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Complete genome sequence of Salmonella enterica subsp. enterica Serotype Derby, associated with the pork sector in France

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Yann Sévellec et al., Microbiology Resource Announcements, volume 7, n° 12, septembre, 4 pages

In the European Union, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Derby is the most abundant serotype isolated from pork. Recent studies have shown that this serotype is polyphyletic. However, one main genomic lineage, characterized by sequence type 40 (ST40), the presence of the Salmonella pathogenicity island 23, and showing resistance to streptomycin, sulphonamides, and tetracycline (STR-SSS-TET), is pork associated. Here, we describe the complete genome sequence of a strain from this lineage isolated in France.

2018

Dispositif de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française

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Le présent dossier décrit chaque pièce du dispositif français de maîtrise du danger Salmonella et la cohérence de son fonctionnement. Il présente les résultats de prévalence des salmonelles recueillis depuis 20 ans afin d’illustrer son efficacité et démontrer les garanties qu’il offre au consommateur et aux clients étrangers.
Ce dossier à la fois technique et communicant a vocation à aider les professionnels à démonter l’efficacité de l’ensemble de leurs actions auprès des parties prenantes et des clients export.

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2018

Population Genetic Structure of Listeria monocytogenes Strains Isolated From the Pig and Pork Production Chain in France

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Benjamin Félix (Anses) et al., Frontiers in Microbiology, 2018, n° 9, 6 avril, 11 pages

Listeria monocytogenes is an ubiquitous pathogenic bacterium, transmissible to humans through the consumption of contaminated food. The pork production sector has been hit hard by a series of L. monocytogenes-related food poisoning outbreaks in France. An overview of the diversity of strains circulating at all levels of the pork production chain, from pig farming (PF) to finished food products (FFP), is needed to identify the contamination routes and improve food safety. Until now, no typing data has been available on strains isolated across the entire pig and pork production chain. Here, we analyzed the population genetic structure of 687 L. monocytogenes strains isolated over the last 20 years in virtually all the French départements from three compartments of this production sector: PF, the food processing environment (FPE), and FFP. The genetic structure was described based on Multilocus sequence typing (MLST) clonal complexes (CCs). The CCs were obtained by mapping the PFGE profiles of the strains. The distribution of CCs was compared firstly between the three compartments and then with CCs obtained from 1106 strains isolated from other food production sectors in France. The predominant CCs of pig and pork strains were not equally distributed among the three compartments: the CC37, CC59, and CC77 strains, rarely found in FPE and FFP, were prevalent in PF. The two most prevalent CCs in the FPE and FFP compartments, CC9 and CC121, were rarely or never detected in PF. No CC was exclusively associated with the pork sector. Three CCs (CC5, CC6, and CC2) were considered ubiquitous, because they were observed in comparable proportions in all food production sectors. The two most prevalent CCs in all sectors were CC9 and CC121, but their distribution was disparate. CC9 was associated with meat products and food products combining several food categories, whereas CC121 was not associated with any given sector. Based on these results, CC121 is likely able to colonize a larger diversity of food products than CC9. Both CCs being associated with the food production suggests, that certain processing steps, such as slaughtering or stabilization treatments, favor their settlement and the recontamination of the food produced. 

2018

Selection procedure of bioprotective cultures for their combined use with High Pressure Processing to control spore-forming bacteria in cooked ham.

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Mihanta Ramaroson et al., International journal of food microbiology, 2018, voluime 276, 2 juillet, p. 28-38

