (BANAPOG) et GTTT via des fichiers normalisés au format XML contenant des Vecteurs Standards d’Information (VSI) ainsi que les règles de gestion associées. Ces fichiers permettent également la diffusion des valeurs génétiques aux utilisateurs, la consolidation des données entre les élevages de sélection et leur structure ou les mouvements des reproducteurs (bordereaux de livraison).
PDF icon Gestion des flux d’informations génétiques
2010

Prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population Piétrain

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Poster. Dans la population française Piétrain, les animaux sont sélectionnés, d’une part, selon leur génotype au locus Hal de la sensibilité à l’halothane (NN, Nn, ou nn) et, d’autre part, à l’aide d’un indice de sélection classique. Cette stratégie conduit à des résultats vraisemblablement sub‐optimaux.

L’objectif de cette étude, mise en place pour répondre aux attentes des sélectionneurs, est d’évaluer l’intérêt de la prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population française Piétrain.
PDF icon Prise en compte du génotype halothane dans l’évaluation génétique de la population Piétrain
2010

Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen

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An experimental design aiming at analysing the consequences of genetic selection from 1977 to 1998–2000 on the evolution of stress-responsive systems in the French Large White (LW) and Landrace (LR) pig populations was conducted by INRA and IFIP-Institut du Porc. Large White sows were inseminated with semen from LW boars born in 1977 (frozen semen) or in 1998 and their second-generation offspring were station-tested. Landrace sows were inseminated with semen from LR boars born in 1977 (frozen semen) or in 1999 to 2000, and their progeny was station-tested.
2009

Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen

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An experimental design aiming at estimating realized genetic trends from 1977 to 1998-2000 in the French Large White (LW) and Landrace (LR) pig populations was conducted by INRA and IFIP-Institut du Porc.
PDF icon Estimation of genetic trends from 1977 to 2000 for stress-responsive systems in French Large White and Landrace pig populations using frozen semen
2009

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