High Pressure Processing (HPP) and biopreservation can contribute to food safety by inactivation of bacterial contaminants. However these treatments are inefficient against bacterial endospores. Moreover, HPP can induce spore germination. The objective of this study was to select lactic acid bacteria strains to be used as bioprotective cultures, to control vegetative cells of spore-forming bacteria in ham after application of HPP. A collection of 63 strains of various origins was screened for their antagonistic activity against spore-forming Bacillus and Clostridium species and their ability to resist to HPP. Some safety requirements should also be considered prior to their introduction into the food chain. Hence, the selection steps included the assessment of biogenic amine production and antibiotic resistance. No strain produced histamine above the threshold detection level of 50 ppm. From the assessment of antibiotic resistance against nine antibiotics, 14 susceptible strains were kept. Antagonistic action of the 14 strains was then assessed by the well diffusion method against pathogenic or spoilage spore-forming species as Bacillus cereusClostridium sp. like botulinum, Clostridium frigidicarnis, and Clostridium algidicarnis. One Lactobacillus curvatus strain and one Lactococcus lactis strain were ultimately selected for their widest inhibitory spectrum and their potential production of bacteriocin. A Lactobacillus plantarum strain was included as control. Their resistance to HPP and ability to regrow during chilled storage was then assessed in model ham liquid medium. Treatments of pressure intensities of 400, 500, and 600 MPa, and durations of 1, 3, 6, and 10 min were applied. After treatment, cultures were incubated at 8 °C during 30 days. Inactivation curves were then fitted by using a reparameterized Weibull model whereas growth curves were modelled with a logistic model. Although the two Lactobacillus strains were more resistant than L. lactis to HPP, the latter was the only strain able to regrow following HPP. The absence of biogenic amine production of this strain after growth on diced cube cooked ham was also shown. In conclusion this L. lactis strain could be selected as representing the best candidate for a promising preservative treatment combining biopreservation and HPP to control spore-forming bacteria in cooked ham.

 
2018

Impact de sel nitrité ou de bouillon de nitrate fermenté sur la croissance de germes dans le jambon cuit

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78

Le nitrite en tant qu’additif, contribue à la sécurité microbiologique, à la saveur, la couleur et à la stabilité antioxydative des produits à base de viande. Pour certaines charcuteries vulnérables sur le plan microbiologique comme le jambon cuit, son utilisation combinée à celle du sel (chlorure de sodium, NaCl) permet de garantir un niveau de sécurité suffisant, notamment vis-à-vis de C. botulinum. Deux procédés sont aujourd’hui employés pour incorporer du nitrite dans le jambon cuit. Il peut être introduit directement dans la saumure sous forme de sel nitrité (sel ordinaire + nitrite de sodium NaNO2, E250 ou de potassium KNO2, E249) ou généré en cours de procédé à partir de nitrate d’un bouillon de légumes fermenté par une flore technologique inoculée volontairement.
Cette étude visait à caractériser les fonctionnalités de conservation et sensorielle du nitrite d’origine fermentaire en comparaison au sel nitrité. Pour cela, différentes teneurs en nitrite et en NaCl ont été combinées, et leurs impacts étudiés vis-à-vis du devenir de germes d’intérêt (pathogène ou d’altération) durant la fabrication et la conservation du jambon cuit. Une analyse sensorielle des jambons issus des différentes formulations a en parallèle été réalisée par un panel d’experts IFIP.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 78, fiche n° 41
2018

Prévalence des Staphylococcus aureus résistants à la méticilline (SARM) sur carcasses de porc en abattoirs

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Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83

En France en 2015, l’agent responsable de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) le plus fréquemment suspecté ou avéré était l’entérotoxine staphylococcique (33% des 1 390 foyers de TIAC) (InVS, 2015).
Staphylococcus aureus appartient au groupe des staphylocoques à coagulase positive (SCP), pathogènes pour l’Homme. S. aureus est un germe commensal de la peau et des muqueuses de l’homme et de la plupart des animaux.
Staphylococcus aureus peut être considéré comme un agent zoonotique, cependant les souches isolées lors d’intoxinations ont très majoritairement une origine humaine (contamination de l’aliment par l’homme au cours du procédé ou lors de sa préparation avant consommation) (Anses, 2011). Le rôle pathogène de S. aureus est lié à la production d’entérotoxines (ES) staphylococciques. Vingt-six ES (SEA à SEY) ont été décrites et sont toutes hautement toxiques.
Il existe un Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), ce variant est pratiquement résistant à toutes les bétalactamines.
En France, les résultats des différentes enquêtes disponibles montrent que les porcs sont d’importants réservoirs de souches de SARM.
En 2014, une étude menée par l’Ifip a montré que dans un abattoir, sur 189 carcasses prélevées par chiffonnage d’une demi-carcasse (1 m²) avant entrée en découpe, réparties sur 10 journées d’abattage, les staphylocoques à coagulase positive (SCP) étaient dénombrés sur 43,4% [36,5 - 50,5] des carcasses, avec des nombres très faibles compris entre 0,01 et 2 UFC/cm2. Cependant, les souches isolées n’ont pas été caractérisées pour leur appartenance à l’espèce S. aureus ni leur capacité de production d’entérotoxines.
Les SARM étaient quant à eux isolés sur 87,3% [82 - 91,5] des carcasses. La très forte fréquence de SCP et de SARM observée sur carcasse dans cet abattoir nous a amené à nous interroger sur l’origine de cette contamination : liée à un portage cutané ou à des contaminations croisées localisées lors de la manipulation des têtes en sortie de réfrigération.
Ces résultats préliminaires nécessitaient d’être confirmés dans un plus grand nombre d’abattoirs.
Ainsi ce projet visait à déterminer le taux de prévalence de SCP et SARM sur carcasses en fin de chaîne d’abattage, avant réfrigération dans 4 abattoirs afin de consolider les résultats obtenus dans un seul abattoir.
Il visait également à caractériser les souches de SCP isolées pour : (1) leur appartenance à l’espèce S. aureus et (2) leur capacité de production d’entérotoxines, afin de confirmer le risque d’intoxination lié à la présence de Staphylococcus aureus d’origine porcine.

PDF icon Carole Feurer, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 82-83, fiche n° 45
2018

Développement d’une méthode alternative de quantifi cation de Pseudomonas par PCR quantitative dans les produits carnés

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Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40

Les Pseudomonas sont les principales bactéries psychrotrophes retrouvées sur les carcasses après refroidissement. La réfrigération permet leur multiplication et la production d’enzymes protéolytiques et lipolytiques responsables d’altérations (rancissement, putréfaction). Pseudomonas est principalement utilisée comme indicateur d’altération des viandes fraîches ou d’un défaut de conditionnement.
La FCD impose des critères microbiologiques relatifs aux Pseudomonas pour certains produits à la distribution, dont les pièces de découpe réfrigérées porcines, les viandes piécées de porc ou les saucisses à cuire. La méthode de référence NF EN ISO 13720 relative au dénombrement de Pseudomonas dans les viandes et produits à base de viande repose sur l’utilisation de la gélose sélective CFC (cétrimide, fucidine, céphaloridine). Sa sélectivité est toutefois controversée ; des essais antérieurs réalisés par l’IFIP ayant montré que jusqu’à 40% des colonies caractéristiques isolées sur CFC sont en fait des entérobactéries, surévaluant ainsi la concentration réelle de Pseudomonas dans les produits analysés. Cette étude visait à développer une méthode de dénombrement des Pseudomonas, alternative à la norme NF EN ISO 13720 par PCR quantitative, afin de proposer aux professionnels une méthode plus robuste. Ses performances ont été confrontées à celles de la norme NF EN ISO 13720 et celles de la méthode RHAPSODY Agar® validée en 2015 par l’AFNOR (validation NF) pour le dénombrement des Pseudomonas dans les produits carnés et les produits laitiers.

PDF icon Bastien Frémaux, bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 40, fiche n° 12
2018

Interface Web pour le contrôle des dangers chimiques et physiques dans les viandes porcines : PDC

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Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26

En 2015, financer par l’interprofession porcine INAPORC, l’IFIP a conçu une plateforme Web pour la collecte, l’analyse et la diffusion des résultats des autocontrôles des entreprises, avec la mise au point de quelques outils d’interprétation personnalisée (carte de contrôle, comparaison statistique de prévalence en Salmonelles,…).
Au regard de l’intérêt porté par les entreprises d’abattage-découpe au site : http://pdc.ifip.asso.fr, l’IFIP a développé une interface complémentaire pour la collecte et le traitement des analyses réalisées par les industrielles concernant les dangers chimiques et physiques.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2017, éditions IFIP, mai 2018, p. 26, fiche n° 1
2018

High load of hepatitis E viral RNA in pork livers but absence in pork muscle at French slaughterhouses

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International Journal of Food Microbiology, 2018, volume 264, janvier, p. 25-30, par Carole Feurer et al.

L’IFIP (Carole Feurer), l’INRA et l’AREPSA ont publié un article sur la charge virale de l’hépatite E dans les foies et muscles de porc dans l’International journal of food microbiology.

Cette étude avait pour but de déterminer la prévalence du virus de l’hépatite E (VHE) dans les muscles du jambon au moment de l’abattage, de façon à évaluer s’il existe un risque pour la contamination humaine par la consommation de jambon sec. C’est la première fois qu’une étude analysait plus de 1000 échantillons appariés de sang, muscle et foie dans un abattoir français. Même si 2,8 % des foies étaient contaminés, aucun muscle de jambon n’était positif pour la présence du virus. Le risque de contamination humaine par VHE via la consommation des muscles du jambon est donc limité.

ENG

Pork ham muscle can be contaminated with HEV via blood vessels during viremia and represents a possible source of human contamination via the consumption of dried ham. This study evaluated the prevalence of HEV RNA in pork ham muscles and pork livers at slaughterhouses. Serology was determined on the corresponding serum samples. The apparent individual seroprevalence rate in the 49 pig farms studied was 59% [55.5%-61.4%]. None of the 1134 ham muscles tested was positive for the presence of HEV. HEV prevalence in paired liver samples was 2.8% with a level of contamination of up to 1.46 108copies/g. Sequences of viral strains isolated from positive livers belonged to genotype 3 and subtypes 3c, 3e, 3f and 3j. Our results confirmed that raw pork liver food products are a source of risk for humans but they also showed that there is a limited risk of human infection by HEV through the consumption of ham muscle.

2018

Controlling the microbiological quality of fresh sausages with reduced nitrite content by means of biopreservation

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Carole Feurer et al., 3rd International Symposium on Fermented Meat (ISFM), Clermont-Ferrand, 27-29 septembre 2017, poster

Potassium and sodium nitrite (E249 and E250) are used as preservatives and added to meat products to allow, amongst others, the development of the pink color specific to cured meat products. Because nitrite is a co-carcinogen molecule, some disparage its use in food processing, and rules are currently under review to reduce their amount in meat products. This study aimed at preparing craftsmen pork butchers for the coming shift in rules, by offering tools to keep microbiological quality of fresh sausages under control, without altering their organoleptic attributes. Here we considered the use of biopreservation to achieve this goal.

PDF icon Carole Feurer et al., 3rd ISFM, Clermont-Ferrand, 27-29 septembre 2017, poster
2017

Micropollutants and chemical residues in organic and conventional meat

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Gaud Devilly-Pinel et al., Food Chemistry,, 2017, volume 232, 1er octobre, p. 218-228

The chemical contamination levels of both conventional and organic meats were assessed. The objective was to provide occurrence data in a context of chronic exposure. Environmental contaminants (17 polychlorinated dibenzodioxins/dibenzofurans, 18 polychlorinated biphenyls (PCBs), 3 hexabromocyclododecane (HBCD) isomers, 6 mycotoxins, 6 inorganic compounds) together with chemical residues arising from production inputs (75 antimicrobials, 10 coccidiostats and 121 pesticides) have been selected as relevant compounds. A dedicated sampling strategy, representative of the French production allowed quantification of a large sample set (n = 266) including both conventional (n = 139) and organic (n = 127) raw meat from three animal species (bovine, porcine, poultry). While contamination levels below regulatory limits were measured in all the samples, significant differences were observed between both species and types of farming. Several environmental contaminants (Dioxins, PCBs, HBCD, Zn, Cu, Cd, Pb, As) were measured at significantly higher levels in organic samples.

2017

REDLOSSES: REDucing food LOSSES by microbial spoilage prediction

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Monique Zagorec et al., 3rd International Symposium on Fermented Meat (ISM), Clermont-Ferrand, 27-29 septembre 2017, poster

Food spoilage leads to significant wastes and losses, and is an important economic issue in food industry. In the case of meat, a large part of spoilage is the consequence of bacterial growth and subsequent metabolic activities causing organoleptic spoilage of the final product (defects in texture, color, odor, or aspect), leading finally to products that are lost because they do not fit the quality standards. In addition, meat production chain requires energy, water and cost consuming operations (i.e. animal breeding, slaughtering, and transformation and storage which are usually performed at low temperature). Therefore meat product spoilage that appears at the end of the process or during shelf life affects the whole production chain performances as well as the sustainability label of the meat sector. The objective of the project is to reduce food losses by predicting, early in the production process, the onset of bacterial spoilage during storage in order to propose decision-support tools for directing process. Pork and poultry meat, the two main meats consumed in France will be studied. The economic impact of losses of these products will be assessed. Dynamics of bacterial communities will be monitored during processing steps (from primary cuts to end products at use-by-date and beyond) and various descriptors of spoilage will be measured. The natural variability between batches and that associated with production processes will be considered. Data will be used to identify accurate spoilage markers and to compute innovative mathematical models for predicting spoilage occurrence as a function of the initial composition of the microbiota (diversity and abundance) and some abiotic factors (lactate concentration, modified atmosphere packaging). The models will be validated on meat products, including the economic aspect in order to propose decision-support tools for the food producers. The project involves 8 academic or ITAI partners constituting the REDLOSSES consortium and 2 industrial partners producing sausages.

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2017

In vitro characterization of the ability of Yersinia enterocolitica BT4 to colonize pigs and stainless steel surfaces

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Pierre Raymond et al., 12th SAFEPORK, 21-24 août 2017, Foz do Iguassu, Brésil, poster

Y. enterocolitica is the third bacterial cause of human enteritis in Europe (1). The biotype 4 (BT4) is the biotype the most frequently isolated from both pigs and clinical yersiniosis (2, 3). The ability of BT4 strains to infect humans may depend on their capability to colonize pigs and to develop biofilm on conventional materials used in food industries.
This study investigated the use of two in vitro tests to assess the ability of BT4 strains, to adhere and invade intestinal pig cells (IPEC-J2) and to adhere to stainless steel surfaces.

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2017

Sensorial and bacterial evolution in vacuum-packed pork meat during long term storage

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Arnaud Bozec, Alain Le Roux et Carole Feurer, Microbial spoilers in food 28-30 juin 2017, Quimper, Paris, France, poster

Long term storage at low temperature is a challenge for the pig and pork industry in order to export in the Asian continent. This study aimed at investigating the evolution of the sensory quality and the bacterial flora dynamics of vacuum packed pork meat during a 12 weeks storage.

PDF icon Arnaud Bozec, Alain Le Roux et Carole Feurer, Microbial spoilers in food 28-30 juin 2017, Quimper, Paris, poster
2017

Application de la Recherche pour la Maîtrise des Dangers dans les Aliments : UMT Armada

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Carole Feurer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 55-56

Les travaux de l’UMT Armada agréée par la DGER pour une durée de 5 ans se sont clôturés fin 2016.

L’UMT fédérait 3 équipes du laboratoire de sécurité des aliments de l’Anses Maisons-Alfort ainsi que 2 instituts techniques ACTIA (IFIP et ACTALIA). Elle a permis de mettre en commun les expertises et les compétences techniques des partenaires dans un objectif de préservation d’un haut niveau de qualité sanitaire de nos productions nationales, au service de l’ensemble des acteurs publics et privés de la sécurité sanitaire.

3 actions ont été menées dans le cadre de cette UMT : (1) le développement et le transfert de méthodes d’évaluation de la pathogénicité de souches de STEC, (2) le développement et le transfert de connaissances sur le danger lié aux toxines de Bacillus cereus et (3) l’épidémiosurveillance de Salmonella et Listeria monocytogenes.

Les résultats visés pour ce projet autour des 3 actions associées, sont :

- Une expertise (information, sensibilisation, contacts, méthodologie d’observation, alerte) transférable auprès des centres techniques partenaires et de l’Anses.

- Des méthodes et des outils de diagnostic pour les agents d’intérêt sanitaire, directement transférables au bénéfice de l’ensemble des industriels et des réseaux de laboratoires de contrôles officiels.

- Une capacité d’expertise renforcée et de haut niveau au plan national en matière d’évaluation des risques et de surveillance des dispositifs de production.

L’Ifip et l’unité SEL (Salmonella, E. coli, Listeria) de l’Anses étaient impliqués dans l’action 3 qui visait à optimiser la surveillance nationale de Salmonella et de Listeria monocytogenes par la mise en commun des données de typage caractérisant les souches isolées de la chaîne alimentaire et collectées aujourd’hui parallèlement par l’Anses (bases nationales multi-filières) et les instituts techniques via les professionnels (bases spécifiques de filière).

Le premier axe de travail consistait à mettre en place une base de données nationale pour la caractérisation moléculaire de Listeria monocytogenes et Salmonella enterica, ouverte aux instituts techniques et laboratoires Anses.

L’architecture de ces bases de données a été calquée sur celle établie par l’Anses pour la base de données européenne de typage de Listeria qu’ils pilotent.

Le deuxième axe de travail consistait à évaluer et transférer aux instituts techniques les méthodes moléculaires de caractérisation alternatives (MLVA) à la technique d’électrophorèse en champs pulsés (PFGE), technique de référence au niveau international en épidémiologie pour Salmonella et Listeria monocytogenes.

PDF icon Carole Feurer, Bilan 2016, mai 2017, p. 55-56, fiche n° 23
2017

Maîtrise des Salmonelles : gestion précoce des incidents à l’abattoir

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Alain Le Roux, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 59

Selon l’EFSA, l’agence européenne de sécurité des aliments, 10 à 30% des salmonelloses humaines seraient dues à la consommation de viande de porc en Europe (EFSA, 2010b, 2011).

La maîtrise des salmonelles dans la filière porcine française constitue un enjeu majeur en termes de Santé Publique, mais également pour sa compétitivité économique au niveau européen et international.

L’abattage constitue le maillon principal auquel les salmonelles sont introduites directement ou indirectement sur les carcasses, essentiellement via les matières fécales (EFSA 2010a, 2010b), et de nombreuses études ont été conduites et publiées depuis le début des années 80 pour déterminer l’importance des différentes étapes du procédé d’abattage dans la maîtrise de cette contamination.

Lors du process d’abattage, certaines étapes sensibles (détourage de la rosette, ouverture abdominale, éviscération…) sont susceptibles de transférer des matières fécales sur la carcasse, et des Salmonelles potentiellement présentes dans ces matières fécales.

Les configurations actuelles des chaînes d’abattage et leurs cadences élevées ne permettent généralement pas une gestion suffisamment précoce des carcasses souillées, ce qui favorise les contaminations croisées.

En effet, les carcasses présentant des matières fécales sur des zones étendues (lors d’un incident d’éviscération par exemple) (souillures étendues) ou sur des zones réduites (souillures spot) sont essentiellement traitées en fin de chaine, après la pesée.

Elles ont donc préalablement suivi toutes les étapes du process (bien que certaines opérations ne soient pas réalisées) et potentiellement généré des contaminations croisées avec le matériel, les structures et le personnel.

PDF icon Alain Le Roux, Bilan 2016, mai 2017, p. 59, fiche n° 26
2017

Yersinia enterocolitica : qualité des maigres de tête pour la fabrication de charcuteries

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Carole Feurer, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 57

Yersinia enterocolitica est une entérobactérie psychrotrophe régulièrement mise en cause dans les pathologies humaines digestives et extra-digestives d’origine alimentaire dans les pays tempérés et froids. En 2014 en Europe, la yersiniose est la 3ème cause de maladie d’origine alimentaire chez l’homme, avec un total de 6 625 cas confirmés (EFSA, 2015). Yersinia enterocolitica est transmissible par la voie oro-fécale. Le porc est considéré comme le principal réservoir, pour héberger les biotypes pathogènes pour l’homme.

L’infection a généralement comme source l’ingestion de viande contaminée, notamment la viande porcine mal cuite ou crue ou des produits de charcuterie.

Du fait de son tropisme principalement oro-pharyngé, Y. enterocolitica est fréquemment isolée dans la cavité buccale, au niveau des amygdales et de la langue même si les porcs ne développent pas de signes cliniques. En France, en 2010-2011, la prévalence sur amygdales était estimée à 13.7% [10,1-17,3] au niveau individuel, et à 74,3% [65-84] à l’échelle des lots (élevage) (Fondrevez et al, 2014).

Les carcasses et les abats peuvent être contaminés durant le processus d’abattage, par des contaminations fécales durant l’éviscération et plus généralement par les contaminations croisées via l’équipement, le personnel et l’environnement de l’abattoir.

Par ailleurs, la contamination peut avoir lieu pendant les opérations ultérieures de la découpe, transformation et distribution lors de la vente de la viande et des abats. L’incorporation des muscles de la tête et des muqueuses pharyngées du porc dans les produits de charcuteries est considérée comme un facteur de risque pour le consommateur.

En effet, en raison de leur nature psychrotrophe, les souches pathogènes de Y. enterocolitica présentes dans la viande et les sous-produits peuvent se multiplier pendant leur conservation, dans les conditions habituelles de bonne maîtrise de la chaîne du froid.

L’objectif de cette étude était d’estimer la contamination qualitative de Yersinia enterocolitica issus de muscles de tête, ceci afin d’évaluer s’il existait un risque de transmission de Yersinia des amygdales aux muscles de tête, et s’il était important.

PDF icon Carole Feurer, Bilan 2016, mai 2017, p. 57, fiche n° 24
2017

Impact des teneurs en nitrites et en sel sur le développement de Clostridium botulinum dans le jambon cuit

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Bastien Frémaux, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 54

Le botulisme d’origine alimentaire est une infection rare mais sévère causée par l’ingestion d’aliments contenant des neurotoxines sécrétées par Clostridium botulinum. Le jambon cuit, de par sa durée de vie relativement longue (plusieurs semaines), figure parmi les charcuteries à risque. L’utilisation de nitrites combinée à celle du sel (NaCl) permet de garantir un niveau de sécurité suffisant vis-à-vis de C. botulinum (EFSA, 2010).

Les préconisations nutritionnelles actuelles, appuyées par une volonté règlementaire,

visent à réduire les niveaux de nitrite et de sodium dans les charcuteries.

Leur diminution dans le jambon cuit pourrait favoriser le développement microbien, et notamment des formes végétatives de C. botulinum psychrotrophe durant la conservation. L’objectif de cette étude était de mesurer l’impact de la teneur en nitrites et en sel (NaCl) sur le développement de C. botulinum groupe II type B (psychrotrophe) et la production de toxine botulique lors de la fabrication et de la conservation du jambon cuit, en partant d’un modèle jambon cuit (selon approche de Redondo-Solano et al, 2013). 5 formulations (0, 80 et 120 ppm avec 1,8% NaCl ainsi que 80 et 120 ppm avec 1,35% NaCl) ont été comparées.

2 scénarios de conservation ont été testés : l’un visant à simuler la conservation de barres de jambon cuit non destinées au tranchage (81 j sous vide à 4°C) ; l’autre de barres de jambon cuit destinées au tranchage et du produit tranché (28 j sous vide à 4°C suivis de 29 j sous 70% N2/30% CO2 selon 1/3 à 4°C et 2/3 à 8°C et incluant une rupture de la chaîne du froid de 2 h à 20°C).

PDF icon Bastien Frémaux, Bilan 2016, mai 2017, p. 54, fiche n° 22
2017

Maîtrise des Salmonelles dans la filière porcine

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Isabelle Corrégé, Bilan 2016, éditions IFIP, mai 2017, p. 58

Les salmonelles sont une des principales causes de zoonoses alimentaires.

Même si les œufs et les ovoproduits restent les aliments les plus souvent incriminés, le nombre de cas humains dûs à ces aliments diminue avec, pour conséquences la baisse du nombre de Salmonella enteritidis et l’augmentation de la part relative de Salmonella typhimurium et la mise en cause plus fréquente des viandes de porc et des produits de charcuterie.

Dans ce contexte, de nombreux pays poursuivent ou développent des programmes de maîtrise des salmonelles dans la filière porcine.

En France, l’émergence de nouveaux sérotypes de Salmonella, les récentes épidémies dues à des produits de salaison sèche ainsi que les enjeux commerciaux incitent la filière porcine à accentuer la vigilance et à mettre en œuvre des mesures de maîtrise.

PDF icon Isabelle Corrégé, Bilan 2016, mai 2017, p. 58, fiche n° 25
2017

MLVA_Normalizer: Workflow for Normalization of MLVA Profiles and Data Exchange between Laboratories

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Paul Bachelerie et al., Journal of proteomics & bioinformatics, 2016, volume 9, n° 2, janvier, p. 025-026

Motivation: MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) is a typing method used today to characterize several major pathogens such as Brucella, Mycobacterium tuberculosis or Salmonella. It takes advantage from the comparison of the size of specific genomic loci constituted by tandem repeat sequences. Unfortunately the raw size estimate is instrument dependent and consequently the results obtained cannot be compared without normalization between laboratories involved in disease monitoring, surveillance and official controls.
Results: To overcome this problem we developed a workflow tool, MLVA_normalizer, conceived to normalize MLVA results. This normalization workflow tool is designed to be applied to any bacterial genera and does not depend on the MLVA protocol used.

2017

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